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Sequence, Chains, Units

Title CRYSTAL STRUCTURE OF GUANINE RIBOSWITCH C61U/G37A DOUBLE MUT TO THIO-GUANINE
Keywords THREE-WAY JUNCTION, RIBOSWITCH, M-RNA, THIOGUANINE, RNA
Experiment X-ray diffraction
Number of Models  1

   Database       ID code    StatusCoordinate files
        Header     Asymmetric unit     Biological unit  
PDB   3RKF     released     available     available     Quaternary Structure Server  
Asymmetric unit from PDB
 Unit     Type     Name   Chain ID   Residues   Atoms   Hetatoms 
1  RNA    A 67 1427 0
2  RNA    B 67 1427 0
3  RNA    C 67 1427 0
4  RNA    D 67 1427 0
5  Ligand   GUANINE RIBOSWITCH  A 10 0 74
6  Ligand   GUANINE RIBOSWITCH  B 6 0 46
7  Ligand   GUANINE RIBOSWITCH  C 5 0 39
8  Ligand   GUANINE RIBOSWITCH  D 1 0 11
9  Ligand   GUANINE RIBOSWITCH  C 1 0 7
10  Ligand   GUANINE RIBOSWITCH  D 7 0 49
11 Water     12 0 12
total       310 5708 238
Nucleic acids
Unit 1   G15 G16 C17 C18 A19 U20 A21 U22 A23 A24 C25 U26 G27 C28 G29 U30 G31 G32 A33 U34 A35 U36 A37 G38 C39 A40 C41 G42 C43 A44 G45 G46 U47 U48 U49 C50 U51 A52 C53 C54 G55 G56 G57 C58 A59 C60 U61 G62 U63 A64 A65 A66 U67 G68 U69 C70 C71 G72 A73 C74 U75 A76 U77 G78 G79 U80 C81
Unit 2   G15 G16 C17 C18 A19 U20 A21 U22 A23 A24 C25 U26 G27 C28 G29 U30 G31 G32 A33 U34 A35 U36 A37 G38 C39 A40 C41 G42 C43 A44 G45 G46 U47 U48 U49 C50 U51 A52 C53 C54 G55 G56 G57 C58 A59 C60 U61 G62 U63 A64 A65 A66 U67 G68 U69 C70 C71 G72 A73 C74 U75 A76 U77 G78 G79 U80 C81
Unit 3   G15 G16 C17 C18 A19 U20 A21 U22 A23 A24 C25 U26 G27 C28 G29 U30 G31 G32 A33 U34 A35 U36 A37 G38 C39 A40 C41 G42 C43 A44 G45 G46 U47 U48 U49 C50 U51 A52 C53 C54 G55 G56 G57 C58 A59 C60 U61 G62 U63 A64 A65 A66 U67 G68 U69 C70 C71 G72 A73 C74 U75 A76 U77 G78 G79 U80 C81
Unit 4   G15 G16 C17 C18 A19 U20 A21 U22 A23 A24 C25 U26 G27 C28 G29 U30 G31 G32 A33 U34 A35 U36 A37 G38 C39 A40 C41 G42 C43 A44 G45 G46 U47 U48 U49 C50 U51 A52 C53 C54 G55 G56 G57 C58 A59 C60 U61 G62 U63 A64 A65 A66 U67 G68 U69 C70 C71 G72 A73 C74 U75 A76 U77 G78 G79 U80 C81
Ligands
Unit 5   NCO82 DX491 NCO101 NCO102 NCO103 NCO104 NCO105 NCO106 NCO108 NCO110
Unit 6   DX491 NCO101 NCO102 NCO103 NCO104 NCO106
Unit 7   DX491 NCO101 NCO102 NCO103 NCO106
Unit 8   DX491
Unit 9   NCO110
Unit 10   NCO101 NCO102 NCO103 NCO104 NCO105 NCO106 NCO108
Chirality of ribose and phosphate atoms

Check the naming of phosphate and ribose substituents. Recommended for phosphate oxygens and for ribose hydrogens in NMR structures.

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Perl script:    PDBscan.pl  (15 Sep 2016)
Author:    Peter Slickers  (slickers@leibniz-fli.de),  IMB Jena,  Germany