3OJU - Sequence, Chains, Asymmetric and Biological Units

• Title: SNAPSHOT OF THE LARGE FRAGMENT OF DNA POLYMERASE I FROM THER AQUATICUS PROCESSING C5 MODIFIED THYMIDIES
• Keywords: DNA POLYMERASE, C5 MODIFIED NUCLEOTIDE ANALOGS, BINDING POCK LABELED TRIPHOSPHATE, TRANSFERASE-DNA COMPLEX
• Experiment: X-ray diffraction
• Number of Models: 1

Database	ID code	Status	Coordinate files
			Header	Asymmetric unit	Biological unit
PDB	3OJU	released	available	available	Quaternary Structure Server

Asymmetric unit from PDB

Unit	Type	Name	Chain ID	Residues	Atoms	Hetatoms
1	Protein	DNA POLYMERASE I, THERMOSTABLE	A	539	8612	0
2	DNA		B	12	222	30
3	Other macromolecule	DNA (5'-D(*AP*AP*AP*AP*GP*GP*CP*GP*CP*CP*GP*TP*GP 3')	C	14	290	0
4	Ligand	DNA POLYMERASE I, THERMOSTABLE	A	18	0	194
5	Ligand	DNA (5'-D(*AP*AP*AP*AP*GP*GP*CP*GP*CP*CP*GP*TP*GP 3')	C	2	0	31
6	Water			195	0	195
total				780	9124	450

Proteins

Unit 1

LEU 294 GLU 295 GLU 296 ALA 297 PRO 298 TRP 299 PRO 300 PRO 301 PRO 302 GLU 303 GLY 304 ALA 305 PHE 306 VAL 307 GLY 308 PHE 309 VAL 310 LEU 311 SER 312 ARG 313 LYS 314 GLU 315 PRO 316 MET 317 TRP 318 ALA 319 ASP 320 LEU 321 LEU 322 ALA 323 LEU 324 ALA 325 ALA 326 ALA 327 ARG 328 GLY 329 GLY 330 ARG 331 VAL 332 HIS 333 ARG 334 ALA 335 PRO 336 GLU 337 PRO 338 TYR 339 LYS 340 ALA 341 LEU 342 ARG 343 ASP 344 LEU 345 LYS 346 GLU 347 ALA 348 ARG 349 GLY 350 LEU 351 LEU 352 ALA 353 LYS 354 ASP 355 LEU 356 SER 357 VAL 358 LEU 359 ALA 360 LEU 361 ARG 362 GLU 363 GLY 364 LEU 365 GLY 366 LEU 367 PRO 368 PRO 369 GLY 370 ASP 371 ASP 372 PRO 373 MET 374 LEU 375 LEU 376 ALA 377 TYR 378 LEU 379 LEU 380 ASP 381 PRO 382 SER 383 ASN 384 THR 385 THR 386 PRO 387 GLU 388 GLY 389 VAL 390 ALA 391 ARG 392 ARG 393 TYR 394 GLY 395 GLY 396 GLU 397 TRP 398 THR 399 GLU 400 GLU 401 ALA 402 GLY 403 GLU 404 ARG 405 ALA 406 ALA 407 LEU 408 SER 409 GLU 410 ARG 411 LEU 412 PHE 413 ALA 414 ASN 415 LEU 416 TRP 417 GLY 418 ARG 419 LEU 420 GLU 421 GLY 422 GLU 423 GLU 424 ARG 425 LEU 426 LEU 427 TRP 428 LEU 429 TYR 430 ARG 431 GLU 432 VAL 433 GLU 434 ARG 435 PRO 436 LEU 437 SER 438 ALA 439 VAL 440 LEU 441 ALA 442 HIS 443 MET 444 GLU 445 ALA 446 THR 447 GLY 448 VAL 449 ARG 450 LEU 451 ASP 452 VAL 453 ALA 454 TYR 455 LEU 456 ARG 457 ALA 458 LEU 459 SER 460 LEU 461 GLU 462 VAL 463 ALA 464 GLU 465 GLU 466 ILE 467 ALA 468 ARG 469 LEU 470 GLU 471 ALA 472 GLU 473 VAL 474 PHE 475 ARG 476 LEU 477 ALA 478 GLY 479 HIS 480 PRO 481 PHE 482 ASN 483 LEU 484 ASN 485 SER 486 ARG 487 ASP 488 GLN 489 LEU 490 GLU 491 ARG 492 VAL 493 LEU 494 PHE 495 ASP 496 GLU 497 LEU 498 GLY 499 LEU 500 PRO 501 ALA 502 ILE 503 GLY 504 LYS 505 THR 506 GLU 507 LYS 508 THR 509 GLY 510 LYS 511 ARG 512 SER 513 THR 514 SER 515 ALA 516 ALA 517 VAL 518 LEU 519 GLU 520 ALA 521 LEU 522 ARG 523 GLU 524 ALA 525 HIS 526 PRO 527 ILE 528 VAL 529 GLU 530 LYS 531 ILE 532 LEU 533 GLN 534 TYR 535 ARG 536 GLU 537 LEU 538 THR 539 LYS 540 LEU 541 LYS 542 SER 543 THR 544 TYR 545 ILE 546 ASP 547 PRO 548 LEU 549 PRO 550 ASP 551 LEU 552 ILE 553 HIS 554 PRO 555 ARG 556 THR 557 GLY 558 ARG 559 LEU 560 HIS 561 THR 562 ARG 563 PHE 564 ASN 565 GLN 566 THR 567 ALA 568 THR 569 ALA 570 THR 571 GLY 572 ARG 573 LEU 574 SER 575 SER 576 SER 577 ASP 578 PRO 579 ASN 580 LEU 581 GLN 582 ASN 583 ILE 584 PRO 585 VAL 586 ARG 587 THR 588 PRO 589 LEU 590 GLY 591 GLN 592 ARG 593 ILE 594 ARG 595 ARG 596 ALA 597 PHE 598 ILE 599 ALA 600 GLU 601 GLU 602 GLY 603 TRP 604 LEU 605 LEU 606 VAL 607 ALA 608 LEU 609 ASP 610 TYR 611 SER 612 GLN 613 ILE 614 GLU 615 LEU 616 ARG 617 VAL 618 LEU 619 ALA 620 HIS 621 LEU 622 SER 623 GLY 624 ASP 625 GLU 626 ASN 627 LEU 628 ILE 629 ARG 630 VAL 631 PHE 632 GLN 633 GLU 634 GLY 635 ARG 636 ASP 637 ILE 638 HIS 639 THR 640 GLU 641 THR 642 ALA 643 SER 644 TRP 645 MET 646 PHE 647 GLY 648 VAL 649 PRO 650 ARG 651 GLU 652 ALA 653 VAL 654 ASP 655 PRO 656 LEU 657 MET 658 ARG 659 ARG 660 ALA 661 ALA 662 LYS 663 THR 664 ILE 665 ASN 666 PHE 667 GLY 668 VAL 669 LEU 670 TYR 671 GLY 672 MET 673 SER 674 ALA 675 HIS 676 ARG 677 LEU 678 SER 679 GLN 680 GLU 681 LEU 682 ALA 683 ILE 684 PRO 685 TYR 686 GLU 687 GLU 688 ALA 689 GLN 690 ALA 691 PHE 692 ILE 693 GLU 694 ARG 695 TYR 696 PHE 697 GLN 698 SER 699 PHE 700 PRO 701 LYS 702 VAL 703 ARG 704 ALA 705 TRP 706 ILE 707 GLU 708 LYS 709 THR 710 LEU 711 GLU 712 GLU 713 GLY 714 ARG 715 ARG 716 ARG 717 GLY 718 TYR 719 VAL 720 GLU 721 THR 722 LEU 723 PHE 724 GLY 725 ARG 726 ARG 727 ARG 728 TYR 729 VAL 730 PRO 731 ASP 732 LEU 733 GLU 734 ALA 735 ARG 736 VAL 737 LYS 738 SER 739 VAL 740 ARG 741 GLU 742 ALA 743 ALA 744 GLU 745 ARG 746 MET 747 ALA 748 PHE 749 ASN 750 MET 751 PRO 752 VAL 753 GLN 754 GLY 755 THR 756 ALA 757 ALA 758 ASP 759 LEU 760 MET 761 LYS 762 LEU 763 ALA 764 MET 765 VAL 766 LYS 767 LEU 768 PHE 769 PRO 770 ARG 771 LEU 772 GLU 773 GLU 774 MET 775 GLY 776 ALA 777 ARG 778 MET 779 LEU 780 LEU 781 GLN 782 VAL 783 HIS 784 ASP 785 GLU 786 LEU 787 VAL 788 LEU 789 GLU 790 ALA 791 PRO 792 LYS 793 GLU 794 ARG 795 ALA 796 GLU 797 ALA 798 VAL 799 ALA 800 ARG 801 LEU 802 ALA 803 LYS 804 GLU 805 VAL 806 MET 807 GLU 808 GLY 809 VAL 810 TYR 811 PRO 812 LEU 813 ALA 814 VAL 815 PRO 816 LEU 817 GLU 818 VAL 819 GLU 820 VAL 821 GLY 822 ILE 823 GLY 824 GLU 825 ASP 826 TRP 827 LEU 828 SER 829 ALA 830 LYS 831 GLU 832

Nucleic acids

Unit 2

DG 101 DA 102 DC 103 DC 104 DA 105 DC 106 DG 107 DG 108 DC 109 DG 110 DC 111 DOC 112

Other macromolecules

Unit 3

DA 203 DA 204 DG 205 DG 206 DC 207 DG 208 DC 209 DC 210 DG 211 DT 212 DG 213 DG 214 DT 215 DC 216

Ligands

Unit 4	SSJ 1 MG 2 MG 3 GOL 4 GOL 5 GOL 6 PGE 7 PGE 8 GOL 9 PGE 10 PGE 11 PGE 12 PGE 13 PGE 14 GOL 15 PGE 16 PGE 17 PGE 18
Unit 5	GOL 1 PGE 2