5F4O - Sequence, Chains, Asymmetric and Biological Units

• Title: PROTRUDING DOMAIN OF GII.17 NOROVIRUS KAWASAKI308
• Keywords: NOROVIRUS, CAPSID PROTEIN, PROTRUDING DOMAIN, VIRAL PROTEIN
• Experiment: X-ray diffraction
• Number of Models: 1

Database	ID code	Status	Coordinate files
			Header	Asymmetric unit	Biological unit
PDB	5F4O	released	available	available	Quaternary Structure Server

Asymmetric unit from PDB

Unit	Type	Name	Chain ID	Residues	Atoms	Hetatoms
1	Protein	CAPSID PROTEIN VP1	A	305	4566	0
2	Protein	CAPSID PROTEIN VP1	B	305	4557	0
3	Ligand	CAPSID PROTEIN VP1	A	6	0	21
4	Ligand	CAPSID PROTEIN VP1	B	5	0	17
5	Water			563	0	563
total				1184	9123	601

Proteins

Unit 1

SER 224 LYS 225 PRO 226 PHE 227 SER 228 LEU 229 PRO 230 ILE 231 LEU 232 THR 233 LEU 234 SER 235 GLU 236 LEU 237 THR 238 ASN 239 SER 240 ARG 241 PHE 242 PRO 243 VAL 244 PRO 245 ILE 246 ASP 247 SER 248 LEU 249 PHE 250 THR 251 ALA 252 GLN 253 ASN 254 ASN 255 GLN 258 VAL 259 GLN 260 CYS 261 GLN 262 ASN 263 GLY 264 ARG 265 CYS 266 THR 267 LEU 268 ASP 269 GLY 270 GLU 271 LEU 272 GLN 273 GLY 274 THR 275 THR 276 GLN 277 LEU 278 LEU 279 PRO 280 THR 281 GLY 282 ILE 283 CYS 284 ALA 285 PHE 286 ARG 287 GLY 288 ARG 289 VAL 290 THR 291 ALA 292 GLN 293 ILE 294 ASN 295 GLN 296 ARG 297 ASP 298 ARG 299 TRP 300 HIS 301 MET 302 GLN 303 LEU 304 GLN 305 ASN 306 LEU 307 ASN 308 GLY 309 THR 310 THR 311 TYR 312 ASP 313 PRO 314 THR 315 ASP 316 ASP 317 VAL 318 PRO 319 ALA 320 PRO 321 LEU 322 GLY 323 THR 324 PRO 325 ASP 326 PHE 327 LYS 328 GLY 329 VAL 330 VAL 331 PHE 332 GLY 333 MET 334 VAL 335 SER 336 GLN 337 ARG 338 ASN 339 VAL 340 GLY 341 ASN 342 ASP 343 ALA 344 PRO 345 GLY 346 SER 347 THR 348 ARG 349 ALA 350 GLN 351 GLN 352 ALA 353 TRP 354 VAL 355 SER 356 THR 357 TYR 358 SER 359 PRO 360 GLN 361 PHE 362 VAL 363 PRO 364 LYS 365 LEU 366 GLY 367 SER 368 VAL 369 ASN 370 LEU 371 ARG 372 ILE 373 SER 374 ASP 375 ASN 376 ASP 377 ASP 378 PHE 379 GLN 380 PHE 381 GLN 382 PRO 383 THR 384 LYS 385 PHE 386 THR 387 PRO 388 VAL 389 GLY 390 VAL 391 ASN 392 ASP 393 ASP 394 ASP 395 ASP 396 GLY 397 HIS 398 PRO 399 PHE 400 ARG 401 GLN 402 TRP 403 GLU 404 LEU 405 PRO 406 ASN 407 TYR 408 SER 409 GLY 410 GLU 411 LEU 412 THR 413 LEU 414 ASN 415 MET 416 ASN 417 LEU 418 ALA 419 PRO 420 PRO 421 VAL 422 ALA 423 PRO 424 ASN 425 PHE 426 PRO 427 GLY 428 GLU 429 GLN 430 LEU 431 LEU 432 PHE 433 PHE 434 ARG 435 SER 436 PHE 437 VAL 438 PRO 439 CYS 440 SER 441 GLY 442 GLY 443 TYR 444 ASN 445 GLN 446 GLY 447 ILE 448 ILE 449 ASP 450 CYS 451 LEU 452 ILE 453 PRO 454 GLN 455 GLU 456 TRP 457 ILE 458 GLN 459 HIS 460 PHE 461 TYR 462 GLN 463 GLU 464 SER 465 ALA 466 PRO 467 SER 468 GLN 469 SER 470 ASP 471 VAL 472 ALA 473 LEU 474 ILE 475 ARG 476 TYR 477 VAL 478 ASN 479 PRO 480 ASP 481 THR 482 GLY 483 ARG 484 THR 485 LEU 486 PHE 487 GLU 488 ALA 489 LYS 490 LEU 491 HIS 492 ARG 493 SER 494 GLY 495 TYR 496 ILE 497 THR 498 VAL 499 ALA 500 HIS 501 SER 502 GLY 503 ASP 504 TYR 505 PRO 506 LEU 507 VAL 508 VAL 509 PRO 510 ALA 511 ASN 512 GLY 513 HIS 514 PHE 515 ARG 516 PHE 517 ASP 518 SER 519 TRP 520 VAL 521 ASN 522 GLN 523 PHE 524 TYR 525 SER 526 LEU 527 ALA 528 PRO 529 MET 530

Unit 2

SER 224 LYS 225 PRO 226 PHE 227 SER 228 LEU 229 PRO 230 ILE 231 LEU 232 THR 233 LEU 234 SER 235 GLU 236 LEU 237 THR 238 ASN 239 SER 240 ARG 241 PHE 242 PRO 243 VAL 244 PRO 245 ILE 246 ASP 247 SER 248 LEU 249 PHE 250 THR 251 ALA 252 GLN 253 ASN 254 ASN 255 GLN 258 VAL 259 GLN 260 CYS 261 GLN 262 ASN 263 GLY 264 ARG 265 CYS 266 THR 267 LEU 268 ASP 269 GLY 270 GLU 271 LEU 272 GLN 273 GLY 274 THR 275 THR 276 GLN 277 LEU 278 LEU 279 PRO 280 THR 281 GLY 282 ILE 283 CYS 284 ALA 285 PHE 286 ARG 287 GLY 288 ARG 289 VAL 290 THR 291 ALA 292 GLN 293 ILE 294 ASN 295 GLN 296 ARG 297 ASP 298 ARG 299 TRP 300 HIS 301 MET 302 GLN 303 LEU 304 GLN 305 ASN 306 LEU 307 ASN 308 GLY 309 THR 310 THR 311 TYR 312 ASP 313 PRO 314 THR 315 ASP 316 ASP 317 VAL 318 PRO 319 ALA 320 PRO 321 LEU 322 GLY 323 THR 324 PRO 325 ASP 326 PHE 327 LYS 328 GLY 329 VAL 330 VAL 331 PHE 332 GLY 333 MET 334 VAL 335 SER 336 GLN 337 ARG 338 ASN 339 VAL 340 GLY 341 ASN 342 ASP 343 ALA 344 PRO 345 GLY 346 SER 347 THR 348 ARG 349 ALA 350 GLN 351 GLN 352 ALA 353 TRP 354 VAL 355 SER 356 THR 357 TYR 358 SER 359 PRO 360 GLN 361 PHE 362 VAL 363 PRO 364 LYS 365 LEU 366 GLY 367 SER 368 VAL 369 ASN 370 LEU 371 ARG 372 ILE 373 SER 374 ASP 375 ASN 376 ASP 377 ASP 378 PHE 379 GLN 380 PHE 381 GLN 382 PRO 383 THR 384 LYS 385 PHE 386 THR 387 PRO 388 VAL 389 GLY 390 VAL 391 ASN 392 ASP 393 ASP 394 ASP 395 ASP 396 GLY 397 HIS 398 PRO 399 PHE 400 ARG 401 GLN 402 TRP 403 GLU 404 LEU 405 PRO 406 ASN 407 TYR 408 SER 409 GLY 410 GLU 411 LEU 412 THR 413 LEU 414 ASN 415 MET 416 ASN 417 LEU 418 ALA 419 PRO 420 PRO 421 VAL 422 ALA 423 PRO 424 ASN 425 PHE 426 PRO 427 GLY 428 GLU 429 GLN 430 LEU 431 LEU 432 PHE 433 PHE 434 ARG 435 SER 436 PHE 437 VAL 438 PRO 439 CYS 440 SER 441 GLY 442 GLY 443 TYR 444 ASN 445 GLN 446 GLY 447 ILE 448 ILE 449 ASP 450 CYS 451 LEU 452 ILE 453 PRO 454 GLN 455 GLU 456 TRP 457 ILE 458 GLN 459 HIS 460 PHE 461 TYR 462 GLN 463 GLU 464 SER 465 ALA 466 PRO 467 SER 468 GLN 469 SER 470 ASP 471 VAL 472 ALA 473 LEU 474 ILE 475 ARG 476 TYR 477 VAL 478 ASN 479 PRO 480 ASP 481 THR 482 GLY 483 ARG 484 THR 485 LEU 486 PHE 487 GLU 488 ALA 489 LYS 490 LEU 491 HIS 492 ARG 493 SER 494 GLY 495 TYR 496 ILE 497 THR 498 VAL 499 ALA 500 HIS 501 SER 502 GLY 503 ASP 504 TYR 505 PRO 506 LEU 507 VAL 508 VAL 509 PRO 510 ALA 511 ASN 512 GLY 513 HIS 514 PHE 515 ARG 516 PHE 517 ASP 518 SER 519 TRP 520 VAL 521 ASN 522 GLN 523 PHE 524 TYR 525 SER 526 LEU 527 ALA 528 PRO 529 MET 530

Ligands

Unit 3	EDO 601 EDO 602 EDO 603 EDO 604 EDO 605 MG 606
Unit 4	EDO 601 EDO 602 EDO 603 EDO 604 MG 605