3DDL - Sequence, Chains, Asymmetric and Biological Units

• Title: CRYSTALLOGRAPHIC STRUCTURE OF XANTHORHODOPSIN, A LIGHT-DRIVE WITH DUAL CHROMOPHORE
• Keywords: RHODOPSIN, CAROTENOID, ION PUMP, LIGHT-HARVESTING, ANTENNA, TRANSPORT PROTEIN
• Experiment: X-ray diffraction
• Number of Models: 1

Database	ID code	Status	Coordinate files
			Header	Asymmetric unit	Biological unit
PDB	3DDL	released	available	available	Quaternary Structure Server

Asymmetric unit from PDB

Unit	Type	Name	Chain ID	Residues	Atoms	Hetatoms
1	Protein	XANTHORHODOPSIN	A	252	1971	0
2	Protein	XANTHORHODOPSIN	B	250	1954	0
3	Ligand	XANTHORHODOPSIN	A	10	0	152
4	Ligand	XANTHORHODOPSIN	B	17	0	278
5	Water			62	0	62
total				591	3925	492

Proteins

Unit 1

GLU 4 LEU 5 PRO 6 THR 7 LEU 8 THR 9 PRO 10 GLY 11 GLN 12 TYR 13 SER 14 LEU 15 VAL 16 PHE 17 ASN 18 MET 19 PHE 20 SER 21 PHE 22 THR 23 VAL 24 ALA 25 THR 26 MET 27 THR 28 ALA 29 SER 30 PHE 31 VAL 32 PHE 33 PHE 34 VAL 35 LEU 36 ALA 37 ARG 38 ASN 39 ASN 40 VAL 41 ALA 42 PRO 43 LYS 44 TYR 45 ARG 46 ILE 47 SER 48 MET 49 MET 50 VAL 51 SER 52 ALA 53 LEU 54 VAL 55 VAL 56 PHE 57 ILE 58 ALA 59 GLY 60 TYR 61 HIS 62 TYR 63 PHE 64 ARG 65 ILE 66 THR 67 SER 68 SER 69 TRP 70 GLU 71 ALA 72 ALA 73 TYR 74 ALA 75 LEU 76 GLN 77 ASN 78 GLY 79 MET 80 TYR 81 GLN 82 PRO 83 THR 84 GLY 85 GLU 86 LEU 87 PHE 88 ASN 89 ASP 90 ALA 91 TYR 92 ARG 93 TYR 94 VAL 95 ASP 96 TRP 97 LEU 98 LEU 99 THR 100 VAL 101 PRO 102 LEU 103 LEU 104 THR 105 VAL 106 GLU 107 LEU 108 VAL 109 LEU 110 VAL 111 MET 112 GLY 113 LEU 114 PRO 115 LYS 116 ASN 117 GLU 118 ARG 119 GLY 120 PRO 121 LEU 122 ALA 123 ALA 124 LYS 125 LEU 126 GLY 127 PHE 128 LEU 129 ALA 130 ALA 131 LEU 132 MET 133 ILE 134 VAL 135 LEU 136 GLY 137 TYR 138 PRO 139 GLY 140 GLU 141 VAL 142 SER 143 GLU 144 ASN 145 ALA 146 ALA 147 LEU 148 PHE 149 GLY 150 THR 151 ARG 152 GLY 153 LEU 154 TRP 155 GLY 156 PHE 157 LEU 158 SER 159 THR 160 ILE 161 PRO 162 PHE 163 VAL 164 TRP 165 ILE 166 LEU 167 TYR 168 ILE 169 LEU 170 PHE 171 THR 172 GLN 173 LEU 174 GLY 175 ASP 176 THR 177 ILE 178 GLN 179 ARG 180 GLN 181 SER 182 SER 183 ARG 184 VAL 185 SER 186 THR 187 LEU 188 LEU 189 GLY 190 ASN 191 ALA 192 ARG 193 LEU 194 LEU 195 LEU 196 LEU 197 ALA 198 THR 199 TRP 200 GLY 201 PHE 202 TYR 203 PRO 204 ILE 205 ALA 206 TYR 207 MET 208 ILE 209 PRO 210 MET 211 PRO 218 SER 219 ASN 220 THR 221 PRO 222 GLY 223 THR 224 ILE 225 VAL 226 ALA 227 LEU 228 GLN 229 VAL 230 GLY 231 TYR 232 THR 233 ILE 234 ALA 235 ASP 236 VAL 237 LEU 238 ALA 239 LYS 240 ALA 241 GLY 242 TYR 243 GLY 244 VAL 245 LEU 246 ILE 247 TYR 248 ASN 249 ILE 250 ALA 251 LYS 252 ALA 253 LYS 254 SER 255 GLU 256 GLU 257 GLU 258 GLY 259 PHE 260 ASN 261

Unit 2

LEU 5 PRO 6 THR 7 LEU 8 THR 9 PRO 10 GLY 11 GLN 12 TYR 13 SER 14 LEU 15 VAL 16 PHE 17 ASN 18 MET 19 PHE 20 SER 21 PHE 22 THR 23 VAL 24 ALA 25 THR 26 MET 27 THR 28 ALA 29 SER 30 PHE 31 VAL 32 PHE 33 PHE 34 VAL 35 LEU 36 ALA 37 ARG 38 ASN 39 ASN 40 VAL 41 ALA 42 PRO 43 LYS 44 TYR 45 ARG 46 ILE 47 SER 48 MET 49 MET 50 VAL 51 SER 52 ALA 53 LEU 54 VAL 55 VAL 56 PHE 57 ILE 58 ALA 59 GLY 60 TYR 61 HIS 62 TYR 63 PHE 64 ARG 65 ILE 66 THR 67 SER 68 SER 69 TRP 70 GLU 71 ALA 72 ALA 73 TYR 74 ALA 75 LEU 76 GLN 77 ASN 78 GLY 79 MET 80 TYR 81 GLN 82 PRO 83 THR 84 GLY 85 GLU 86 LEU 87 PHE 88 ASN 89 ASP 90 ALA 91 TYR 92 ARG 93 TYR 94 VAL 95 ASP 96 TRP 97 LEU 98 LEU 99 THR 100 VAL 101 PRO 102 LEU 103 LEU 104 THR 105 VAL 106 GLU 107 LEU 108 VAL 109 LEU 110 VAL 111 MET 112 GLY 113 LEU 114 PRO 115 LYS 116 ASN 117 GLU 118 ARG 119 GLY 120 PRO 121 LEU 122 ALA 123 ALA 124 LYS 125 LEU 126 GLY 127 PHE 128 LEU 129 ALA 130 ALA 131 LEU 132 MET 133 ILE 134 VAL 135 LEU 136 GLY 137 TYR 138 PRO 139 GLY 140 GLU 141 VAL 142 SER 143 GLU 144 ASN 145 ALA 146 ALA 147 LEU 148 PHE 149 GLY 150 THR 151 ARG 152 GLY 153 LEU 154 TRP 155 GLY 156 PHE 157 LEU 158 SER 159 THR 160 ILE 161 PRO 162 PHE 163 VAL 164 TRP 165 ILE 166 LEU 167 TYR 168 ILE 169 LEU 170 PHE 171 THR 172 GLN 173 LEU 174 GLY 175 ASP 176 THR 177 ILE 178 GLN 179 ARG 180 GLN 181 SER 182 SER 183 ARG 184 VAL 185 SER 186 THR 187 LEU 188 LEU 189 GLY 190 ASN 191 ALA 192 ARG 193 LEU 194 LEU 195 LEU 196 LEU 197 ALA 198 THR 199 TRP 200 GLY 201 PHE 202 TYR 203 PRO 204 ILE 205 ALA 206 TYR 207 MET 208 ILE 209 PRO 210 MET 211 ALA 212 ASN 220 THR 221 PRO 222 GLY 223 THR 224 ILE 225 VAL 226 ALA 227 LEU 228 GLN 229 VAL 230 GLY 231 TYR 232 THR 233 ILE 234 ALA 235 ASP 236 VAL 237 LEU 238 ALA 239 LYS 240 ALA 241 GLY 242 TYR 243 GLY 244 VAL 245 LEU 246 ILE 247 TYR 248 ASN 249 ILE 250 ALA 251 LYS 252 ALA 253 LYS 254 SER 255 GLU 256 GLU 257 GLU 258 GLY 259 PHE 260 ASN 261

Ligands

Unit 3	RET 1301 SXN 1401 UNL 1402 UNL 1403 UNL 1404 UNL 1405 UNL 1406 UNL 1407 UNL 1408 UNL 1409
Unit 4	RET 1301 SXN 1401 UNL 1402 UNL 1403 UNL 1404 UNL 1405 UNL 1406 UNL 1407 UNL 1408 UNL 1409 UNL 1410 UNL 1411 UNL 1412 UNL 1413 UNL 1414 PX4 1415 PCW 1416