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Sequence, Chains, Asymmetric and Biological Units

Title CRYSTAL STRUCTURE OF GLYCINE RIBOSWITCH, MN2+ SOAKED
Keywords GENE EXPRESSION REGULATOR, GLYCINE RIBOSWITCH, RNA
Experiment X-ray diffraction
Number of Models  1


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PDB   3OXE     released     available     available     Quaternary Structure Server  


Asymmetric unit from PDB
 Unit     Type     Name   Chain ID   Residues   Atoms   Hetatoms 
1  RNA    A 88 1855 51
2  RNA    B 88 1878 23
3  Protein   DOMAIN II OF GLYCINE RIBOSWITCH  A 1 0 5
4  Protein   DOMAIN II OF GLYCINE RIBOSWITCH  B 1 0 5
5  Ligand   DOMAIN II OF GLYCINE RIBOSWITCH  A 17 0 17
6  Ligand   DOMAIN II OF GLYCINE RIBOSWITCH  B 13 0 13
7  Ligand   DOMAIN II OF GLYCINE RIBOSWITCH  A 3 0 3
8  Ligand   DOMAIN II OF GLYCINE RIBOSWITCH  B 1 0 1
9  Ligand   DOMAIN II OF GLYCINE RIBOSWITCH  A 1 0 1
10  Ligand   DOMAIN II OF GLYCINE RIBOSWITCH  B 1 0 1
11  Ligand   DOMAIN II OF GLYCINE RIBOSWITCH  A 1 0 1
12  Ligand   DOMAIN II OF GLYCINE RIBOSWITCH  B 4 0 4
13  Ligand   DOMAIN II OF GLYCINE RIBOSWITCH  A 1 0 1
14 Water     32 0 32
total       252 3733 158

Proteins
Unit 3 GLY89
Unit 4 GLY89

Nucleic acids
Unit 1 GDP1 G2 C3 U4 C5 U6 G7 G8 A9 G10 A11 G12 A13 A14 C15 C16 G17 U18 U19 U20 A21 A22 U23 C24 G25 G26 U27 C28 G29 C30 C31 G32 A33 A34 G35 G36 A37 G38 C39 A40 A41 G42 C43 U44 C45 U46 G47 C48 G49 G50 A51 A52 A53 C54 G55 C56 A57 G58 A59 G60 U61 G62 A63 A64 A65 C66 U67 C68 U69 C70 A71 G72 G73 C74 A75 A76 A77 A78 G79 G80 A81 C82 A83 G84 A85 G86 U87 CCC88
Unit 2 G1 G2 C3 U4 C5 U6 G7 G8 A9 G10 A11 G12 A13 A14 C15 C16 G17 U18 U19 U20 A21 A22 U23 C24 G25 G26 U27 C28 G29 C30 C31 G32 A33 A34 G35 G36 A37 G38 C39 A40 A41 G42 C43 U44 C45 U46 G47 C48 G49 G50 A51 A52 A53 C54 G55 C56 A57 G58 A59 G60 U61 G62 A63 A64 A65 C66 U67 C68 U69 C70 A71 G72 G73 C74 A75 A76 A77 A78 G79 G80 A81 C82 A83 G84 A85 G86 U87 CCC88

Ligands
Unit 5 MN101 MN102 MN103 MN104 MN105 MN106 MN107 MN108 MN109 MN110 MN111 MN112 MN113 MN114 MN115 MN116 MN117
Unit 6 MN118 MN119 MN120 MN121 MN122 MN123 MN124 MN125 MN126 MN127 MN128 MN129 MN130
Unit 7 MN131 MN132 MG133
Unit 8 MG134
Unit 9 MG135
Unit 10 MG136
Unit 11 MG137
Unit 12 MG138 MG139 MG140 MG141
Unit 13 MG142

Chirality of ribose and phosphate atoms

Check the naming of phosphate and ribose substituents. Recommended for phosphate oxygens and for ribose hydrogens in NMR structures.


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Perl script:    PDBscan.pl  (15 Sep 2016)
Author:    Peter Slickers  (slickers@leibniz-fli.de),  IMB Jena,  Germany