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Sequence, Chains, Asymmetric and Biological Units

Title CRYSTAL STRUCTURE OF THE ENE, A VIRAL RNA STABILITY ELEMENT, COMPLEX WITH A9 RNA
Keywords MAJOR GROOVE TRIPLE HELIX, VIRAL NON-CODING RNA, STABILITY E NUCLEUS, RNA
Experiment X-ray diffraction
Number of Models  1


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        Header     Asymmetric unit     Biological unit  

PDB   3P22     released     available     available     Quaternary Structure Server  


Asymmetric unit from PDB
 Unit     Type     Name   Chain ID   Residues   Atoms   Hetatoms 
1  RNA    A 40 821 32
2  RNA    B 9 195 0
3  RNA    C 40 821 32
4  RNA    D 8 173 0
5  RNA    E 40 821 32
6  RNA    F 9 195 0
7  RNA    G 40 821 32
8  RNA    H 8 173 0
9 Water     18 0 18
total       212 4020 146

Nucleic acids
Unit 1 GTP1 G2 C3 U4 G5 G6 G7 U8 U9 U10 U11 U12 C13 C14 U15 U16 C17 G18 A19 A20 A21 G22 A23 A24 G25 G26 U27 U28 U29 U30 U31 A32 U33 C34 C35 C36 A37 G38 U39 C40
Unit 2 A1 A2 A3 A4 A5 A6 A7 A8 A9
Unit 3 GTP1 G2 C3 U4 G5 G6 G7 U8 U9 U10 U11 U12 C13 C14 U15 U16 C17 G18 A19 A20 A21 G22 A23 A24 G25 G26 U27 U28 U29 U30 U31 A32 U33 C34 C35 C36 A37 G38 U39 C40
Unit 4 A1 A2 A3 A4 A5 A6 A7 A8
Unit 5 GTP1 G2 C3 U4 G5 G6 G7 U8 U9 U10 U11 U12 C13 C14 U15 U16 C17 G18 A19 A20 A21 G22 A23 A24 G25 G26 U27 U28 U29 U30 U31 A32 U33 C34 C35 C36 A37 G38 U39 C40
Unit 6 A1 A2 A3 A4 A5 A6 A7 A8 A9
Unit 7 GTP1 G2 C3 U4 G5 G6 G7 U8 U9 U10 U11 U12 C13 C14 U15 U16 C17 G18 A19 A20 A21 G22 A23 A24 G25 G26 U27 U28 U29 U30 U31 A32 U33 C34 C35 C36 A37 G38 U39 C40
Unit 8 A1 A2 A3 A4 A5 A6 A7 A8

Chirality of ribose and phosphate atoms

Check the naming of phosphate and ribose substituents. Recommended for phosphate oxygens and for ribose hydrogens in NMR structures.


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Perl script:    PDBscan.pl  (15 Sep 2016)
Author:    Peter Slickers  (slickers@leibniz-fli.de),  IMB Jena,  Germany