JenaLib Home    
[JenaLib Home]     [Helix Analysis Home]     [Image Library Entry]     [Sequence, Chains, Units]     [Bending Classification]   

Analysis of nucleic acid double helix geometry

Title CRYSTALLOGRAPHIC STUDIES OF NUCLEOSOME CORE PARTICLES CONTAINING HISTONE 'SIN' MUTANTS
PDB code 1P3K   (PDB summary)
NDB code PD0419 (NDB atlas)
Duplex length 146 base pairs
Protein NUCLEOSOME CORE PARTICLES CONTAINING HISTONE 'SIN' MUTANTS HISTONE H2B, HISTONE H3, HISTONE H2A, HISTONE H4, Transcription Factor|nuclease|polymerase|recombinase|DNA packing/chromatin

Only the nucleic acid double helix part of the structure is analysed here. Small ligands, proteins, and overhanging ends are not taken into account. Information on the complete structure is available at the Image Library Entry page and at the Sequence, Chains, Units page.

Strand 1    5' A1 T2 C3 A4 A5 T6 A7 T8 C9 C10 A11 C12 C13 T14 G15 C16 A17 G18 A19 T20 T21 C22 T23 A24 C25 C26 A27 A28 A29 A30 G31 T32 G33 T34 A35 T36 T37 T38 G39 G40 A41 A42 A43 C44 T45 G46 C47 T48 C49 C50 A51 T52 C53 A54 A55 A56 A57 G58 G59 C60 A61 T62 G63 T64 T65 C66 A67 G68 C69 G70 G71 A72 A73 T74 T75 C76 C77 G78 C79 T80 G81 A82 A83 C84 A85 T86 G87 C88 C89 T90 T91 T92 T93 G94 A95 T96 G97 G98 A99 G100 C101 A102 G103 T104 T105 T106 C107 C108 A109 A110 A111 T112 A113 C114 A115 C116 T117 T118 T119 T120 G121 G122 T123 A124 G125 A126 A127 T128 C129 T130 G131 C132 A133 G134 G135 T136 G137 G138 A139 T140 A141 T142 T143 G144 A145 T146 3'
Strand 2    3' T292 A291 G290 T289 T288 A287 T286 A285 G284 G283 T282 G281 G280 A279 C278 G277 T276 C275 T274 A273 A272 G271 A270 T269 G268 G267 T266 T265 T264 T263 C262 A261 C260 A259 T258 A257 A256 A255 C254 C253 T252 T251 T250 G249 A248 C247 G246 A245 G244 G243 T242 A241 G240 T239 T238 T237 T236 C235 C234 G233 T232 A231 C230 A229 A228 G227 T226 C225 G224 C223 C222 T221 T220 A219 A218 G217 G216 C215 G214 A213 C212 T211 T210 G209 T208 A207 C206 G205 G204 A203 A202 A201 A200 C199 T198 A197 C196 C195 T194 C193 G192 T191 C190 A189 A188 A187 G186 G185 T184 T183 T182 A181 T180 G179 T178 G177 A176 A175 A174 A173 C172 C171 A170 T169 C168 T167 T166 A165 G164 A163 C162 G161 T160 C159 C158 A157 C156 C155 T154 A153 T152 A151 A150 C149 T148 A147 5'

Side view 1 Top view
Side view 1 Top view
Side view 2 3-dimensional interactive models
(Help)  

RASMOL, CHIME, VRML 2.0, PDB

Side view 2  

Figure 1   Three orthogonal views of the double helix (Help). Residues are colored according to the nucleotide type (Help: Color codes). The curvilinear helical axis (green) was calculated with CURVES. The double helix is oriented with respect to the principle axis of inertia of the curvilinear helical axis (see Help for further explanations). This drawing reveals immediately if there is any bending of the helical axis.

Inter base pair parameters

The six inter base pair parameters (rise, shift, slide, twist, roll, tilt) describe the translational and rotational displacement between neighbouring base pairs. See Help for further explanations.

Plot of inter base pair parameters with respect to global and local helical axes:  PDF,   GIF
(Global parameters from CURVES,  local parameters from CURVES and FREEHELIX)

Table 1.  Inter base pair parameters with respect to the global helical axis, calculated with CURVES.

  Strand 1      Strand 2        riseg          shiftg          slideg          twistg         rollg         tiltg    
    / Å / Å / Å      
A1 T292            
    3.2 0.0 -0.7 29° 5° -4°
T2 A291            
    3.2 0.3 -0.1 38° 2° 1°
C3 G290            
    3.1 -0.0 0.6 40° 3° 1°
A4 T289            
    3.3 -0.4 0.1 36° 6° -8°
A5 T288            
    3.3 0.3 -0.5 30° -0° 1°
T6 A287            
    3.2 -0.1 0.3 42° -4° -3°
A7 T286            
    3.6 -0.6 -1.1 34° 2° -3°
T8 A285            
    3.3 1.7 0.2 31° -2° 5°
C9 G284            
    3.2 -0.8 -0.2 23° 9° 4°
C10 G283            
    3.3 -0.5 0.7 38° 8° -9°
A11 T282            
    3.4 0.5 -1.2 31° 6° -1°
C12 G281            
    3.7 1.1 -0.6 33° 14° 1°
C13 G280            
    3.5 -0.3 0.2 40° 7° 4°
T14 A279            
    3.3 -0.2 0.7 31° -11° 8°
G15 C278            
    3.3 0.2 -0.4 38° 5° -1°
C16 G277            
    3.1 -0.2 1.2 44° -12° -2°
A17 T276            
    3.2 -0.2 -0.1 43° 1° -8°
G18 C275            
    3.8 -0.4 -0.8 31° -3° 3°
A19 T274            
    3.4 0.4 -0.1 30° 5° -5°
T20 A273            
    3.3 -0.6 -0.6 37° 7° -3°
T21 A272            
    2.9 0.6 -0.1 21° 3° 10°
C22 G271            
    4.1 -1.2 -0.3 34° 23° -6°
T23 A270            
    2.5 1.6 0.4 34° 3° 6°
A24 T269            
    4.0 -0.3 -0.8 31° 6° 0°
C25 G268            
    3.0 0.5 -0.7 22° 8° 15°
C26 G267            
    3.0 -0.3 1.8 45° -6° -2°
A27 T266            
    3.3 -0.3 -0.2 41° -3° -4°
A28 T265            
    3.6 0.4 -0.6 30° -8° -3°
A29 T264            
    3.2 -0.2 0.5 41° -2° -1°
A30 T263            
    3.5 -0.1 -0.2 34° 6° -2°
G31 C262            
    3.3 -0.5 -0.7 26° 8° -1°
T32 A261            
    3.6 0.5 0.3 37° 18° -0°
G33 C260            
    3.2 -0.7 -0.4 22° 8° 4°
T34 A259            
    3.5 0.1 0.1 43° 10° -2°
A35 T258            
    3.3 0.4 -0.2 35° -2° 2°
T36 A257            
    3.8 0.4 -0.2 36° -2° 4°
T37 A256            
    3.0 -0.0 -0.6 34° 2° 6°
T38 A255            
    2.8 0.0 1.6 46° -27° -7°
G39 C254            
    3.9 0.9 0.2 32° 4° 14°
G40 C253            
    3.4 -1.1 0.5 37° -2° -16°
A41 T252            
    3.2 -0.0 -0.5 32° 8° -3°
A42 T251            
    3.6 -0.1 -0.4 28° 15° -3°
A43 T250            
    3.4 -0.0 -0.7 25° 10° -1°
C44 G249            
    3.3 1.4 -0.2 39° 7° 1°
T45 A248            
    3.4 -1.4 0.4 44° -1° -1°
G46 C247            
    3.5 1.7 -0.2 33° 2° 7°
C47 G246            
    3.2 -1.0 0.5 38° -9° -1°
T48 A245            
    3.4 1.0 0.4 41° -5° 3°
C49 G244            
    3.2 -0.9 -0.2 35° -6° -10°
C50 G243            
    3.1 -0.0 0.4 46° 1° -8°
A51 T242            
    4.0 0.3 -0.8 27° 12° -4°
T52 A241            
    3.7 0.2 -1.0 29° 8° 2°
C53 G240            
    3.4 0.1 0.9 39° 9° -2°
A54 T239            
    3.3 0.3 -0.0 40° 11° 4°
A55 T238            
    3.1 -1.1 -0.0 42° -1° -2°
A56 T237            
    3.7 0.7 -1.1 30° -0° 2°
A57 T236            
    3.2 0.4 0.5 41° -4° 7°
G58 C235            
    4.2 -0.3 0.8 37° -30° -3°
G59 C234            
    3.7 1.1 0.0 35° 5° 1°
C60 G233            
    3.6 -1.2 0.3 40° 10° -14°
A61 T232            
    3.8 0.6 -1.1 25° 12° 1°
T62 A231            
    4.0 -0.4 0.6 40° 14° 5°
G63 C230            
    3.6 -0.2 -0.9 26° 6° -4°
T64 A229            
    3.5 0.3 -0.5 35° 8° 3°
T65 A228            
    3.0 0.7 -0.3 35° 5° 11°
C66 G227            
    2.9 -0.6 0.4 46° -11° -2°
A67 T226            
    3.6 1.0 -0.3 33° 4° 8°
G68 C225            
    3.9 -1.6 -0.8 25° 1° -6°
C69 G224            
    3.2 1.0 0.9 55° -9° 8°
G70 C223            
    3.0 -1.4 0.3 24° 4° -4°
G71 C222            
    3.8 -0.5 -0.6 40° 14° 0°
A72 T221            
    3.3 -0.1 0.2 37° 8° 4°
A73 T220            
    3.8 -0.3 -0.9 21° 7° 4°
T74 A219            
    3.3 0.2 -0.4 32° 9° 6°
T75 A218            
    3.7 0.3 0.4 36° 7° 4°
C76 G217            
    3.3 -0.2 -0.1 32° -4° 5°
C77 G216            
    3.3 0.7 0.6 41° -7° 9°
G78 C215            
    3.7 -0.8 0.1 36° -13° 1°
C79 G214            
    3.4 0.4 0.2 43° -3° 1°
T80 A213            
    3.2 -0.2 0.4 38° -2° -5°
G81 C212            
    3.1 -0.6 -0.3 29° 5° -4°
A82 T211            
    3.6 0.1 -0.2 34° 9° -0°
A83 T210            
    3.6 0.2 -0.7 32° 7° 4°
C84 G209            
    3.3 -0.1 0.3 33° 11° 1°
A85 T208            
    3.5 0.3 -0.6 31° 4° 4°
T86 A207            
    3.3 0.6 0.3 33° 6° 9°
G87 C206            
    4.0 -1.5 -0.6 35° -11° -4°
C88 G205            
    3.3 1.0 0.7 48° -19° 10°
C89 G204            
    3.4 -0.8 0.7 39° -13° -5°
T90 A203            
    2.9 -0.1 -0.3 34° 4° -3°
T91 A202            
    3.1 0.2 0.0 32° 4° -2°
T92 A201            
    3.4 -0.9 -0.0 28° 18° 1°
T93 A200            
    3.4 0.2 -0.6 32° 14° -1°
G94 C199            
    3.4 0.8 -0.0 23° 8° 2°
A95 T198            
    3.6 -0.7 -0.7 30° 6° -0°
T96 A197            
    3.0 0.2 0.5 36° 3° 6°
G97 C196            
    3.2 1.2 0.3 36° -9° 11°
G98 C195            
    3.5 -1.7 0.5 41° 2° -5°
A99 T194            
    3.3 1.6 -0.2 35° -16° -1°
G100 C193            
    3.3 -1.1 0.1 36° -1° -11°
C101 G192            
    3.6 1.2 0.2 39° 2° 9°
A102 T191            
    3.4 -1.4 -0.5 35° 6° -11°
G103 C190            
    3.3 0.1 -0.6 31° 10° 4°
T104 A189            
    3.4 0.6 0.0 34° 3° -1°
T105 A188            
    3.5 -0.4 -0.6 32° 3° 9°
T106 A187            
    2.8 1.9 0.1 35° 4° 16°
C107 G186            
    3.8 -1.7 0.4 32° 2° -9°
C108 G185            
    3.2 0.4 1.3 45° -22° 3°
A109 T184            
    3.4 -0.1 -0.6 33° 2° -3°
A110 T183            
    3.4 -0.2 -0.2 39° -1° -5°
A111 T182            
    3.5 -0.8 -0.4 30° 3° 1°
T112 A181            
    2.7 0.3 -0.1 38° 4° -13°
A113 T180            
    3.6 -0.2 -0.2 24° 5° 11°
C114 G179            
    3.0 0.4 0.3 38° 10° -4°
A115 T178            
    3.7 -0.6 -0.3 31° 5° 7°
C116 G177            
    3.7 0.9 -0.4 38° 9° 3°
T117 A176            
    3.6 -0.0 0.2 33° 8° -2°
T118 A175            
    3.7 0.1 -0.9 33° 3° 6°
T119 A174            
    3.3 -0.5 0.0 36° -7° 4°
T120 A173            
    2.9 0.6 1.7 48° -15° 2°
G121 C172            
    3.0 -0.9 -0.4 25° 2° -8°
G122 C171            
    3.5 -0.2 -0.5 33° 2° 2°
T123 A170            
    2.5 0.1 -0.2 31° 6° -4°
A124 T169            
    4.0 -0.1 0.2 33° 16° 0°
G125 C168            
    3.3 -0.2 -0.8 21° 13° 9°
A126 T167            
    3.2 0.3 -0.3 36° 10° -4°
A127 T166            
    3.7 0.5 -0.7 30° 7° 5°
T128 A165            
    3.9 0.8 -0.1 44° 5° 5°
C129 G164            
    3.5 -0.9 -0.2 30° 1° 7°
T130 A163            
    3.0 0.0 1.5 44° -15° 4°
G131 C162            
    3.4 0.5 -0.6 28° 0° 3°
C132 G161            
    3.1 -0.1 1.4 44° -19° -5°
A133 T160            
    3.3 -0.1 0.1 34° 7° -6°
G134 C159            
    3.7 -0.7 -1.2 33° 17° 2°
G135 C158            
    3.7 -0.4 -0.9 27° 11° 2°
T136 A157            
    3.2 0.6 0.2 34° 7° 2°
G137 C156            
    3.2 0.1 0.5 35° 8° 2°
G138 C155            
    3.4 -0.5 -0.1 36° 5° -5°
A139 T154            
    3.3 0.3 -0.6 29° -0° 9°
T140 A153            
    3.5 -0.6 0.7 43° -2° -0°
A141 T152            
    3.2 -0.8 -1.1 26° -3° 4°
T142 A151            
    3.4 0.5 0.1 40° -0° 6°
T143 A150            
    3.2 -0.3 0.3 36° 4° 0°
G144 C149            
    3.3 0.1 -0.1 32° 5° -0°
A145 T148            
    3.5 -0.3 -0.7 25° 4° 8°
T146 A147            

Backbone parameters

Table 2.  Selected torsional angles and sugar pucker phase angles describing the conformation of the sugar phosphate backbone. (See Help for further explanations.)

 gamma     epsilon-zeta       pucker        chi      Strand 1     Strand 2      chi        pucker       epsilon-zeta     gamma 
    C2'-endo -150° A1 T292 -100° C2'-endo    
 49°   -90° (BI)             -71° (BI)   39° 
    C2'-endo -107° T2 A291 -112° C2'-endo    
 49°   -105° (BI)             -8° (BI)   50° 
    C2'-endo -111° C3 G290 -89° C2'-endo    
 60°   -86° (BI)             -82° (BI)   -71° 
    C2'-endo -85° A4 T289 -110° C3'-exo    
 35°   10° (BI)             -41° (BI)   33° 
    C2'-endo -108° A5 T288 -106° C2'-endo    
 -50°   -53° (BI)             -89° (BI)   172° 
    C2'-endo -104° T6 A287 -137° C3'-exo    
 51°   -40° (BI)             -118° (BI)   47° 
    C2'-endo -111° A7 T286 -120° C2'-endo    
 35°   -75° (BI)             -84° (BI)   53° 
    C2'-endo -112° T8 A285 -123° C2'-endo    
 35°   -103° (BI)             50° (BII)   27° 
    C2'-endo -102° C9 G284 -97° C2'-endo    
 26°   -103° (BI)             37° (BII)   43° 
    C2'-endo -70° C10 G283 -103° C2'-endo    
 38°   79° (BII)             -44° (BI)   34° 
    C2'-endo -112° A11 T282 -109° C2'-endo    
 52°   -75° (BI)             -106° (BI)   35° 
    C2'-endo -117° C12 G281 -116° C2'-endo    
 47°   -103° (BI)             -58° (BI)   37° 
    C2'-endo -107° C13 G280 -88° C2'-endo    
 42°   -75° (BI)             -64° (BI)   42° 
    C2'-endo -99° T14 A279 -99° C2'-endo    
 35°   6° (BI)             66° (BII)   34° 
    C2'-endo -101° G15 C278 -96° C2'-endo    
 38°   -118° (BI)             -102° (BI)   47° 
    C2'-endo -97° C16 G277 -107° C2'-endo    
 53°   28° (BII)             62° (BII)   76° 
    C2'-endo -108° A17 T276 -105° C2'-endo    
 48°   -41° (BI)             -89° (BI)   43° 
    C2'-endo -105° G18 C275 -130° C2'-endo    
 46°   -72° (BI)             -99° (BI)   43° 
    C2'-endo -112° A19 T274 -115° C2'-endo    
 44°   -58° (BI)             -30° (BI)   45° 
    C2'-endo -124° T20 A273 -90° C2'-endo    
 43°   -82° (BI)             -113° (BI)   47° 
    C2'-endo -111° T21 A272 -113° C2'-endo    
 -180°   -137° (BI)             22° (BII)   37° 
    C2'-endo -130° C22 G271 -90° C2'-endo    
 53°   -67° (BI)             -107° (BI)   39° 
    C2'-endo -110° T23 A270 -96° C2'-endo    
 46°   -115° (BI)             55° (BII)   34° 
    C2'-endo -87° A24 T269 -109° C2'-endo    
 45°   -100° (BI)             -83° (BI)   -159° 
    C2'-endo -109° C25 G268 -143° C2'-endo    
 -61°   -47° (BI)             56° (BII)   50° 
    C2'-endo -78° C26 G267 -98° C2'-endo    
 52°   72° (BII)             27° (BII)   47° 
    C2'-endo -102° A27 T266 -105° C2'-endo    
 56°   18° (BI)             -109° (BI)   42° 
    C2'-endo -107° A28 T265 -119° C2'-endo    
 25°   58° (BII)             -13° (BI)   48° 
    C2'-endo -102° A29 T264 -116° C2'-endo    
 34°   67° (BII)             -52° (BI)   46° 
    C1'-exo -105° A30 T263 -108° C2'-endo    
 39°   -89° (BI)             -103° (BI)   -73° 
    C2'-endo -110° G31 C262 -122° C3'-exo    
 42°   -72° (BI)             -49° (BI)   43° 
    C2'-endo -112° T32 A261 -98° C2'-endo    
 39°   -85° (BI)             -38° (BI)   36° 
    C2'-endo -111° G33 C260 -96° C2'-endo    
 161°   -84° (BI)             -70° (BI)   34° 
    C2'-endo -148° T34 A259 -97° C2'-endo    
 47°   -96° (BI)             -93° (BI)   151° 
    C2'-endo -109° A35 T258 -154° C3'-exo    
 41°   -101° (BI)             -82° (BI)   40° 
    C2'-endo -108° T36 A257 -121° C2'-endo    
 44°   -106° (BI)             -28° (BI)   40° 
    C2'-endo -114° T37 A256 -97° C2'-endo    
 45°   -94° (BI)             -95° (BI)   55° 
    C2'-endo -109° T38 A255 -101° C2'-endo    
 51°   80° (BII)             45° (BII)   34° 
    C2'-endo -104° G39 C254 -115° C2'-endo    
 48°   -74° (BI)             123° (BII)   49° 
    C2'-endo -81° G40 C253 -81° C2'-endo    
 47°   83° (BII)             -50° (BI)   43° 
    C2'-endo -109° A41 T252 -123° C2'-endo    
 32°   -31° (BI)             -52° (BI)   41° 
    C2'-endo -104° A42 T251 -109° C2'-endo    
 41°   -33° (BI)             -73° (BI)   30° 
    C2'-endo -110° A43 T250 -101° C2'-endo    
 39°   -33° (BI)             -94° (BI)   43° 
    C2'-endo -110° C44 G249 -104° C2'-endo    
 43°   -128° (BI)             -32° (BI)   177° 
    C2'-endo -91° T45 A248 -134° C2'-endo    
 54°   -6° (BI)             -52° (BI)   25° 
    C2'-endo -111° G46 C247 -120° C2'-endo    
 46°   -74° (BI)             51° (BII)   -162° 
    C2'-endo -93° C47 G246 -127° C2'-endo    
 173°   113° (BII)             28° (BII)   48° 
    C2'-endo -144° T48 A245 -102° C2'-endo    
 37°   -63° (BI)             88° (BII)   54° 
    C2'-endo -78° C49 G244 -91° C2'-endo    
 43°   118° (BII)             -91° (BI)   175° 
    C2'-endo -108° C50 G243 -126° C2'-endo    
 42°   -13° (BI)             -6° (BI)   50° 
    C2'-endo -102° A51 T242 -114° C2'-endo    
 40°   -85° (BI)             -70° (BI)   48° 
    C2'-endo -110° T52 A241 -104° C2'-endo    
 38°   -69° (BI)             -116° (BI)   48° 
    C2'-endo -104° C53 G240 -101° C2'-endo    
 62°   24° (BII)             -16° (BI)   41° 
    C2'-endo -109° A54 T239 -104° C2'-endo    
 53°   9° (BI)             -60° (BI)   54° 
    C2'-endo -97° A55 T238 -120° C2'-endo    
 48°   82° (BII)             -79° (BI)   52° 
    C2'-endo -116° A56 T237 -129° C2'-endo    
 39°   -105° (BI)             -33° (BI)   50° 
    C2'-endo -110° A57 T236 -115° C2'-endo    
 43°   10° (BI)             -6° (BI)   41° 
    C2'-endo -98° G58 C235 -98° C2'-endo    
 144°   -13° (BI)             122° (BII)   50° 
    C3'-exo -147° G59 C234 -111° C2'-endo    
 54°   -74° (BI)             -16° (BI)   51° 
    C2'-endo -101° C60 G233 -90° C2'-endo    
 44°   6° (BI)             -73° (BI)   43° 
    C2'-endo -108° A61 T232 -107° C2'-endo    
 32°   -86° (BI)             -57° (BI)   58° 
    C2'-endo -116° T62 A231 -109° C2'-endo    
 48°   -29° (BI)             12° (BI)   26° 
    C2'-endo -102° G63 C230 -89° C2'-endo    
 39°   -87° (BI)             -74° (BI)   49° 
    C2'-endo -115° T64 A229 -100° C2'-endo    
 44°   -90° (BI)             -82° (BI)   45° 
    C2'-endo -108° T65 A228 -97° C2'-endo    
 51°   -53° (BI)             -38° (BI)   176° 
    C2'-endo -89° C66 G227 -124° C2'-endo    
 40°   122° (BII)             79° (BII)   26° 
    C2'-endo -92° A67 T226 -112° C2'-endo    
 45°   -53° (BI)             107° (BII)   43° 
    C2'-endo -99° G68 C225 -94° C2'-endo    
 30°   89° (BII)             -74° (BI)   46° 
    C2'-endo -127° C69 G224 -96° C2'-endo    
 43°   -31° (BI)             92° (BII)   45° 
    C2'-endo -94° G70 C223 -87° C2'-endo    
 44°   -28° (BI)             -80° (BI)   -59° 
    C2'-endo -96° G71 C222 -115° C3'-exo    
 43°   -56° (BI)             -43° (BI)   47° 
    C2'-endo -113° A72 T221 -117° C2'-endo    
 35°   -70° (BI)             -11° (BI)   25° 
    C2'-endo -97° A73 T220 -109° C1'-exo    
 27°   -108° (BI)             -52° (BI)   29° 
    C2'-endo -101° T74 A219 -108° C2'-endo    
 37°   -77° (BI)             -9° (BI)   48° 
    C2'-endo -100° T75 A218 -105° C2'-endo    
 47°   -2° (BI)             39° (BII)   41° 
    C2'-endo -115° C76 G217 -90° C2'-endo    
 41°   -5° (BI)             -21° (BI)   37° 
    C2'-endo -107° C77 G216 -100° C2'-endo    
 43°   -6° (BI)             91° (BII)   27° 
    C2'-endo -97° G78 C215 -93° C2'-endo    
 36°   98° (BII)             43° (BII)   49° 
    C2'-endo -105° C79 G214 -94° C2'-endo    
 51°   -21° (BI)             82° (BII)   51° 
    C2'-endo -102° T80 A213 -95° C2'-endo    
 40°   -32° (BI)             54° (BII)   37° 
    C2'-endo -97° G81 C212 -92° C2'-endo    
 -54°   -45° (BI)             -50° (BI)   38° 
    C3'-exo -93° A82 T211 -113° C2'-endo    
 41°   -100° (BI)             -51° (BI)   34° 
    C2'-endo -99° A83 T210 -116° C2'-endo    
 34°   -69° (BI)             -41° (BI)   32° 
    C2'-endo -99° C84 G209 -93° C2'-endo    
 43°   -16° (BI)             -53° (BI)   46° 
    C2'-endo -101° A85 T208 -114° C2'-endo    
 37°   -74° (BI)             -87° (BI)   50° 
    C2'-endo -100° T86 A207 -116° C2'-endo    
 32°   -1° (BI)             -24° (BI)   -82° 
    C2'-endo -98° G87 C206 -99° C3'-exo    
 44°   123° (BII)             -155° (BI)   34° 
    C2'-endo -129° C88 G205 -89° C2'-endo    
 46°   -36° (BI)             137° (BII)   48° 
    C2'-endo -100° C89 G204 -93° C2'-endo    
 53°   47° (BII)             89° (BII)   53° 
    C2'-endo -124° T90 A203 -89° C2'-endo    
 44°   -81° (BI)             -49° (BI)   35° 
    C2'-endo -104° T91 A202 -102° C2'-endo    
 31°   -88° (BI)             23° (BII)   34° 
    C2'-endo -93° T92 A201 -93° C2'-endo    
 30°   -50° (BI)             -81° (BI)   33° 
    C2'-endo -90° T93 A200 -105° C2'-endo    
 -52°   -58° (BI)             -80° (BI)   17° 
    C2'-endo -99° G94 C199 -110° C2'-endo    
 39°   -56° (BI)             7° (BI)   13° 
    C2'-endo -114° A95 T198 -99° C2'-endo    
 39°   -25° (BI)             -93° (BI)   50° 
    C2'-endo -120° T96 A197 -100° C2'-endo    
 39°   -19° (BI)             -55° (BI)   34° 
    C2'-endo -94° G97 C196 -115° C2'-endo    
 41°   7° (BI)             115° (BII)   41° 
    C2'-endo -97° G98 C195 -85° C2'-endo    
 51°   68° (BII)             -60° (BI)   45° 
    C2'-endo -108° A99 T194 -109° C2'-endo    
 -41°   13° (BI)             107° (BII)   50° 
    C2'-endo -93° G100 C193 -89° C2'-endo    
 65°   26° (BII)             -87° (BI)   52° 
    C2'-endo -131° C101 G192 -120° C2'-endo    
 42°   -81° (BI)             52° (BII)   42° 
    C2'-endo -91° A102 T191 -91° C2'-endo    
 48°   -37° (BI)             -110° (BI)   47° 
    C2'-endo -124° G103 C190 -112° C2'-endo    
 39°   -81° (BI)             -29° (BI)   43° 
    C2'-endo -101° T104 A189 -104° C2'-endo    
 46°   -75° (BI)             -4° (BI)   30° 
    C2'-endo -113° T105 A188 -110° C2'-endo    
 42°   -45° (BI)             -18° (BI)   50° 
    C2'-endo -109° T106 A187 -100° C2'-endo    
 44°   -83° (BI)             89° (BII)   45° 
    C2'-endo -75° C107 G186 -80° C2'-endo    
 57°   52° (BII)             -50° (BI)   52° 
    C2'-endo -110° C108 G185 -108° C2'-endo    
 54°   64° (BII)             77° (BII)   42° 
    C2'-endo -98° A109 T184 -109° C2'-endo    
 48°   -79° (BI)             -72° (BI)   44° 
    C2'-endo -105° A110 T183 -112° C2'-endo    
 32°   -7° (BI)             -95° (BI)   44° 
    C2'-endo -123° A111 T182 -106° C2'-endo    
 53°   -62° (BI)             -134° (BI)   47° 
    C2'-endo -121° T112 A181 -76° C2'-endo    
 38°   -107° (BI)             -109° (BI)   42° 
    C2'-endo -103° A113 T180 -117° C2'-endo    
 172°   -107° (BI)             -87° (BI)   42° 
    C2'-endo -137° C114 G179 -107° C2'-endo    
 40°   -79° (BI)             -70° (BI)   44° 
    C2'-endo -90° A115 T178 -124° C2'-endo    
 43°   -1° (BI)             -96° (BI)   36° 
    C2'-endo -109° C116 G177 -124° C2'-endo    
 44°   -114° (BI)             7° (BI)   48° 
    C2'-endo -97° T117 A176 -105° C2'-endo    
 50°   -82° (BI)             -78° (BI)   -68° 
    C2'-endo -118° T118 A175 -130° C3'-exo    
 36°   -91° (BI)             -53° (BI)   48° 
    C2'-endo -122° T119 A174 -102° C2'-endo    
 45°   -74° (BI)             -6° (BI)   57° 
    C2'-endo -122° T120 A173 -95° C2'-endo    
 48°   25° (BII)             78° (BII)   46° 
    C2'-endo -102° G121 C172 -86° C2'-endo    
 38°   -39° (BI)             -87° (BI)   71° 
    C2'-endo -105° G122 C171 -114° C2'-endo    
 39°   -84° (BI)             -130° (BI)   42° 
    C2'-endo -100° T123 A170 -106° C2'-endo    
 33°   -77° (BI)             -67° (BI)   42° 
    C2'-endo -90° A124 T169 -106° C2'-endo    
 37°   -63° (BI)             -120° (BI)   40° 
    C2'-endo -92° G125 C168 -114° C2'-endo    
 35°   -112° (BI)             -99° (BI)   33° 
    C2'-endo -85° A126 T167 -106° C2'-endo    
 42°   -96° (BI)             -104° (BI)   36° 
    C2'-endo -104° A127 T166 -128° C2'-endo    
 44°   -79° (BI)             -89° (BI)   53° 
    C2'-endo -118° T128 A165 -129° C2'-endo    
 51°   -84° (BI)             -13° (BI)   57° 
    C2'-endo -121° C129 G164 -112° C2'-endo    
 42°   -26° (BI)             -77° (BI)   58° 
    C2'-endo -109° T130 A163 -88° C3'-exo    
 52°   77° (BII)             89° (BII)   43° 
    C2'-endo -107° G131 C162 -95° C2'-endo    
 36°   -94° (BI)             -40° (BI)   43° 
    C2'-endo -99° C132 G161 -88° C2'-endo    
 40°   69° (BII)             102° (BII)   35° 
    C2'-endo -93° A133 T160 -97° C2'-endo    
 -171°   1° (BI)             -69° (BI)   41° 
    C2'-endo -122° G134 C159 -113° C2'-endo    
 28°   -82° (BI)             -78° (BI)   36° 
    C2'-endo -106° G135 C158 -117° C2'-endo    
 32°   -96° (BI)             -70° (BI)   34° 
    C2'-endo -107° T136 A157 -99° C2'-endo    
 42°   -117° (BI)             45° (BII)   20° 
    C2'-endo -90° G137 C156 -98° C2'-endo    
 43°   -22° (BI)             -34° (BI)   43° 
    C2'-endo -96° G138 C155 -104° C2'-endo    
 46°   -2° (BI)             -50° (BI)   43° 
    C2'-endo -129° A139 T154 -114° C2'-endo    
 46°   -83° (BI)             -72° (BI)   43° 
    C2'-endo -101° T140 A153 -106° C2'-endo    
 39°   60° (BII)             -78° (BI)   -76° 
    C2'-endo -123° A141 T152 -117° C2'-endo    
 43°   -93° (BI)             -61° (BI)   48° 
    C2'-endo -98° T142 A151 -101° C2'-endo    
 34°   -34° (BI)             -122° (BI)   50° 
    C2'-endo -102° T143 A150 -88° C2'-endo    
 45°   -40° (BI)             17° (BI)   162° 
    C2'-endo -99° G144 C149 -146° C3'-exo    
 33°   -45° (BI)             -113° (BI)   51° 
    C2'-endo -112° A145 T148 -107° C2'-endo    
 26°   -42° (BI)             -111° (BI)   75° 
    C2'-endo -97° T146 A147 -124° C2'-endo    

Further information

Full output from CURVES  (helical parameters with respect to global and local axes)

Full output from FREEHELIX  (helical parameters with respect to local axis, angles between normal vectors)

Chirality of ribose and phosphate atoms
Check the naming of phosphate and ribose substituents. Recommended for phosphate oxygens and for ribose hydrogens in NMR structures.

Go to    [JenaLib Home]    [Helix Analysis Home]    [Image Library Entry]    [Sequence, Chains, Units]    [Bending Classification]   
Perl script:    helixparameter.pl  (15 Sep 2016)
Author:    Peter Slickers  (slickers@leibniz-fli.de),  IMB Jena,  Germany