4B4Z - Sequence, Chains, Asymmetric and Biological Units

• Title: CRYSTAL STRUCTURE OF A COMPLEX BETWEEN ACTINOMADURA R39 DD-P AND A SULFONAMIDE BORONATE INHIBITOR
• Keywords: HYDROLASE, BORONIC ACID, PEPTIDOGLYCAN
• Experiment: X-ray diffraction
• Number of Models: 1

Database	ID code	Status	Coordinate files
			Header	Asymmetric unit	Biological unit
PDB	4B4Z	released	available	available	Quaternary Structure Server

Asymmetric unit from PDB

Unit	Type	Name	Chain ID	Residues	Atoms	Hetatoms
1	Protein	D-ALANYL-D-ALANINE CARBOXYPEPTIDASE	A	466	3353	0
2	Protein	D-ALANYL-D-ALANINE CARBOXYPEPTIDASE	B	466	3344	0
3	Protein	D-ALANYL-D-ALANINE CARBOXYPEPTIDASE	C	466	3344	0
4	Protein	D-ALANYL-D-ALANINE CARBOXYPEPTIDASE	D	461	3310	0
5	Ligand	D-ALANYL-D-ALANINE CARBOXYPEPTIDASE	A	10	0	50
6	Ligand	D-ALANYL-D-ALANINE CARBOXYPEPTIDASE	B	8	0	48
7	Ligand	D-ALANYL-D-ALANINE CARBOXYPEPTIDASE	C	8	0	48
8	Ligand	D-ALANYL-D-ALANINE CARBOXYPEPTIDASE	D	8	0	40
9	Water			1073	0	1073
total				2966	13351	1259

Proteins

Unit 1	ARG 1 LEU 2 THR 3 GLU 4 LEU 5 ARG 6 GLU 7 ASP 8 ILE 9 ASP 10 ALA 11 ILE 12 LEU 13 GLU 14 ASP 15 PRO 16 ALA 17 LEU 18 GLU 19 GLY 20 ALA 21 VAL 22 SER 23 GLY 24 VAL 25 VAL 26 VAL 27 VAL 28 ASP 29 THR 30 ALA 31 THR 32 GLY 33 GLU 34 GLU 35 LEU 36 TYR 37 SER 38 ARG 39 ASP 40 GLY 41 GLY 42 GLU 43 GLN 44 LEU 45 LEU 46 PRO 47 ALA 48 SER 49 ASN 50 MET 51 LYS 52 LEU 53 PHE 54 THR 55 ALA 56 ALA 57 ALA 58 ALA 59 LEU 60 GLU 61 VAL 62 LEU 63 GLY 64 ALA 65 ASP 66 HIS 67 SER 68 PHE 69 GLY 70 THR 71 GLU 72 VAL 73 ALA 74 ALA 75 GLU 76 SER 77 ALA 78 PRO 79 GLY 80 ARG 81 ARG 82 GLY 83 GLU 84 VAL 85 GLN 86 ASP 87 LEU 88 TYR 89 LEU 90 VAL 91 GLY 92 ARG 93 GLY 94 ASP 95 PRO 96 THR 97 LEU 98 SER 99 ALA 100 GLU 101 ASP 102 LEU 103 ASP 104 ALA 105 MET 106 ALA 107 ALA 108 GLU 109 VAL 110 ALA 111 ALA 112 SER 113 GLY 114 VAL 115 ARG 116 THR 117 VAL 118 ARG 119 GLY 120 ASP 121 LEU 122 TYR 123 ALA 124 ASP 125 ASP 126 THR 127 TRP 128 PHE 129 ASP 130 SER 131 GLU 132 ARG 133 LEU 134 VAL 135 ASP 136 ASP 137 TRP 138 TRP 139 PRO 140 GLU 141 ASP 142 GLU 143 PRO 144 TYR 145 ALA 146 TYR 147 SER 148 ALA 149 GLN 150 ILE 151 SER 152 ALA 153 LEU 154 THR 155 VAL 156 ALA 157 HIS 158 GLY 159 GLU 160 ARG 161 PHE 162 ASP 163 THR 164 GLY 165 VAL 166 THR 167 GLU 168 VAL 169 SER 170 VAL 171 THR 172 PRO 173 ALA 174 ALA 175 GLU 176 GLY 177 GLU 178 PRO 179 ALA 180 ASP 181 VAL 182 ASP 183 LEU 184 GLY 185 ALA 186 ALA 187 GLU 188 GLY 189 TYR 190 ALA 191 GLU 192 LEU 193 ASP 194 ASN 195 ARG 196 ALA 197 VAL 198 THR 199 GLY 200 ALA 201 ALA 202 GLY 203 SER 204 ALA 205 ASN 206 THR 207 LEU 208 VAL 209 ILE 210 ASP 211 ARG 212 PRO 213 VAL 214 GLY 215 THR 216 ASN 217 THR 218 ILE 219 ALA 220 VAL 221 THR 222 GLY 223 SER 224 LEU 225 PRO 226 ALA 227 ASP 228 ALA 229 ALA 230 PRO 231 VAL 232 THR 233 ALA 234 LEU 235 ARG 236 THR 237 VAL 238 ASP 239 GLU 240 PRO 241 ALA 242 ALA 243 LEU 244 ALA 245 GLY 246 HIS 247 LEU 248 PHE 249 GLU 250 GLU 251 ALA 252 LEU 253 GLU 254 SER 255 ASN 256 GLY 257 VAL 258 THR 259 VAL 260 LYS 261 GLY 262 ASP 263 VAL 264 GLY 265 LEU 266 GLY 267 GLY 268 VAL 269 PRO 270 ALA 271 ASP 272 TRP 273 GLN 274 ASP 275 ALA 276 GLU 277 VAL 278 LEU 279 ALA 280 ASP 281 HIS 282 THR 283 SER 284 ALA 285 GLU 286 LEU 287 SER 288 GLU 289 ILE 290 LEU 291 VAL 292 PRO 293 PHE 294 MET 295 LYS 296 PHE 297 SER 298 ASN 299 ASN 300 GLY 301 HIS 302 ALA 303 GLU 304 MET 305 LEU 306 VAL 307 LYS 308 SER 309 ILE 310 GLY 311 GLN 312 GLU 313 THR 314 ALA 315 GLY 316 ALA 317 GLY 318 THR 319 TRP 320 ASP 321 ALA 322 GLY 323 LEU 324 VAL 325 GLY 326 VAL 327 GLU 328 GLU 329 ALA 330 LEU 331 SER 332 GLY 333 LEU 334 GLY 335 VAL 336 ASP 337 THR 338 ALA 339 GLY 340 LEU 341 VAL 342 LEU 343 ASN 344 ASP 345 GLY 346 SER 347 GLY 348 LEU 349 SER 350 ARG 351 GLY 352 ASN 353 LEU 354 VAL 355 THR 356 ALA 357 ASP 358 THR 359 VAL 360 VAL 361 ASP 362 LEU 363 LEU 364 GLY 365 GLN 366 ALA 367 GLY 368 SER 369 ALA 370 PRO 371 TRP 372 ALA 373 GLN 374 THR 375 TRP 376 SER 377 ALA 378 SER 379 LEU 380 PRO 381 VAL 382 ALA 383 GLY 384 GLU 385 SER 386 ASP 387 PRO 388 PHE 389 VAL 390 GLY 391 GLY 392 THR 393 LEU 394 ALA 395 ASN 396 ARG 397 MET 398 ARG 399 GLY 400 THR 401 ALA 402 ALA 403 GLU 404 GLY 405 VAL 406 VAL 407 GLU 408 ALA 409 LYS 410 THR 411 GLY 412 THR 413 MET 414 SER 415 GLY 416 VAL 417 SER 418 ALA 419 LEU 420 SER 421 GLY 422 TYR 423 VAL 424 PRO 425 GLY 426 PRO 427 GLU 428 GLY 429 GLU 430 LEU 431 ALA 432 PHE 433 SER 434 ILE 435 VAL 436 ASN 437 ASN 438 GLY 439 HIS 440 SER 441 GLY 442 PRO 443 ALA 444 PRO 445 LEU 446 ALA 447 VAL 448 GLN 449 ASP 450 ALA 451 ILE 452 ALA 453 VAL 454 ARG 455 LEU 456 ALA 457 GLU 458 TYR 459 ALA 460 GLY 461 HIS 462 GLN 463 ALA 464 PRO 465 GLU 466
Unit 2	ARG 1 LEU 2 THR 3 GLU 4 LEU 5 ARG 6 GLU 7 ASP 8 ILE 9 ASP 10 ALA 11 ILE 12 LEU 13 GLU 14 ASP 15 PRO 16 ALA 17 LEU 18 GLU 19 GLY 20 ALA 21 VAL 22 SER 23 GLY 24 VAL 25 VAL 26 VAL 27 VAL 28 ASP 29 THR 30 ALA 31 THR 32 GLY 33 GLU 34 GLU 35 LEU 36 TYR 37 SER 38 ARG 39 ASP 40 GLY 41 GLY 42 GLU 43 GLN 44 LEU 45 LEU 46 PRO 47 ALA 48 SER 49 ASN 50 MET 51 LYS 52 LEU 53 PHE 54 THR 55 ALA 56 ALA 57 ALA 58 ALA 59 LEU 60 GLU 61 VAL 62 LEU 63 GLY 64 ALA 65 ASP 66 HIS 67 SER 68 PHE 69 GLY 70 THR 71 GLU 72 VAL 73 ALA 74 ALA 75 GLU 76 SER 77 ALA 78 PRO 79 GLY 80 ARG 81 ARG 82 GLY 83 GLU 84 VAL 85 GLN 86 ASP 87 LEU 88 TYR 89 LEU 90 VAL 91 GLY 92 ARG 93 GLY 94 ASP 95 PRO 96 THR 97 LEU 98 SER 99 ALA 100 GLU 101 ASP 102 LEU 103 ASP 104 ALA 105 MET 106 ALA 107 ALA 108 GLU 109 VAL 110 ALA 111 ALA 112 SER 113 GLY 114 VAL 115 ARG 116 THR 117 VAL 118 ARG 119 GLY 120 ASP 121 LEU 122 TYR 123 ALA 124 ASP 125 ASP 126 THR 127 TRP 128 PHE 129 ASP 130 SER 131 GLU 132 ARG 133 LEU 134 VAL 135 ASP 136 ASP 137 TRP 138 TRP 139 PRO 140 GLU 141 ASP 142 GLU 143 PRO 144 TYR 145 ALA 146 TYR 147 SER 148 ALA 149 GLN 150 ILE 151 SER 152 ALA 153 LEU 154 THR 155 VAL 156 ALA 157 HIS 158 GLY 159 GLU 160 ARG 161 PHE 162 ASP 163 THR 164 GLY 165 VAL 166 THR 167 GLU 168 VAL 169 SER 170 VAL 171 THR 172 PRO 173 ALA 174 ALA 175 GLU 176 GLY 177 GLU 178 PRO 179 ALA 180 ASP 181 VAL 182 ASP 183 LEU 184 GLY 185 ALA 186 ALA 187 GLU 188 GLY 189 TYR 190 ALA 191 GLU 192 LEU 193 ASP 194 ASN 195 ARG 196 ALA 197 VAL 198 THR 199 GLY 200 ALA 201 ALA 202 GLY 203 SER 204 ALA 205 ASN 206 THR 207 LEU 208 VAL 209 ILE 210 ASP 211 ARG 212 PRO 213 VAL 214 GLY 215 THR 216 ASN 217 THR 218 ILE 219 ALA 220 VAL 221 THR 222 GLY 223 SER 224 LEU 225 PRO 226 ALA 227 ASP 228 ALA 229 ALA 230 PRO 231 VAL 232 THR 233 ALA 234 LEU 235 ARG 236 THR 237 VAL 238 ASP 239 GLU 240 PRO 241 ALA 242 ALA 243 LEU 244 ALA 245 GLY 246 HIS 247 LEU 248 PHE 249 GLU 250 GLU 251 ALA 252 LEU 253 GLU 254 SER 255 ASN 256 GLY 257 VAL 258 THR 259 VAL 260 LYS 261 GLY 262 ASP 263 VAL 264 GLY 265 LEU 266 GLY 267 GLY 268 VAL 269 PRO 270 ALA 271 ASP 272 TRP 273 GLN 274 ASP 275 ALA 276 GLU 277 VAL 278 LEU 279 ALA 280 ASP 281 HIS 282 THR 283 SER 284 ALA 285 GLU 286 LEU 287 SER 288 GLU 289 ILE 290 LEU 291 VAL 292 PRO 293 PHE 294 MET 295 LYS 296 PHE 297 SER 298 ASN 299 ASN 300 GLY 301 HIS 302 ALA 303 GLU 304 MET 305 LEU 306 VAL 307 LYS 308 SER 309 ILE 310 GLY 311 GLN 312 GLU 313 THR 314 ALA 315 GLY 316 ALA 317 GLY 318 THR 319 TRP 320 ASP 321 ALA 322 GLY 323 LEU 324 VAL 325 GLY 326 VAL 327 GLU 328 GLU 329 ALA 330 LEU 331 SER 332 GLY 333 LEU 334 GLY 335 VAL 336 ASP 337 THR 338 ALA 339 GLY 340 LEU 341 VAL 342 LEU 343 ASN 344 ASP 345 GLY 346 SER 347 GLY 348 LEU 349 SER 350 ARG 351 GLY 352 ASN 353 LEU 354 VAL 355 THR 356 ALA 357 ASP 358 THR 359 VAL 360 VAL 361 ASP 362 LEU 363 LEU 364 GLY 365 GLN 366 ALA 367 GLY 368 SER 369 ALA 370 PRO 371 TRP 372 ALA 373 GLN 374 THR 375 TRP 376 SER 377 ALA 378 SER 379 LEU 380 PRO 381 VAL 382 ALA 383 GLY 384 GLU 385 SER 386 ASP 387 PRO 388 PHE 389 VAL 390 GLY 391 GLY 392 THR 393 LEU 394 ALA 395 ASN 396 ARG 397 MET 398 ARG 399 GLY 400 THR 401 ALA 402 ALA 403 GLU 404 GLY 405 VAL 406 VAL 407 GLU 408 ALA 409 LYS 410 THR 411 GLY 412 THR 413 MET 414 SER 415 GLY 416 VAL 417 SER 418 ALA 419 LEU 420 SER 421 GLY 422 TYR 423 VAL 424 PRO 425 GLY 426 PRO 427 GLU 428 GLY 429 GLU 430 LEU 431 ALA 432 PHE 433 SER 434 ILE 435 VAL 436 ASN 437 ASN 438 GLY 439 HIS 440 SER 441 GLY 442 PRO 443 ALA 444 PRO 445 LEU 446 ALA 447 VAL 448 GLN 449 ASP 450 ALA 451 ILE 452 ALA 453 VAL 454 ARG 455 LEU 456 ALA 457 GLU 458 TYR 459 ALA 460 GLY 461 HIS 462 GLN 463 ALA 464 PRO 465 GLU 466
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Ligands

Unit 5	BSF 500 MG 610 MG 611 SO4 1467 SO4 1468 SO4 1469 SO4 1470 SO4 1471 SO4 1472 SO4 1473
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Unit 7	BSF 500 SO4 1466 SO4 1467 SO4 1468 SO4 1469 SO4 1470 SO4 1471 SO4 1472
Unit 8	BSF 500 MG 610 MG 611 SO4 1467 SO4 1468 SO4 1469 SO4 1470 SO4 1471