5ED4 - Sequence, Chains, Asymmetric and Biological Units

• Title: STRUCTURE OF A PHOP-DNA COMPLEX
• Keywords: PROTEIN-DNA COMPLEX, WINGED HELIX-TURN-HELIX, DIRECT REPEAT, DIMER, TRANSCRIPTION-DNA COMPLEX
• Experiment: X-ray diffraction
• Number of Models: 1

Database	ID code	Status	Coordinate files
			Header	Asymmetric unit	Biological unit
PDB	5ED4	released	available	available	Quaternary Structure Server

Asymmetric unit from PDB

Unit	Type	Name	Chain ID	Residues	Atoms	Hetatoms
1	Protein	RESPONSE REGULATOR	A	222	1755	0
2	Protein	RESPONSE REGULATOR	B	217	1716	0
3	Other macromolecule	DNA (26-MER)	C	26	526	0
4	Other macromolecule	DNA (26-MER)	D	26	534	0
5	Protein	RESPONSE REGULATOR	E	224	1774	0
6	Protein	RESPONSE REGULATOR	F	214	1692	0
7	Other macromolecule	DNA (26-MER)	G	26	526	0
8	Other macromolecule	DNA (26-MER)	H	26	534	0
9	Ligand	RESPONSE REGULATOR	A	3	0	9
10	Ligand	RESPONSE REGULATOR	B	3	0	6
11	Ligand	RESPONSE REGULATOR	E	3	0	10
12	Ligand	RESPONSE REGULATOR	F	2	0	2
13	Water			233	0	233
total				1225	9057	260

Proteins

Unit 1	THR 18 PRO 19 GLU 20 ALA 21 ARG 22 VAL 23 LEU 24 VAL 25 VAL 26 ASP 27 ASP 28 GLU 29 ALA 30 ASN 31 ILE 32 VAL 33 GLU 34 LEU 35 LEU 36 SER 37 VAL 38 SER 39 LEU 40 LYS 41 PHE 42 GLN 43 GLY 44 PHE 45 GLU 46 VAL 47 TYR 48 THR 49 ALA 50 THR 51 ASN 52 GLY 53 ALA 54 GLN 55 ALA 56 LEU 57 ASP 58 ARG 59 ALA 60 ARG 61 GLU 62 THR 63 ARG 64 PRO 65 ASP 66 ALA 67 VAL 68 ILE 69 LEU 70 ASP 71 VAL 72 MET 73 MET 74 PRO 75 GLY 76 MET 77 ASP 78 GLY 79 PHE 80 GLY 81 VAL 82 LEU 83 ARG 84 ARG 85 LEU 86 ARG 87 ALA 88 ASP 89 GLY 90 ILE 91 ASP 92 ALA 93 PRO 94 ALA 95 LEU 96 PHE 97 LEU 98 THR 99 ALA 100 ARG 101 ASP 102 SER 103 LEU 104 GLN 105 ASP 106 LYS 107 ILE 108 ALA 109 GLY 110 LEU 111 THR 112 LEU 113 GLY 114 GLY 115 ASP 116 ASP 117 TYR 118 VAL 119 THR 120 LYS 121 PRO 122 PHE 123 SER 124 LEU 125 GLU 126 GLU 127 VAL 128 VAL 129 ALA 130 ARG 131 LEU 132 ARG 133 VAL 134 ILE 135 LEU 136 ARG 137 ARG 138 ALA 139 GLY 140 VAL 149 ARG 150 LEU 151 THR 152 PHE 153 ALA 154 ASP 155 ILE 156 GLU 157 LEU 158 ASP 159 GLU 160 GLU 161 THR 162 HIS 163 GLU 164 VAL 165 TRP 166 LYS 167 ALA 168 GLY 169 GLN 170 PRO 171 VAL 172 SER 173 LEU 174 SER 175 PRO 176 THR 177 GLU 178 PHE 179 THR 180 LEU 181 LEU 182 ARG 183 TYR 184 PHE 185 VAL 186 ILE 187 ASN 188 ALA 189 GLY 190 THR 191 VAL 192 LEU 193 SER 194 LYS 195 PRO 196 LYS 197 ILE 198 LEU 199 ASP 200 HIS 201 VAL 202 TRP 203 ARG 204 TYR 205 ASP 206 PHE 207 GLY 208 GLY 209 ASP 210 VAL 211 ASN 212 VAL 213 VAL 214 GLU 215 SER 216 TYR 217 VAL 218 SER 219 TYR 220 LEU 221 ARG 222 ARG 223 LYS 224 ILE 225 ASP 226 THR 227 GLY 228 GLU 229 LYS 230 ARG 231 LEU 232 LEU 233 HIS 234 THR 235 LEU 236 ARG 237 GLY 238 VAL 239 GLY 240 TYR 241 VAL 242 LEU 243 ARG 244 GLU 245 PRO 246 ARG 247
Unit 2	THR 18 PRO 19 GLU 20 ALA 21 ARG 22 VAL 23 LEU 24 VAL 25 VAL 26 ASP 27 ASP 28 GLU 29 ALA 30 ASN 31 ILE 32 VAL 33 GLU 34 LEU 35 LEU 36 SER 37 VAL 38 SER 39 LEU 40 LYS 41 PHE 42 GLN 43 GLY 44 PHE 45 GLU 46 VAL 47 TYR 48 THR 49 ALA 50 THR 51 ASN 52 GLY 53 ALA 54 GLN 55 ALA 56 LEU 57 ASP 58 ARG 59 ALA 60 ARG 61 GLU 62 THR 63 ARG 64 PRO 65 ASP 66 ALA 67 VAL 68 ILE 69 LEU 70 ASP 71 VAL 72 MET 73 MET 74 PRO 75 GLY 76 MET 77 ASP 78 GLY 79 PHE 80 GLY 81 VAL 82 LEU 83 ARG 84 ARG 85 LEU 86 ARG 87 ALA 88 ASP 89 GLY 90 ILE 91 ASP 92 ALA 93 PRO 94 ALA 95 LEU 96 PHE 97 LEU 98 THR 99 ALA 100 ARG 101 LYS 107 ILE 108 ALA 109 GLY 110 LEU 111 THR 112 LEU 113 GLY 114 GLY 115 ASP 116 ASP 117 TYR 118 VAL 119 THR 120 LYS 121 PRO 122 PHE 123 SER 124 LEU 125 GLU 126 GLU 127 VAL 128 VAL 129 ALA 130 ARG 131 LEU 132 ARG 133 VAL 134 ILE 135 LEU 136 ARG 137 ARG 138 ALA 139 GLY 140 VAL 149 ARG 150 LEU 151 THR 152 PHE 153 ALA 154 ASP 155 ILE 156 GLU 157 LEU 158 ASP 159 GLU 160 GLU 161 THR 162 HIS 163 GLU 164 VAL 165 TRP 166 LYS 167 ALA 168 GLY 169 GLN 170 PRO 171 VAL 172 SER 173 LEU 174 SER 175 PRO 176 THR 177 GLU 178 PHE 179 THR 180 LEU 181 LEU 182 ARG 183 TYR 184 PHE 185 VAL 186 ILE 187 ASN 188 ALA 189 GLY 190 THR 191 VAL 192 LEU 193 SER 194 LYS 195 PRO 196 LYS 197 ILE 198 LEU 199 ASP 200 HIS 201 VAL 202 TRP 203 ARG 204 TYR 205 ASP 206 PHE 207 GLY 208 GLY 209 ASP 210 VAL 211 ASN 212 VAL 213 VAL 214 GLU 215 SER 216 TYR 217 VAL 218 SER 219 TYR 220 LEU 221 ARG 222 ARG 223 LYS 224 ILE 225 ASP 226 THR 227 GLY 228 GLU 229 LYS 230 ARG 231 LEU 232 LEU 233 HIS 234 THR 235 LEU 236 ARG 237 GLY 238 VAL 239 GLY 240 TYR 241 VAL 242 LEU 243 ARG 244 GLU 245 PRO 246 ARG 247
Unit 5	THR 18 PRO 19 GLU 20 ALA 21 ARG 22 VAL 23 LEU 24 VAL 25 VAL 26 ASP 27 ASP 28 GLU 29 ALA 30 ASN 31 ILE 32 VAL 33 GLU 34 LEU 35 LEU 36 SER 37 VAL 38 SER 39 LEU 40 LYS 41 PHE 42 GLN 43 GLY 44 PHE 45 GLU 46 VAL 47 TYR 48 THR 49 ALA 50 THR 51 ASN 52 GLY 53 ALA 54 GLN 55 ALA 56 LEU 57 ASP 58 ARG 59 ALA 60 ARG 61 GLU 62 THR 63 ARG 64 PRO 65 ASP 66 ALA 67 VAL 68 ILE 69 LEU 70 ASP 71 VAL 72 MET 73 MET 74 PRO 75 GLY 76 MET 77 ASP 78 GLY 79 PHE 80 GLY 81 VAL 82 LEU 83 ARG 84 ARG 85 LEU 86 ARG 87 ALA 88 ASP 89 GLY 90 ILE 91 ASP 92 ALA 93 PRO 94 ALA 95 LEU 96 PHE 97 LEU 98 THR 99 ALA 100 ARG 101 ASP 102 SER 103 LEU 104 GLN 105 ASP 106 LYS 107 ILE 108 ALA 109 GLY 110 LEU 111 THR 112 LEU 113 GLY 114 GLY 115 ASP 116 ASP 117 TYR 118 VAL 119 THR 120 LYS 121 PRO 122 PHE 123 SER 124 LEU 125 GLU 126 GLU 127 VAL 128 VAL 129 ALA 130 ARG 131 LEU 132 ARG 133 VAL 134 ILE 135 LEU 136 ARG 137 ARG 138 ALA 139 GLY 140 ARG 147 ASN 148 VAL 149 ARG 150 LEU 151 THR 152 PHE 153 ALA 154 ASP 155 ILE 156 GLU 157 LEU 158 ASP 159 GLU 160 GLU 161 THR 162 HIS 163 GLU 164 VAL 165 TRP 166 LYS 167 ALA 168 GLY 169 GLN 170 PRO 171 VAL 172 SER 173 LEU 174 SER 175 PRO 176 THR 177 GLU 178 PHE 179 THR 180 LEU 181 LEU 182 ARG 183 TYR 184 PHE 185 VAL 186 ILE 187 ASN 188 ALA 189 GLY 190 THR 191 VAL 192 LEU 193 SER 194 LYS 195 PRO 196 LYS 197 ILE 198 LEU 199 ASP 200 HIS 201 VAL 202 TRP 203 ARG 204 TYR 205 ASP 206 PHE 207 GLY 208 GLY 209 ASP 210 VAL 211 ASN 212 VAL 213 VAL 214 GLU 215 SER 216 TYR 217 VAL 218 SER 219 TYR 220 LEU 221 ARG 222 ARG 223 LYS 224 ILE 225 ASP 226 THR 227 GLY 228 GLU 229 LYS 230 ARG 231 LEU 232 LEU 233 HIS 234 THR 235 LEU 236 ARG 237 GLY 238 VAL 239 GLY 240 TYR 241 VAL 242 LEU 243 ARG 244 GLU 245 PRO 246 ARG 247
Unit 6	PRO 19 GLU 20 ALA 21 ARG 22 VAL 23 LEU 24 VAL 25 VAL 26 ASP 27 ASP 28 GLU 29 ALA 30 ASN 31 ILE 32 VAL 33 GLU 34 LEU 35 LEU 36 SER 37 VAL 38 SER 39 LEU 40 LYS 41 PHE 42 GLN 43 GLY 44 PHE 45 GLU 46 VAL 47 TYR 48 THR 49 ALA 50 THR 51 ASN 52 GLY 53 ALA 54 GLN 55 ALA 56 LEU 57 ASP 58 ARG 59 ALA 60 ARG 61 GLU 62 THR 63 ARG 64 PRO 65 ASP 66 ALA 67 VAL 68 ILE 69 LEU 70 ASP 71 VAL 72 MET 73 MET 74 PRO 75 GLY 76 MET 77 ASP 78 GLY 79 PHE 80 GLY 81 VAL 82 LEU 83 ARG 84 ARG 85 LEU 86 ARG 87 ALA 88 ASP 89 GLY 90 ILE 91 ASP 92 ALA 93 PRO 94 ALA 95 LEU 96 PHE 97 LEU 98 THR 99 ALA 100 ARG 101 ALA 109 GLY 110 LEU 111 THR 112 LEU 113 GLY 114 GLY 115 ASP 116 ASP 117 TYR 118 VAL 119 THR 120 LYS 121 PRO 122 PHE 123 SER 124 LEU 125 GLU 126 GLU 127 VAL 128 VAL 129 ALA 130 ARG 131 LEU 132 ARG 133 VAL 134 ILE 135 LEU 136 ARG 137 ARG 138 ALA 139 GLY 140 VAL 149 ARG 150 LEU 151 THR 152 PHE 153 ALA 154 ASP 155 ILE 156 GLU 157 LEU 158 ASP 159 GLU 160 GLU 161 THR 162 HIS 163 GLU 164 VAL 165 TRP 166 LYS 167 ALA 168 GLY 169 GLN 170 PRO 171 VAL 172 SER 173 LEU 174 SER 175 PRO 176 THR 177 GLU 178 PHE 179 THR 180 LEU 181 LEU 182 ARG 183 TYR 184 PHE 185 VAL 186 ILE 187 ASN 188 ALA 189 GLY 190 THR 191 VAL 192 LEU 193 SER 194 LYS 195 PRO 196 LYS 197 ILE 198 LEU 199 ASP 200 HIS 201 VAL 202 TRP 203 ARG 204 TYR 205 ASP 206 PHE 207 GLY 208 GLY 209 ASP 210 VAL 211 ASN 212 VAL 213 VAL 214 GLU 215 SER 216 TYR 217 VAL 218 SER 219 TYR 220 LEU 221 ARG 222 ARG 223 LYS 224 ILE 225 ASP 226 THR 227 GLY 228 GLU 229 LYS 230 ARG 231 LEU 232 LEU 233 HIS 234 THR 235 LEU 236 ARG 237 GLY 238 VAL 239 GLY 240 TYR 241 VAL 242 LEU 243 ARG 244 GLU 245 PRO 246 ARG 247

Other macromolecules

Unit 3	DG 1 DA 2 DT 3 DT 4 DC 5 DA 6 DC 7 DA 8 DG 9 DC 10 DT 11 DG 12 DA 13 DT 14 DT 15 DC 16 DA 17 DC 18 DA 19 DG 20 DC 21 DA 22 DT 23 DC 24 DT 25 DA 26
Unit 4	DC 1 DT 2 DA 3 DG 4 DA 5 DT 6 DG 7 DC 8 DT 9 DG 10 DT 11 DG 12 DA 13 DA 14 DT 15 DC 16 DA 17 DG 18 DC 19 DT 20 DG 21 DT 22 DG 23 DA 24 DA 25 DT 26
Unit 7	DG 1 DA 2 DT 3 DT 4 DC 5 DA 6 DC 7 DA 8 DG 9 DC 10 DT 11 DG 12 DA 13 DT 14 DT 15 DC 16 DA 17 DC 18 DA 19 DG 20 DC 21 DA 22 DT 23 DC 24 DT 25 DA 26
Unit 8	DC 1 DT 2 DA 3 DG 4 DA 5 DT 6 DG 7 DC 8 DT 9 DG 10 DT 11 DG 12 DA 13 DA 14 DT 15 DC 16 DA 17 DG 18 DC 19 DT 20 DG 21 DT 22 DG 23 DA 24 DA 25 DT 26

Ligands

Unit 9	CA 301 EDO 302 EDO 303
Unit 10	CA 301 CA 302 EDO 303
Unit 11	CA 301 EDO 302 CAC 303
Unit 12	CA 301 CA 302