3M1U - Sequence, Chains, Asymmetric and Biological Units

• Title: CRYSTAL STRUCTURE OF A PUTATIVE GAMMA-D-GLUTAMYL-L-DIAMINO A ENDOPEPTIDASE (DVU_0896) FROM DESULFOVIBRIO VULGARIS HILDEN 1.75 A RESOLUTION
• Keywords: STRUCTURAL GENOMICS, JOINT CENTER FOR STRUCTURAL GENOMICS, J PROTEIN STRUCTURE INITIATIVE, PSI-2, LIPOPROTEIN, HYDROLASE SPORULATION
• Experiment: X-ray diffraction
• Number of Models: 1

Database	ID code	Status	Coordinate files
			Header	Asymmetric unit	Biological unit
PDB	3M1U	released	available	available	Quaternary Structure Server

Asymmetric unit from PDB

Unit	Type	Name	Chain ID	Residues	Atoms	Hetatoms
1	Protein		A	425	3133	120
2	Protein		B	420	3082	120
3	Ligand		A	11	0	50
4	Ligand		B	13	0	57
5	Water			941	0	941
total				1810	6215	1288

Proteins

Unit 1

SER 32 ARG 33 PRO 34 ALA 35 THR 36 PRO 37 PRO 38 VAL 39 THR 40 PRO 41 PRO 42 SER 43 ARG 44 GLU 45 GLY 46 HIS 47 VAL 48 ALA 49 ASP 50 LEU 51 ASP 52 ARG 53 PHE 54 PRO 55 GLN 56 ASP 57 LEU 58 ARG 59 VAL 60 TYR 61 ALA 62 MSE 63 LYS 64 ALA 65 GLY 66 ALA 67 ASP 68 ARG 69 GLN 70 LEU 71 LEU 72 PRO 73 PHE 74 THR 75 GLU 76 GLN 77 ALA 78 ALA 79 GLN 80 ASP 81 ALA 82 ARG 83 TRP 84 ASN 85 ARG 86 ARG 87 PHE 88 PHE 89 ALA 90 PRO 91 TRP 92 ARG 93 MSE 94 THR 95 ARG 96 ILE 97 SER 98 VAL 99 PRO 100 VAL 101 LYS 102 ASP 103 VAL 104 ALA 105 ALA 106 PRO 107 PHE 108 GLY 109 THR 110 ASP 111 GLY 112 ARG 113 PRO 114 ARG 115 GLY 116 TYR 117 ALA 118 GLU 119 ASN 120 LEU 121 LEU 122 PRO 123 TRP 124 ASP 125 VAL 126 THR 127 ARG 128 TRP 129 GLY 130 ALA 131 LEU 132 ALA 133 SER 134 GLY 135 ALA 136 ALA 137 LEU 138 ASP 139 LEU 140 TYR 141 PRO 142 SER 143 GLN 144 ALA 145 TRP 146 LYS 147 GLY 148 ILE 149 VAL 150 VAL 151 SER 152 ASN 153 SER 154 ALA 155 LEU 156 ARG 157 GLU 158 VAL 159 PRO 160 THR 161 LEU 162 ARG 163 PRO 164 MSE 165 PHE 166 THR 167 ALA 168 PRO 169 THR 170 ARG 171 ALA 172 GLY 173 GLN 174 GLY 175 TYR 176 PRO 177 PHE 178 ASP 179 MSE 180 PHE 181 GLN 182 ARG 183 THR 184 ALA 185 VAL 186 TRP 187 MSE 188 GLY 189 THR 190 PRO 191 VAL 192 PHE 193 VAL 194 GLY 195 HIS 196 ALA 197 THR 198 ALA 199 ASP 200 ARG 201 ALA 202 TRP 203 LEU 204 TYR 205 VAL 206 GLU 207 THR 208 ALA 209 PHE 210 ALA 211 ALA 212 GLY 213 TRP 214 MSE 215 PRO 216 ALA 217 ALA 218 ASP 219 VAL 220 ALA 221 ARG 222 VAL 223 ASP 224 ASP 225 ALA 226 PHE 227 MSE 228 THR 229 ARG 230 TYR 231 GLU 232 SER 233 GLY 234 SER 235 LEU 236 ALA 237 ALA 238 ILE 239 LEU 240 ARG 241 ASP 242 ASP 243 THR 244 SER 245 LEU 246 ASN 247 GLY 248 ALA 249 ASP 250 GLY 251 THR 252 HIS 253 LEU 254 ALA 255 THR 256 ALA 257 HIS 258 ILE 259 GLY 260 THR 261 VAL 262 LEU 263 PRO 264 LEU 265 SER 266 GLY 272 ARG 273 THR 274 VAL 275 LEU 276 VAL 277 PRO 278 VAL 279 ARG 280 ALA 281 PRO 282 GLU 283 GLY 284 HIS 285 ALA 286 VAL 287 VAL 288 VAL 289 PRO 290 VAL 291 LEU 292 LEU 293 THR 294 SER 295 GLY 296 GLU 297 ALA 298 ALA 299 GLN 300 LYS 301 PRO 302 VAL 303 PRO 304 LEU 305 THR 306 PRO 307 GLY 308 ASN 309 MSE 310 ALA 311 GLU 312 LEU 313 GLY 314 ASN 315 ARG 316 MSE 317 MSE 318 GLY 319 GLN 320 PRO 321 TYR 322 GLY 323 TRP 324 GLY 325 GLY 326 LEU 327 TYR 328 GLU 329 ASP 330 ARG 331 ASP 332 CYS 333 SER 334 SER 335 THR 336 LEU 337 ARG 338 ASP 339 LEU 340 PHE 341 THR 342 PRO 343 PHE 344 GLY 345 LEU 346 TRP 347 LEU 348 PRO 349 ARG 350 ASN 351 SER 352 ALA 353 SER 354 GLN 355 ALA 356 LYS 357 ALA 358 GLY 359 ARG 360 TYR 361 VAL 362 ASP 363 ILE 364 ALA 365 LYS 366 LEU 367 ASP 368 ALA 369 ASP 370 ASP 371 LYS 372 GLU 373 ALA 374 ARG 375 ILE 376 VAL 377 ALA 378 GLU 379 GLY 380 VAL 381 PRO 382 PHE 383 MSE 384 THR 385 LEU 386 LEU 387 TRP 388 LEU 389 ARG 390 GLY 391 HIS 392 ILE 393 THR 394 LEU 395 TYR 396 LEU 397 GLY 398 LEU 399 HIS 400 GLU 401 GLY 402 GLN 403 ALA 404 ALA 405 MSE 406 PHE 407 HIS 408 ASN 409 MSE 410 TRP 411 GLY 412 ILE 413 ARG 414 THR 415 HIS 416 ARG 417 GLY 418 GLY 419 VAL 420 GLU 421 GLY 422 ARG 423 TYR 424 VAL 425 LEU 426 GLY 427 ARG 428 ALA 429 VAL 430 VAL 431 THR 432 SER 433 THR 434 ARG 435 PRO 436 GLY 437 LEU 438 ASP 439 VAL 440 PRO 441 GLY 442 ASN 443 ASP 444 ASN 445 ALA 446 ASP 447 GLY 448 LEU 449 LEU 450 GLY 451 ARG 452 MSE 453 GLN 454 GLY 455 MSE 456 SER 457 ILE 458 LEU 459 PRO 460 GLY 461

Unit 2

PRO 42 SER 43 ARG 44 GLU 45 GLY 46 HIS 47 VAL 48 ALA 49 ASP 50 LEU 51 ASP 52 ARG 53 PHE 54 PRO 55 GLN 56 ASP 57 LEU 58 ARG 59 VAL 60 TYR 61 ALA 62 MSE 63 LYS 64 ALA 65 GLY 66 ALA 67 ASP 68 ARG 69 GLN 70 LEU 71 LEU 72 PRO 73 PHE 74 THR 75 GLU 76 GLN 77 ALA 78 ALA 79 GLN 80 ASP 81 ALA 82 ARG 83 TRP 84 ASN 85 ARG 86 ARG 87 PHE 88 PHE 89 ALA 90 PRO 91 TRP 92 ARG 93 MSE 94 THR 95 ARG 96 ILE 97 SER 98 VAL 99 PRO 100 VAL 101 LYS 102 ASP 103 VAL 104 ALA 105 ALA 106 PRO 107 PHE 108 GLY 109 THR 110 ASP 111 GLY 112 ARG 113 PRO 114 ARG 115 GLY 116 TYR 117 ALA 118 GLU 119 ASN 120 LEU 121 LEU 122 PRO 123 TRP 124 ASP 125 VAL 126 THR 127 ARG 128 TRP 129 GLY 130 ALA 131 LEU 132 ALA 133 SER 134 GLY 135 ALA 136 ALA 137 LEU 138 ASP 139 LEU 140 TYR 141 PRO 142 SER 143 GLN 144 ALA 145 TRP 146 LYS 147 GLY 148 ILE 149 VAL 150 VAL 151 SER 152 ASN 153 SER 154 ALA 155 LEU 156 ARG 157 GLU 158 VAL 159 PRO 160 THR 161 LEU 162 ARG 163 PRO 164 MSE 165 PHE 166 THR 167 ALA 168 PRO 169 THR 170 ARG 171 ALA 172 GLY 173 GLN 174 GLY 175 TYR 176 PRO 177 PHE 178 ASP 179 MSE 180 PHE 181 GLN 182 ARG 183 THR 184 ALA 185 VAL 186 TRP 187 MSE 188 GLY 189 THR 190 PRO 191 VAL 192 PHE 193 VAL 194 GLY 195 HIS 196 ALA 197 THR 198 ALA 199 ASP 200 ARG 201 ALA 202 TRP 203 LEU 204 TYR 205 VAL 206 GLU 207 THR 208 ALA 209 PHE 210 ALA 211 ALA 212 GLY 213 TRP 214 MSE 215 PRO 216 ALA 217 ALA 218 ASP 219 VAL 220 ALA 221 ARG 222 VAL 223 ASP 224 ASP 225 ALA 226 PHE 227 MSE 228 THR 229 ARG 230 TYR 231 GLU 232 SER 233 GLY 234 SER 235 LEU 236 ALA 237 ALA 238 ILE 239 LEU 240 ARG 241 ASP 242 ASP 243 THR 244 SER 245 LEU 246 ASN 247 GLY 248 ALA 249 ASP 250 GLY 251 THR 252 HIS 253 LEU 254 ALA 255 THR 256 ALA 257 HIS 258 ILE 259 GLY 260 THR 261 VAL 262 LEU 263 PRO 264 LEU 265 SER 266 GLY 267 ALA 268 SER 269 GLN 270 VAL 271 GLY 272 ARG 273 THR 274 VAL 275 LEU 276 VAL 277 PRO 278 VAL 279 ARG 280 ALA 281 PRO 282 GLU 283 GLY 284 HIS 285 ALA 286 VAL 287 VAL 288 VAL 289 PRO 290 VAL 291 LEU 292 LEU 293 THR 294 SER 295 GLY 296 GLU 297 ALA 298 ALA 299 GLN 300 LYS 301 PRO 302 VAL 303 PRO 304 LEU 305 THR 306 PRO 307 GLY 308 ASN 309 MSE 310 ALA 311 GLU 312 LEU 313 GLY 314 ASN 315 ARG 316 MSE 317 MSE 318 GLY 319 GLN 320 PRO 321 TYR 322 GLY 323 TRP 324 GLY 325 GLY 326 LEU 327 TYR 328 GLU 329 ASP 330 ARG 331 ASP 332 CYS 333 SER 334 SER 335 THR 336 LEU 337 ARG 338 ASP 339 LEU 340 PHE 341 THR 342 PRO 343 PHE 344 GLY 345 LEU 346 TRP 347 LEU 348 PRO 349 ARG 350 ASN 351 SER 352 ALA 353 SER 354 GLN 355 ALA 356 LYS 357 ALA 358 GLY 359 ARG 360 TYR 361 VAL 362 ASP 363 ILE 364 ALA 365 LYS 366 LEU 367 ASP 368 ALA 369 ASP 370 ASP 371 LYS 372 GLU 373 ALA 374 ARG 375 ILE 376 VAL 377 ALA 378 GLU 379 GLY 380 VAL 381 PRO 382 PHE 383 MSE 384 THR 385 LEU 386 LEU 387 TRP 388 LEU 389 ARG 390 GLY 391 HIS 392 ILE 393 THR 394 LEU 395 TYR 396 LEU 397 GLY 398 LEU 399 HIS 400 GLU 401 GLY 402 GLN 403 ALA 404 ALA 405 MSE 406 PHE 407 HIS 408 ASN 409 MSE 410 TRP 411 GLY 412 ILE 413 ARG 414 THR 415 HIS 416 ARG 417 GLY 418 GLY 419 VAL 420 GLU 421 GLY 422 ARG 423 TYR 424 VAL 425 LEU 426 GLY 427 ARG 428 ALA 429 VAL 430 VAL 431 THR 432 SER 433 THR 434 ARG 435 PRO 436 GLY 437 LEU 438 ASP 439 VAL 440 PRO 441 GLY 442 ASN 443 ASP 444 ASN 445 ALA 446 ASP 447 GLY 448 LEU 449 LEU 450 GLY 451 ARG 452 MSE 453 GLN 454 GLY 455 MSE 456 SER 457 ILE 458 LEU 459 PRO 460 GLY 461

Ligands

Unit 3	GOL 1 GOL 3 GOL 4 GOL 8 GOL 10 ACT 13 MES 14 CL 17 CL 18 CL 21 CL 23
Unit 4	GOL 2 GOL 5 GOL 6 GOL 7 GOL 9 GOL 11 ACT 12 MES 15 CL 16 CL 19 CL 20 CL 22 CL 24