5CX8 - Sequence, Chains, Asymmetric and Biological Units

• Title: STRUCTURE OF RAGB, A MAJOR IMMUNODOMINANT VIRULENCE FACTOR O PORPHYROMONAS GINGIVALIS.
• Keywords: MAJOR IMMUNODOMINANT VIRULENCE FACTOR, MEMBRANE PROTEIN
• Experiment: X-ray diffraction
• Number of Models: 1

Database	ID code	Status	Coordinate files
			Header	Asymmetric unit	Biological unit
PDB	5CX8	released	available	available	Quaternary Structure Server

Asymmetric unit from PDB

Unit	Type	Name	Chain ID	Residues	Atoms	Hetatoms
1	Protein	LIPOPROTEIN RAGB	A	472	3716	48
2	Protein	LIPOPROTEIN RAGB	B	472	3716	48
3	Ligand	LIPOPROTEIN RAGB	A	6	0	47
4	Ligand	LIPOPROTEIN RAGB	B	2	0	19
5	Water			509	0	509
total				1461	7432	671

Proteins

Unit 1

ASP 30 PHE 31 GLN 32 GLN 33 PRO 34 TYR 35 THR 36 SER 37 PHE 38 VAL 39 GLN 40 THR 41 LYS 42 GLN 43 ASN 44 ARG 45 ASP 46 GLY 47 LEU 48 TYR 49 ALA 50 LEU 51 LEU 52 ARG 53 ASN 54 THR 55 GLU 56 ASN 57 PRO 58 ARG 59 MSE 60 HIS 61 PHE 62 TYR 63 GLN 64 GLU 65 LEU 66 GLN 67 SER 68 ASP 69 MSE 70 TYR 71 CYS 72 THR 73 THR 74 ILE 75 THR 76 ASP 77 GLY 78 ASN 79 SER 80 LEU 81 ALA 82 PRO 83 PHE 84 VAL 85 ASN 86 TRP 87 ASP 88 LEU 89 GLY 90 ILE 91 LEU 92 ASN 93 ASP 94 HIS 95 GLY 96 ARG 97 ALA 98 ASP 99 GLU 100 ASP 101 GLU 102 VAL 103 SER 104 GLY 105 ILE 106 ALA 107 GLY 108 TYR 109 TYR 110 PHE 111 VAL 112 TYR 113 ASN 114 ARG 115 LEU 116 ASN 117 GLN 118 GLN 119 ALA 120 ASN 121 ALA 122 PHE 123 VAL 124 ASN 125 ASN 126 THR 127 GLU 128 ALA 129 ALA 130 LEU 131 GLN 132 ASN 133 GLN 134 VAL 135 TYR 136 LYS 137 ASN 138 SER 139 THR 140 GLU 141 ILE 142 ALA 143 ASN 144 ALA 145 LYS 146 SER 147 PHE 148 LEU 149 ALA 150 GLU 151 GLY 152 LYS 153 VAL 154 LEU 155 GLN 156 ALA 157 LEU 158 ALA 159 ILE 160 TRP 161 ARG 162 LEU 163 MSE 164 ASP 165 ARG 166 PHE 167 SER 168 PHE 169 HIS 170 GLU 171 SER 172 VAL 173 THR 174 GLU 175 VAL 176 ASN 177 SER 178 GLY 179 ALA 180 LYS 181 ASP 182 LEU 183 GLY 184 VAL 185 ILE 186 LEU 187 LEU 188 LYS 189 GLU 190 TYR 191 ASN 192 PRO 193 GLY 194 TYR 195 ILE 196 GLY 197 PRO 198 ARG 199 ALA 200 THR 201 LYS 202 ALA 203 GLN 204 CYS 205 TYR 206 ASP 207 TYR 208 ILE 209 LEU 210 SER 211 ARG 212 LEU 213 SER 214 GLU 215 ALA 216 ILE 217 GLU 218 VAL 219 LEU 220 PRO 221 GLU 222 ASN 223 ARG 224 GLU 225 SER 226 VAL 227 LEU 228 TYR 229 VAL 230 SER 231 ARG 232 ASP 233 TYR 234 ALA 235 TYR 236 ALA 237 LEU 238 ARG 239 ALA 240 ARG 241 ILE 242 TYR 243 LEU 244 ALA 245 LEU 246 GLY 247 GLU 248 TYR 249 GLY 250 LYS 251 ALA 252 ALA 253 ALA 254 ASP 255 ALA 256 LYS 257 MSE 258 VAL 259 VAL 260 ASP 261 LYS 262 TYR 263 PRO 264 LEU 265 ILE 266 GLY 267 ALA 268 ALA 269 ASP 270 ALA 271 SER 272 GLU 273 PHE 274 GLU 275 ASN 276 ILE 277 TYR 278 ARG 279 SER 280 ASP 281 ALA 282 ASN 283 ASN 284 PRO 285 GLU 286 ILE 287 ILE 288 PHE 289 ARG 290 GLY 291 PHE 292 ALA 293 SER 294 ALA 295 THR 296 LEU 297 GLY 298 SER 299 PHE 300 THR 301 ALA 302 THR 303 THR 304 LEU 305 ASN 306 GLY 307 ALA 308 ALA 309 PRO 310 ALA 311 GLY 312 LYS 313 ASP 314 ILE 315 LYS 316 TYR 317 ASN 318 PRO 319 SER 320 ALA 321 VAL 322 PRO 323 PHE 324 GLN 325 TRP 326 VAL 327 VAL 328 ASP 329 LEU 330 TYR 331 GLU 332 ASN 333 GLU 334 ASP 335 PHE 336 ARG 337 LYS 338 SER 339 VAL 340 TYR 341 ILE 342 ALA 343 LYS 344 VAL 345 VAL 346 LYS 347 LYS 348 ASP 349 LYS 350 GLY 351 TYR 352 LEU 353 VAL 354 ASN 355 LYS 356 PHE 357 LEU 358 GLU 359 ASP 360 LYS 361 ALA 362 TYR 363 ARG 364 ASP 365 VAL 366 GLN 367 ASP 368 LYS 369 PRO 370 ASN 371 LEU 372 LYS 373 VAL 374 GLY 375 ALA 376 ARG 377 TYR 378 PHE 379 SER 380 VAL 381 ALA 382 GLU 383 VAL 384 TYR 385 LEU 386 ILE 387 LEU 388 VAL 389 GLU 390 SER 391 ALA 392 LEU 393 GLN 394 THR 395 GLY 396 ASP 397 THR 398 PRO 399 THR 400 ALA 401 GLU 402 LYS 403 TYR 404 LEU 405 LYS 406 ALA 407 LEU 408 SER 409 LYS 410 ALA 411 ARG 412 GLY 413 ALA 414 GLU 415 VAL 416 SER 417 VAL 418 VAL 419 ASN 420 MSE 421 GLU 422 ALA 423 LEU 424 GLN 425 ALA 426 GLU 427 ARG 428 THR 429 ARG 430 GLU 431 LEU 432 ILE 433 GLY 434 GLU 435 GLY 436 SER 437 ARG 438 LEU 439 ARG 440 ASP 441 MSE 442 VAL 443 ARG 444 TRP 445 SER 446 ILE 447 PRO 448 ASN 449 ASN 450 HIS 451 ASP 452 ALA 453 PHE 454 GLU 455 THR 456 GLN 457 PRO 458 GLY 459 LEU 460 GLU 461 GLY 462 PHE 463 ALA 464 ASN 465 THR 466 THR 467 PRO 468 LEU 469 LYS 470 ALA 471 GLN 472 ALA 473 PRO 474 VAL 475 GLY 476 PHE 477 TYR 478 ALA 479 TYR 480 THR 481 TRP 482 GLU 483 PHE 484 PRO 485 GLN 486 ARG 487 ASP 488 ARG 489 GLN 490 THR 491 ASN 492 PRO 493 GLN 494 LEU 495 ILE 496 LYS 497 ASN 498 TRP 499 PRO 500 ILE 501

Unit 2

ASP 30 PHE 31 GLN 32 GLN 33 PRO 34 TYR 35 THR 36 SER 37 PHE 38 VAL 39 GLN 40 THR 41 LYS 42 GLN 43 ASN 44 ARG 45 ASP 46 GLY 47 LEU 48 TYR 49 ALA 50 LEU 51 LEU 52 ARG 53 ASN 54 THR 55 GLU 56 ASN 57 PRO 58 ARG 59 MSE 60 HIS 61 PHE 62 TYR 63 GLN 64 GLU 65 LEU 66 GLN 67 SER 68 ASP 69 MSE 70 TYR 71 CYS 72 THR 73 THR 74 ILE 75 THR 76 ASP 77 GLY 78 ASN 79 SER 80 LEU 81 ALA 82 PRO 83 PHE 84 VAL 85 ASN 86 TRP 87 ASP 88 LEU 89 GLY 90 ILE 91 LEU 92 ASN 93 ASP 94 HIS 95 GLY 96 ARG 97 ALA 98 ASP 99 GLU 100 ASP 101 GLU 102 VAL 103 SER 104 GLY 105 ILE 106 ALA 107 GLY 108 TYR 109 TYR 110 PHE 111 VAL 112 TYR 113 ASN 114 ARG 115 LEU 116 ASN 117 GLN 118 GLN 119 ALA 120 ASN 121 ALA 122 PHE 123 VAL 124 ASN 125 ASN 126 THR 127 GLU 128 ALA 129 ALA 130 LEU 131 GLN 132 ASN 133 GLN 134 VAL 135 TYR 136 LYS 137 ASN 138 SER 139 THR 140 GLU 141 ILE 142 ALA 143 ASN 144 ALA 145 LYS 146 SER 147 PHE 148 LEU 149 ALA 150 GLU 151 GLY 152 LYS 153 VAL 154 LEU 155 GLN 156 ALA 157 LEU 158 ALA 159 ILE 160 TRP 161 ARG 162 LEU 163 MSE 164 ASP 165 ARG 166 PHE 167 SER 168 PHE 169 HIS 170 GLU 171 SER 172 VAL 173 THR 174 GLU 175 VAL 176 ASN 177 SER 178 GLY 179 ALA 180 LYS 181 ASP 182 LEU 183 GLY 184 VAL 185 ILE 186 LEU 187 LEU 188 LYS 189 GLU 190 TYR 191 ASN 192 PRO 193 GLY 194 TYR 195 ILE 196 GLY 197 PRO 198 ARG 199 ALA 200 THR 201 LYS 202 ALA 203 GLN 204 CYS 205 TYR 206 ASP 207 TYR 208 ILE 209 LEU 210 SER 211 ARG 212 LEU 213 SER 214 GLU 215 ALA 216 ILE 217 GLU 218 VAL 219 LEU 220 PRO 221 GLU 222 ASN 223 ARG 224 GLU 225 SER 226 VAL 227 LEU 228 TYR 229 VAL 230 SER 231 ARG 232 ASP 233 TYR 234 ALA 235 TYR 236 ALA 237 LEU 238 ARG 239 ALA 240 ARG 241 ILE 242 TYR 243 LEU 244 ALA 245 LEU 246 GLY 247 GLU 248 TYR 249 GLY 250 LYS 251 ALA 252 ALA 253 ALA 254 ASP 255 ALA 256 LYS 257 MSE 258 VAL 259 VAL 260 ASP 261 LYS 262 TYR 263 PRO 264 LEU 265 ILE 266 GLY 267 ALA 268 ALA 269 ASP 270 ALA 271 SER 272 GLU 273 PHE 274 GLU 275 ASN 276 ILE 277 TYR 278 ARG 279 SER 280 ASP 281 ALA 282 ASN 283 ASN 284 PRO 285 GLU 286 ILE 287 ILE 288 PHE 289 ARG 290 GLY 291 PHE 292 ALA 293 SER 294 ALA 295 THR 296 LEU 297 GLY 298 SER 299 PHE 300 THR 301 ALA 302 THR 303 THR 304 LEU 305 ASN 306 GLY 307 ALA 308 ALA 309 PRO 310 ALA 311 GLY 312 LYS 313 ASP 314 ILE 315 LYS 316 TYR 317 ASN 318 PRO 319 SER 320 ALA 321 VAL 322 PRO 323 PHE 324 GLN 325 TRP 326 VAL 327 VAL 328 ASP 329 LEU 330 TYR 331 GLU 332 ASN 333 GLU 334 ASP 335 PHE 336 ARG 337 LYS 338 SER 339 VAL 340 TYR 341 ILE 342 ALA 343 LYS 344 VAL 345 VAL 346 LYS 347 LYS 348 ASP 349 LYS 350 GLY 351 TYR 352 LEU 353 VAL 354 ASN 355 LYS 356 PHE 357 LEU 358 GLU 359 ASP 360 LYS 361 ALA 362 TYR 363 ARG 364 ASP 365 VAL 366 GLN 367 ASP 368 LYS 369 PRO 370 ASN 371 LEU 372 LYS 373 VAL 374 GLY 375 ALA 376 ARG 377 TYR 378 PHE 379 SER 380 VAL 381 ALA 382 GLU 383 VAL 384 TYR 385 LEU 386 ILE 387 LEU 388 VAL 389 GLU 390 SER 391 ALA 392 LEU 393 GLN 394 THR 395 GLY 396 ASP 397 THR 398 PRO 399 THR 400 ALA 401 GLU 402 LYS 403 TYR 404 LEU 405 LYS 406 ALA 407 LEU 408 SER 409 LYS 410 ALA 411 ARG 412 GLY 413 ALA 414 GLU 415 VAL 416 SER 417 VAL 418 VAL 419 ASN 420 MSE 421 GLU 422 ALA 423 LEU 424 GLN 425 ALA 426 GLU 427 ARG 428 THR 429 ARG 430 GLU 431 LEU 432 ILE 433 GLY 434 GLU 435 GLY 436 SER 437 ARG 438 LEU 439 ARG 440 ASP 441 MSE 442 VAL 443 ARG 444 TRP 445 SER 446 ILE 447 PRO 448 ASN 449 ASN 450 HIS 451 ASP 452 ALA 453 PHE 454 GLU 455 THR 456 GLN 457 PRO 458 GLY 459 LEU 460 GLU 461 GLY 462 PHE 463 ALA 464 ASN 465 THR 466 THR 467 PRO 468 LEU 469 LYS 470 ALA 471 GLN 472 ALA 473 PRO 474 VAL 475 GLY 476 PHE 477 TYR 478 ALA 479 TYR 480 THR 481 TRP 482 GLU 483 PHE 484 PRO 485 GLN 486 ARG 487 ASP 488 ARG 489 GLN 490 THR 491 ASN 492 PRO 493 GLN 494 LEU 495 ILE 496 LYS 497 ASN 498 TRP 499 PRO 500 ILE 501

Ligands

Unit 3	3DO 601 TG6 602 GOL 603 GOL 604 ACT 605 ACT 606
Unit 4	RP3 601 GOL 602