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Sequence, Chains, Units

Title STRUCTURE OF THE STANDARD KINK TURN HMKT-7 AS STEM LOOP IN P212121 SPACE GROUP
Keywords RNA, KINK TURN, RNA MOTIF
Experiment X-ray diffraction
Number of Models  1

   Database       ID code    StatusCoordinate files
        Header     Asymmetric unit     Biological unit  
PDB   5FJ1     released     available     available     Quaternary Structure Server  
Asymmetric unit from PDB
 Unit     Type     Name   Chain ID   Residues   Atoms   Hetatoms 
1  RNA    A 24 523 0
2  RNA    B 24 523 0
3  RNA    C 24 523 0
4  RNA    D 24 523 0
5  RNA    E 24 523 0
6  RNA    F 24 523 0
7  RNA    G 24 523 0
8  RNA    H 24 523 0
9  Ligand   HMKT-7  A 6 0 6
10  Ligand   HMKT-7  B 5 0 5
11  Ligand   HMKT-7  C 3 0 3
12  Ligand   HMKT-7  D 1 0 1
13  Ligand   HMKT-7  E 4 0 4
14  Ligand   HMKT-7  F 4 0 4
15  Ligand   HMKT-7  G 1 0 1
16 Water     14 0 16
total       230 4184 40
Nucleic acids
Unit 1   U1 G2 G3 G4 G5 A6 G7 C8 C9 G10 A11 A12 A13 G14 G15 C16 G17 A18 A19 G20 A21 A22 C23 C24
Unit 2   U1 G2 G3 G4 G5 A6 G7 C8 C9 G10 A11 A12 A13 G14 G15 C16 G17 A18 A19 G20 A21 A22 C23 C24
Unit 3   U1 G2 G3 G4 G5 A6 G7 C8 C9 G10 A11 A12 A13 G14 G15 C16 G17 A18 A19 G20 A21 A22 C23 C24
Unit 4   U1 G2 G3 G4 G5 A6 G7 C8 C9 G10 A11 A12 A13 G14 G15 C16 G17 A18 A19 G20 A21 A22 C23 C24
Unit 5   U1 G2 G3 G4 G5 A6 G7 C8 C9 G10 A11 A12 A13 G14 G15 C16 G17 A18 A19 G20 A21 A22 C23 C24
Unit 6   U1 G2 G3 G4 G5 A6 G7 C8 C9 G10 A11 A12 A13 G14 G15 C16 G17 A18 A19 G20 A21 A22 C23 C24
Unit 7   U1 G2 G3 G4 G5 A6 G7 C8 C9 G10 A11 A12 A13 G14 G15 C16 G17 A18 A19 G20 A21 A22 C23 C24
Unit 8   U1 G2 G3 G4 G5 A6 G7 C8 C9 G10 A11 A12 A13 G14 G15 C16 G17 A18 A19 G20 A21 A22 C23 C24
Ligands
Unit 9   MG1025 MG1026 MG1027 MG1028 NA1029 NA1030
Unit 10   MG1025 MG1026 MG1027 MG1028 MG1029
Unit 11   MG1025 MG1026 MG1027
Unit 12   MG1025
Unit 13   MG1025 MG1026 MG1027 MG1028
Unit 14   MG1025 MG1026 MG1027 NA1028
Unit 15   MG1025
Chirality of ribose and phosphate atoms

Check the naming of phosphate and ribose substituents. Recommended for phosphate oxygens and for ribose hydrogens in NMR structures.

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Perl script:    PDBscan.pl  (15 Sep 2016)
Author:    Peter Slickers  (slickers@leibniz-fli.de),  IMB Jena,  Germany