3F73 - Sequence, Chains, Asymmetric and Biological Units

• Title: ALIGNMENT OF GUIDE-TARGET SEED DUPLEX WITHIN AN ARGONAUTE SI COMPLEX
• Keywords: ARGONAUTE, PROTEIN-DNA-RNA-COMPLEX, NUCLEIC ACID BINDING PRO RNA COMPLEX
• Experiment: X-ray diffraction
• Number of Models: 1

Database	ID code	Status	Coordinate files
			Header	Asymmetric unit	Biological unit
PDB	3F73	released	available	available	Quaternary Structure Server

Asymmetric unit from PDB

Unit	Type	Name	Chain ID	Residues	Atoms	Hetatoms
1	Protein	ARGONAUTE	A	678	5075	0
2	Protein	ARGONAUTE	B	670	4969	0
3	Other macromolecule	DNA (5'- D(P*DTP*DGP*DAP*DGP*DGP*DTP*DAP*DGP*DTP*DAP*DGP*DGP*DTP*DTP A*DTP*DAP*DGP*DT)-3')	C	16	292	0
4	DNA/RNA		H	12	203	0
5	Other macromolecule	DNA (5'- D(P*DTP*DGP*DAP*DGP*DGP*DTP*DAP*DGP*DTP*DAP*DGP*DGP*DTP*DTP A*DTP*DAP*DGP*DT)-3')	X	15	296	0
6	DNA/RNA		Y	11	189	0
7	Ligand	ARGONAUTE	A	1	0	1
8	Ligand	DNA (5'- D(P*DTP*DGP*DAP*DGP*DGP*DTP*DAP*DGP*DTP*DAP*DGP*DGP*DTP*DTP A*DTP*DAP*DGP*DT)-3')	C	2	0	6
9	Ligand	DNA (5'- D(P*DTP*DGP*DAP*DGP*DGP*DTP*DAP*DGP*DTP*DAP*DGP*DGP*DTP*DTP A*DTP*DAP*DGP*DT)-3')	X	1	0	1
10	Water			16	0	16
total				1422	11024	24

Proteins

Unit 1

GLY 5 LYS 6 THR 7 GLU 8 VAL 9 PHE 10 LEU 11 ASN 12 ARG 13 PHE 14 ALA 15 LEU 16 ARG 17 PRO 18 LEU 19 ASN 20 PRO 21 GLU 22 GLU 23 LEU 24 ARG 25 PRO 26 TRP 27 ARG 28 LEU 29 GLU 30 VAL 31 VAL 32 LEU 33 ASP 34 PRO 35 PRO 36 PRO 37 GLY 38 ARG 39 GLU 40 GLU 41 VAL 42 TYR 43 PRO 44 LEU 45 LEU 46 ALA 47 GLN 48 VAL 49 ALA 50 ARG 51 ARG 52 ALA 53 GLY 54 GLY 55 VAL 56 THR 57 VAL 58 ARG 59 MET 60 GLY 61 ASP 62 GLY 63 LEU 64 ALA 65 SER 66 TRP 67 SER 68 PRO 69 PRO 70 GLU 71 VAL 72 LEU 73 VAL 74 LEU 75 GLU 76 GLY 77 THR 78 LEU 79 ALA 80 ARG 81 MET 82 GLY 83 GLN 84 THR 85 TYR 86 ALA 87 TYR 88 ARG 89 LEU 90 TYR 91 PRO 92 LYS 93 GLY 94 ARG 95 ARG 96 PRO 97 LEU 98 ASP 99 PRO 100 LYS 101 ASP 102 PRO 103 GLY 104 GLU 105 ARG 106 SER 107 VAL 108 LEU 109 SER 110 ALA 111 LEU 112 ALA 113 ARG 114 ARG 115 LEU 116 LEU 117 GLN 118 GLU 119 ARG 120 LEU 121 ARG 122 ARG 123 LEU 124 GLU 125 GLY 126 VAL 127 TRP 128 VAL 129 GLU 130 GLY 131 LEU 132 ALA 133 VAL 134 TYR 135 ARG 136 ARG 137 GLU 138 HIS 139 ALA 140 ARG 141 GLY 142 PRO 143 GLY 144 TRP 145 ARG 146 VAL 147 LEU 148 GLY 149 GLY 150 ALA 151 VAL 152 LEU 153 ASP 154 LEU 155 TRP 156 VAL 157 SER 158 ASP 159 SER 160 GLY 161 ALA 162 PHE 163 LEU 164 LEU 165 GLU 166 VAL 167 ASP 168 PRO 169 ALA 170 TYR 171 ARG 172 ILE 173 LEU 174 CYS 175 GLU 176 MET 177 SER 178 LEU 179 GLU 180 ALA 181 TRP 182 LEU 183 ALA 184 GLN 185 GLY 186 HIS 187 PRO 188 LEU 189 PRO 190 LYS 191 ARG 192 VAL 193 ARG 194 ASN 195 ALA 196 TYR 197 ASP 198 ARG 199 ARG 200 THR 201 TRP 202 GLU 203 LEU 204 LEU 205 ARG 206 LEU 207 GLY 208 GLU 209 GLU 210 ASP 211 PRO 212 LYS 213 GLU 214 LEU 215 PRO 216 LEU 217 PRO 218 GLY 219 GLY 220 LEU 221 SER 222 LEU 223 LEU 224 ASP 225 TYR 226 HIS 227 ALA 228 SER 229 LYS 230 GLY 231 ARG 232 LEU 233 GLN 234 GLY 235 ARG 236 GLU 237 GLY 238 GLY 239 ARG 240 VAL 241 ALA 242 TRP 243 VAL 244 ALA 245 ASP 246 PRO 247 LYS 248 ASP 249 PRO 250 ARG 251 LYS 252 PRO 253 ILE 254 PRO 255 HIS 256 LEU 257 THR 258 GLY 259 LEU 260 LEU 261 VAL 262 PRO 263 VAL 264 LEU 265 THR 266 LEU 267 GLU 268 ASP 269 LEU 270 HIS 271 GLU 272 GLU 273 GLU 274 GLY 275 SER 276 LEU 277 ALA 278 LEU 279 SER 280 LEU 281 PRO 282 TRP 283 GLU 284 GLU 285 ARG 286 ARG 287 ARG 288 ARG 289 THR 290 ARG 291 GLU 292 ILE 293 ALA 294 SER 295 TRP 296 ILE 297 GLY 298 ARG 299 ARG 300 LEU 301 GLY 302 LEU 303 GLY 304 THR 305 PRO 306 GLU 307 ALA 308 VAL 309 ARG 310 ALA 311 GLN 312 ALA 313 TYR 314 ARG 315 LEU 316 SER 317 ILE 318 PRO 319 LYS 320 LEU 321 MET 322 GLY 323 ARG 324 ARG 325 ALA 326 VAL 327 SER 328 LYS 329 PRO 330 ALA 331 ASP 332 ALA 333 LEU 334 ARG 335 VAL 336 GLY 337 PHE 338 TYR 339 ARG 340 ALA 341 GLN 342 GLU 343 THR 344 ALA 345 LEU 346 ALA 347 LEU 348 LEU 349 ARG 350 LEU 351 ASP 352 GLY 353 ALA 354 GLN 355 GLY 356 TRP 357 PRO 358 GLU 359 PHE 360 LEU 361 ARG 362 ARG 363 ALA 364 LEU 365 LEU 366 ARG 367 ALA 368 PHE 369 GLY 370 ALA 371 SER 372 GLY 373 ALA 374 SER 375 LEU 376 ARG 377 LEU 378 HIS 379 THR 380 LEU 381 HIS 382 ALA 383 HIS 384 PRO 385 SER 386 GLN 387 GLY 388 LEU 389 ALA 390 PHE 391 ARG 392 GLU 393 ALA 394 LEU 395 ARG 396 LYS 397 ALA 398 LYS 399 GLU 400 GLU 401 GLY 402 VAL 403 GLN 404 ALA 405 VAL 406 LEU 407 VAL 408 LEU 409 THR 410 PRO 411 PRO 412 MET 413 ALA 414 TRP 415 GLU 416 ASP 417 ARG 418 ASN 419 ARG 420 LEU 421 LYS 422 ALA 423 LEU 424 LEU 425 LEU 426 ARG 427 GLU 428 GLY 429 LEU 430 PRO 431 SER 432 GLN 433 ILE 434 LEU 435 ASN 436 VAL 437 PRO 438 LEU 439 ARG 440 GLU 441 GLU 442 GLU 443 ARG 444 HIS 445 ARG 446 TRP 447 GLU 448 ASN 449 ALA 450 LEU 451 LEU 452 GLY 453 LEU 454 LEU 455 ALA 456 LYS 457 ALA 458 GLY 459 LEU 460 GLN 461 VAL 462 VAL 463 ALA 464 LEU 465 SER 466 GLY 467 ALA 468 TYR 469 PRO 470 ALA 471 GLU 472 LEU 473 ALA 474 VAL 475 GLY 476 PHE 477 ASP 478 ALA 479 GLY 480 GLY 481 ARG 482 GLU 483 SER 484 PHE 485 ARG 486 PHE 487 GLY 488 GLY 489 ALA 490 ALA 491 CYS 492 ALA 493 VAL 494 GLY 495 GLY 496 GLY 498 GLY 499 HIS 500 LEU 501 LEU 502 TRP 503 THR 504 LEU 505 PRO 506 GLU 507 ALA 508 GLN 509 ALA 510 GLY 511 GLU 512 ARG 513 ILE 514 PRO 515 GLN 516 GLU 517 VAL 518 VAL 519 TRP 520 ASP 521 LEU 522 LEU 523 GLU 524 GLU 525 THR 526 LEU 527 TRP 528 ALA 529 PHE 530 ARG 531 ARG 532 LYS 533 ALA 534 GLY 535 ARG 536 LEU 537 PRO 538 SER 539 ARG 540 VAL 541 LEU 542 LEU 543 LEU 544 ARG 545 ASP 546 GLY 547 ARG 548 VAL 549 PRO 550 GLN 551 ASP 552 GLU 553 PHE 554 ALA 555 LEU 556 ALA 557 LEU 558 GLU 559 ALA 560 LEU 561 ALA 562 ARG 563 GLU 564 GLY 565 ILE 566 ALA 567 TYR 568 ASP 569 LEU 570 VAL 571 SER 572 VAL 573 ARG 574 LYS 575 SER 576 GLY 577 GLY 578 GLY 579 ARG 580 VAL 581 TYR 582 PRO 583 VAL 584 GLN 585 GLY 586 ARG 587 LEU 588 ALA 589 ASP 590 GLY 591 LEU 592 TYR 593 VAL 594 PRO 595 LEU 596 GLU 597 ASP 598 LYS 599 THR 600 PHE 601 LEU 602 LEU 603 LEU 604 THR 605 VAL 606 HIS 607 ARG 608 ARG 611 GLY 612 THR 613 PRO 614 ARG 615 PRO 616 LEU 617 LYS 618 LEU 619 VAL 620 HIS 621 GLU 622 ALA 623 GLY 624 ASP 625 THR 626 PRO 627 LEU 628 GLU 629 ALA 630 LEU 631 ALA 632 HIS 633 GLN 634 ILE 635 PHE 636 HIS 637 LEU 638 THR 639 ARG 640 LEU 641 TYR 642 PRO 643 ALA 644 SER 645 GLY 646 PHE 647 ALA 648 PHE 649 PRO 650 ARG 651 LEU 652 PRO 653 ALA 654 PRO 655 LEU 656 HIS 657 LEU 658 ALA 659 ASP 660 ARG 661 LEU 662 VAL 663 LYS 664 GLU 665 VAL 666 GLY 667 ARG 668 LEU 669 GLY 670 ILE 671 ARG 672 HIS 673 LEU 674 LYS 675 GLU 676 VAL 677 ASP 678 ARG 679 GLU 680 LYS 681 LEU 682 PHE 683 PHE 684 VAL 685

Unit 2

LEU 4 GLY 5 LYS 6 THR 7 GLU 8 VAL 9 PHE 10 LEU 11 ASN 12 ARG 13 PHE 14 ALA 15 LEU 16 ARG 17 PRO 18 LEU 19 ASN 20 PRO 21 GLU 22 GLU 23 LEU 24 ARG 25 PRO 26 TRP 27 ARG 28 LEU 29 GLU 30 VAL 31 VAL 32 LEU 33 ASP 34 PRO 35 PRO 36 PRO 37 GLY 38 ARG 39 GLU 40 GLU 41 VAL 42 TYR 43 PRO 44 LEU 45 LEU 46 ALA 47 GLN 48 VAL 49 ALA 50 ARG 51 ARG 52 ALA 53 GLY 54 GLY 55 VAL 56 THR 57 VAL 58 ARG 59 MET 60 GLY 61 ASP 62 GLY 63 LEU 64 ALA 65 SER 66 TRP 67 SER 68 PRO 69 PRO 70 GLU 71 VAL 72 LEU 73 VAL 74 LEU 75 GLU 76 GLY 77 THR 78 LEU 79 ALA 80 ARG 81 MET 82 GLY 83 GLN 84 THR 85 TYR 86 ALA 87 TYR 88 ARG 89 LEU 90 TYR 91 PRO 92 LYS 93 GLY 94 ARG 95 ARG 96 PRO 97 LEU 98 ASP 99 PRO 100 LYS 101 ASP 102 PRO 103 GLY 104 GLU 105 ARG 106 SER 107 VAL 108 LEU 109 SER 110 ALA 111 LEU 112 ALA 113 ARG 114 ARG 115 LEU 116 LEU 117 GLN 118 GLU 119 ARG 120 LEU 121 ARG 122 ARG 123 LEU 124 GLU 125 GLY 126 VAL 127 TRP 128 VAL 129 GLU 130 GLY 131 LEU 132 ALA 133 VAL 134 TYR 135 ARG 136 ARG 137 GLU 138 HIS 139 ALA 140 ARG 141 GLY 142 PRO 143 GLY 144 TRP 145 ARG 146 VAL 147 LEU 148 GLY 149 GLY 150 ALA 151 VAL 152 LEU 153 ASP 154 LEU 155 TRP 156 VAL 157 SER 158 ASP 159 SER 160 GLY 161 ALA 162 PHE 163 LEU 164 LEU 165 GLU 166 VAL 167 ASP 168 PRO 169 ALA 170 TYR 171 ARG 172 ILE 173 LEU 174 CYS 175 GLU 176 MET 177 SER 178 LEU 179 GLU 180 ALA 181 TRP 182 LEU 183 ALA 184 GLN 185 GLY 186 HIS 187 PRO 188 LEU 189 PRO 190 LYS 191 ARG 192 VAL 193 ARG 194 ASN 195 ALA 196 TYR 197 ASP 198 ARG 199 ARG 200 THR 201 TRP 202 GLU 203 LEU 204 LEU 205 ARG 206 LEU 207 GLY 208 GLU 209 GLU 210 ASP 211 PRO 212 LYS 213 GLU 214 LEU 215 PRO 216 LEU 217 PRO 218 GLY 219 GLY 220 LEU 221 SER 222 LEU 223 LEU 224 ASP 225 TYR 226 HIS 227 ALA 228 SER 229 LYS 230 GLY 231 ARG 232 LEU 233 GLN 234 GLY 235 ARG 236 GLU 237 GLY 238 GLY 239 ARG 240 VAL 241 ALA 242 TRP 243 VAL 244 ALA 245 ASP 246 PRO 247 LYS 248 ASP 249 PRO 250 ARG 251 LYS 252 PRO 253 ILE 254 PRO 255 HIS 256 LEU 257 THR 258 GLY 259 LEU 260 LEU 261 VAL 262 PRO 263 VAL 264 LEU 265 THR 266 LEU 267 GLU 268 ASP 269 LEU 270 HIS 271 GLY 275 SER 276 LEU 277 ALA 278 LEU 279 SER 280 LEU 281 PRO 282 TRP 283 GLU 284 GLU 285 ARG 286 ARG 287 ARG 288 ARG 289 THR 290 ARG 291 GLU 292 ILE 293 ALA 294 SER 295 TRP 296 ILE 297 GLY 298 ARG 299 ARG 300 LEU 301 GLY 302 LEU 303 GLY 304 THR 305 PRO 306 GLU 307 ALA 308 VAL 309 ARG 310 ALA 311 GLN 312 ALA 313 TYR 314 ARG 315 LEU 316 SER 317 ILE 318 PRO 319 LYS 320 LEU 321 MET 322 GLY 323 ARG 324 ARG 325 ALA 326 VAL 327 SER 328 LYS 329 PRO 330 ALA 331 ASP 332 ALA 333 LEU 334 ARG 335 VAL 336 GLY 337 PHE 338 TYR 339 ARG 340 ALA 341 GLN 342 GLU 343 THR 344 ALA 345 LEU 346 ALA 347 LEU 348 LEU 349 ARG 350 LEU 351 ASP 352 GLY 353 ALA 354 GLN 355 GLY 356 TRP 357 PRO 358 GLU 359 PHE 360 LEU 361 ARG 362 ARG 363 ALA 364 LEU 365 LEU 366 ARG 367 ALA 368 PHE 369 GLY 370 ALA 371 SER 372 GLY 373 ALA 374 SER 375 LEU 376 ARG 377 LEU 378 HIS 379 THR 380 LEU 381 HIS 382 ALA 383 HIS 384 PRO 385 SER 386 GLN 387 GLY 388 LEU 389 ALA 390 PHE 391 ARG 392 GLU 393 ALA 394 LEU 395 ARG 396 LYS 397 ALA 398 LYS 399 GLU 400 GLU 401 GLY 402 VAL 403 GLN 404 ALA 405 VAL 406 LEU 407 VAL 408 LEU 409 THR 410 PRO 411 PRO 412 MET 413 ALA 414 TRP 415 GLU 416 ASP 417 ARG 418 ASN 419 ARG 420 LEU 421 LYS 422 ALA 423 LEU 424 LEU 425 LEU 426 ARG 427 GLU 428 GLY 429 LEU 430 PRO 431 SER 432 GLN 433 ILE 434 LEU 435 ASN 436 VAL 437 PRO 438 LEU 439 ARG 440 GLU 441 GLU 442 GLU 443 ARG 444 HIS 445 ARG 446 TRP 447 GLU 448 ASN 449 ALA 450 LEU 451 LEU 452 GLY 453 LEU 454 LEU 455 ALA 456 LYS 457 ALA 458 GLY 459 LEU 460 GLN 461 VAL 462 VAL 463 ALA 464 LEU 465 SER 466 GLY 467 TYR 469 PRO 470 ALA 471 GLU 472 LEU 473 ALA 474 VAL 475 GLY 476 PHE 477 ASP 478 ALA 479 GLY 480 GLY 481 ARG 482 GLU 483 SER 484 PHE 485 ARG 486 PHE 487 GLY 488 GLY 489 ALA 490 ALA 491 CYS 492 ALA 493 VAL 494 GLY 495 GLY 496 GLY 499 HIS 500 LEU 501 LEU 502 TRP 503 THR 504 LEU 505 PRO 506 GLU 507 ALA 508 GLN 509 ALA 510 ILE 514 PRO 515 GLN 516 GLU 517 VAL 518 VAL 519 TRP 520 ASP 521 LEU 522 LEU 523 GLU 524 GLU 525 THR 526 LEU 527 TRP 528 ALA 529 PHE 530 ARG 531 ARG 532 ALA 534 GLY 535 ARG 536 LEU 537 PRO 538 SER 539 ARG 540 VAL 541 LEU 542 LEU 543 LEU 544 ARG 545 ASP 546 GLY 547 ARG 548 VAL 549 PRO 550 GLN 551 ASP 552 GLU 553 PHE 554 ALA 555 LEU 556 ALA 557 LEU 558 GLU 559 ALA 560 LEU 561 ALA 562 ARG 563 GLU 564 GLY 565 ILE 566 ALA 567 TYR 568 ASP 569 LEU 570 VAL 571 SER 572 VAL 573 ARG 574 LYS 575 SER 576 GLY 577 GLY 578 GLY 579 ARG 580 VAL 581 TYR 582 PRO 583 VAL 584 GLN 585 GLY 586 ARG 587 LEU 588 ALA 589 ASP 590 GLY 591 LEU 592 TYR 593 VAL 594 PRO 595 LEU 596 GLU 597 ASP 598 LYS 599 THR 600 PHE 601 LEU 602 LEU 603 LEU 604 THR 605 VAL 606 HIS 607 ARG 608 ARG 611 GLY 612 THR 613 PRO 614 ARG 615 PRO 616 LEU 617 LYS 618 LEU 619 VAL 620 HIS 621 GLU 622 ALA 623 GLY 624 ASP 625 THR 626 PRO 627 LEU 628 GLU 629 ALA 630 LEU 631 ALA 632 HIS 633 GLN 634 ILE 635 PHE 636 HIS 637 LEU 638 THR 639 ARG 640 LEU 641 TYR 642 PRO 643 ALA 644 SER 645 GLY 646 PHE 647 ALA 648 PHE 649 PRO 650 ARG 651 LEU 652 PRO 653 ALA 654 PRO 655 LEU 656 HIS 657 LEU 658 ALA 659 ASP 660 ARG 661 LEU 662 VAL 663 LYS 664 GLU 665 VAL 666 GLY 667 ARG 668 LEU 669 GLY 670 ILE 671 ARG 672 HIS 673 LEU 674 LYS 675 GLU 676 VAL 677 ASP 678 ARG 679 GLU 680 LYS 681 LEU 682 PHE 683 PHE 684 VAL 685

Nucleic acids

Unit 4	C 8 U 9 C 10 A 11 C 12 U 13 A 14 C 15 C 16 U 17 C 18 G 19
Unit 6	U 9 C 10 A 11 C 12 U 13 A 14 C 15 C 16 U 17 C 18 G 19

Other macromolecules

Unit 3	DT 1 DG 2 DA 3 DG 4 DG 5 DT 6 DA 7 DG 8 DT 9 DA 10 DG 11 DG 12 DT 18 DA 19 DG 20 DT 21
Unit 5	DT 1 DG 2 DA 3 DG 4 DG 5 DT 6 DA 7 DG 8 DT 9 DA 10 DA 17 DT 18 DA 19 DG 20 DT 21

Ligands

Unit 7	MG 686
Unit 8	MG 22 PO4 23
Unit 9	MG 22