4CC8 - Sequence, Chains, Asymmetric and Biological Units

• Title: PRE-FUSION STRUCTURE OF TRIMERIC HIV-1 ENVELOPE GLYCOPROTEIN DETERMINED BY CRYO-ELECTRON MICROSCOPY
• Keywords: VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM COMPLEX, PRE-FUSION STATE
• Experiment: ELECTRON MICROSCOPY
• Number of Models: 1

Database	ID code	Status	Coordinate files
			Header	Asymmetric unit	Biological unit
PDB	4CC8	released	available	available	Quaternary Structure Server

Asymmetric unit from PDB

Unit	Type	Name	Chain ID	Residues	Atoms	Hetatoms
1	Other macromolecule	GP41	A	31	124	0
2	Other macromolecule	GP41	B	31	124	0
3	Other macromolecule	GP41	C	31	124	0
4	Other macromolecule	GP120	D	344	5310	0
5	Other macromolecule	GP120	E	344	5310	0
6	Protein	MONOCLONAL ANTIBODY VRC03 FAB HEAVY CHAIN	F	227	3423	0
7	Other macromolecule	GP120	G	344	5310	0
8	Protein	MONOCLONAL ANTIBODY VRC03 FAB HEAVY CHAIN	H	227	3423	0
9	Protein	MONOCLONAL ANTIBODY VRC03 FAB HEAVY CHAIN	I	227	3423	0
10	Protein	MONOCLONAL ANTIBODY VRC03 FAB LIGHT CHAIN	J	208	3195	0
11	Protein	MONOCLONAL ANTIBODY VRC03 FAB LIGHT CHAIN	K	208	3195	0
12	Protein	MONOCLONAL ANTIBODY VRC03 FAB LIGHT CHAIN	L	208	3195	0
total				2430	36156	0

Proteins

Unit 6	GLN 1 VAL 2 GLN 3 LEU 4 VAL 5 GLN 6 SER 7 GLY 8 ALA 9 VAL 10 ILE 11 LYS 12 THR 13 PRO 14 GLY 15 SER 16 SER 17 VAL 18 LYS 19 ILE 20 SER 21 CYS 22 ARG 23 ALA 24 SER 25 GLY 26 TYR 27 ASN 28 PHE 29 ARG 30 ASP 31 TYR 32 SER 33 ILE 34 HIS 35 TRP 36 VAL 37 ARG 38 LEU 39 ILE 40 PRO 41 ASP 42 LYS 43 GLY 44 PHE 45 GLU 46 TRP 47 ILE 48 GLY 49 TRP 50 ILE 51 LYS 52 PRO 52A LEU 53 TRP 54 GLY 55 ALA 56 VAL 57 SER 58 TYR 59 ALA 60 ARG 61 GLN 62 LEU 63 GLN 64 GLY 65 ARG 66 VAL 67 SER 68 MET 69 THR 70 ARG 71 GLN 72 LEU 73 SER 74 GLN 75 ASP 76 PRO 76A ASP 76B ASP 76C PRO 76D ASP 76E TRP 76F GLY 76G VAL 77 ALA 78 TYR 79 MET 80 GLU 81 PHE 82 SER 82A GLY 82B LEU 82C THR 83 PRO 84 ALA 85 ASP 86 THR 87 ALA 88 GLU 89 TYR 90 PHE 91 CYS 92 VAL 93 ARG 94 ARG 95 GLY 96 SER 97 CYS 98 ASP 99 TYR 100 CYS 100A GLY 100B ASP 100C PHE 100D PRO 100E TRP 100F GLN 101 TYR 102 TRP 103 CYS 104 GLN 105 GLY 106 THR 107 VAL 108 VAL 109 VAL 110 VAL 111 SER 112 SER 113 ALA 114 SER 115 THR 116 LYS 117 GLY 118 PRO 119 SER 120 VAL 121 PHE 122 PRO 123 LEU 124 ALA 125 PRO 126 SER 127 SER 128 GLY 133 GLY 134 THR 135 ALA 136 ALA 137 LEU 138 GLY 139 CYS 140 LEU 141 VAL 142 LYS 143 ASP 144 TYR 145 PHE 146 PRO 147 GLU 148 PRO 149 VAL 150 THR 151 VAL 152 SER 153 TRP 154 ASN 155 SER 156 GLY 157 ALA 158 LEU 159 THR 160 SER 161 GLY 162 VAL 163 HIS 164 THR 165 PHE 166 PRO 167 ALA 168 VAL 169 LEU 170 GLN 171 SER 172 SER 173 GLY 174 LEU 175 TYR 176 SER 177 LEU 178 SER 179 SER 180 VAL 181 VAL 182 THR 183 VAL 184 PRO 185 SER 186 SER 187 SER 188 LEU 189 GLY 190 THR 191 GLN 192 THR 193 TYR 194 ILE 195 CYS 196 ASN 197 VAL 198 ASN 199 HIS 200 LYS 201 PRO 202 SER 203 ASN 204 THR 205 LYS 206 VAL 207 ASP 208 LYS 209 LYS 210 VAL 211 GLU 212 PRO 213 LYS 214
Unit 8	GLN 1 VAL 2 GLN 3 LEU 4 VAL 5 GLN 6 SER 7 GLY 8 ALA 9 VAL 10 ILE 11 LYS 12 THR 13 PRO 14 GLY 15 SER 16 SER 17 VAL 18 LYS 19 ILE 20 SER 21 CYS 22 ARG 23 ALA 24 SER 25 GLY 26 TYR 27 ASN 28 PHE 29 ARG 30 ASP 31 TYR 32 SER 33 ILE 34 HIS 35 TRP 36 VAL 37 ARG 38 LEU 39 ILE 40 PRO 41 ASP 42 LYS 43 GLY 44 PHE 45 GLU 46 TRP 47 ILE 48 GLY 49 TRP 50 ILE 51 LYS 52 PRO 52A LEU 53 TRP 54 GLY 55 ALA 56 VAL 57 SER 58 TYR 59 ALA 60 ARG 61 GLN 62 LEU 63 GLN 64 GLY 65 ARG 66 VAL 67 SER 68 MET 69 THR 70 ARG 71 GLN 72 LEU 73 SER 74 GLN 75 ASP 76 PRO 76A ASP 76B ASP 76C PRO 76D ASP 76E TRP 76F GLY 76G VAL 77 ALA 78 TYR 79 MET 80 GLU 81 PHE 82 SER 82A GLY 82B LEU 82C THR 83 PRO 84 ALA 85 ASP 86 THR 87 ALA 88 GLU 89 TYR 90 PHE 91 CYS 92 VAL 93 ARG 94 ARG 95 GLY 96 SER 97 CYS 98 ASP 99 TYR 100 CYS 100A GLY 100B ASP 100C PHE 100D PRO 100E TRP 100F GLN 101 TYR 102 TRP 103 CYS 104 GLN 105 GLY 106 THR 107 VAL 108 VAL 109 VAL 110 VAL 111 SER 112 SER 113 ALA 114 SER 115 THR 116 LYS 117 GLY 118 PRO 119 SER 120 VAL 121 PHE 122 PRO 123 LEU 124 ALA 125 PRO 126 SER 127 SER 128 GLY 133 GLY 134 THR 135 ALA 136 ALA 137 LEU 138 GLY 139 CYS 140 LEU 141 VAL 142 LYS 143 ASP 144 TYR 145 PHE 146 PRO 147 GLU 148 PRO 149 VAL 150 THR 151 VAL 152 SER 153 TRP 154 ASN 155 SER 156 GLY 157 ALA 158 LEU 159 THR 160 SER 161 GLY 162 VAL 163 HIS 164 THR 165 PHE 166 PRO 167 ALA 168 VAL 169 LEU 170 GLN 171 SER 172 SER 173 GLY 174 LEU 175 TYR 176 SER 177 LEU 178 SER 179 SER 180 VAL 181 VAL 182 THR 183 VAL 184 PRO 185 SER 186 SER 187 SER 188 LEU 189 GLY 190 THR 191 GLN 192 THR 193 TYR 194 ILE 195 CYS 196 ASN 197 VAL 198 ASN 199 HIS 200 LYS 201 PRO 202 SER 203 ASN 204 THR 205 LYS 206 VAL 207 ASP 208 LYS 209 LYS 210 VAL 211 GLU 212 PRO 213 LYS 214
Unit 9	GLN 1 VAL 2 GLN 3 LEU 4 VAL 5 GLN 6 SER 7 GLY 8 ALA 9 VAL 10 ILE 11 LYS 12 THR 13 PRO 14 GLY 15 SER 16 SER 17 VAL 18 LYS 19 ILE 20 SER 21 CYS 22 ARG 23 ALA 24 SER 25 GLY 26 TYR 27 ASN 28 PHE 29 ARG 30 ASP 31 TYR 32 SER 33 ILE 34 HIS 35 TRP 36 VAL 37 ARG 38 LEU 39 ILE 40 PRO 41 ASP 42 LYS 43 GLY 44 PHE 45 GLU 46 TRP 47 ILE 48 GLY 49 TRP 50 ILE 51 LYS 52 PRO 52A LEU 53 TRP 54 GLY 55 ALA 56 VAL 57 SER 58 TYR 59 ALA 60 ARG 61 GLN 62 LEU 63 GLN 64 GLY 65 ARG 66 VAL 67 SER 68 MET 69 THR 70 ARG 71 GLN 72 LEU 73 SER 74 GLN 75 ASP 76 PRO 76A ASP 76B ASP 76C PRO 76D ASP 76E TRP 76F GLY 76G VAL 77 ALA 78 TYR 79 MET 80 GLU 81 PHE 82 SER 82A GLY 82B LEU 82C THR 83 PRO 84 ALA 85 ASP 86 THR 87 ALA 88 GLU 89 TYR 90 PHE 91 CYS 92 VAL 93 ARG 94 ARG 95 GLY 96 SER 97 CYS 98 ASP 99 TYR 100 CYS 100A GLY 100B ASP 100C PHE 100D PRO 100E TRP 100F GLN 101 TYR 102 TRP 103 CYS 104 GLN 105 GLY 106 THR 107 VAL 108 VAL 109 VAL 110 VAL 111 SER 112 SER 113 ALA 114 SER 115 THR 116 LYS 117 GLY 118 PRO 119 SER 120 VAL 121 PHE 122 PRO 123 LEU 124 ALA 125 PRO 126 SER 127 SER 128 GLY 133 GLY 134 THR 135 ALA 136 ALA 137 LEU 138 GLY 139 CYS 140 LEU 141 VAL 142 LYS 143 ASP 144 TYR 145 PHE 146 PRO 147 GLU 148 PRO 149 VAL 150 THR 151 VAL 152 SER 153 TRP 154 ASN 155 SER 156 GLY 157 ALA 158 LEU 159 THR 160 SER 161 GLY 162 VAL 163 HIS 164 THR 165 PHE 166 PRO 167 ALA 168 VAL 169 LEU 170 GLN 171 SER 172 SER 173 GLY 174 LEU 175 TYR 176 SER 177 LEU 178 SER 179 SER 180 VAL 181 VAL 182 THR 183 VAL 184 PRO 185 SER 186 SER 187 SER 188 LEU 189 GLY 190 THR 191 GLN 192 THR 193 TYR 194 ILE 195 CYS 196 ASN 197 VAL 198 ASN 199 HIS 200 LYS 201 PRO 202 SER 203 ASN 204 THR 205 LYS 206 VAL 207 ASP 208 LYS 209 LYS 210 VAL 211 GLU 212 PRO 213 LYS 214
Unit 10	GLU 1 ILE 2 VAL 3 LEU 4 THR 5 GLN 6 SER 7 PRO 8 GLY 9 ILE 10 LEU 11 SER 12 LEU 13 SER 14 PRO 15 GLY 16 GLU 17 THR 18 ALA 19 THR 20 LEU 21 PHE 22 CYS 23 LYS 24 ALA 25 SER 26 GLN 27 GLY 29 GLY 30 ASN 31 ALA 32 MET 33 THR 34 TRP 35 TYR 36 GLN 37 LYS 38 ARG 39 ARG 40 GLY 41 GLN 42 VAL 43 PRO 44 ARG 45 LEU 46 LEU 47 ILE 48 TYR 49 ASP 50 THR 51 SER 52 ARG 53 ARG 54 ALA 55 SER 56 GLY 57 VAL 58 PRO 59 ASP 60 ARG 61 PHE 62 VAL 63 GLY 64 SER 65 GLY 66 SER 67 GLY 68 THR 69 ASP 70 PHE 71 PHE 72 LEU 73 THR 74 ILE 75 ASN 76 LYS 77 LEU 78 ASP 79 ARG 80 GLU 81 ASP 82 PHE 83 ALA 84 VAL 85 TYR 86 TYR 87 CYS 88 GLN 89 GLN 90 PHE 91 GLU 96 PHE 97 PHE 98 GLY 99 LEU 100 GLY 101 SER 102 GLU 103 LEU 104 GLU 105 VAL 106 HIS 107 ARG 108 THR 109 VAL 110 ALA 111 ALA 112 PRO 113 SER 114 VAL 115 PHE 116 ILE 117 PHE 118 PRO 119 PRO 120 SER 121 ASP 122 GLU 123 GLN 124 LEU 125 LYS 126 SER 127 GLY 128 THR 129 ALA 130 SER 131 VAL 132 VAL 133 CYS 134 LEU 135 LEU 136 ASN 137 ASN 138 PHE 139 TYR 140 PRO 141 ARG 142 GLU 143 ALA 144 LYS 145 VAL 146 GLN 147 TRP 148 LYS 149 VAL 150 ASP 151 ASN 152 ALA 153 LEU 154 GLN 155 SER 156 GLY 157 ASN 158 SER 159 GLN 160 GLU 161 SER 162 VAL 163 THR 164 GLU 165 GLN 166 ASP 167 SER 168 LYS 169 ASP 170 SER 171 THR 172 TYR 173 SER 174 LEU 175 SER 176 SER 177 THR 178 LEU 179 THR 180 LEU 181 SER 182 LYS 183 ALA 184 ASP 185 TYR 186 GLU 187 LYS 188 HIS 189 LYS 190 VAL 191 TYR 192 ALA 193 CYS 194 GLU 195 VAL 196 THR 197 HIS 198 GLN 199 GLY 200 LEU 201 SER 202 SER 203 PRO 204 VAL 205 THR 206 LYS 207 SER 208 PHE 209 ASN 210 ARG 211 GLY 212 GLU 213
Unit 11	GLU 1 ILE 2 VAL 3 LEU 4 THR 5 GLN 6 SER 7 PRO 8 GLY 9 ILE 10 LEU 11 SER 12 LEU 13 SER 14 PRO 15 GLY 16 GLU 17 THR 18 ALA 19 THR 20 LEU 21 PHE 22 CYS 23 LYS 24 ALA 25 SER 26 GLN 27 GLY 29 GLY 30 ASN 31 ALA 32 MET 33 THR 34 TRP 35 TYR 36 GLN 37 LYS 38 ARG 39 ARG 40 GLY 41 GLN 42 VAL 43 PRO 44 ARG 45 LEU 46 LEU 47 ILE 48 TYR 49 ASP 50 THR 51 SER 52 ARG 53 ARG 54 ALA 55 SER 56 GLY 57 VAL 58 PRO 59 ASP 60 ARG 61 PHE 62 VAL 63 GLY 64 SER 65 GLY 66 SER 67 GLY 68 THR 69 ASP 70 PHE 71 PHE 72 LEU 73 THR 74 ILE 75 ASN 76 LYS 77 LEU 78 ASP 79 ARG 80 GLU 81 ASP 82 PHE 83 ALA 84 VAL 85 TYR 86 TYR 87 CYS 88 GLN 89 GLN 90 PHE 91 GLU 96 PHE 97 PHE 98 GLY 99 LEU 100 GLY 101 SER 102 GLU 103 LEU 104 GLU 105 VAL 106 HIS 107 ARG 108 THR 109 VAL 110 ALA 111 ALA 112 PRO 113 SER 114 VAL 115 PHE 116 ILE 117 PHE 118 PRO 119 PRO 120 SER 121 ASP 122 GLU 123 GLN 124 LEU 125 LYS 126 SER 127 GLY 128 THR 129 ALA 130 SER 131 VAL 132 VAL 133 CYS 134 LEU 135 LEU 136 ASN 137 ASN 138 PHE 139 TYR 140 PRO 141 ARG 142 GLU 143 ALA 144 LYS 145 VAL 146 GLN 147 TRP 148 LYS 149 VAL 150 ASP 151 ASN 152 ALA 153 LEU 154 GLN 155 SER 156 GLY 157 ASN 158 SER 159 GLN 160 GLU 161 SER 162 VAL 163 THR 164 GLU 165 GLN 166 ASP 167 SER 168 LYS 169 ASP 170 SER 171 THR 172 TYR 173 SER 174 LEU 175 SER 176 SER 177 THR 178 LEU 179 THR 180 LEU 181 SER 182 LYS 183 ALA 184 ASP 185 TYR 186 GLU 187 LYS 188 HIS 189 LYS 190 VAL 191 TYR 192 ALA 193 CYS 194 GLU 195 VAL 196 THR 197 HIS 198 GLN 199 GLY 200 LEU 201 SER 202 SER 203 PRO 204 VAL 205 THR 206 LYS 207 SER 208 PHE 209 ASN 210 ARG 211 GLY 212 GLU 213
Unit 12	GLU 1 ILE 2 VAL 3 LEU 4 THR 5 GLN 6 SER 7 PRO 8 GLY 9 ILE 10 LEU 11 SER 12 LEU 13 SER 14 PRO 15 GLY 16 GLU 17 THR 18 ALA 19 THR 20 LEU 21 PHE 22 CYS 23 LYS 24 ALA 25 SER 26 GLN 27 GLY 29 GLY 30 ASN 31 ALA 32 MET 33 THR 34 TRP 35 TYR 36 GLN 37 LYS 38 ARG 39 ARG 40 GLY 41 GLN 42 VAL 43 PRO 44 ARG 45 LEU 46 LEU 47 ILE 48 TYR 49 ASP 50 THR 51 SER 52 ARG 53 ARG 54 ALA 55 SER 56 GLY 57 VAL 58 PRO 59 ASP 60 ARG 61 PHE 62 VAL 63 GLY 64 SER 65 GLY 66 SER 67 GLY 68 THR 69 ASP 70 PHE 71 PHE 72 LEU 73 THR 74 ILE 75 ASN 76 LYS 77 LEU 78 ASP 79 ARG 80 GLU 81 ASP 82 PHE 83 ALA 84 VAL 85 TYR 86 TYR 87 CYS 88 GLN 89 GLN 90 PHE 91 GLU 96 PHE 97 PHE 98 GLY 99 LEU 100 GLY 101 SER 102 GLU 103 LEU 104 GLU 105 VAL 106 HIS 107 ARG 108 THR 109 VAL 110 ALA 111 ALA 112 PRO 113 SER 114 VAL 115 PHE 116 ILE 117 PHE 118 PRO 119 PRO 120 SER 121 ASP 122 GLU 123 GLN 124 LEU 125 LYS 126 SER 127 GLY 128 THR 129 ALA 130 SER 131 VAL 132 VAL 133 CYS 134 LEU 135 LEU 136 ASN 137 ASN 138 PHE 139 TYR 140 PRO 141 ARG 142 GLU 143 ALA 144 LYS 145 VAL 146 GLN 147 TRP 148 LYS 149 VAL 150 ASP 151 ASN 152 ALA 153 LEU 154 GLN 155 SER 156 GLY 157 ASN 158 SER 159 GLN 160 GLU 161 SER 162 VAL 163 THR 164 GLU 165 GLN 166 ASP 167 SER 168 LYS 169 ASP 170 SER 171 THR 172 TYR 173 SER 174 LEU 175 SER 176 SER 177 THR 178 LEU 179 THR 180 LEU 181 SER 182 LYS 183 ALA 184 ASP 185 TYR 186 GLU 187 LYS 188 HIS 189 LYS 190 VAL 191 TYR 192 ALA 193 CYS 194 GLU 195 VAL 196 THR 197 HIS 198 GLN 199 GLY 200 LEU 201 SER 202 SER 203 PRO 204 VAL 205 THR 206 LYS 207 SER 208 PHE 209 ASN 210 ARG 211 GLY 212 GLU 213

Other macromolecules

Unit 1	UNK 92 UNK 93 UNK 94 UNK 95 UNK 96 UNK 97 UNK 98 UNK 99 UNK 100 UNK 101 UNK 102 UNK 103 UNK 104 UNK 105 UNK 106 UNK 107 UNK 108 UNK 109 UNK 110 UNK 111 UNK 112 UNK 113 UNK 114 UNK 115 UNK 116 UNK 117 UNK 118 UNK 119 UNK 120 UNK 121 UNK 122
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