3QBT - Sequence, Chains, Asymmetric and Biological Units

• Title: CRYSTAL STRUCTURE OF OCRL1 540-678 IN COMPLEX WITH RAB8A:GPP
• Keywords: PROTEIN TRANSPORT, VESICULAR TRAFFICKING, GTPASE, LOWE SYNDR IMMUNOGLOBULIN FOLD, RAB8A, OCRL1, ENDOCYTOSIS, CLATHRIN, A PHOSPHOINOSITIDE, ASH, RHOGAP, PROTEIN TRANSPORT-HYDROLASE
• Experiment: X-ray diffraction
• Number of Models: 1

Database	ID code	Status	Coordinate files
			Header	Asymmetric unit	Biological unit
PDB	3QBT	released	available	available	Quaternary Structure Server

Asymmetric unit from PDB

Unit	Type	Name	Chain ID	Residues	Atoms	Hetatoms
1	Protein	RAS-RELATED PROTEIN RAB-8A	A	170	1373	0
2	Protein	RAS-RELATED PROTEIN RAB-8A	C	171	1381	0
3	Protein	RAS-RELATED PROTEIN RAB-8A	E	169	1364	0
4	Protein	RAS-RELATED PROTEIN RAB-8A	G	169	1364	0
5	Protein	INOSITOL POLYPHOSPHATE 5-PHOSPHATASE OCRL-1	B	130	1072	0
6	Protein	INOSITOL POLYPHOSPHATE 5-PHOSPHATASE OCRL-1	D	130	1072	0
7	Protein	INOSITOL POLYPHOSPHATE 5-PHOSPHATASE OCRL-1	F	139	1162	0
8	Protein	INOSITOL POLYPHOSPHATE 5-PHOSPHATASE OCRL-1	H	139	1162	0
9	Ligand	RAS-RELATED PROTEIN RAB-8A	A	2	0	33
10	Ligand	RAS-RELATED PROTEIN RAB-8A	C	2	0	33
11	Ligand	RAS-RELATED PROTEIN RAB-8A	E	2	0	33
12	Ligand	RAS-RELATED PROTEIN RAB-8A	G	2	0	33
13	Ligand	INOSITOL POLYPHOSPHATE 5-PHOSPHATASE OCRL-1	B	1	0	5
14	Ligand	INOSITOL POLYPHOSPHATE 5-PHOSPHATASE OCRL-1	D	1	0	5
15	Water			308	0	308
total				1535	9950	450

Proteins

Unit 1	TYR 7 LEU 8 PHE 9 LYS 10 LEU 11 LEU 12 LEU 13 ILE 14 GLY 15 ASP 16 SER 17 GLY 18 VAL 19 GLY 20 LYS 21 THR 22 CYS 23 VAL 24 LEU 25 PHE 26 ARG 27 PHE 28 SER 29 GLU 30 ASP 31 ALA 32 PHE 33 ASN 34 SER 35 THR 36 PHE 37 ILE 38 SER 39 THR 40 ILE 41 GLY 42 ILE 43 ASP 44 PHE 45 LYS 46 ILE 47 ARG 48 THR 49 ILE 50 GLU 51 LEU 52 ASP 53 GLY 54 LYS 55 ARG 56 ILE 57 LYS 58 LEU 59 GLN 60 ILE 61 TRP 62 ASP 63 THR 64 ALA 65 GLY 66 GLN 67 GLU 68 ARG 69 PHE 70 ARG 71 THR 72 ILE 73 THR 74 THR 75 ALA 76 TYR 77 TYR 78 ARG 79 GLY 80 ALA 81 MET 82 GLY 83 ILE 84 MET 85 LEU 86 VAL 87 TYR 88 ASP 89 ILE 90 THR 91 ASN 92 GLU 93 LYS 94 SER 95 PHE 96 ASP 97 ASN 98 ILE 99 ARG 100 ASN 101 TRP 102 ILE 103 ARG 104 ASN 105 ILE 106 GLU 107 GLU 108 HIS 109 ALA 110 SER 111 ALA 112 ASP 113 VAL 114 GLU 115 LYS 116 MET 117 ILE 118 LEU 119 GLY 120 ASN 121 LYS 122 CYS 123 ASP 124 VAL 125 ASN 126 ASP 127 LYS 128 ARG 129 GLN 130 VAL 131 SER 132 LYS 133 GLU 134 ARG 135 GLY 136 GLU 137 LYS 138 LEU 139 ALA 140 LEU 141 ASP 142 TYR 143 GLY 144 ILE 145 LYS 146 PHE 147 MET 148 GLU 149 THR 150 SER 151 ALA 152 LYS 153 ALA 154 ASN 155 ILE 156 ASN 157 VAL 158 GLU 159 ASN 160 ALA 161 PHE 162 PHE 163 THR 164 LEU 165 ALA 166 ARG 167 ASP 168 ILE 169 LYS 170 ALA 171 LYS 172 MET 173 ASP 174 LYS 175 LYS 176
Unit 2	ASP 6 TYR 7 LEU 8 PHE 9 LYS 10 LEU 11 LEU 12 LEU 13 ILE 14 GLY 15 ASP 16 SER 17 GLY 18 VAL 19 GLY 20 LYS 21 THR 22 CYS 23 VAL 24 LEU 25 PHE 26 ARG 27 PHE 28 SER 29 GLU 30 ASP 31 ALA 32 PHE 33 ASN 34 SER 35 THR 36 PHE 37 ILE 38 SER 39 THR 40 ILE 41 GLY 42 ILE 43 ASP 44 PHE 45 LYS 46 ILE 47 ARG 48 THR 49 ILE 50 GLU 51 LEU 52 ASP 53 GLY 54 LYS 55 ARG 56 ILE 57 LYS 58 LEU 59 GLN 60 ILE 61 TRP 62 ASP 63 THR 64 ALA 65 GLY 66 GLN 67 GLU 68 ARG 69 PHE 70 ARG 71 THR 72 ILE 73 THR 74 THR 75 ALA 76 TYR 77 TYR 78 ARG 79 GLY 80 ALA 81 MET 82 GLY 83 ILE 84 MET 85 LEU 86 VAL 87 TYR 88 ASP 89 ILE 90 THR 91 ASN 92 GLU 93 LYS 94 SER 95 PHE 96 ASP 97 ASN 98 ILE 99 ARG 100 ASN 101 TRP 102 ILE 103 ARG 104 ASN 105 ILE 106 GLU 107 GLU 108 HIS 109 ALA 110 SER 111 ALA 112 ASP 113 VAL 114 GLU 115 LYS 116 MET 117 ILE 118 LEU 119 GLY 120 ASN 121 LYS 122 CYS 123 ASP 124 VAL 125 ASN 126 ASP 127 LYS 128 ARG 129 GLN 130 VAL 131 SER 132 LYS 133 GLU 134 ARG 135 GLY 136 GLU 137 LYS 138 LEU 139 ALA 140 LEU 141 ASP 142 TYR 143 GLY 144 ILE 145 LYS 146 PHE 147 MET 148 GLU 149 THR 150 SER 151 ALA 152 LYS 153 ALA 154 ASN 155 ILE 156 ASN 157 VAL 158 GLU 159 ASN 160 ALA 161 PHE 162 PHE 163 THR 164 LEU 165 ALA 166 ARG 167 ASP 168 ILE 169 LYS 170 ALA 171 LYS 172 MET 173 ASP 174 LYS 175 LYS 176
Unit 3	TYR 7 LEU 8 PHE 9 LYS 10 LEU 11 LEU 12 LEU 13 ILE 14 GLY 15 ASP 16 SER 17 GLY 18 VAL 19 GLY 20 LYS 21 THR 22 CYS 23 VAL 24 LEU 25 PHE 26 ARG 27 PHE 28 SER 29 GLU 30 ASP 31 ALA 32 PHE 33 ASN 34 SER 35 THR 36 PHE 37 ILE 38 SER 39 THR 40 ILE 41 GLY 42 ILE 43 ASP 44 PHE 45 LYS 46 ILE 47 ARG 48 THR 49 ILE 50 GLU 51 LEU 52 ASP 53 GLY 54 LYS 55 ARG 56 ILE 57 LYS 58 LEU 59 GLN 60 ILE 61 TRP 62 ASP 63 THR 64 ALA 65 GLY 66 GLN 67 GLU 68 ARG 69 PHE 70 ARG 71 THR 72 ILE 73 THR 74 THR 75 ALA 76 TYR 77 TYR 78 ARG 79 GLY 80 ALA 81 MET 82 GLY 83 ILE 84 MET 85 LEU 86 VAL 87 TYR 88 ASP 89 ILE 90 THR 91 ASN 92 GLU 93 LYS 94 SER 95 PHE 96 ASP 97 ASN 98 ILE 99 ARG 100 ASN 101 TRP 102 ILE 103 ARG 104 ASN 105 ILE 106 GLU 107 GLU 108 HIS 109 ALA 110 SER 111 ALA 112 ASP 113 VAL 114 GLU 115 LYS 116 MET 117 ILE 118 LEU 119 GLY 120 ASN 121 LYS 122 CYS 123 ASP 124 VAL 125 ASN 126 ASP 127 LYS 128 ARG 129 GLN 130 VAL 131 SER 132 LYS 133 GLU 134 ARG 135 GLY 136 GLU 137 LYS 138 LEU 139 ALA 140 LEU 141 ASP 142 TYR 143 GLY 144 ILE 145 LYS 146 PHE 147 MET 148 GLU 149 THR 150 SER 151 ALA 152 LYS 153 ALA 154 ASN 155 ILE 156 ASN 157 VAL 158 GLU 159 ASN 160 ALA 161 PHE 162 PHE 163 THR 164 LEU 165 ALA 166 ARG 167 ASP 168 ILE 169 LYS 170 ALA 171 LYS 172 MET 173 ASP 174 LYS 175
Unit 4	TYR 7 LEU 8 PHE 9 LYS 10 LEU 11 LEU 12 LEU 13 ILE 14 GLY 15 ASP 16 SER 17 GLY 18 VAL 19 GLY 20 LYS 21 THR 22 CYS 23 VAL 24 LEU 25 PHE 26 ARG 27 PHE 28 SER 29 GLU 30 ASP 31 ALA 32 PHE 33 ASN 34 SER 35 THR 36 PHE 37 ILE 38 SER 39 THR 40 ILE 41 GLY 42 ILE 43 ASP 44 PHE 45 LYS 46 ILE 47 ARG 48 THR 49 ILE 50 GLU 51 LEU 52 ASP 53 GLY 54 LYS 55 ARG 56 ILE 57 LYS 58 LEU 59 GLN 60 ILE 61 TRP 62 ASP 63 THR 64 ALA 65 GLY 66 GLN 67 GLU 68 ARG 69 PHE 70 ARG 71 THR 72 ILE 73 THR 74 THR 75 ALA 76 TYR 77 TYR 78 ARG 79 GLY 80 ALA 81 MET 82 GLY 83 ILE 84 MET 85 LEU 86 VAL 87 TYR 88 ASP 89 ILE 90 THR 91 ASN 92 GLU 93 LYS 94 SER 95 PHE 96 ASP 97 ASN 98 ILE 99 ARG 100 ASN 101 TRP 102 ILE 103 ARG 104 ASN 105 ILE 106 GLU 107 GLU 108 HIS 109 ALA 110 SER 111 ALA 112 ASP 113 VAL 114 GLU 115 LYS 116 MET 117 ILE 118 LEU 119 GLY 120 ASN 121 LYS 122 CYS 123 ASP 124 VAL 125 ASN 126 ASP 127 LYS 128 ARG 129 GLN 130 VAL 131 SER 132 LYS 133 GLU 134 ARG 135 GLY 136 GLU 137 LYS 138 LEU 139 ALA 140 LEU 141 ASP 142 TYR 143 GLY 144 ILE 145 LYS 146 PHE 147 MET 148 GLU 149 THR 150 SER 151 ALA 152 LYS 153 ALA 154 ASN 155 ILE 156 ASN 157 VAL 158 GLU 159 ASN 160 ALA 161 PHE 162 PHE 163 THR 164 LEU 165 ALA 166 ARG 167 ASP 168 ILE 169 LYS 170 ALA 171 LYS 172 MET 173 ASP 174 LYS 175
Unit 5	ASP 549 SER 550 VAL 551 ARG 552 ILE 553 MET 554 ASP 555 ARG 556 MET 557 GLU 558 ASN 559 ASP 560 PHE 561 LEU 562 PRO 563 SER 564 LEU 565 GLU 566 LEU 567 SER 568 ARG 569 ARG 570 GLU 571 PHE 572 VAL 573 PHE 574 GLU 575 ASN 576 VAL 577 LYS 578 PHE 579 ARG 580 GLN 581 LEU 582 GLN 583 LYS 584 GLU 585 LYS 586 PHE 587 GLN 588 ILE 589 SER 590 ASN 591 ASN 592 GLY 593 GLN 594 VAL 595 PRO 596 CYS 597 HIS 598 PHE 599 SER 600 PHE 601 ILE 602 PRO 603 LYS 604 LEU 605 ASN 606 ASP 607 SER 608 GLN 609 TYR 610 CYS 611 LYS 612 PRO 613 TRP 614 LEU 615 ARG 616 ALA 617 GLU 618 PRO 619 PHE 620 GLU 621 GLY 622 TYR 623 LEU 624 GLU 625 PRO 626 ASN 627 GLU 628 THR 629 VAL 630 ASP 631 ILE 632 SER 633 LEU 634 ASP 635 VAL 636 TYR 637 VAL 638 SER 639 LYS 640 ASP 641 SER 642 VAL 643 THR 644 ILE 645 LEU 646 ASN 647 SER 648 GLY 649 GLU 650 ASP 651 LYS 652 ILE 653 GLU 654 ASP 655 ILE 656 LEU 657 VAL 658 LEU 659 HIS 660 LEU 661 ASP 662 ARG 663 GLY 664 LYS 665 ASP 666 TYR 667 PHE 668 LEU 669 THR 670 ILE 671 SER 672 GLY 673 ASN 674 TYR 675 LEU 676 PRO 677 SER 678
Unit 6	ASP 549 SER 550 VAL 551 ARG 552 ILE 553 MET 554 ASP 555 ARG 556 MET 557 GLU 558 ASN 559 ASP 560 PHE 561 LEU 562 PRO 563 SER 564 LEU 565 GLU 566 LEU 567 SER 568 ARG 569 ARG 570 GLU 571 PHE 572 VAL 573 PHE 574 GLU 575 ASN 576 VAL 577 LYS 578 PHE 579 ARG 580 GLN 581 LEU 582 GLN 583 LYS 584 GLU 585 LYS 586 PHE 587 GLN 588 ILE 589 SER 590 ASN 591 ASN 592 GLY 593 GLN 594 VAL 595 PRO 596 CYS 597 HIS 598 PHE 599 SER 600 PHE 601 ILE 602 PRO 603 LYS 604 LEU 605 ASN 606 ASP 607 SER 608 GLN 609 TYR 610 CYS 611 LYS 612 PRO 613 TRP 614 LEU 615 ARG 616 ALA 617 GLU 618 PRO 619 PHE 620 GLU 621 GLY 622 TYR 623 LEU 624 GLU 625 PRO 626 ASN 627 GLU 628 THR 629 VAL 630 ASP 631 ILE 632 SER 633 LEU 634 ASP 635 VAL 636 TYR 637 VAL 638 SER 639 LYS 640 ASP 641 SER 642 VAL 643 THR 644 ILE 645 LEU 646 ASN 647 SER 648 GLY 649 GLU 650 ASP 651 LYS 652 ILE 653 GLU 654 ASP 655 ILE 656 LEU 657 VAL 658 LEU 659 HIS 660 LEU 661 ASP 662 ARG 663 GLY 664 LYS 665 ASP 666 TYR 667 PHE 668 LEU 669 THR 670 ILE 671 SER 672 GLY 673 ASN 674 TYR 675 LEU 676 PRO 677 SER 678
Unit 7	GLU 540 ARG 541 ARG 542 TYR 543 ARG 544 LYS 545 VAL 546 PHE 547 GLU 548 ASP 549 SER 550 VAL 551 ARG 552 ILE 553 MET 554 ASP 555 ARG 556 MET 557 GLU 558 ASN 559 ASP 560 PHE 561 LEU 562 PRO 563 SER 564 LEU 565 GLU 566 LEU 567 SER 568 ARG 569 ARG 570 GLU 571 PHE 572 VAL 573 PHE 574 GLU 575 ASN 576 VAL 577 LYS 578 PHE 579 ARG 580 GLN 581 LEU 582 GLN 583 LYS 584 GLU 585 LYS 586 PHE 587 GLN 588 ILE 589 SER 590 ASN 591 ASN 592 GLY 593 GLN 594 VAL 595 PRO 596 CYS 597 HIS 598 PHE 599 SER 600 PHE 601 ILE 602 PRO 603 LYS 604 LEU 605 ASN 606 ASP 607 SER 608 GLN 609 TYR 610 CYS 611 LYS 612 PRO 613 TRP 614 LEU 615 ARG 616 ALA 617 GLU 618 PRO 619 PHE 620 GLU 621 GLY 622 TYR 623 LEU 624 GLU 625 PRO 626 ASN 627 GLU 628 THR 629 VAL 630 ASP 631 ILE 632 SER 633 LEU 634 ASP 635 VAL 636 TYR 637 VAL 638 SER 639 LYS 640 ASP 641 SER 642 VAL 643 THR 644 ILE 645 LEU 646 ASN 647 SER 648 GLY 649 GLU 650 ASP 651 LYS 652 ILE 653 GLU 654 ASP 655 ILE 656 LEU 657 VAL 658 LEU 659 HIS 660 LEU 661 ASP 662 ARG 663 GLY 664 LYS 665 ASP 666 TYR 667 PHE 668 LEU 669 THR 670 ILE 671 SER 672 GLY 673 ASN 674 TYR 675 LEU 676 PRO 677 SER 678
Unit 8	GLU 540 ARG 541 ARG 542 TYR 543 ARG 544 LYS 545 VAL 546 PHE 547 GLU 548 ASP 549 SER 550 VAL 551 ARG 552 ILE 553 MET 554 ASP 555 ARG 556 MET 557 GLU 558 ASN 559 ASP 560 PHE 561 LEU 562 PRO 563 SER 564 LEU 565 GLU 566 LEU 567 SER 568 ARG 569 ARG 570 GLU 571 PHE 572 VAL 573 PHE 574 GLU 575 ASN 576 VAL 577 LYS 578 PHE 579 ARG 580 GLN 581 LEU 582 GLN 583 LYS 584 GLU 585 LYS 586 PHE 587 GLN 588 ILE 589 SER 590 ASN 591 ASN 592 GLY 593 GLN 594 VAL 595 PRO 596 CYS 597 HIS 598 PHE 599 SER 600 PHE 601 ILE 602 PRO 603 LYS 604 LEU 605 ASN 606 ASP 607 SER 608 GLN 609 TYR 610 CYS 611 LYS 612 PRO 613 TRP 614 LEU 615 ARG 616 ALA 617 GLU 618 PRO 619 PHE 620 GLU 621 GLY 622 TYR 623 LEU 624 GLU 625 PRO 626 ASN 627 GLU 628 THR 629 VAL 630 ASP 631 ILE 632 SER 633 LEU 634 ASP 635 VAL 636 TYR 637 VAL 638 SER 639 LYS 640 ASP 641 SER 642 VAL 643 THR 644 ILE 645 LEU 646 ASN 647 SER 648 GLY 649 GLU 650 ASP 651 LYS 652 ILE 653 GLU 654 ASP 655 ILE 656 LEU 657 VAL 658 LEU 659 HIS 660 LEU 661 ASP 662 ARG 663 GLY 664 LYS 665 ASP 666 TYR 667 PHE 668 LEU 669 THR 670 ILE 671 SER 672 GLY 673 ASN 674 TYR 675 LEU 676 PRO 677 SER 678

Ligands

Unit 9	GNP 200 MG 201
Unit 10	GNP 200 MG 201
Unit 11	GNP 200 MG 201
Unit 12	GNP 200 MG 201
Unit 13	SO4 1
Unit 14	SO4 2