5BTD - Sequence, Chains, Asymmetric and Biological Units

• Title: CRYSTAL STRUCTURE OF A TOPOISOMERASE II COMPLEX
• Keywords: PROTEIN-DNA COMPLEX, TOPOISOMERASE II, ISOMERASE-DNA COMPLEX
• Experiment: X-ray diffraction
• Number of Models: 1

Database	ID code	Status	Coordinate files
			Header	Asymmetric unit	Biological unit
PDB	5BTD	released	available	available	Quaternary Structure Server

Asymmetric unit from PDB

Unit	Type	Name	Chain ID	Residues	Atoms	Hetatoms
1	Protein	DNA GYRASE SUBUNIT A	A	487	7648	23
2	Protein	DNA GYRASE SUBUNIT B	B	245	3906	0
3	Protein	DNA GYRASE SUBUNIT A	C	487	7647	23
4	Protein	DNA GYRASE SUBUNIT B	D	247	3930	0
5	Other macromolecule	DNA SUBSTRATE 24-MER GGTCATGAATGACTATGCACGTAA	E	21	615	0
6	Other macromolecule	DNA SUBSTRATE 24-MER TTACGTGCATAGTCATTCATGACC	F	21	618	0
7	Other macromolecule	DNA SUBSTRATE 24-MER TTACGTGCATAGTCATTCATGACC	G	21	612	0
8	Other macromolecule	DNA SUBSTRATE 24-MER GGTCATGAATGACTATGCACGTAA	H	21	616	0
9	Ligand	DNA GYRASE SUBUNIT B	B	1	0	1
10	Ligand	DNA GYRASE SUBUNIT B	D	1	0	1
11	Ligand	DNA SUBSTRATE 24-MER GGTCATGAATGACTATGCACGTAA	E	2	0	49
12	Ligand	DNA SUBSTRATE 24-MER TTACGTGCATAGTCATTCATGACC	F	1	0	1
13	Ligand	DNA SUBSTRATE 24-MER TTACGTGCATAGTCATTCATGACC	G	1	0	48
14	Water			211	0	211
total				1767	25592	357

Proteins

Unit 1	ILE 15 GLU 16 PRO 17 VAL 18 ASP 19 ILE 20 GLU 21 GLN 22 GLU 23 MET 24 GLN 25 ARG 26 SER 27 TYR 28 ILE 29 ASP 30 TYR 31 ALA 32 MET 33 SER 34 VAL 35 ILE 36 VAL 37 GLY 38 ARG 39 ALA 40 LEU 41 PRO 42 GLU 43 VAL 44 ARG 45 ASP 46 GLY 47 LEU 48 LYS 49 PRO 50 VAL 51 HIS 52 ARG 53 ARG 54 VAL 55 LEU 56 TYR 57 ALA 58 MET 59 PHE 60 ASP 61 SER 62 GLY 63 PHE 64 ARG 65 PRO 66 ASP 67 ARG 68 SER 69 HIS 70 ALA 71 LYS 72 SER 73 ALA 74 ARG 75 SER 76 VAL 77 ALA 78 GLU 79 THR 80 MET 81 GLY 82 ASN 83 TYR 84 HIS 85 PRO 86 HIS 87 GLY 88 ASP 89 ALA 90 SER 91 ILE 92 TYR 93 ASP 94 SER 95 LEU 96 VAL 97 ARG 98 MET 99 ALA 100 GLN 101 PRO 102 TRP 103 SER 104 LEU 105 ARG 106 TYR 107 PRO 108 LEU 109 VAL 110 ASP 111 GLY 112 GLN 113 GLY 114 ASN 115 PHE 116 GLY 117 SER 118 PRO 119 GLY 120 ASN 121 ASP 122 PRO 123 PRO 124 ALA 125 ALA 126 MET 127 ARG 128 PTR 129 THR 130 GLU 131 ALA 132 ARG 133 LEU 134 THR 135 PRO 136 LEU 137 ALA 138 MET 139 GLU 140 MET 141 LEU 142 ARG 143 GLU 144 ILE 145 ASP 146 GLU 147 GLU 148 THR 149 VAL 150 ASP 151 PHE 152 ILE 153 PRO 154 ASN 155 TYR 156 ASP 157 GLY 158 ARG 159 VAL 160 GLN 161 GLU 162 PRO 163 THR 164 VAL 165 LEU 166 PRO 167 SER 168 ARG 169 PHE 170 PRO 171 ASN 172 LEU 173 LEU 174 ALA 175 ASN 176 GLY 177 SER 178 GLY 179 GLY 180 ILE 181 ALA 182 VAL 183 GLY 184 MET 185 ALA 186 THR 187 ASN 188 ILE 189 PRO 190 PRO 191 HIS 192 ASN 193 LEU 194 ARG 195 GLU 196 LEU 197 ALA 198 ASP 199 ALA 200 VAL 201 PHE 202 TRP 203 ALA 204 LEU 205 GLU 206 ASN 207 HIS 208 ASP 209 ALA 210 ASP 211 GLU 212 GLU 213 GLU 214 THR 215 LEU 216 ALA 217 ALA 218 VAL 219 MET 220 GLY 221 ARG 222 VAL 223 LYS 224 GLY 225 PRO 226 ASP 227 PHE 228 PRO 229 THR 230 ALA 231 GLY 232 LEU 233 ILE 234 VAL 235 GLY 236 SER 237 GLN 238 GLY 239 THR 240 ALA 241 ASP 242 ALA 243 TYR 244 LYS 245 THR 246 GLY 247 ARG 248 GLY 249 SER 250 ILE 251 ARG 252 MET 253 ARG 254 GLY 255 VAL 256 VAL 257 GLU 258 VAL 259 GLU 260 GLU 261 ASP 262 SER 263 ARG 264 GLY 265 ARG 266 THR 267 SER 268 LEU 269 VAL 270 ILE 271 THR 272 GLU 273 LEU 274 PRO 275 TYR 276 GLN 277 VAL 278 ASN 279 HIS 280 ASP 281 ASN 282 PHE 283 ILE 284 THR 285 SER 286 ILE 287 ALA 288 GLU 289 GLN 290 VAL 291 ARG 292 ASP 293 GLY 294 LYS 295 LEU 296 ALA 297 GLY 298 ILE 299 SER 300 ASN 301 ILE 302 GLU 303 ASP 304 GLN 305 SER 306 SER 307 ASP 308 ARG 309 VAL 310 GLY 311 LEU 312 ARG 313 ILE 314 VAL 315 ILE 316 GLU 317 ILE 318 LYS 319 ARG 320 ASP 321 ALA 322 VAL 323 ALA 324 LYS 325 VAL 326 VAL 327 ILE 328 ASN 329 ASN 330 LEU 331 TYR 332 LYS 333 HIS 334 THR 335 GLN 336 LEU 337 GLN 338 THR 339 SER 340 PHE 341 GLY 342 ALA 343 ASN 344 MET 345 LEU 346 ALA 347 ILE 348 VAL 349 ASP 350 GLY 351 VAL 352 PRO 353 ARG 354 THR 355 LEU 356 ARG 357 LEU 358 ASP 359 GLN 360 LEU 361 ILE 362 ARG 363 TYR 364 TYR 365 VAL 366 ASP 367 HIS 368 GLN 369 LEU 370 ASP 371 VAL 372 ILE 373 VAL 374 ARG 375 ARG 376 THR 377 THR 378 TYR 379 ARG 380 LEU 381 ARG 382 LYS 383 ALA 384 ASN 385 GLU 386 ARG 387 ALA 388 HIS 389 ILE 390 LEU 391 ARG 392 GLY 393 LEU 394 VAL 395 LYS 396 ALA 397 LEU 398 ASP 399 ALA 400 LEU 401 ASP 402 GLU 403 VAL 404 ILE 405 ALA 406 LEU 407 ILE 408 ARG 409 ALA 410 SER 411 GLU 412 THR 413 VAL 414 ASP 415 ILE 416 ALA 417 ARG 418 ALA 419 GLY 420 LEU 421 ILE 422 GLU 423 LEU 424 LEU 425 ASP 426 ILE 427 ASP 428 GLU 429 ILE 430 GLN 431 ALA 432 GLN 433 ALA 434 ILE 435 LEU 436 ASP 437 MET 438 GLN 439 LEU 440 ARG 441 ARG 442 LEU 443 ALA 444 ALA 445 LEU 446 GLU 447 ARG 448 GLN 449 ARG 450 ILE 451 ILE 452 ASP 453 ASP 454 LEU 455 ALA 456 LYS 457 ILE 458 GLU 459 ALA 460 GLU 461 ILE 462 ALA 463 ASP 464 LEU 465 GLU 466 ASP 467 ILE 468 LEU 469 ALA 470 LYS 471 PRO 472 GLU 473 ARG 474 GLN 475 ARG 476 GLY 477 ILE 478 VAL 479 ARG 480 ASP 481 GLU 482 LEU 483 ALA 484 GLU 485 ILE 486 VAL 487 ASP 488 ARG 489 HIS 490 GLY 491 ASP 492 ASP 493 ARG 494 ARG 495 THR 496 ARG 497 ILE 498 ILE 499 ALA 500 ILE 501
Unit 2	ALA 425 LEU 426 VAL 427 ARG 428 ARG 429 LYS 430 GLY 437 LEU 438 PRO 439 GLY 440 LYS 441 LEU 442 ALA 443 ASP 444 CYS 445 ARG 446 SER 447 THR 448 ASP 449 PRO 450 ARG 451 LYS 452 SER 453 GLU 454 LEU 455 TYR 456 VAL 457 VAL 458 GLU 459 GLY 460 ASP 461 SER 462 ALA 463 GLY 464 GLY 465 SER 466 ALA 467 LYS 468 SER 469 GLY 470 ARG 471 ASP 472 SER 473 MET 474 PHE 475 GLN 476 ALA 477 ILE 478 LEU 479 PRO 480 LEU 481 ARG 482 GLY 483 LYS 484 ILE 485 ILE 486 ASN 487 VAL 488 GLU 489 LYS 490 ALA 491 ARG 492 ILE 493 ASP 494 ARG 495 VAL 496 LEU 497 LYS 498 ASN 499 THR 500 GLU 501 VAL 502 GLN 503 ALA 504 ILE 505 ILE 506 THR 507 ALA 508 LEU 509 GLY 510 THR 511 GLY 512 ILE 513 HIS 514 ASP 515 GLU 516 PHE 517 ASP 518 ILE 519 GLY 520 LYS 521 LEU 522 ARG 523 TYR 524 HIS 525 LYS 526 ILE 527 VAL 528 LEU 529 MET 530 ALA 531 ASP 532 ALA 533 ASP 534 VAL 535 ASP 536 GLY 537 GLN 538 HIS 539 ILE 540 SER 541 THR 542 LEU 543 LEU 544 LEU 545 THR 546 LEU 547 LEU 548 PHE 549 ARG 550 PHE 551 MET 552 ARG 553 PRO 554 LEU 555 ILE 556 GLU 557 ASN 558 GLY 559 HIS 560 VAL 561 PHE 562 LEU 563 ALA 564 GLN 565 PRO 566 PRO 567 LEU 568 TYR 569 LYS 570 LEU 571 LYS 572 TRP 573 GLN 574 ARG 575 SER 576 ASP 577 PRO 578 GLU 579 PHE 580 ALA 581 TYR 582 SER 583 ASP 584 ARG 585 GLU 586 ARG 587 ASP 588 GLY 589 LEU 590 LEU 591 GLU 592 ALA 593 GLY 594 LEU 595 LYS 596 ALA 597 GLY 598 LYS 599 LYS 600 ILE 601 ASN 602 LYS 603 GLU 604 ASP 605 GLY 606 ILE 607 GLN 608 ARG 609 TYR 610 LYS 611 GLY 612 LEU 613 GLY 614 GLU 615 MET 616 ASP 617 ALA 618 LYS 619 GLU 620 LEU 621 TRP 622 GLU 623 THR 624 THR 625 MET 626 ASP 627 PRO 628 SER 629 VAL 630 ARG 631 VAL 632 LEU 633 ARG 634 GLN 635 VAL 636 THR 637 LEU 638 ASP 639 ASP 640 ALA 641 ALA 642 ALA 643 ALA 644 ASP 645 GLU 646 LEU 647 PHE 648 SER 649 ILE 650 LEU 651 MET 652 GLY 653 GLU 654 ASP 655 VAL 656 ASP 657 ALA 658 ARG 659 ARG 660 SER 661 PHE 662 ILE 663 THR 664 ARG 665 ASN 666 ALA 667 LYS 668 ASP 669 VAL 670 ARG 671 PHE 672 LEU 673 ASP 674 VAL 675
Unit 3	ILE 15 GLU 16 PRO 17 VAL 18 ASP 19 ILE 20 GLU 21 GLN 22 GLU 23 MET 24 GLN 25 ARG 26 SER 27 TYR 28 ILE 29 ASP 30 TYR 31 ALA 32 MET 33 SER 34 VAL 35 ILE 36 VAL 37 GLY 38 ARG 39 ALA 40 LEU 41 PRO 42 GLU 43 VAL 44 ARG 45 ASP 46 GLY 47 LEU 48 LYS 49 PRO 50 VAL 51 HIS 52 ARG 53 ARG 54 VAL 55 LEU 56 TYR 57 ALA 58 MET 59 PHE 60 ASP 61 SER 62 GLY 63 PHE 64 ARG 65 PRO 66 ASP 67 ARG 68 SER 69 HIS 70 ALA 71 LYS 72 SER 73 ALA 74 ARG 75 SER 76 VAL 77 ALA 78 GLU 79 THR 80 MET 81 GLY 82 ASN 83 TYR 84 HIS 85 PRO 86 HIS 87 GLY 88 ASP 89 ALA 90 SER 91 ILE 92 TYR 93 ASP 94 SER 95 LEU 96 VAL 97 ARG 98 MET 99 ALA 100 GLN 101 PRO 102 TRP 103 SER 104 LEU 105 ARG 106 TYR 107 PRO 108 LEU 109 VAL 110 ASP 111 GLY 112 GLN 113 GLY 114 ASN 115 PHE 116 GLY 117 SER 118 PRO 119 GLY 120 ASN 121 ASP 122 PRO 123 PRO 124 ALA 125 ALA 126 MET 127 ARG 128 PTR 129 THR 130 GLU 131 ALA 132 ARG 133 LEU 134 THR 135 PRO 136 LEU 137 ALA 138 MET 139 GLU 140 MET 141 LEU 142 ARG 143 GLU 144 ILE 145 ASP 146 GLU 147 GLU 148 THR 149 VAL 150 ASP 151 PHE 152 ILE 153 PRO 154 ASN 155 TYR 156 ASP 157 GLY 158 ARG 159 VAL 160 GLN 161 GLU 162 PRO 163 THR 164 VAL 165 LEU 166 PRO 167 SER 168 ARG 169 PHE 170 PRO 171 ASN 172 LEU 173 LEU 174 ALA 175 ASN 176 GLY 177 SER 178 GLY 179 GLY 180 ILE 181 ALA 182 VAL 183 GLY 184 MET 185 ALA 186 THR 187 ASN 188 ILE 189 PRO 190 PRO 191 HIS 192 ASN 193 LEU 194 ARG 195 GLU 196 LEU 197 ALA 198 ASP 199 ALA 200 VAL 201 PHE 202 TRP 203 ALA 204 LEU 205 GLU 206 ASN 207 HIS 208 ASP 209 ALA 210 ASP 211 GLU 212 GLU 213 GLU 214 THR 215 LEU 216 ALA 217 ALA 218 VAL 219 MET 220 GLY 221 ARG 222 VAL 223 LYS 224 GLY 225 PRO 226 ASP 227 PHE 228 PRO 229 THR 230 ALA 231 GLY 232 LEU 233 ILE 234 VAL 235 GLY 236 SER 237 GLN 238 GLY 239 THR 240 ALA 241 ASP 242 ALA 243 TYR 244 LYS 245 THR 246 GLY 247 ARG 248 GLY 249 SER 250 ILE 251 ARG 252 MET 253 ARG 254 GLY 255 VAL 256 VAL 257 GLU 258 VAL 259 GLU 260 GLU 261 ASP 262 SER 263 ARG 264 GLY 265 ARG 266 THR 267 SER 268 LEU 269 VAL 270 ILE 271 THR 272 GLU 273 LEU 274 PRO 275 TYR 276 GLN 277 VAL 278 ASN 279 HIS 280 ASP 281 ASN 282 PHE 283 ILE 284 THR 285 SER 286 ILE 287 ALA 288 GLU 289 GLN 290 VAL 291 ARG 292 ASP 293 GLY 294 LYS 295 LEU 296 ALA 297 GLY 298 ILE 299 SER 300 ASN 301 ILE 302 GLU 303 ASP 304 GLN 305 SER 306 SER 307 ASP 308 ARG 309 VAL 310 GLY 311 LEU 312 ARG 313 ILE 314 VAL 315 ILE 316 GLU 317 ILE 318 LYS 319 ARG 320 ASP 321 ALA 322 VAL 323 ALA 324 LYS 325 VAL 326 VAL 327 ILE 328 ASN 329 ASN 330 LEU 331 TYR 332 LYS 333 HIS 334 THR 335 GLN 336 LEU 337 GLN 338 THR 339 SER 340 PHE 341 GLY 342 ALA 343 ASN 344 MET 345 LEU 346 ALA 347 ILE 348 VAL 349 ASP 350 GLY 351 VAL 352 PRO 353 ARG 354 THR 355 LEU 356 ARG 357 LEU 358 ASP 359 GLN 360 LEU 361 ILE 362 ARG 363 TYR 364 TYR 365 VAL 366 ASP 367 HIS 368 GLN 369 LEU 370 ASP 371 VAL 372 ILE 373 VAL 374 ARG 375 ARG 376 THR 377 THR 378 TYR 379 ARG 380 LEU 381 ARG 382 LYS 383 ALA 384 ASN 385 GLU 386 ARG 387 ALA 388 HIS 389 ILE 390 LEU 391 ARG 392 GLY 393 LEU 394 VAL 395 LYS 396 ALA 397 LEU 398 ASP 399 ALA 400 LEU 401 ASP 402 GLU 403 VAL 404 ILE 405 ALA 406 LEU 407 ILE 408 ARG 409 ALA 410 SER 411 GLU 412 THR 413 VAL 414 ASP 415 ILE 416 ALA 417 ARG 418 ALA 419 GLY 420 LEU 421 ILE 422 GLU 423 LEU 424 LEU 425 ASP 426 ILE 427 ASP 428 GLU 429 ILE 430 GLN 431 ALA 432 GLN 433 ALA 434 ILE 435 LEU 436 ASP 437 MET 438 GLN 439 LEU 440 ARG 441 ARG 442 LEU 443 ALA 444 ALA 445 LEU 446 GLU 447 ARG 448 GLN 449 ARG 450 ILE 451 ILE 452 ASP 453 ASP 454 LEU 455 ALA 456 LYS 457 ILE 458 GLU 459 ALA 460 GLU 461 ILE 462 ALA 463 ASP 464 LEU 465 GLU 466 ASP 467 ILE 468 LEU 469 ALA 470 LYS 471 PRO 472 GLU 473 ARG 474 GLN 475 ARG 476 GLY 477 ILE 478 VAL 479 ARG 480 ASP 481 GLU 482 LEU 483 ALA 484 GLU 485 ILE 486 VAL 487 ASP 488 ARG 489 HIS 490 GLY 491 ASP 492 ASP 493 ARG 494 ARG 495 THR 496 ARG 497 ILE 498 ILE 499 ALA 500 ILE 501
Unit 4	ASN 424 ALA 425 LEU 426 VAL 427 ARG 428 ARG 429 LYS 430 SER 431 GLY 437 LEU 438 PRO 439 GLY 440 LYS 441 LEU 442 ALA 443 ASP 444 CYS 445 ARG 446 SER 447 THR 448 ASP 449 PRO 450 ARG 451 LYS 452 SER 453 GLU 454 LEU 455 TYR 456 VAL 457 VAL 458 GLU 459 GLY 460 ASP 461 SER 462 ALA 463 GLY 464 GLY 465 SER 466 ALA 467 LYS 468 SER 469 GLY 470 ARG 471 ASP 472 SER 473 MET 474 PHE 475 GLN 476 ALA 477 ILE 478 LEU 479 PRO 480 LEU 481 ARG 482 GLY 483 LYS 484 ILE 485 ILE 486 ASN 487 VAL 488 GLU 489 LYS 490 ALA 491 ARG 492 ILE 493 ASP 494 ARG 495 VAL 496 LEU 497 LYS 498 ASN 499 THR 500 GLU 501 VAL 502 GLN 503 ALA 504 ILE 505 ILE 506 THR 507 ALA 508 LEU 509 GLY 510 THR 511 GLY 512 ILE 513 HIS 514 ASP 515 GLU 516 PHE 517 ASP 518 ILE 519 GLY 520 LYS 521 LEU 522 ARG 523 TYR 524 HIS 525 LYS 526 ILE 527 VAL 528 LEU 529 MET 530 ALA 531 ASP 532 ALA 533 ASP 534 VAL 535 ASP 536 GLY 537 GLN 538 HIS 539 ILE 540 SER 541 THR 542 LEU 543 LEU 544 LEU 545 THR 546 LEU 547 LEU 548 PHE 549 ARG 550 PHE 551 MET 552 ARG 553 PRO 554 LEU 555 ILE 556 GLU 557 ASN 558 GLY 559 HIS 560 VAL 561 PHE 562 LEU 563 ALA 564 GLN 565 PRO 566 PRO 567 LEU 568 TYR 569 LYS 570 LEU 571 LYS 572 TRP 573 GLN 574 ARG 575 SER 576 ASP 577 PRO 578 GLU 579 PHE 580 ALA 581 TYR 582 SER 583 ASP 584 ARG 585 GLU 586 ARG 587 ASP 588 GLY 589 LEU 590 LEU 591 GLU 592 ALA 593 GLY 594 LEU 595 LYS 596 ALA 597 GLY 598 LYS 599 LYS 600 ILE 601 ASN 602 LYS 603 GLU 604 ASP 605 GLY 606 ILE 607 GLN 608 ARG 609 TYR 610 LYS 611 GLY 612 LEU 613 GLY 614 GLU 615 MET 616 ASP 617 ALA 618 LYS 619 GLU 620 LEU 621 TRP 622 GLU 623 THR 624 THR 625 MET 626 ASP 627 PRO 628 SER 629 VAL 630 ARG 631 VAL 632 LEU 633 ARG 634 GLN 635 VAL 636 THR 637 LEU 638 ASP 639 ASP 640 ALA 641 ALA 642 ALA 643 ALA 644 ASP 645 GLU 646 LEU 647 PHE 648 SER 649 ILE 650 LEU 651 MET 652 GLY 653 GLU 654 ASP 655 VAL 656 ASP 657 ALA 658 ARG 659 ARG 660 SER 661 PHE 662 ILE 663 THR 664 ARG 665 ASN 666 ALA 667 LYS 668 ASP 669 VAL 670 ARG 671 PHE 672 LEU 673 ASP 674 VAL 675

Other macromolecules

Unit 5	DT 3 DC 4 DA 5 DT 6 DG 7 DA 8 DA 9 DT 10 DG 11 DA 12 DC 13 DT 14 DA 15 DT 16 DG 17 DC 18 DA 19 DC 20 DG 21 DT 22 DA 23
Unit 6	DA 3 DC 4 DG 5 DT 6 DG 7 DC 8 DA 9 DT 10 DA 11 DG 12 DT 13 DC 14 DA 15 DT 16 DT 17 DC 18 DA 19 DT 20 DG 21 DA 22 DC 23
Unit 7	DA 3 DC 4 DG 5 DT 6 DG 7 DC 8 DA 9 DT 10 DA 11 DG 12 DT 13 DC 14 DA 15 DT 16 DT 17 DC 18 DA 19 DT 20 DG 21 DA 22 DC 23
Unit 8	DT 3 DC 4 DA 5 DT 6 DG 7 DA 8 DA 9 DT 10 DG 11 DA 12 DC 13 DT 14 DA 15 DT 16 DG 17 DC 18 DA 19 DC 20 DG 21 DT 22 DA 23

Ligands

Unit 9	MG 701
Unit 10	MG 701
Unit 11	GFN 101 MG 102
Unit 12	MG 101
Unit 13	GFN 101