5K5D - Sequence, Chains, Asymmetric and Biological Units

• Title: STRUCTURE OF THE C2221 FORM OF PNOB8-LIKE PARB-N DOMAIN
• Keywords: PARB-N, PNOB8, PARTITION, HYDROLASE
• Experiment: X-ray diffraction
• Number of Models: 1

Database	ID code	Status	Coordinate files
			Header	Asymmetric unit	Biological unit
PDB	5K5D	released	available	available	Quaternary Structure Server

Asymmetric unit from PDB

Unit	Type	Name	Chain ID	Residues	Atoms	Hetatoms
1	Protein	PARB DOMAIN PROTEIN NUCLEASE	B	250	2024	56
2	Protein	PARB DOMAIN PROTEIN NUCLEASE	A	252	2041	56
3	Protein	PARB DOMAIN PROTEIN NUCLEASE	C	249	2019	56
4	Ligand	PARB DOMAIN PROTEIN NUCLEASE	B	1	0	13
5	Ligand	PARB DOMAIN PROTEIN NUCLEASE	A	1	0	13
6	Ligand	PARB DOMAIN PROTEIN NUCLEASE	C	2	0	26
7	Water			103	0	103
total				858	6084	323

Proteins

Unit 1	MSE 1 THR 2 GLU 3 LEU 4 THR 5 TYR 6 THR 7 GLU 8 GLU 9 VAL 10 VAL 11 SER 12 ILE 13 GLU 14 LYS 15 LEU 16 LYS 17 GLU 18 ASP 19 ASP 20 GLU 21 PHE 22 LYS 23 THR 24 MSE 25 VAL 26 PRO 27 SER 28 ASN 29 ASN 30 SER 31 ARG 32 GLU 33 ASP 34 LEU 35 GLU 36 LYS 37 SER 38 LEU 39 ARG 40 GLU 41 LYS 42 SER 43 GLN 44 ILE 45 PHE 46 PRO 47 LEU 48 ILE 49 ALA 50 ASP 51 ARG 52 ASN 53 TYR 54 VAL 55 LEU 56 ILE 57 ASP 58 GLY 59 TYR 60 THR 61 ARG 62 LEU 63 ASP 64 ILE 65 MSE 66 LYS 67 LYS 68 LEU 69 GLY 70 PHE 71 LYS 72 GLU 73 VAL 74 LYS 75 ILE 76 LEU 77 LYS 78 TYR 79 ASP 80 PHE 81 ASP 82 SER 83 GLN 84 GLN 85 GLU 86 ARG 87 ASP 88 LYS 89 ALA 90 TYR 91 GLU 92 LEU 93 ILE 94 TRP 95 THR 96 PHE 97 ASN 98 GLY 99 VAL 100 ARG 101 ARG 102 GLN 103 LEU 104 ASP 105 LYS 106 ASN 107 GLU 108 ARG 109 LEU 110 ALA 111 LEU 112 PHE 113 GLN 114 LYS 115 ILE 116 ALA 117 ASP 118 ARG 119 ILE 120 ALA 121 LYS 122 MSE 123 GLN 124 ALA 125 SER 126 LYS 127 ASN 128 LYS 129 THR 130 GLU 131 GLU 151 GLU 152 ASN 153 GLU 154 GLU 155 PHE 156 VAL 157 THR 158 LEU 159 ASP 160 ASP 161 GLY 162 THR 163 THR 164 ILE 165 SER 166 ALA 167 LEU 168 GLU 169 TYR 170 GLU 171 ARG 172 ILE 173 LEU 174 LYS 175 GLU 176 LEU 177 ASP 178 LYS 179 GLU 180 ASN 181 LYS 182 ALA 183 LEU 184 SER 185 GLU 186 SER 187 ASP 188 LYS 189 ARG 190 LYS 191 MSE 192 ALA 193 ILE 194 LEU 195 ARG 196 ILE 197 ASN 198 THR 199 PRO 200 TRP 201 LEU 202 LEU 203 LYS 204 TYR 205 VAL 206 THR 207 ASP 208 GLN 209 LYS 210 TYR 211 LYS 212 VAL 213 PRO 214 LEU 215 ASP 216 GLN 217 ALA 218 PHE 219 ARG 220 ILE 221 TYR 222 THR 223 ARG 224 VAL 225 LYS 226 ASP 227 MSE 228 GLY 229 ILE 230 LEU 231 ASP 232 LYS 233 LEU 234 LYS 235 ASP 236 LEU 237 ALA 238 PRO 239 ALA 240 LEU 241 ARG 242 ASP 243 PRO 244 LEU 245 ILE 246 THR 247 THR 248 ARG 249 GLU 250 GLY 251 ARG 252 LYS 253 ILE 254 ILE 255 LEU 256 ASN 257 ASP 258 GLU 259 TYR 260 ARG 261 ASP 262 LEU 263 MSE 264 GLU 265 LYS 266 ILE 267 ILE 268 SER 269
Unit 2	MSE 1 THR 2 GLU 3 LEU 4 THR 5 TYR 6 THR 7 GLU 8 GLU 9 VAL 10 VAL 11 SER 12 ILE 13 GLU 14 LYS 15 LEU 16 LYS 17 GLU 18 ASP 19 ASP 20 GLU 21 PHE 22 LYS 23 THR 24 MSE 25 VAL 26 PRO 27 SER 28 ASN 29 ASN 30 SER 31 ARG 32 GLU 33 ASP 34 LEU 35 GLU 36 LYS 37 SER 38 LEU 39 ARG 40 GLU 41 LYS 42 SER 43 GLN 44 ILE 45 PHE 46 PRO 47 LEU 48 ILE 49 ALA 50 ASP 51 ARG 52 ASN 53 TYR 54 VAL 55 LEU 56 ILE 57 ASP 58 GLY 59 TYR 60 THR 61 ARG 62 LEU 63 ASP 64 ILE 65 MSE 66 LYS 67 LYS 68 LEU 69 GLY 70 PHE 71 LYS 72 GLU 73 VAL 74 LYS 75 ILE 76 LEU 77 LYS 78 TYR 79 ASP 80 PHE 81 ASP 82 SER 83 GLN 84 GLN 85 GLU 86 ARG 87 ASP 88 LYS 89 ALA 90 TYR 91 GLU 92 LEU 93 ILE 94 TRP 95 THR 96 PHE 97 ASN 98 GLY 99 VAL 100 ARG 101 ARG 102 GLN 103 LEU 104 ASP 105 LYS 106 ASN 107 GLU 108 ARG 109 LEU 110 ALA 111 LEU 112 PHE 113 GLN 114 LYS 115 ILE 116 ALA 117 ASP 118 ARG 119 ILE 120 ALA 121 LYS 122 MSE 123 GLN 124 ALA 125 SER 126 LYS 127 ASN 128 LYS 129 THR 130 GLU 131 GLN 149 ILE 150 GLU 151 GLU 152 ASN 153 GLU 154 GLU 155 PHE 156 VAL 157 THR 158 LEU 159 ASP 160 ASP 161 GLY 162 THR 163 THR 164 ILE 165 SER 166 ALA 167 LEU 168 GLU 169 TYR 170 GLU 171 ARG 172 ILE 173 LEU 174 LYS 175 GLU 176 LEU 177 ASP 178 LYS 179 GLU 180 ASN 181 LYS 182 ALA 183 LEU 184 SER 185 GLU 186 SER 187 ASP 188 LYS 189 ARG 190 LYS 191 MSE 192 ALA 193 ILE 194 LEU 195 ARG 196 ILE 197 ASN 198 THR 199 PRO 200 TRP 201 LEU 202 LEU 203 LYS 204 TYR 205 VAL 206 THR 207 ASP 208 GLN 209 LYS 210 TYR 211 LYS 212 VAL 213 PRO 214 LEU 215 ASP 216 GLN 217 ALA 218 PHE 219 ARG 220 ILE 221 TYR 222 THR 223 ARG 224 VAL 225 LYS 226 ASP 227 MSE 228 GLY 229 ILE 230 LEU 231 ASP 232 LYS 233 LEU 234 LYS 235 ASP 236 LEU 237 ALA 238 PRO 239 ALA 240 LEU 241 ARG 242 ASP 243 PRO 244 LEU 245 ILE 246 THR 247 THR 248 ARG 249 GLU 250 GLY 251 ARG 252 LYS 253 ILE 254 ILE 255 LEU 256 ASN 257 ASP 258 GLU 259 TYR 260 ARG 261 ASP 262 LEU 263 MSE 264 GLU 265 LYS 266 ILE 267 ILE 268 SER 269
Unit 3	MSE 1 THR 2 GLU 3 LEU 4 THR 5 TYR 6 THR 7 GLU 8 GLU 9 VAL 10 VAL 11 SER 12 ILE 13 GLU 14 LYS 15 LEU 16 LYS 17 GLU 18 ASP 19 ASP 20 GLU 21 PHE 22 LYS 23 THR 24 MSE 25 VAL 26 ASN 29 ASN 30 SER 31 ARG 32 GLU 33 ASP 34 LEU 35 GLU 36 LYS 37 SER 38 LEU 39 ARG 40 GLU 41 LYS 42 SER 43 GLN 44 ILE 45 PHE 46 PRO 47 LEU 48 ILE 49 ALA 50 ASP 51 ARG 52 ASN 53 TYR 54 VAL 55 LEU 56 ILE 57 ASP 58 GLY 59 TYR 60 THR 61 ARG 62 LEU 63 ASP 64 ILE 65 MSE 66 LYS 67 LYS 68 LEU 69 GLY 70 PHE 71 LYS 72 GLU 73 VAL 74 LYS 75 ILE 76 LEU 77 LYS 78 TYR 79 ASP 80 PHE 81 ASP 82 SER 83 GLN 84 GLN 85 GLU 86 ARG 87 ASP 88 LYS 89 ALA 90 TYR 91 GLU 92 LEU 93 ILE 94 TRP 95 THR 96 PHE 97 ASN 98 GLY 99 VAL 100 ARG 101 ARG 102 GLN 103 LEU 104 ASP 105 LYS 106 ASN 107 GLU 108 ARG 109 LEU 110 ALA 111 LEU 112 PHE 113 GLN 114 LYS 115 ILE 116 ALA 117 ASP 118 ARG 119 ILE 120 ALA 121 LYS 122 MSE 123 GLN 124 ALA 125 SER 126 LYS 127 ASN 128 LYS 129 THR 130 GLU 131 ILE 150 GLU 151 GLU 152 ASN 153 GLU 154 GLU 155 PHE 156 VAL 157 THR 158 LEU 159 ASP 160 ASP 161 GLY 162 THR 163 THR 164 ILE 165 SER 166 ALA 167 LEU 168 GLU 169 TYR 170 GLU 171 ARG 172 ILE 173 LEU 174 LYS 175 GLU 176 LEU 177 ASP 178 LYS 179 GLU 180 ASN 181 LYS 182 ALA 183 LEU 184 SER 185 GLU 186 SER 187 ASP 188 LYS 189 ARG 190 LYS 191 MSE 192 ALA 193 ILE 194 LEU 195 ARG 196 ILE 197 ASN 198 THR 199 PRO 200 TRP 201 LEU 202 LEU 203 LYS 204 TYR 205 VAL 206 THR 207 ASP 208 GLN 209 LYS 210 TYR 211 LYS 212 VAL 213 PRO 214 LEU 215 ASP 216 GLN 217 ALA 218 PHE 219 ARG 220 ILE 221 TYR 222 THR 223 ARG 224 VAL 225 LYS 226 ASP 227 MSE 228 GLY 229 ILE 230 LEU 231 ASP 232 LYS 233 LEU 234 LYS 235 ASP 236 LEU 237 ALA 238 PRO 239 ALA 240 LEU 241 ARG 242 ASP 243 PRO 244 LEU 245 ILE 246 THR 247 THR 248 ARG 249 GLU 250 GLY 251 ARG 252 LYS 253 ILE 254 ILE 255 LEU 256 ASN 257 ASP 258 GLU 259 TYR 260 ARG 261 ASP 262 LEU 263 MSE 264 GLU 265 LYS 266 ILE 267 ILE 268 SER 269

Ligands

Unit 4	CIT 301
Unit 5	CIT 301
Unit 6	CIT 301 CIT 302