5DII - Sequence, Chains, Asymmetric and Biological Units

• Title: STRUCTURE OF AN ENGINEERED BACTERIAL MICROCOMPARTMENT SHELL BINDING A [4FE-4S] CLUSTER
• Keywords: ENGINEERED PROTEIN, BACTERIAL MICROCOMPARTMENTS, STRUCTURAL
• Experiment: X-ray diffraction
• Number of Models: 1

Database	ID code	Status	Coordinate files
			Header	Asymmetric unit	Biological unit
PDB	5DII	released	available	available	Quaternary Structure Server

Asymmetric unit from PDB

Unit	Type	Name	Chain ID	Residues	Atoms	Hetatoms
1	Protein	MICROCOMPARTMENTS PROTEIN	A	194	2925	0
2	Protein	MICROCOMPARTMENTS PROTEIN	B	196	2933	0
3	Protein	MICROCOMPARTMENTS PROTEIN	C	199	2957	0
4	Protein	MICROCOMPARTMENTS PROTEIN	D	199	2946	0
5	Protein	MICROCOMPARTMENTS PROTEIN	E	195	2921	0
6	Protein	MICROCOMPARTMENTS PROTEIN	F	197	2939	0
7	Ligand	MICROCOMPARTMENTS PROTEIN	A	1	0	8
8	Ligand	MICROCOMPARTMENTS PROTEIN	D	1	0	8
9	Water			407	0	407
total				1589	17621	423

Proteins

Unit 1	PRO 5 GLU 6 ARG 7 PHE 8 ASP 9 ALA 10 THR 11 PRO 12 PRO 13 GLU 16 PRO 17 ASP 18 ARG 19 PRO 20 ALA 21 LEU 22 GLY 23 VAL 24 LEU 25 GLU 26 LEU 27 THR 28 SER 29 ILE 30 ALA 31 ARG 32 GLY 33 ILE 34 THR 35 VAL 36 ALA 37 ASP 38 ALA 39 ALA 40 LEU 41 LYS 42 ARG 43 ALA 44 PRO 45 SER 46 LEU 47 LEU 48 LEU 49 MET 50 SER 51 ARG 52 PRO 53 VAL 54 CYS 55 SER 56 GLY 57 LYS 58 HIS 59 LEU 60 LEU 61 MET 62 MET 63 ARG 64 GLY 65 GLN 66 VAL 67 ALA 68 GLU 69 VAL 70 GLU 71 GLU 72 SER 73 MET 74 ILE 75 ALA 76 ALA 77 ARG 78 GLU 79 ILE 80 ALA 81 GLY 82 ALA 83 GLY 84 SER 85 GLY 86 ALA 87 LEU 88 LEU 89 ASP 90 GLU 91 LEU 92 GLU 93 LEU 94 PRO 95 TYR 96 ALA 97 HIS 98 GLU 99 GLN 100 LEU 101 TRP 102 ARG 103 PHE 104 LEU 105 ASP 106 ALA 107 PRO 108 VAL 109 VAL 110 ALA 111 ASP 112 ALA 113 GLU 119 SER 120 VAL 121 ILE 122 ILE 123 VAL 124 GLU 125 THR 126 ALA 127 THR 128 VAL 129 CYS 130 ALA 131 ALA 132 ILE 133 ASP 134 SER 135 ALA 136 ASP 137 ALA 138 ALA 139 LEU 140 LYS 141 THR 142 ALA 143 PRO 144 VAL 145 VAL 146 LEU 147 ARG 148 ASP 149 MET 150 ARG 151 LEU 152 ALA 153 ILE 154 GLY 155 ILE 156 ALA 157 GLY 158 LYS 159 ALA 160 PHE 161 PHE 162 THR 163 LEU 164 THR 165 GLY 166 GLU 167 LEU 168 ALA 169 ASP 170 VAL 171 GLU 172 ALA 173 ALA 174 ALA 175 GLU 176 VAL 177 VAL 178 ARG 179 GLU 180 ARG 181 CYS 182 GLY 183 ALA 184 ARG 185 LEU 186 LEU 187 GLU 188 LEU 189 ALA 190 CYS 191 ILE 192 ALA 193 ARG 194 PRO 195 VAL 196 ASP 197 GLU 198 LEU 199 ARG 200 GLY 201 ARG 202 LEU 203 PHE 204 PHE 205
Unit 2	GLU 6 ARG 7 PHE 8 ASP 9 ALA 10 THR 11 PRO 12 PRO 13 ALA 14 GLY 15 GLU 16 PRO 17 ASP 18 ARG 19 PRO 20 ALA 21 LEU 22 GLY 23 VAL 24 LEU 25 GLU 26 LEU 27 THR 28 SER 29 ILE 30 ALA 31 ARG 32 GLY 33 ILE 34 THR 35 VAL 36 ALA 37 ASP 38 ALA 39 ALA 40 LEU 41 LYS 42 ARG 43 ALA 44 PRO 45 SER 46 LEU 47 LEU 48 LEU 49 MET 50 SER 51 ARG 52 PRO 53 VAL 54 CYS 55 SER 56 GLY 57 LYS 58 HIS 59 LEU 60 LEU 61 MET 62 MET 63 ARG 64 GLY 65 GLN 66 VAL 67 ALA 68 GLU 69 VAL 70 GLU 71 GLU 72 SER 73 MET 74 ILE 75 ALA 76 ALA 77 ARG 78 GLU 79 ILE 80 ALA 81 GLY 82 ALA 83 GLY 84 SER 85 GLY 86 ALA 87 LEU 88 LEU 89 ASP 90 GLU 91 LEU 92 GLU 93 LEU 94 PRO 95 TYR 96 ALA 97 HIS 98 GLU 99 GLN 100 LEU 101 TRP 102 ARG 103 PHE 104 LEU 105 ASP 106 ALA 107 PRO 108 VAL 109 VAL 110 ALA 111 ASP 112 ALA 113 TRP 114 GLU 119 SER 120 VAL 121 ILE 122 ILE 123 VAL 124 GLU 125 THR 126 ALA 127 THR 128 VAL 129 CYS 130 ALA 131 ALA 132 ILE 133 ASP 134 SER 135 ALA 136 ASP 137 ALA 138 ALA 139 LEU 140 LYS 141 THR 142 ALA 143 PRO 144 VAL 145 VAL 146 LEU 147 ARG 148 ASP 149 MET 150 ARG 151 LEU 152 ALA 153 ILE 154 GLY 155 ILE 156 ALA 157 GLY 158 LYS 159 ALA 160 PHE 161 PHE 162 THR 163 LEU 164 THR 165 GLY 166 GLU 167 LEU 168 ALA 169 ASP 170 VAL 171 GLU 172 ALA 173 ALA 174 ALA 175 GLU 176 VAL 177 VAL 178 ARG 179 GLU 180 ARG 181 CYS 182 GLY 183 ALA 184 ARG 185 LEU 186 LEU 187 GLU 188 LEU 189 ALA 190 CYS 191 ILE 192 ALA 193 ARG 194 PRO 195 VAL 196 ASP 197 GLU 198 LEU 199 ARG 200 GLY 201 ARG 202 LEU 203 PHE 204 PHE 205
Unit 3	MET 1 ASP 2 HIS 3 ALA 4 PRO 5 GLU 6 ARG 7 PHE 8 ASP 9 ALA 10 THR 11 PRO 12 PRO 13 GLU 16 PRO 17 ASP 18 ARG 19 PRO 20 ALA 21 LEU 22 GLY 23 VAL 24 LEU 25 GLU 26 LEU 27 THR 28 SER 29 ILE 30 ALA 31 ARG 32 GLY 33 ILE 34 THR 35 VAL 36 ALA 37 ASP 38 ALA 39 ALA 40 LEU 41 LYS 42 ARG 43 ALA 44 PRO 45 SER 46 LEU 47 LEU 48 LEU 49 MET 50 SER 51 ARG 52 PRO 53 VAL 54 CYS 55 SER 56 GLY 57 LYS 58 HIS 59 LEU 60 LEU 61 MET 62 MET 63 ARG 64 GLY 65 GLN 66 VAL 67 ALA 68 GLU 69 VAL 70 GLU 71 GLU 72 SER 73 MET 74 ILE 75 ALA 76 ALA 77 ARG 78 GLU 79 ILE 80 ALA 81 GLY 82 ALA 83 GLY 84 SER 85 GLY 86 ALA 87 LEU 88 LEU 89 ASP 90 GLU 91 LEU 92 GLU 93 LEU 94 PRO 95 TYR 96 ALA 97 HIS 98 GLU 99 GLN 100 LEU 101 TRP 102 ARG 103 PHE 104 LEU 105 ASP 106 ALA 107 PRO 108 VAL 109 VAL 110 ALA 111 ASP 112 ALA 113 TRP 114 GLU 119 SER 120 VAL 121 ILE 122 ILE 123 VAL 124 GLU 125 THR 126 ALA 127 THR 128 VAL 129 CYS 130 ALA 131 ALA 132 ILE 133 ASP 134 SER 135 ALA 136 ASP 137 ALA 138 ALA 139 LEU 140 LYS 141 THR 142 ALA 143 PRO 144 VAL 145 VAL 146 LEU 147 ARG 148 ASP 149 MET 150 ARG 151 LEU 152 ALA 153 ILE 154 GLY 155 ILE 156 ALA 157 GLY 158 LYS 159 ALA 160 PHE 161 PHE 162 THR 163 LEU 164 THR 165 GLY 166 GLU 167 LEU 168 ALA 169 ASP 170 VAL 171 GLU 172 ALA 173 ALA 174 ALA 175 GLU 176 VAL 177 VAL 178 ARG 179 GLU 180 ARG 181 CYS 182 GLY 183 ALA 184 ARG 185 LEU 186 LEU 187 GLU 188 LEU 189 ALA 190 CYS 191 ILE 192 ALA 193 ARG 194 PRO 195 VAL 196 ASP 197 GLU 198 LEU 199 ARG 200 GLY 201 ARG 202 LEU 203 PHE 204 PHE 205
Unit 4	ALA 4 PRO 5 GLU 6 ARG 7 PHE 8 ASP 9 ALA 10 THR 11 PRO 12 PRO 13 ALA 14 GLY 15 GLU 16 PRO 17 ASP 18 ARG 19 PRO 20 ALA 21 LEU 22 GLY 23 VAL 24 LEU 25 GLU 26 LEU 27 THR 28 SER 29 ILE 30 ALA 31 ARG 32 GLY 33 ILE 34 THR 35 VAL 36 ALA 37 ASP 38 ALA 39 ALA 40 LEU 41 LYS 42 ARG 43 ALA 44 PRO 45 SER 46 LEU 47 LEU 48 LEU 49 MET 50 SER 51 ARG 52 PRO 53 VAL 54 CYS 55 SER 56 GLY 57 LYS 58 HIS 59 LEU 60 LEU 61 MET 62 MET 63 ARG 64 GLY 65 GLN 66 VAL 67 ALA 68 GLU 69 VAL 70 GLU 71 GLU 72 SER 73 MET 74 ILE 75 ALA 76 ALA 77 ARG 78 GLU 79 ILE 80 ALA 81 GLY 82 ALA 83 GLY 84 SER 85 GLY 86 ALA 87 LEU 88 LEU 89 ASP 90 GLU 91 LEU 92 GLU 93 LEU 94 PRO 95 TYR 96 ALA 97 HIS 98 GLU 99 GLN 100 LEU 101 TRP 102 ARG 103 PHE 104 LEU 105 ASP 106 ALA 107 PRO 108 VAL 109 VAL 110 ALA 111 ASP 112 ALA 113 TRP 114 GLU 115 GLU 116 ASP 117 THR 118 GLU 119 SER 120 VAL 121 ILE 122 ILE 123 VAL 124 GLU 125 THR 126 ALA 127 THR 128 VAL 129 CYS 130 ALA 131 ALA 132 ILE 133 ASP 134 SER 135 ALA 136 ASP 137 ALA 138 ALA 139 LEU 140 LYS 141 THR 142 ALA 143 PRO 144 VAL 145 VAL 146 LEU 147 ARG 148 ASP 149 MET 150 ARG 151 LEU 152 ALA 153 ILE 154 GLY 155 ILE 156 ALA 157 GLY 158 LYS 159 ALA 160 PHE 161 PHE 162 THR 163 LEU 164 THR 165 GLY 166 GLU 167 LEU 168 ALA 169 ASP 170 VAL 171 GLU 172 ALA 173 ALA 174 ALA 175 GLU 176 VAL 177 VAL 178 ARG 179 GLU 180 ARG 181 CYS 182 GLY 183 ALA 184 ARG 185 LEU 186 LEU 187 GLU 188 LEU 189 ALA 190 CYS 191 ILE 192 ALA 193 ARG 194 PRO 195 VAL 196 ASP 197 GLY 201 ARG 202 LEU 203 PHE 204 PHE 205
Unit 5	ARG 7 PHE 8 ASP 9 ALA 10 THR 11 PRO 12 PRO 13 ALA 14 GLY 15 GLU 16 PRO 17 ASP 18 ARG 19 PRO 20 ALA 21 LEU 22 GLY 23 VAL 24 LEU 25 GLU 26 LEU 27 THR 28 SER 29 ILE 30 ALA 31 ARG 32 GLY 33 ILE 34 THR 35 VAL 36 ALA 37 ASP 38 ALA 39 ALA 40 LEU 41 LYS 42 ARG 43 ALA 44 PRO 45 SER 46 LEU 47 LEU 48 LEU 49 MET 50 SER 51 ARG 52 PRO 53 VAL 54 CYS 55 SER 56 GLY 57 LYS 58 HIS 59 LEU 60 LEU 61 MET 62 MET 63 ARG 64 GLY 65 GLN 66 VAL 67 ALA 68 GLU 69 VAL 70 GLU 71 GLU 72 SER 73 MET 74 ILE 75 ALA 76 ALA 77 ARG 78 GLU 79 ILE 80 ALA 81 GLY 82 ALA 83 GLY 84 SER 85 GLY 86 ALA 87 LEU 88 LEU 89 ASP 90 GLU 91 LEU 92 GLU 93 LEU 94 PRO 95 TYR 96 ALA 97 HIS 98 GLU 99 GLN 100 LEU 101 TRP 102 ARG 103 PHE 104 LEU 105 ASP 106 ALA 107 PRO 108 VAL 109 VAL 110 ALA 111 ASP 112 ALA 113 TRP 114 GLU 119 SER 120 VAL 121 ILE 122 ILE 123 VAL 124 GLU 125 THR 126 ALA 127 THR 128 VAL 129 CYS 130 ALA 131 ALA 132 ILE 133 ASP 134 SER 135 ALA 136 ASP 137 ALA 138 ALA 139 LEU 140 LYS 141 THR 142 ALA 143 PRO 144 VAL 145 VAL 146 LEU 147 ARG 148 ASP 149 MET 150 ARG 151 LEU 152 ALA 153 ILE 154 GLY 155 ILE 156 ALA 157 GLY 158 LYS 159 ALA 160 PHE 161 PHE 162 THR 163 LEU 164 THR 165 GLY 166 GLU 167 LEU 168 ALA 169 ASP 170 VAL 171 GLU 172 ALA 173 ALA 174 ALA 175 GLU 176 VAL 177 VAL 178 ARG 179 GLU 180 ARG 181 CYS 182 GLY 183 ALA 184 ARG 185 LEU 186 LEU 187 GLU 188 LEU 189 ALA 190 CYS 191 ILE 192 ALA 193 ARG 194 PRO 195 VAL 196 ASP 197 GLU 198 LEU 199 ARG 200 GLY 201 ARG 202 LEU 203 PHE 204 PHE 205
Unit 6	PRO 5 GLU 6 ARG 7 PHE 8 ASP 9 ALA 10 THR 11 PRO 12 PRO 13 ALA 14 GLY 15 GLU 16 PRO 17 ASP 18 ARG 19 PRO 20 ALA 21 LEU 22 GLY 23 VAL 24 LEU 25 GLU 26 LEU 27 THR 28 SER 29 ILE 30 ALA 31 ARG 32 GLY 33 ILE 34 THR 35 VAL 36 ALA 37 ASP 38 ALA 39 ALA 40 LEU 41 LYS 42 ARG 43 ALA 44 PRO 45 SER 46 LEU 47 LEU 48 LEU 49 MET 50 SER 51 ARG 52 PRO 53 VAL 54 CYS 55 SER 56 GLY 57 LYS 58 HIS 59 LEU 60 LEU 61 MET 62 MET 63 ARG 64 GLY 65 GLN 66 VAL 67 ALA 68 GLU 69 VAL 70 GLU 71 GLU 72 SER 73 MET 74 ILE 75 ALA 76 ALA 77 ARG 78 GLU 79 ILE 80 ALA 81 GLY 82 ALA 83 GLY 84 SER 85 GLY 86 ALA 87 LEU 88 LEU 89 ASP 90 GLU 91 LEU 92 GLU 93 LEU 94 PRO 95 TYR 96 ALA 97 HIS 98 GLU 99 GLN 100 LEU 101 TRP 102 ARG 103 PHE 104 LEU 105 ASP 106 ALA 107 PRO 108 VAL 109 VAL 110 ALA 111 ASP 112 ALA 113 TRP 114 GLU 119 SER 120 VAL 121 ILE 122 ILE 123 VAL 124 GLU 125 THR 126 ALA 127 THR 128 VAL 129 CYS 130 ALA 131 ALA 132 ILE 133 ASP 134 SER 135 ALA 136 ASP 137 ALA 138 ALA 139 LEU 140 LYS 141 THR 142 ALA 143 PRO 144 VAL 145 VAL 146 LEU 147 ARG 148 ASP 149 MET 150 ARG 151 LEU 152 ALA 153 ILE 154 GLY 155 ILE 156 ALA 157 GLY 158 LYS 159 ALA 160 PHE 161 PHE 162 THR 163 LEU 164 THR 165 GLY 166 GLU 167 LEU 168 ALA 169 ASP 170 VAL 171 GLU 172 ALA 173 ALA 174 ALA 175 GLU 176 VAL 177 VAL 178 ARG 179 GLU 180 ARG 181 CYS 182 GLY 183 ALA 184 ARG 185 LEU 186 LEU 187 GLU 188 LEU 189 ALA 190 CYS 191 ILE 192 ALA 193 ARG 194 PRO 195 VAL 196 ASP 197 GLU 198 LEU 199 ARG 200 GLY 201 ARG 202 LEU 203 PHE 204 PHE 205

Ligands

Unit 7	SF4 301
Unit 8	SF4 301