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Sequence, Chains, Units

Title 1.23 A RESOLUTION X-RAY STRUCTURE OF (GCUGCUGC)2
Keywords STRETCHED U-U WOBBLE, RNA, MYOTONIC DYSTROPHY, CUG REPEATS
Experiment X-ray diffraction
Number of Models  1


   Database       ID code    StatusCoordinate files
        Header     Asymmetric unit     Biological unit  

PDB   3GLP     released     available     available     Quaternary Structure Server  


Asymmetric unit from PDB
 Unit     Type     Name   Chain ID   Residues   Atoms   Hetatoms 
1  RNA    A 8 166 0
2  RNA    B 8 166 0
3  RNA    C 8 166 0
4  RNA    D 8 166 0
5  RNA    E 8 166 0
6  Ligand   5'-R(*GP*CP*UP*GP*CP*UP*GP*C)-3'  A 2 0 11
7  Ligand   5'-R(*GP*CP*UP*GP*CP*UP*GP*C)-3'  D 1 0 5
8 Water     194 0 194
total       237 830 210

Nucleic acids
Unit 1   G1 C2 U3 G4 C5 U6 G7 C8
Unit 2   G1 C2 U3 G4 C5 U6 G7 C8
Unit 3   G1 C2 U3 G4 C5 U6 G7 C8
Unit 4   G1 C2 U3 G4 C5 U6 G7 C8
Unit 5   G1 C2 U3 G4 C5 U6 G7 C8

Ligands
Unit 6   SO49 GOL10
Unit 7   SO49

Chirality of ribose and phosphate atoms

Check the naming of phosphate and ribose substituents. Recommended for phosphate oxygens and for ribose hydrogens in NMR structures.


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Perl script:    PDBscan.pl  (15 Sep 2016)
Author:    Peter Slickers  (slickers@leibniz-fli.de),  IMB Jena,  Germany