JenaLib Home    
[JenaLib Home]     [Helix Analysis Home]     [Image Library Entry]     [Sequence, Chains, Units]     [Bending Classification]   

Analysis of nucleic acid double helix geometry

PDB code 1U63   (PDB summary)
Duplex length 49 base pairs

Only the nucleic acid double helix part of the structure is analysed here. Small ligands, proteins, and overhanging ends are not taken into account. Information on the complete structure is available at the Image Library Entry page and at the Sequence, Chains, Units page.

Strand 1    5' G1 G2 G3 A4 G5 U6 G7 A8 A9 G10 G11 A12 G13 G14 C15 U16 C17 G18 C19 G20 A21 A22 C23 U24 C25 G26 C27 G28 A29 A30 G31 C32 C33 G34 A35 G36 A37 A38 A39 C40 U41 U42 C43 A44 C45 U46 C47 C48 C49 3'
Strand 2    3' C49 C48 C47 U46 C45 A44 C43 U42 U41 C40 A39 A38 A37 G36 A35 G34 C33 C32 G31 A30 A29 G28 C27 G26 C25 U24 C23 A22 A21 G20 C19 G18 C17 U16 C15 G14 G13 A12 G11 G10 A9 A8 G7 U6 G5 A4 G3 G2 G1 5'

Warning
  5 base(s) in syn conformation detected.
  Helix parameters and curvilinear axis from CURVES are meaningless (see Help).


Side view 1 Top view
Side view 1 Top view
Side view 2 3-dimensional interactive models
(Help)
  

RASMOL, CHIME, VRML 2.0, PDB

Side view 2  

Figure 1   Three orthogonal views of the double helix (Help). Residues are colored according to the nucleotide type (Help: Color codes). The curvilinear helical axis (green) was calculated with CURVES. The double helix is oriented with respect to the principle axis of inertia of the curvilinear helical axis (see Help for further explanations). This drawing reveals immediately if there is any bending of the helical axis.


Backbone parameters

Table 1.  Selected torsional angles and sugar pucker phase angles describing the conformation of the sugar phosphate backbone. (See Help for further explanations.)


 gamma     epsilon-zeta       pucker        chi      Strand 1     Strand 2      chi        pucker       epsilon-zeta     gamma 

    C2'-exo 176° G1 C49 -148° C3'-endo    
 160°   30° (BII)             -66° (BI)   52° 
    C2'-exo -164° G2 C48 -162° C3'-endo    
 162°   -85° (BI)             -90° (BI)   56° 
    C3'-endo -180° G3 C47 -161° C3'-endo    
 -60°   -44° (BI)             -89° (BI)   45° 
    C2'-exo -143° A4 U46 -166° C3'-endo    
 57°   -115° (BI)             -25° (BI)   161° 
    C3'-endo -155° G5 C45 -171° C2'-exo    
 54°   -74° (BI)             -80° (BI)   37° 
    C3'-endo -164° U6 A44 -158° C3'-endo    
 59°   -89° (BI)             161° (BII)   -34° 
    C3'-endo -159° G7 C43 95° C4'-exo    
 46°   -37° (BI)             -48° (BI)   169° 
    C3'-endo -174° A8 U42 -172° C3'-endo    
 60°   -95° (BI)             -100° (BI)   53° 
    C3'-endo -160° A9 U41 -153° C3'-endo    
 62°   -61° (BI)             -84° (BI)   51° 
    C3'-endo -170° G10 C40 -171° C3'-endo    
 65°   -92° (BI)             -64° (BI)   52° 
    C3'-endo -151° G11 A39 179° C3'-endo    
 47°   39° (BII)             -50° (BI)   -163° 
    C3'-endo -128° A12 A38 -89° C3'-endo    
 -170°   96° (BII)             48° (BII)   78° 
    C2'-exo -163° G13 A37 -89° C4'-exo    
 49°   -86° (BI)             -92° (BI)   47° 
    C3'-endo -167° G14 G36 -90° C3'-endo    
 48°   -62° (BI)             8° (BI)   -60° 
    C3'-endo -151° C15 A35 25° C3'-endo    
 170°   -74° (BI)             -47° (BI)   -164° 
    C3'-endo -173° U16 G34 -170° C2'-exo    
 45°   11° (BI)             -122° (BI)   47° 
    C3'-endo 165° C17 C33 -138° C3'-endo    
 35°   -40° (BI)             -78° (BI)   47° 
    C3'-endo -161° G18 C32 -167° C3'-endo    
 46°   -79° (BI)             -100° (BI)   57° 
    C3'-endo -164° C19 G31 -170° C3'-endo    
 -2°   -80° (BI)             -77° (BI)   170° 
    C4'-exo 92° G20 A30 -174° C3'-endo    
 -162°   76° (BII)             -54° (BI)   51° 
    C2'-exo -42° A21 A29 -125° C3'-endo    
 155°   103° (BII)             5° (BI)   50° 
    C3'-endo 166° A22 G28 -161° C3'-endo    
 -106°   -22° (BI)             -92° (BI)   56° 
    C3'-endo -136° C23 C27 -155° C3'-endo    
 -86°   135° (BII)             -77° (BI)   47° 
    C4'-exo -114° U24 G26 -152° C3'-endo    
 46°   -9° (BI)             -78° (BI)   58° 
    C3'-endo -152° C25 C25 -144° C3'-endo    
 47°   -88° (BI)             -15° (BI)   -60° 
    C3'-endo -160° G26 U24 -157° C3'-endo    
 48°   -83° (BI)             -136° (BI)   -63° 
    C3'-endo -170° C27 C23 -165° C3'-endo    
 49°   -103° (BI)             9° (BI)   173° 
    C3'-endo -155° G28 A22 -178° C3'-endo    
 179°   51° (BII)             13° (BI)   -156° 
    C2'-exo -141° A29 A21 -34° C3'-endo    
 174°   -10° (BI)             107° (BII)   171° 
    C3'-endo -173° A30 G20 168° C3'-endo    
 57°   -75° (BI)             -70° (BI)   48° 
    C3'-endo -169° G31 C19 -166° C3'-endo    
 48°   -104° (BI)             -89° (BI)   52° 
    C3'-endo -150° C32 G18 -162° C3'-endo    
 160°   -94° (BI)             -101° (BI)   52° 
    C2'-exo -158° C33 C17 -154° C3'-endo    
 -81°   -47° (BI)             -73° (BI)   170° 
    C2'-exo -161° G34 U16 177° C2'-exo    
 -74°   -74° (BI)             -99° (BI)   50° 
    C3'-endo 49° A35 C15 -146° C3'-endo    
 57°   16° (BI)             -78° (BI)   52° 
    C3'-endo -126° G36 G14 -170° C3'-endo    
 56°   -6° (BI)             -87° (BI)   129° 
    C3'-endo -97° A37 G13 -169° C2'-exo    
 164°   -12° (BI)             -69° (BI)   -28° 
    C3'-endo -108° A38 A12 137° C4'-exo    
 54°   80° (BII)             -172° (BII)   -38° 
    C3'-endo -164° A39 G11 99° C4'-exo    
 52°   -91° (BI)             -59° (BI)   -167° 
    C3'-endo -157° C40 G10 180° C2'-exo    
 57°   -77° (BI)             25° (BII)   165° 
    C3'-endo -167° U41 A9 -180° C2'-exo    
 -179°   -99° (BI)             -95° (BI)   52° 
    C3'-endo 179° U42 A8 -155° C3'-endo    
 41°   -14° (BI)             -73° (BI)   55° 
    C3'-endo -156° C43 G7 -163° C3'-endo    
 52°   -77° (BI)             -70° (BI)   48° 
    C3'-endo -135° A44 U6 -151° C3'-endo    
 61°   -104° (BI)             -68° (BI)   44° 
    C3'-endo -157° C45 G5 -156° C3'-endo    
 55°   -92° (BI)             -45° (BI)   175° 
    C3'-endo -156° U46 A4 -180° C3'-endo    
 171°   -159° (BI)             -84° (BI)   55° 
    C2'-exo -178° C47 G3 -167° C3'-endo    
 54°   -56° (BI)             -120° (BI)   15° 
    C3'-endo -158° C48 G2 -143° C3'-endo    
 172°   -99° (BI)             42° (BII)   82° 
    C3'-endo 179° C49 G1 173° C3'-endo    


Groove width

Plot of minor groove width:   PDF,   GIF
Plot of major groove width:   PDF,   GIF
(See Help for further explanations.)

Further information

Full output from CURVES  (helical parameters with respect to global and local axes)

Full output from FREEHELIX  (helical parameters with respect to local axis, angles between normal vectors)

Chirality of ribose and phosphate atoms
Check the naming of phosphate and ribose substituents. Recommended for phosphate oxygens and for ribose hydrogens in NMR structures.


Go to    [JenaLib Home]    [Helix Analysis Home]    [Image Library Entry]    [Sequence, Chains, Units]    [Bending Classification]   

Perl script:    helixparameter.pl  (15 Sep 2016)
Author:    Peter Slickers  (slickers@leibniz-fli.de),  IMB Jena,  Germany