Jena Library of Biological Macromolecules - Home Page [Image Library Home] [Image Library Entry]

Sequence, Chains, Asymmetric and Biological Units

Title CRYSTAL STRUCTURE OF GLYCINE RIBOSWITCH, TL-ACETATE SOAKED
Keywords GENE EXPRESSION REGULATOR, GLYCINE RIBOSWITCH, RNA
Experiment X-ray diffraction
Number of Models  1


   Database       ID code    StatusCoordinate files
        Header     Asymmetric unit     Biological unit  

PDB   3OXM     released     available     available     Quaternary Structure Server  


Asymmetric unit from PDB
 Unit     Type     Name   Chain ID   Residues   Atoms   Hetatoms 
1  RNA    A 88 1855 51
2  RNA    B 88 1878 23
3  Protein   DOMAIN II OF GLYCINE RIBOSWITCH  A 1 0 5
4  Protein   DOMAIN II OF GLYCINE RIBOSWITCH  B 4 0 8
5  Ligand   DOMAIN II OF GLYCINE RIBOSWITCH  A 4 0 4
6  Ligand   DOMAIN II OF GLYCINE RIBOSWITCH  B 2 0 2
7  Ligand   DOMAIN II OF GLYCINE RIBOSWITCH  A 7 0 7
8  Ligand   DOMAIN II OF GLYCINE RIBOSWITCH  B 1 0 1
9  Ligand   DOMAIN II OF GLYCINE RIBOSWITCH  A 1 0 1
10  Ligand   DOMAIN II OF GLYCINE RIBOSWITCH  B 2 0 2
11  Ligand   DOMAIN II OF GLYCINE RIBOSWITCH  A 3 0 3
12  Ligand   DOMAIN II OF GLYCINE RIBOSWITCH  B 1 0 1
13  Ligand   DOMAIN II OF GLYCINE RIBOSWITCH  A 3 0 3
14  Ligand   DOMAIN II OF GLYCINE RIBOSWITCH  B 7 0 7
15  Ligand   DOMAIN II OF GLYCINE RIBOSWITCH  A 3 0 3
16 Water     36 0 36
total       251 3733 157

Proteins
Unit 3 GLY89
Unit 4 GLY89 TL201 TL202 TL203

Nucleic acids
Unit 1 GDP1 G2 C3 U4 C5 U6 G7 G8 A9 G10 A11 G12 A13 A14 C15 C16 G17 U18 U19 U20 A21 A22 U23 C24 G25 G26 U27 C28 G29 C30 C31 G32 A33 A34 G35 G36 A37 G38 C39 A40 A41 G42 C43 U44 C45 U46 G47 C48 G49 G50 A51 A52 A53 C54 G55 C56 A57 G58 A59 G60 U61 G62 A63 A64 A65 C66 U67 C68 U69 C70 A71 G72 G73 C74 A75 A76 A77 A78 G79 G80 A81 C82 A83 G84 A85 G86 U87 CCC88
Unit 2 G1 G2 C3 U4 C5 U6 G7 G8 A9 G10 A11 G12 A13 A14 C15 C16 G17 U18 U19 U20 A21 A22 U23 C24 G25 G26 U27 C28 G29 C30 C31 G32 A33 A34 G35 G36 A37 G38 C39 A40 A41 G42 C43 U44 C45 U46 G47 C48 G49 G50 A51 A52 A53 C54 G55 C56 A57 G58 A59 G60 U61 G62 A63 A64 A65 C66 U67 C68 U69 C70 A71 G72 G73 C74 A75 A76 A77 A78 G79 G80 A81 C82 A83 G84 A85 G86 U87 CCC88

Ligands
Unit 5 TL204 TL205 TL206 TL207
Unit 6 TL208 TL209
Unit 7 MG101 MG102 MG103 MG104 MG106 MG107 TL210
Unit 8 MG108
Unit 9 MG109
Unit 10 MG110 MG111
Unit 11 MG112 MG113 MG114
Unit 12 MG115
Unit 13 MG116 MG117 MG118
Unit 14 MG119 MG120 MG121 MG122 MG123 MG124 MG125
Unit 15 MG126 MG127 MG128

Chirality of ribose and phosphate atoms

Check the naming of phosphate and ribose substituents. Recommended for phosphate oxygens and for ribose hydrogens in NMR structures.


Go to    [Image Library Home]    [Image Library Entry]
Perl script:    PDBscan.pl  (15 Sep 2016)
Author:    Peter Slickers  (slickers@leibniz-fli.de),  IMB Jena,  Germany