load pdb inline background [255,255,255] color cpk select ligand cpk select not ligand wireframe 40 select selected and not bonded cpk 40 select ( protein and carbon and *.CA ) or ( nucleic and *.C5* ) label "%n %r" color label black select not ( HYDROGEN or CARBON or NITROGEN or OXYGEN or PHOSPHORUS or SULPHUR ) label "%e" select carbon color green select phosphorus color magenta select not bonded cpk select all show info exit LINK O3' 5CM B 106 P DG B 107 1555 1555 1.61 LINK O3' 5CM C 118 P DG C 119 1555 1555 1.61 MODEL 1 HETATM 1342 N1 5CM B 106 -9.662 2.123 -6.543 1.00 0.00 N HETATM 1343 C2 5CM B 106 -8.435 2.002 -7.180 1.00 0.00 C HETATM 1344 N3 5CM B 106 -7.311 1.965 -6.414 1.00 0.00 N HETATM 1345 C4 5CM B 106 -7.384 2.042 -5.080 1.00 0.00 C HETATM 1346 C5 5CM B 106 -8.646 2.165 -4.418 1.00 0.00 C HETATM 1347 C5A 5CM B 106 -8.736 2.264 -2.899 1.00 0.00 C HETATM 1348 C6 5CM B 106 -9.754 2.201 -5.184 1.00 0.00 C HETATM 1349 O2 5CM B 106 -8.382 1.933 -8.392 1.00 0.00 O HETATM 1350 N4 5CM B 106 -6.260 2.001 -4.364 1.00 0.00 N HETATM 1351 C1' 5CM B 106 -10.861 2.195 -7.404 1.00 0.00 C HETATM 1352 C2' 5CM B 106 -12.039 1.435 -6.808 1.00 0.00 C HETATM 1353 C3' 5CM B 106 -13.236 2.346 -6.938 1.00 0.00 C HETATM 1354 C4' 5CM B 106 -12.654 3.727 -7.183 1.00 0.00 C HETATM 1355 O4' 5CM B 106 -11.276 3.565 -7.585 1.00 0.00 O HETATM 1356 O3' 5CM B 106 -14.083 1.973 -8.038 1.00 0.00 O HETATM 1357 C5' 5CM B 106 -12.744 4.566 -5.915 1.00 0.00 C HETATM 1358 O5' 5CM B 106 -11.820 4.105 -4.927 1.00 0.00 O HETATM 1359 P 5CM B 106 -12.321 3.798 -3.431 1.00 0.00 P HETATM 1360 OP1 5CM B 106 -13.768 3.499 -3.490 1.00 0.00 O HETATM 1361 OP2 5CM B 106 -11.386 2.832 -2.816 1.00 0.00 O HETATM 1362 H5A1 5CM B 106 -8.693 1.264 -2.467 1.00 0.00 H HETATM 1363 H5A2 5CM B 106 -7.902 2.858 -2.524 1.00 0.00 H HETATM 1364 H5A3 5CM B 106 -9.677 2.740 -2.621 1.00 0.00 H HETATM 1365 H6 5CM B 106 -10.733 2.289 -4.714 1.00 0.00 H HETATM 1366 HN41 5CM B 106 -6.301 2.057 -3.356 1.00 0.00 H HETATM 1367 HN42 5CM B 106 -5.367 1.914 -4.829 1.00 0.00 H HETATM 1368 H1' 5CM B 106 -10.623 1.766 -8.378 1.00 0.00 H HETATM 1369 H2' 5CM B 106 -11.856 1.218 -5.753 1.00 0.00 H HETATM 1370 H2'' 5CM B 106 -12.203 0.508 -7.354 1.00 0.00 H HETATM 1371 H3' 5CM B 106 -13.804 2.343 -6.005 1.00 0.00 H HETATM 1372 H4' 5CM B 106 -13.209 4.214 -7.983 1.00 0.00 H HETATM 1373 H5' 5CM B 106 -12.518 5.604 -6.158 1.00 0.00 H HETATM 1374 H5'' 5CM B 106 -13.755 4.503 -5.516 1.00 0.00 H HETATM 1726 N1 5CM C 118 -0.391 -2.156 -6.989 1.00 0.00 N HETATM 1727 C2 5CM C 118 -1.712 -2.097 -7.409 1.00 0.00 C HETATM 1728 N3 5CM C 118 -2.675 -1.875 -6.475 1.00 0.00 N HETATM 1729 C4 5CM C 118 -2.357 -1.716 -5.184 1.00 0.00 C HETATM 1730 C5 5CM C 118 -0.996 -1.777 -4.748 1.00 0.00 C HETATM 1731 C5A 5CM C 118 -0.630 -1.596 -3.278 1.00 0.00 C HETATM 1732 C6 5CM C 118 -0.050 -1.998 -5.680 1.00 0.00 C HETATM 1733 O2 5CM C 118 -1.984 -2.242 -8.585 1.00 0.00 O HETATM 1734 N4 5CM C 118 -3.327 -1.502 -4.295 1.00 0.00 N HETATM 1735 C1' 5CM C 118 0.642 -2.387 -8.015 1.00 0.00 C HETATM 1736 C2' 5CM C 118 1.731 -1.334 -7.928 1.00 0.00 C HETATM 1737 C3' 5CM C 118 3.046 -2.066 -7.838 1.00 0.00 C HETATM 1738 C4' 5CM C 118 2.692 -3.537 -7.691 1.00 0.00 C HETATM 1739 O4' 5CM C 118 1.261 -3.678 -7.838 1.00 0.00 O HETATM 1740 O3' 5CM C 118 3.840 -1.854 -9.012 1.00 0.00 O HETATM 1741 C5' 5CM C 118 3.146 -4.059 -6.333 1.00 0.00 C HETATM 1742 O5' 5CM C 118 2.943 -3.089 -5.303 1.00 0.00 O HETATM 1743 P 5CM C 118 3.850 -3.112 -3.973 1.00 0.00 P HETATM 1744 OP1 5CM C 118 5.235 -2.756 -4.351 1.00 0.00 O HETATM 1745 OP2 5CM C 118 3.150 -2.345 -2.919 1.00 0.00 O HETATM 1746 H5A1 5CM C 118 0.455 -1.560 -3.176 1.00 0.00 H HETATM 1747 H5A2 5CM C 118 -1.061 -0.667 -2.908 1.00 0.00 H HETATM 1748 H5A3 5CM C 118 -1.022 -2.434 -2.701 1.00 0.00 H HETATM 1749 H6 5CM C 118 0.998 -2.056 -5.388 1.00 0.00 H HETATM 1750 HN41 5CM C 118 -3.099 -1.382 -3.318 1.00 0.00 H HETATM 1751 HN42 5CM C 118 -4.289 -1.458 -4.598 1.00 0.00 H HETATM 1752 H1' 5CM C 118 0.181 -2.341 -9.000 1.00 0.00 H HETATM 1753 H2' 5CM C 118 1.585 -0.722 -7.036 1.00 0.00 H HETATM 1754 H2'' 5CM C 118 1.710 -0.706 -8.815 1.00 0.00 H HETATM 1755 H3' 5CM C 118 3.591 -1.730 -6.953 1.00 0.00 H HETATM 1756 H4' 5CM C 118 3.188 -4.106 -8.477 1.00 0.00 H HETATM 1757 H5' 5CM C 118 2.583 -4.959 -6.090 1.00 0.00 H HETATM 1758 H5'' 5CM C 118 4.208 -4.307 -6.384 1.00 0.00 H ENDMDL