4KDF - Sequence, Chains, Asymmetric and Biological Units

• Title: CRYSTAL STRUCTURE OF THERMUS THERMOPHILUS MALATE DEHYDROGENA COMPLEX WITH NAD
• Keywords: DEHYDROGENASE, OXIDOREDUCTASE
• Experiment: X-ray diffraction
• Number of Models: 1

Database	ID code	Status	Coordinate files
			Header	Asymmetric unit	Biological unit
PDB	4KDF	released	available	available	Quaternary Structure Server

Asymmetric unit from PDB

Unit	Type	Name	Chain ID	Residues	Atoms	Hetatoms
1	Protein	MALATE DEHYDROGENASE	A	317	2404	0
2	Protein	MALATE DEHYDROGENASE	B	317	2404	0
3	Protein	MALATE DEHYDROGENASE	C	318	2415	0
4	Protein	MALATE DEHYDROGENASE	D	318	2415	0
5	Ligand	MALATE DEHYDROGENASE	A	3	0	15
6	Ligand	MALATE DEHYDROGENASE	B	3	0	15
7	Ligand	MALATE DEHYDROGENASE	C	2	0	10
8	Ligand	MALATE DEHYDROGENASE	D	2	0	10
9	Water			325	0	325
total				1605	9638	375

Proteins

Unit 1	MET 1 LYS 2 ALA 3 PRO 4 VAL 5 ARG 6 VAL 7 ALA 8 VAL 9 THR 10 GLY 11 ALA 12 ALA 13 GLY 14 GLN 15 ILE 16 GLY 17 TYR 18 SER 19 LEU 20 LEU 21 PHE 22 ARG 23 ILE 24 ALA 25 ALA 26 GLY 27 GLU 28 MET 29 LEU 30 GLY 31 LYS 32 ASP 33 GLN 34 PRO 35 VAL 36 ILE 37 LEU 38 GLN 39 LEU 40 LEU 41 GLU 42 ILE 43 PRO 44 GLN 45 ALA 46 MET 47 LYS 48 ALA 49 LEU 50 GLU 51 GLY 52 VAL 53 VAL 54 MET 55 GLU 56 LEU 57 GLU 58 ASP 59 CYS 60 ALA 61 PHE 62 PRO 63 LEU 64 LEU 65 ALA 66 GLY 67 LEU 68 GLU 69 ALA 70 THR 71 ASP 72 ASP 73 PRO 74 LYS 75 VAL 76 ALA 77 PHE 78 LYS 79 ASP 80 ALA 81 ASP 82 TYR 83 ALA 84 LEU 85 LEU 86 VAL 87 GLY 88 ALA 89 ALA 90 PRO 91 LEU 101 LEU 102 GLN 103 VAL 104 ASN 105 GLY 106 LYS 107 ILE 108 PHE 109 THR 110 GLU 111 GLN 112 GLY 113 ARG 114 ALA 115 LEU 116 ALA 117 GLU 118 VAL 119 ALA 120 LYS 121 LYS 122 ASP 123 VAL 124 LYS 125 VAL 126 LEU 127 VAL 128 VAL 129 GLY 130 ASN 131 PRO 132 ALA 133 ASN 134 THR 135 ASN 136 ALA 137 LEU 138 ILE 139 ALA 140 TYR 141 LYS 142 ASN 143 ALA 144 PRO 145 GLY 146 LEU 147 ASN 148 PRO 149 ARG 150 ASN 151 PHE 152 THR 153 ALA 154 MET 155 THR 156 ARG 157 LEU 158 ASP 159 HIS 160 ASN 161 ARG 162 ALA 163 LYS 164 ALA 165 GLN 166 LEU 167 ALA 168 LYS 169 LYS 170 THR 171 GLY 172 THR 173 GLY 174 VAL 175 ASP 176 ARG 177 ILE 178 ARG 179 ARG 180 MET 181 THR 182 VAL 183 TRP 184 GLY 185 ASN 186 HIS 187 SER 188 SER 189 THR 190 MET 191 PHE 192 PRO 193 ASP 194 LEU 195 PHE 196 HIS 197 ALA 198 GLU 199 VAL 200 ASP 201 GLY 202 ARG 203 PRO 204 ALA 205 LEU 206 GLU 207 LEU 208 VAL 209 ASP 210 MET 211 GLU 212 TRP 213 TYR 214 GLU 215 LYS 216 VAL 217 PHE 218 ILE 219 PRO 220 THR 221 VAL 222 ALA 223 GLN 224 ARG 225 GLY 226 ALA 227 ALA 228 ILE 229 ILE 230 GLN 231 ALA 232 ARG 233 GLY 234 ALA 235 SER 236 SER 237 ALA 238 ALA 239 SER 240 ALA 241 ALA 242 ASN 243 ALA 244 ALA 245 ILE 246 GLU 247 HIS 248 ILE 249 ARG 250 ASP 251 TRP 252 ALA 253 LEU 254 GLY 255 THR 256 PRO 257 GLU 258 GLY 259 ASP 260 TRP 261 VAL 262 SER 263 MET 264 ALA 265 VAL 266 PRO 267 SER 268 GLN 269 GLY 270 GLU 271 TYR 272 GLY 273 ILE 274 PRO 275 GLU 276 GLY 277 ILE 278 VAL 279 TYR 280 SER 281 PHE 282 PRO 283 VAL 284 THR 285 ALA 286 LYS 287 ASP 288 GLY 289 ALA 290 TYR 291 ARG 292 VAL 293 VAL 294 GLU 295 GLY 296 LEU 297 GLU 298 ILE 299 ASN 300 GLU 301 PHE 302 ALA 303 ARG 304 LYS 305 ARG 306 MET 307 GLU 308 ILE 309 THR 310 ALA 311 GLN 312 GLU 313 LEU 314 LEU 315 ASP 316 GLU 317 MET 318 GLU 319 GLN 320 VAL 321 LYS 322 ALA 323 LEU 324 GLY 325 LEU 326
Unit 2	MET 1 LYS 2 ALA 3 PRO 4 VAL 5 ARG 6 VAL 7 ALA 8 VAL 9 THR 10 GLY 11 ALA 12 ALA 13 GLY 14 GLN 15 ILE 16 GLY 17 TYR 18 SER 19 LEU 20 LEU 21 PHE 22 ARG 23 ILE 24 ALA 25 ALA 26 GLY 27 GLU 28 MET 29 LEU 30 GLY 31 LYS 32 ASP 33 GLN 34 PRO 35 VAL 36 ILE 37 LEU 38 GLN 39 LEU 40 LEU 41 GLU 42 ILE 43 PRO 44 GLN 45 ALA 46 MET 47 LYS 48 ALA 49 LEU 50 GLU 51 GLY 52 VAL 53 VAL 54 MET 55 GLU 56 LEU 57 GLU 58 ASP 59 CYS 60 ALA 61 PHE 62 PRO 63 LEU 64 LEU 65 ALA 66 GLY 67 LEU 68 GLU 69 ALA 70 THR 71 ASP 72 ASP 73 PRO 74 LYS 75 VAL 76 ALA 77 PHE 78 LYS 79 ASP 80 ALA 81 ASP 82 TYR 83 ALA 84 LEU 85 LEU 86 VAL 87 GLY 88 ALA 89 ALA 90 PRO 91 LEU 101 LEU 102 GLN 103 VAL 104 ASN 105 GLY 106 LYS 107 ILE 108 PHE 109 THR 110 GLU 111 GLN 112 GLY 113 ARG 114 ALA 115 LEU 116 ALA 117 GLU 118 VAL 119 ALA 120 LYS 121 LYS 122 ASP 123 VAL 124 LYS 125 VAL 126 LEU 127 VAL 128 VAL 129 GLY 130 ASN 131 PRO 132 ALA 133 ASN 134 THR 135 ASN 136 ALA 137 LEU 138 ILE 139 ALA 140 TYR 141 LYS 142 ASN 143 ALA 144 PRO 145 GLY 146 LEU 147 ASN 148 PRO 149 ARG 150 ASN 151 PHE 152 THR 153 ALA 154 MET 155 THR 156 ARG 157 LEU 158 ASP 159 HIS 160 ASN 161 ARG 162 ALA 163 LYS 164 ALA 165 GLN 166 LEU 167 ALA 168 LYS 169 LYS 170 THR 171 GLY 172 THR 173 GLY 174 VAL 175 ASP 176 ARG 177 ILE 178 ARG 179 ARG 180 MET 181 THR 182 VAL 183 TRP 184 GLY 185 ASN 186 HIS 187 SER 188 SER 189 THR 190 MET 191 PHE 192 PRO 193 ASP 194 LEU 195 PHE 196 HIS 197 ALA 198 GLU 199 VAL 200 ASP 201 GLY 202 ARG 203 PRO 204 ALA 205 LEU 206 GLU 207 LEU 208 VAL 209 ASP 210 MET 211 GLU 212 TRP 213 TYR 214 GLU 215 LYS 216 VAL 217 PHE 218 ILE 219 PRO 220 THR 221 VAL 222 ALA 223 GLN 224 ARG 225 GLY 226 ALA 227 ALA 228 ILE 229 ILE 230 GLN 231 ALA 232 ARG 233 GLY 234 ALA 235 SER 236 SER 237 ALA 238 ALA 239 SER 240 ALA 241 ALA 242 ASN 243 ALA 244 ALA 245 ILE 246 GLU 247 HIS 248 ILE 249 ARG 250 ASP 251 TRP 252 ALA 253 LEU 254 GLY 255 THR 256 PRO 257 GLU 258 GLY 259 ASP 260 TRP 261 VAL 262 SER 263 MET 264 ALA 265 VAL 266 PRO 267 SER 268 GLN 269 GLY 270 GLU 271 TYR 272 GLY 273 ILE 274 PRO 275 GLU 276 GLY 277 ILE 278 VAL 279 TYR 280 SER 281 PHE 282 PRO 283 VAL 284 THR 285 ALA 286 LYS 287 ASP 288 GLY 289 ALA 290 TYR 291 ARG 292 VAL 293 VAL 294 GLU 295 GLY 296 LEU 297 GLU 298 ILE 299 ASN 300 GLU 301 PHE 302 ALA 303 ARG 304 LYS 305 ARG 306 MET 307 GLU 308 ILE 309 THR 310 ALA 311 GLN 312 GLU 313 LEU 314 LEU 315 ASP 316 GLU 317 MET 318 GLU 319 GLN 320 VAL 321 LYS 322 ALA 323 LEU 324 GLY 325 LEU 326
Unit 3	MET 1 LYS 2 ALA 3 PRO 4 VAL 5 ARG 6 VAL 7 ALA 8 VAL 9 THR 10 GLY 11 ALA 12 ALA 13 GLY 14 GLN 15 ILE 16 GLY 17 TYR 18 SER 19 LEU 20 LEU 21 PHE 22 ARG 23 ILE 24 ALA 25 ALA 26 GLY 27 GLU 28 MET 29 LEU 30 GLY 31 LYS 32 ASP 33 GLN 34 PRO 35 VAL 36 ILE 37 LEU 38 GLN 39 LEU 40 LEU 41 GLU 42 ILE 43 PRO 44 GLN 45 ALA 46 MET 47 LYS 48 ALA 49 LEU 50 GLU 51 GLY 52 VAL 53 VAL 54 MET 55 GLU 56 LEU 57 GLU 58 ASP 59 CYS 60 ALA 61 PHE 62 PRO 63 LEU 64 LEU 65 ALA 66 GLY 67 LEU 68 GLU 69 ALA 70 THR 71 ASP 72 ASP 73 PRO 74 LYS 75 VAL 76 ALA 77 PHE 78 LYS 79 ASP 80 ALA 81 ASP 82 TYR 83 ALA 84 LEU 85 LEU 86 VAL 87 GLY 88 ALA 89 ALA 90 PRO 91 ARG 92 LEU 101 LEU 102 GLN 103 VAL 104 ASN 105 GLY 106 LYS 107 ILE 108 PHE 109 THR 110 GLU 111 GLN 112 GLY 113 ARG 114 ALA 115 LEU 116 ALA 117 GLU 118 VAL 119 ALA 120 LYS 121 LYS 122 ASP 123 VAL 124 LYS 125 VAL 126 LEU 127 VAL 128 VAL 129 GLY 130 ASN 131 PRO 132 ALA 133 ASN 134 THR 135 ASN 136 ALA 137 LEU 138 ILE 139 ALA 140 TYR 141 LYS 142 ASN 143 ALA 144 PRO 145 GLY 146 LEU 147 ASN 148 PRO 149 ARG 150 ASN 151 PHE 152 THR 153 ALA 154 MET 155 THR 156 ARG 157 LEU 158 ASP 159 HIS 160 ASN 161 ARG 162 ALA 163 LYS 164 ALA 165 GLN 166 LEU 167 ALA 168 LYS 169 LYS 170 THR 171 GLY 172 THR 173 GLY 174 VAL 175 ASP 176 ARG 177 ILE 178 ARG 179 ARG 180 MET 181 THR 182 VAL 183 TRP 184 GLY 185 ASN 186 HIS 187 SER 188 SER 189 THR 190 MET 191 PHE 192 PRO 193 ASP 194 LEU 195 PHE 196 HIS 197 ALA 198 GLU 199 VAL 200 ASP 201 GLY 202 ARG 203 PRO 204 ALA 205 LEU 206 GLU 207 LEU 208 VAL 209 ASP 210 MET 211 GLU 212 TRP 213 TYR 214 GLU 215 LYS 216 VAL 217 PHE 218 ILE 219 PRO 220 THR 221 VAL 222 ALA 223 GLN 224 ARG 225 GLY 226 ALA 227 ALA 228 ILE 229 ILE 230 GLN 231 ALA 232 ARG 233 GLY 234 ALA 235 SER 236 SER 237 ALA 238 ALA 239 SER 240 ALA 241 ALA 242 ASN 243 ALA 244 ALA 245 ILE 246 GLU 247 HIS 248 ILE 249 ARG 250 ASP 251 TRP 252 ALA 253 LEU 254 GLY 255 THR 256 PRO 257 GLU 258 GLY 259 ASP 260 TRP 261 VAL 262 SER 263 MET 264 ALA 265 VAL 266 PRO 267 SER 268 GLN 269 GLY 270 GLU 271 TYR 272 GLY 273 ILE 274 PRO 275 GLU 276 GLY 277 ILE 278 VAL 279 TYR 280 SER 281 PHE 282 PRO 283 VAL 284 THR 285 ALA 286 LYS 287 ASP 288 GLY 289 ALA 290 TYR 291 ARG 292 VAL 293 VAL 294 GLU 295 GLY 296 LEU 297 GLU 298 ILE 299 ASN 300 GLU 301 PHE 302 ALA 303 ARG 304 LYS 305 ARG 306 MET 307 GLU 308 ILE 309 THR 310 ALA 311 GLN 312 GLU 313 LEU 314 LEU 315 ASP 316 GLU 317 MET 318 GLU 319 GLN 320 VAL 321 LYS 322 ALA 323 LEU 324 GLY 325 LEU 326
Unit 4	MET 1 LYS 2 ALA 3 PRO 4 VAL 5 ARG 6 VAL 7 ALA 8 VAL 9 THR 10 GLY 11 ALA 12 ALA 13 GLY 14 GLN 15 ILE 16 GLY 17 TYR 18 SER 19 LEU 20 LEU 21 PHE 22 ARG 23 ILE 24 ALA 25 ALA 26 GLY 27 GLU 28 MET 29 LEU 30 GLY 31 LYS 32 ASP 33 GLN 34 PRO 35 VAL 36 ILE 37 LEU 38 GLN 39 LEU 40 LEU 41 GLU 42 ILE 43 PRO 44 GLN 45 ALA 46 MET 47 LYS 48 ALA 49 LEU 50 GLU 51 GLY 52 VAL 53 VAL 54 MET 55 GLU 56 LEU 57 GLU 58 ASP 59 CYS 60 ALA 61 PHE 62 PRO 63 LEU 64 LEU 65 ALA 66 GLY 67 LEU 68 GLU 69 ALA 70 THR 71 ASP 72 ASP 73 PRO 74 LYS 75 VAL 76 ALA 77 PHE 78 LYS 79 ASP 80 ALA 81 ASP 82 TYR 83 ALA 84 LEU 85 LEU 86 VAL 87 GLY 88 ALA 89 ALA 90 PRO 91 ARG 92 LEU 101 LEU 102 GLN 103 VAL 104 ASN 105 GLY 106 LYS 107 ILE 108 PHE 109 THR 110 GLU 111 GLN 112 GLY 113 ARG 114 ALA 115 LEU 116 ALA 117 GLU 118 VAL 119 ALA 120 LYS 121 LYS 122 ASP 123 VAL 124 LYS 125 VAL 126 LEU 127 VAL 128 VAL 129 GLY 130 ASN 131 PRO 132 ALA 133 ASN 134 THR 135 ASN 136 ALA 137 LEU 138 ILE 139 ALA 140 TYR 141 LYS 142 ASN 143 ALA 144 PRO 145 GLY 146 LEU 147 ASN 148 PRO 149 ARG 150 ASN 151 PHE 152 THR 153 ALA 154 MET 155 THR 156 ARG 157 LEU 158 ASP 159 HIS 160 ASN 161 ARG 162 ALA 163 LYS 164 ALA 165 GLN 166 LEU 167 ALA 168 LYS 169 LYS 170 THR 171 GLY 172 THR 173 GLY 174 VAL 175 ASP 176 ARG 177 ILE 178 ARG 179 ARG 180 MET 181 THR 182 VAL 183 TRP 184 GLY 185 ASN 186 HIS 187 SER 188 SER 189 THR 190 MET 191 PHE 192 PRO 193 ASP 194 LEU 195 PHE 196 HIS 197 ALA 198 GLU 199 VAL 200 ASP 201 GLY 202 ARG 203 PRO 204 ALA 205 LEU 206 GLU 207 LEU 208 VAL 209 ASP 210 MET 211 GLU 212 TRP 213 TYR 214 GLU 215 LYS 216 VAL 217 PHE 218 ILE 219 PRO 220 THR 221 VAL 222 ALA 223 GLN 224 ARG 225 GLY 226 ALA 227 ALA 228 ILE 229 ILE 230 GLN 231 ALA 232 ARG 233 GLY 234 ALA 235 SER 236 SER 237 ALA 238 ALA 239 SER 240 ALA 241 ALA 242 ASN 243 ALA 244 ALA 245 ILE 246 GLU 247 HIS 248 ILE 249 ARG 250 ASP 251 TRP 252 ALA 253 LEU 254 GLY 255 THR 256 PRO 257 GLU 258 GLY 259 ASP 260 TRP 261 VAL 262 SER 263 MET 264 ALA 265 VAL 266 PRO 267 SER 268 GLN 269 GLY 270 GLU 271 TYR 272 GLY 273 ILE 274 PRO 275 GLU 276 GLY 277 ILE 278 VAL 279 TYR 280 SER 281 PHE 282 PRO 283 VAL 284 THR 285 ALA 286 LYS 287 ASP 288 GLY 289 ALA 290 TYR 291 ARG 292 VAL 293 VAL 294 GLU 295 GLY 296 LEU 297 GLU 298 ILE 299 ASN 300 GLU 301 PHE 302 ALA 303 ARG 304 LYS 305 ARG 306 MET 307 GLU 308 ILE 309 THR 310 ALA 311 GLN 312 GLU 313 LEU 314 LEU 315 ASP 316 GLU 317 MET 318 GLU 319 GLN 320 VAL 321 LYS 322 ALA 323 LEU 324 GLY 325 LEU 326

Ligands

Unit 5	SO4 401 SO4 402 SO4 403
Unit 6	SO4 401 SO4 402 SO4 403
Unit 7	SO4 401 SO4 402
Unit 8	SO4 401 SO4 402