4YTR - Sequence, Chains, Asymmetric and Biological Units

• Title: CRYSTAL STRUCTURE OF D-TAGATOSE 3-EPIMERASE C66S FROM PSEUDO CICHORII IN COMPLEX WITH 1-DEOXY L-TAGATOSE
• Keywords: EPIMERASE, ISOMERASE
• Experiment: X-ray diffraction
• Number of Models: 1

Database	ID code	Status	Coordinate files
			Header	Asymmetric unit	Biological unit
PDB	4YTR	released	available	available	Quaternary Structure Server

Asymmetric unit from PDB

Unit	Type	Name	Chain ID	Residues	Atoms	Hetatoms
1	Protein	D-TAGATOSE 3-EPIMERASE	A	294	2314	0
2	Protein	D-TAGATOSE 3-EPIMERASE	B	296	2334	0
3	Protein	D-TAGATOSE 3-EPIMERASE	C	297	2344	0
4	Protein	D-TAGATOSE 3-EPIMERASE	D	290	2287	0
5	Ligand	D-TAGATOSE 3-EPIMERASE	A	1	0	1
6	Ligand	D-TAGATOSE 3-EPIMERASE	B	4	0	34
7	Ligand	D-TAGATOSE 3-EPIMERASE	C	5	0	45
8	Ligand	D-TAGATOSE 3-EPIMERASE	D	4	0	34
9	Water			1151	0	1151
total				2342	9279	1265

Proteins

Unit 1	MET 1 ASN 2 LYS 3 VAL 4 GLY 5 MET 6 PHE 7 TYR 8 THR 9 TYR 10 TRP 11 SER 12 THR 13 GLU 14 TRP 15 MET 16 VAL 17 ASP 18 PHE 19 PRO 20 ALA 21 THR 22 ALA 23 LYS 24 ARG 25 ILE 26 ALA 27 GLY 28 LEU 29 GLY 30 PHE 31 ASP 32 LEU 33 MET 34 GLU 35 ILE 36 SER 37 LEU 38 GLY 39 GLU 40 PHE 41 HIS 42 ASN 43 LEU 44 SER 45 ASP 46 ALA 47 LYS 48 LYS 49 ARG 50 GLU 51 LEU 52 LYS 53 ALA 54 VAL 55 ALA 56 ASP 57 ASP 58 LEU 59 GLY 60 LEU 61 THR 62 VAL 63 MET 64 CYS 65 SER 66 ILE 67 GLY 68 LEU 69 LYS 70 SER 71 GLU 72 TYR 73 ASP 74 PHE 75 ALA 76 SER 77 PRO 78 ASP 79 LYS 80 SER 81 VAL 82 ARG 83 ASP 84 ALA 85 GLY 86 THR 87 GLU 88 TYR 89 VAL 90 LYS 91 ARG 92 LEU 93 LEU 94 ASP 95 ASP 96 CYS 97 HIS 98 LEU 99 LEU 100 GLY 101 ALA 102 PRO 103 VAL 104 PHE 105 ALA 106 GLY 107 LEU 108 THR 109 PHE 110 CYS 111 ALA 112 TRP 113 PRO 114 GLN 115 SER 116 PRO 117 PRO 118 LEU 119 ASP 120 MET 121 LYS 122 ASP 123 LYS 124 ARG 125 PRO 126 TYR 127 VAL 128 ASP 129 ARG 130 ALA 131 ILE 132 GLU 133 SER 134 VAL 135 ARG 136 ARG 137 VAL 138 ILE 139 LYS 140 VAL 141 ALA 142 GLU 143 ASP 144 TYR 145 GLY 146 ILE 147 ILE 148 TYR 149 ALA 150 LEU 151 GLU 152 VAL 153 VAL 154 ASN 155 ARG 156 PHE 157 GLU 158 GLN 159 TRP 160 LEU 161 CYS 162 ASN 163 ASP 164 ALA 165 LYS 166 GLU 167 ALA 168 ILE 169 ALA 170 PHE 171 ALA 172 ASP 173 ALA 174 VAL 175 ASP 176 SER 177 PRO 178 ALA 179 CYS 180 LYS 181 VAL 182 GLN 183 LEU 184 ASP 185 THR 186 PHE 187 HIS 188 MET 189 ASN 190 ILE 191 GLU 192 GLU 193 THR 194 SER 195 PHE 196 ARG 197 ASP 198 ALA 199 ILE 200 LEU 201 ALA 202 CYS 203 LYS 204 GLY 205 LYS 206 MET 207 GLY 208 HIS 209 PHE 210 HIS 211 LEU 212 GLY 213 GLU 214 ALA 215 ASN 216 ARG 217 LEU 218 PRO 219 PRO 220 GLY 221 GLU 222 GLY 223 ARG 224 LEU 225 PRO 226 TRP 227 ASP 228 GLU 229 ILE 230 PHE 231 GLY 232 ALA 233 LEU 234 LYS 235 GLU 236 ILE 237 GLY 238 TYR 239 ASP 240 GLY 241 THR 242 ILE 243 VAL 244 MET 245 GLU 246 PRO 247 PHE 248 MET 249 ARG 250 LYS 251 GLY 252 GLY 253 SER 254 VAL 255 SER 256 ARG 257 ALA 258 VAL 259 GLY 260 VAL 261 TRP 262 ARG 263 ASP 264 MET 265 SER 266 ASN 267 GLY 268 ALA 269 THR 270 ASP 271 GLU 272 GLU 273 MET 274 ASP 275 GLU 276 ARG 277 ALA 278 ARG 279 ARG 280 SER 281 LEU 282 GLN 283 PHE 284 VAL 285 ARG 286 ASP 287 LYS 288 LEU 289 ALA 290 GLY 291 SER 292 ARG 293 SER 294
Unit 2	MET 1 ASN 2 LYS 3 VAL 4 GLY 5 MET 6 PHE 7 TYR 8 THR 9 TYR 10 TRP 11 SER 12 THR 13 GLU 14 TRP 15 MET 16 VAL 17 ASP 18 PHE 19 PRO 20 ALA 21 THR 22 ALA 23 LYS 24 ARG 25 ILE 26 ALA 27 GLY 28 LEU 29 GLY 30 PHE 31 ASP 32 LEU 33 MET 34 GLU 35 ILE 36 SER 37 LEU 38 GLY 39 GLU 40 PHE 41 HIS 42 ASN 43 LEU 44 SER 45 ASP 46 ALA 47 LYS 48 LYS 49 ARG 50 GLU 51 LEU 52 LYS 53 ALA 54 VAL 55 ALA 56 ASP 57 ASP 58 LEU 59 GLY 60 LEU 61 THR 62 VAL 63 MET 64 CYS 65 SER 66 ILE 67 GLY 68 LEU 69 LYS 70 SER 71 GLU 72 TYR 73 ASP 74 PHE 75 ALA 76 SER 77 PRO 78 ASP 79 LYS 80 SER 81 VAL 82 ARG 83 ASP 84 ALA 85 GLY 86 THR 87 GLU 88 TYR 89 VAL 90 LYS 91 ARG 92 LEU 93 LEU 94 ASP 95 ASP 96 CYS 97 HIS 98 LEU 99 LEU 100 GLY 101 ALA 102 PRO 103 VAL 104 PHE 105 ALA 106 GLY 107 LEU 108 THR 109 PHE 110 CYS 111 ALA 112 TRP 113 PRO 114 GLN 115 SER 116 PRO 117 PRO 118 LEU 119 ASP 120 MET 121 LYS 122 ASP 123 LYS 124 ARG 125 PRO 126 TYR 127 VAL 128 ASP 129 ARG 130 ALA 131 ILE 132 GLU 133 SER 134 VAL 135 ARG 136 ARG 137 VAL 138 ILE 139 LYS 140 VAL 141 ALA 142 GLU 143 ASP 144 TYR 145 GLY 146 ILE 147 ILE 148 TYR 149 ALA 150 LEU 151 GLU 152 VAL 153 VAL 154 ASN 155 ARG 156 PHE 157 GLU 158 GLN 159 TRP 160 LEU 161 CYS 162 ASN 163 ASP 164 ALA 165 LYS 166 GLU 167 ALA 168 ILE 169 ALA 170 PHE 171 ALA 172 ASP 173 ALA 174 VAL 175 ASP 176 SER 177 PRO 178 ALA 179 CYS 180 LYS 181 VAL 182 GLN 183 LEU 184 ASP 185 THR 186 PHE 187 HIS 188 MET 189 ASN 190 ILE 191 GLU 192 GLU 193 THR 194 SER 195 PHE 196 ARG 197 ASP 198 ALA 199 ILE 200 LEU 201 ALA 202 CYS 203 LYS 204 GLY 205 LYS 206 MET 207 GLY 208 HIS 209 PHE 210 HIS 211 LEU 212 GLY 213 GLU 214 ALA 215 ASN 216 ARG 217 LEU 218 PRO 219 PRO 220 GLY 221 GLU 222 GLY 223 ARG 224 LEU 225 PRO 226 TRP 227 ASP 228 GLU 229 ILE 230 PHE 231 GLY 232 ALA 233 LEU 234 LYS 235 GLU 236 ILE 237 GLY 238 TYR 239 ASP 240 GLY 241 THR 242 ILE 243 VAL 244 MET 245 GLU 246 PRO 247 PHE 248 MET 249 ARG 250 LYS 251 GLY 252 GLY 253 SER 254 VAL 255 SER 256 ARG 257 ALA 258 VAL 259 GLY 260 VAL 261 TRP 262 ARG 263 ASP 264 MET 265 SER 266 ASN 267 GLY 268 ALA 269 THR 270 ASP 271 GLU 272 GLU 273 MET 274 ASP 275 GLU 276 ARG 277 ALA 278 ARG 279 ARG 280 SER 281 LEU 282 GLN 283 PHE 284 VAL 285 ARG 286 ASP 287 LYS 288 LEU 289 ALA 290 GLY 291 SER 292 ARG 293 SER 294 HIS 295 HIS 296
Unit 3	MET 1 ASN 2 LYS 3 VAL 4 GLY 5 MET 6 PHE 7 TYR 8 THR 9 TYR 10 TRP 11 SER 12 THR 13 GLU 14 TRP 15 MET 16 VAL 17 ASP 18 PHE 19 PRO 20 ALA 21 THR 22 ALA 23 LYS 24 ARG 25 ILE 26 ALA 27 GLY 28 LEU 29 GLY 30 PHE 31 ASP 32 LEU 33 MET 34 GLU 35 ILE 36 SER 37 LEU 38 GLY 39 GLU 40 PHE 41 HIS 42 ASN 43 LEU 44 SER 45 ASP 46 ALA 47 LYS 48 LYS 49 ARG 50 GLU 51 LEU 52 LYS 53 ALA 54 VAL 55 ALA 56 ASP 57 ASP 58 LEU 59 GLY 60 LEU 61 THR 62 VAL 63 MET 64 CYS 65 SER 66 ILE 67 GLY 68 LEU 69 LYS 70 SER 71 GLU 72 TYR 73 ASP 74 PHE 75 ALA 76 SER 77 PRO 78 ASP 79 LYS 80 SER 81 VAL 82 ARG 83 ASP 84 ALA 85 GLY 86 THR 87 GLU 88 TYR 89 VAL 90 LYS 91 ARG 92 LEU 93 LEU 94 ASP 95 ASP 96 CYS 97 HIS 98 LEU 99 LEU 100 GLY 101 ALA 102 PRO 103 VAL 104 PHE 105 ALA 106 GLY 107 LEU 108 THR 109 PHE 110 CYS 111 ALA 112 TRP 113 PRO 114 GLN 115 SER 116 PRO 117 PRO 118 LEU 119 ASP 120 MET 121 LYS 122 ASP 123 LYS 124 ARG 125 PRO 126 TYR 127 VAL 128 ASP 129 ARG 130 ALA 131 ILE 132 GLU 133 SER 134 VAL 135 ARG 136 ARG 137 VAL 138 ILE 139 LYS 140 VAL 141 ALA 142 GLU 143 ASP 144 TYR 145 GLY 146 ILE 147 ILE 148 TYR 149 ALA 150 LEU 151 GLU 152 VAL 153 VAL 154 ASN 155 ARG 156 PHE 157 GLU 158 GLN 159 TRP 160 LEU 161 CYS 162 ASN 163 ASP 164 ALA 165 LYS 166 GLU 167 ALA 168 ILE 169 ALA 170 PHE 171 ALA 172 ASP 173 ALA 174 VAL 175 ASP 176 SER 177 PRO 178 ALA 179 CYS 180 LYS 181 VAL 182 GLN 183 LEU 184 ASP 185 THR 186 PHE 187 HIS 188 MET 189 ASN 190 ILE 191 GLU 192 GLU 193 THR 194 SER 195 PHE 196 ARG 197 ASP 198 ALA 199 ILE 200 LEU 201 ALA 202 CYS 203 LYS 204 GLY 205 LYS 206 MET 207 GLY 208 HIS 209 PHE 210 HIS 211 LEU 212 GLY 213 GLU 214 ALA 215 ASN 216 ARG 217 LEU 218 PRO 219 PRO 220 GLY 221 GLU 222 GLY 223 ARG 224 LEU 225 PRO 226 TRP 227 ASP 228 GLU 229 ILE 230 PHE 231 GLY 232 ALA 233 LEU 234 LYS 235 GLU 236 ILE 237 GLY 238 TYR 239 ASP 240 GLY 241 THR 242 ILE 243 VAL 244 MET 245 GLU 246 PRO 247 PHE 248 MET 249 ARG 250 LYS 251 GLY 252 GLY 253 SER 254 VAL 255 SER 256 ARG 257 ALA 258 VAL 259 GLY 260 VAL 261 TRP 262 ARG 263 ASP 264 MET 265 SER 266 ASN 267 GLY 268 ALA 269 THR 270 ASP 271 GLU 272 GLU 273 MET 274 ASP 275 GLU 276 ARG 277 ALA 278 ARG 279 ARG 280 SER 281 LEU 282 GLN 283 PHE 284 VAL 285 ARG 286 ASP 287 LYS 288 LEU 289 ALA 290 GLY 291 SER 292 ARG 293 SER 294 HIS 295 HIS 296 HIS 297
Unit 4	MET 1 ASN 2 LYS 3 VAL 4 GLY 5 MET 6 PHE 7 TYR 8 THR 9 TYR 10 TRP 11 SER 12 THR 13 GLU 14 TRP 15 MET 16 VAL 17 ASP 18 PHE 19 PRO 20 ALA 21 THR 22 ALA 23 LYS 24 ARG 25 ILE 26 ALA 27 GLY 28 LEU 29 GLY 30 PHE 31 ASP 32 LEU 33 MET 34 GLU 35 ILE 36 SER 37 LEU 38 GLY 39 GLU 40 PHE 41 HIS 42 ASN 43 LEU 44 SER 45 ASP 46 ALA 47 LYS 48 LYS 49 ARG 50 GLU 51 LEU 52 LYS 53 ALA 54 VAL 55 ALA 56 ASP 57 ASP 58 LEU 59 GLY 60 LEU 61 THR 62 VAL 63 MET 64 CYS 65 SER 66 ILE 67 GLY 68 LEU 69 LYS 70 SER 71 GLU 72 TYR 73 ASP 74 PHE 75 ALA 76 SER 77 PRO 78 ASP 79 LYS 80 SER 81 VAL 82 ARG 83 ASP 84 ALA 85 GLY 86 THR 87 GLU 88 TYR 89 VAL 90 LYS 91 ARG 92 LEU 93 LEU 94 ASP 95 ASP 96 CYS 97 HIS 98 LEU 99 LEU 100 GLY 101 ALA 102 PRO 103 VAL 104 PHE 105 ALA 106 GLY 107 LEU 108 THR 109 PHE 110 CYS 111 ALA 112 TRP 113 PRO 114 GLN 115 SER 116 PRO 117 PRO 118 LEU 119 ASP 120 MET 121 LYS 122 ASP 123 LYS 124 ARG 125 PRO 126 TYR 127 VAL 128 ASP 129 ARG 130 ALA 131 ILE 132 GLU 133 SER 134 VAL 135 ARG 136 ARG 137 VAL 138 ILE 139 LYS 140 VAL 141 ALA 142 GLU 143 ASP 144 TYR 145 GLY 146 ILE 147 ILE 148 TYR 149 ALA 150 LEU 151 GLU 152 VAL 153 VAL 154 ASN 155 ARG 156 PHE 157 GLU 158 GLN 159 TRP 160 LEU 161 CYS 162 ASN 163 ASP 164 ALA 165 LYS 166 GLU 167 ALA 168 ILE 169 ALA 170 PHE 171 ALA 172 ASP 173 ALA 174 VAL 175 ASP 176 SER 177 PRO 178 ALA 179 CYS 180 LYS 181 VAL 182 GLN 183 LEU 184 ASP 185 THR 186 PHE 187 HIS 188 MET 189 ASN 190 ILE 191 GLU 192 GLU 193 THR 194 SER 195 PHE 196 ARG 197 ASP 198 ALA 199 ILE 200 LEU 201 ALA 202 CYS 203 LYS 204 GLY 205 LYS 206 MET 207 GLY 208 HIS 209 PHE 210 HIS 211 LEU 212 GLY 213 GLU 214 ALA 215 ASN 216 ARG 217 LEU 218 PRO 219 PRO 220 GLY 221 GLU 222 GLY 223 ARG 224 LEU 225 PRO 226 TRP 227 ASP 228 GLU 229 ILE 230 PHE 231 GLY 232 ALA 233 LEU 234 LYS 235 GLU 236 ILE 237 GLY 238 TYR 239 ASP 240 GLY 241 THR 242 ILE 243 VAL 244 MET 245 GLU 246 PRO 247 PHE 248 MET 249 ARG 250 LYS 251 GLY 252 GLY 253 SER 254 VAL 255 SER 256 ARG 257 ALA 258 VAL 259 GLY 260 VAL 261 TRP 262 ARG 263 ASP 264 MET 265 SER 266 ASN 267 GLY 268 ALA 269 THR 270 ASP 271 GLU 272 GLU 273 MET 274 ASP 275 GLU 276 ARG 277 ALA 278 ARG 279 ARG 280 SER 281 LEU 282 GLN 283 PHE 284 VAL 285 ARG 286 ASP 287 LYS 288 LEU 289 ALA 290

Ligands

Unit 5	MN 401
Unit 6	TGK 401 MN 402 TGK 403 TGK 404
Unit 7	MN 401 TGJ 402 TGK 403 TGK 404 TGK 405
Unit 8	MN 401 TGK 402 TGK 403 TGK 404