3D5K - Sequence, Chains, Asymmetric and Biological Units

• Title: CRYSTAL STRUCTURE OF THE OPRM CHANNEL IN A NON-SYMMETRICAL S
• Keywords: MEMBRANE PROTEIN, CHANNEL, BETA-ALPHA-BARREL, ANTIBIOTIC RES LIPOPROTEIN, MEMBRANE, OUTER MEMBRANE, PALMITATE, TRANSMEMB TRANSPORT
• Experiment: X-ray diffraction
• Number of Models: 1

Database	ID code	Status	Coordinate files
			Header	Asymmetric unit	Biological unit
PDB	3D5K	released	available	available	Quaternary Structure Server

Asymmetric unit from PDB

Unit	Type	Name	Chain ID	Residues	Atoms	Hetatoms
1	Protein	OUTER MEMBRANE PROTEIN OPRM	A	455	3481	9
2	Protein	OUTER MEMBRANE PROTEIN OPRM	B	455	3481	9
3	Protein	OUTER MEMBRANE PROTEIN OPRM	C	455	3481	9
4	Ligand	OUTER MEMBRANE PROTEIN OPRM	A	2	0	2
5	Ligand	OUTER MEMBRANE PROTEIN OPRM	B	6	0	6
6	Ligand	OUTER MEMBRANE PROTEIN OPRM	C	2	0	2
7	Water			539	0	539
total				1914	10443	576

Proteins

Unit 1	SCY 1 SER 2 LEU 3 ILE 4 PRO 5 ASP 6 TYR 7 GLN 8 ARG 9 PRO 10 GLU 11 ALA 12 PRO 13 VAL 14 ALA 15 ALA 16 ALA 17 TYR 18 PRO 19 GLN 20 GLY 21 GLN 22 ALA 23 TYR 24 GLY 25 GLN 26 ASN 27 THR 28 GLY 29 ALA 30 ALA 31 ALA 32 VAL 33 PRO 34 ALA 35 ALA 36 ASP 37 ILE 38 GLY 39 TRP 40 ARG 41 GLU 42 PHE 43 PHE 44 ARG 45 ASP 46 PRO 47 GLN 48 LEU 49 GLN 50 GLN 51 LEU 52 ILE 53 GLY 54 VAL 55 ALA 56 LEU 57 GLU 58 ASN 59 ASN 60 ARG 61 ASP 62 LEU 63 ARG 64 VAL 65 ALA 66 ALA 67 LEU 68 ASN 69 VAL 70 GLU 71 ALA 72 PHE 73 ARG 74 ALA 75 GLN 76 TYR 77 ARG 78 ILE 79 GLN 80 ARG 81 ALA 82 ASP 83 LEU 84 PHE 85 PRO 86 ARG 87 ILE 88 GLY 89 VAL 90 ASP 91 GLY 92 SER 93 GLY 94 THR 95 ARG 96 GLN 97 ARG 98 LEU 99 PRO 100 GLY 101 ASP 102 LEU 103 SER 104 THR 105 THR 106 GLY 107 SER 108 PRO 109 ALA 110 ILE 111 SER 112 SER 113 GLN 114 TYR 115 GLY 116 VAL 117 THR 118 LEU 119 GLY 120 THR 121 THR 122 ALA 123 TRP 124 GLU 125 LEU 126 ASP 127 LEU 128 PHE 129 GLY 130 ARG 131 LEU 132 ARG 133 SER 134 LEU 135 ARG 136 ASP 137 GLN 138 ALA 139 LEU 140 GLU 141 GLN 142 TYR 143 LEU 144 ALA 145 THR 146 GLU 147 GLN 148 ALA 149 GLN 150 ARG 151 SER 152 ALA 153 GLN 154 THR 155 THR 156 LEU 157 VAL 158 ALA 159 SER 160 VAL 161 ALA 162 THR 163 ALA 164 TYR 165 LEU 166 THR 167 LEU 168 LYS 169 ALA 170 ASP 171 GLN 172 ALA 173 GLN 174 LEU 175 GLN 176 LEU 177 THR 178 LYS 179 ASP 180 THR 181 LEU 182 GLY 183 THR 184 TYR 185 GLN 186 LYS 187 SER 188 PHE 189 ASP 190 LEU 191 THR 192 GLN 193 ARG 194 SER 195 TYR 196 ASP 197 VAL 198 GLY 199 VAL 200 ALA 201 SER 202 ALA 203 LEU 204 ASP 205 LEU 206 ARG 207 GLN 208 ALA 209 GLN 210 THR 211 ALA 212 VAL 213 GLU 214 GLY 215 ALA 216 ARG 217 ALA 218 THR 219 LEU 220 ALA 221 GLN 222 TYR 223 THR 224 ARG 225 LEU 226 VAL 227 ALA 228 GLN 229 ASP 230 GLN 231 ASN 232 ALA 233 LEU 234 VAL 235 LEU 236 LEU 237 LEU 238 GLY 239 SER 240 GLY 241 ILE 242 PRO 243 ALA 244 ASN 245 LEU 246 PRO 247 GLN 248 GLY 249 LEU 250 GLY 251 LEU 252 ASP 253 GLN 254 THR 255 LEU 256 LEU 257 THR 258 GLU 259 VAL 260 PRO 261 ALA 262 GLY 263 LEU 264 PRO 265 SER 266 ASP 267 LEU 268 LEU 269 GLN 270 ARG 271 ARG 272 PRO 273 ASP 274 ILE 275 LEU 276 GLU 277 ALA 278 GLU 279 HIS 280 GLN 281 LEU 282 MET 283 ALA 284 ALA 285 ASN 286 ALA 287 SER 288 ILE 289 GLY 290 ALA 291 ALA 292 ARG 293 ALA 294 ALA 295 PHE 296 PHE 297 PRO 298 SER 299 ILE 300 SER 301 LEU 302 THR 303 ALA 304 ASN 305 ALA 306 GLY 307 THR 308 MET 309 SER 310 ARG 311 GLN 312 LEU 313 SER 314 GLY 315 LEU 316 PHE 317 ASP 318 ALA 319 GLY 320 SER 321 GLY 322 SER 323 TRP 324 LEU 325 PHE 326 GLN 327 PRO 328 SER 329 ILE 330 ASN 331 LEU 332 PRO 333 ILE 334 PHE 335 THR 336 ALA 337 GLY 338 SER 339 LEU 340 ARG 341 ALA 342 SER 343 LEU 344 ASP 345 TYR 346 ALA 347 LYS 348 ILE 349 GLN 350 LYS 351 ASP 352 ILE 353 ASN 354 VAL 355 ALA 356 GLN 357 TYR 358 GLU 359 LYS 360 ALA 361 ILE 362 GLN 363 THR 364 ALA 365 PHE 366 GLN 367 GLU 368 VAL 369 ALA 370 ASP 371 GLY 372 LEU 373 ALA 374 ALA 375 ARG 376 GLY 377 THR 378 PHE 379 THR 380 GLU 381 GLN 382 LEU 383 GLN 384 ALA 385 GLN 386 ARG 387 ASP 388 LEU 389 VAL 390 LYS 391 ALA 392 SER 393 ASP 394 GLU 395 TYR 396 TYR 397 GLN 398 LEU 399 ALA 400 ASP 401 LYS 402 ARG 403 TYR 404 ARG 405 THR 406 GLY 407 VAL 408 ASP 409 ASN 410 TYR 411 LEU 412 THR 413 LEU 414 LEU 415 ASP 416 ALA 417 GLN 418 ARG 419 SER 420 LEU 421 PHE 422 THR 423 ALA 424 GLN 425 GLN 426 GLN 427 LEU 428 ILE 429 THR 430 ASP 431 ARG 432 LEU 433 ASN 434 GLN 435 LEU 436 THR 437 SER 438 GLU 439 VAL 440 ASN 441 LEU 442 TYR 443 LYS 444 ALA 445 LEU 446 GLY 447 GLY 448 GLY 449 TRP 450 ASN 451 GLN 452 GLN 453 THR 454 VAL 455
Unit 2	SCY 1 SER 2 LEU 3 ILE 4 PRO 5 ASP 6 TYR 7 GLN 8 ARG 9 PRO 10 GLU 11 ALA 12 PRO 13 VAL 14 ALA 15 ALA 16 ALA 17 TYR 18 PRO 19 GLN 20 GLY 21 GLN 22 ALA 23 TYR 24 GLY 25 GLN 26 ASN 27 THR 28 GLY 29 ALA 30 ALA 31 ALA 32 VAL 33 PRO 34 ALA 35 ALA 36 ASP 37 ILE 38 GLY 39 TRP 40 ARG 41 GLU 42 PHE 43 PHE 44 ARG 45 ASP 46 PRO 47 GLN 48 LEU 49 GLN 50 GLN 51 LEU 52 ILE 53 GLY 54 VAL 55 ALA 56 LEU 57 GLU 58 ASN 59 ASN 60 ARG 61 ASP 62 LEU 63 ARG 64 VAL 65 ALA 66 ALA 67 LEU 68 ASN 69 VAL 70 GLU 71 ALA 72 PHE 73 ARG 74 ALA 75 GLN 76 TYR 77 ARG 78 ILE 79 GLN 80 ARG 81 ALA 82 ASP 83 LEU 84 PHE 85 PRO 86 ARG 87 ILE 88 GLY 89 VAL 90 ASP 91 GLY 92 SER 93 GLY 94 THR 95 ARG 96 GLN 97 ARG 98 LEU 99 PRO 100 GLY 101 ASP 102 LEU 103 SER 104 THR 105 THR 106 GLY 107 SER 108 PRO 109 ALA 110 ILE 111 SER 112 SER 113 GLN 114 TYR 115 GLY 116 VAL 117 THR 118 LEU 119 GLY 120 THR 121 THR 122 ALA 123 TRP 124 GLU 125 LEU 126 ASP 127 LEU 128 PHE 129 GLY 130 ARG 131 LEU 132 ARG 133 SER 134 LEU 135 ARG 136 ASP 137 GLN 138 ALA 139 LEU 140 GLU 141 GLN 142 TYR 143 LEU 144 ALA 145 THR 146 GLU 147 GLN 148 ALA 149 GLN 150 ARG 151 SER 152 ALA 153 GLN 154 THR 155 THR 156 LEU 157 VAL 158 ALA 159 SER 160 VAL 161 ALA 162 THR 163 ALA 164 TYR 165 LEU 166 THR 167 LEU 168 LYS 169 ALA 170 ASP 171 GLN 172 ALA 173 GLN 174 LEU 175 GLN 176 LEU 177 THR 178 LYS 179 ASP 180 THR 181 LEU 182 GLY 183 THR 184 TYR 185 GLN 186 LYS 187 SER 188 PHE 189 ASP 190 LEU 191 THR 192 GLN 193 ARG 194 SER 195 TYR 196 ASP 197 VAL 198 GLY 199 VAL 200 ALA 201 SER 202 ALA 203 LEU 204 ASP 205 LEU 206 ARG 207 GLN 208 ALA 209 GLN 210 THR 211 ALA 212 VAL 213 GLU 214 GLY 215 ALA 216 ARG 217 ALA 218 THR 219 LEU 220 ALA 221 GLN 222 TYR 223 THR 224 ARG 225 LEU 226 VAL 227 ALA 228 GLN 229 ASP 230 GLN 231 ASN 232 ALA 233 LEU 234 VAL 235 LEU 236 LEU 237 LEU 238 GLY 239 SER 240 GLY 241 ILE 242 PRO 243 ALA 244 ASN 245 LEU 246 PRO 247 GLN 248 GLY 249 LEU 250 GLY 251 LEU 252 ASP 253 GLN 254 THR 255 LEU 256 LEU 257 THR 258 GLU 259 VAL 260 PRO 261 ALA 262 GLY 263 LEU 264 PRO 265 SER 266 ASP 267 LEU 268 LEU 269 GLN 270 ARG 271 ARG 272 PRO 273 ASP 274 ILE 275 LEU 276 GLU 277 ALA 278 GLU 279 HIS 280 GLN 281 LEU 282 MET 283 ALA 284 ALA 285 ASN 286 ALA 287 SER 288 ILE 289 GLY 290 ALA 291 ALA 292 ARG 293 ALA 294 ALA 295 PHE 296 PHE 297 PRO 298 SER 299 ILE 300 SER 301 LEU 302 THR 303 ALA 304 ASN 305 ALA 306 GLY 307 THR 308 MET 309 SER 310 ARG 311 GLN 312 LEU 313 SER 314 GLY 315 LEU 316 PHE 317 ASP 318 ALA 319 GLY 320 SER 321 GLY 322 SER 323 TRP 324 LEU 325 PHE 326 GLN 327 PRO 328 SER 329 ILE 330 ASN 331 LEU 332 PRO 333 ILE 334 PHE 335 THR 336 ALA 337 GLY 338 SER 339 LEU 340 ARG 341 ALA 342 SER 343 LEU 344 ASP 345 TYR 346 ALA 347 LYS 348 ILE 349 GLN 350 LYS 351 ASP 352 ILE 353 ASN 354 VAL 355 ALA 356 GLN 357 TYR 358 GLU 359 LYS 360 ALA 361 ILE 362 GLN 363 THR 364 ALA 365 PHE 366 GLN 367 GLU 368 VAL 369 ALA 370 ASP 371 GLY 372 LEU 373 ALA 374 ALA 375 ARG 376 GLY 377 THR 378 PHE 379 THR 380 GLU 381 GLN 382 LEU 383 GLN 384 ALA 385 GLN 386 ARG 387 ASP 388 LEU 389 VAL 390 LYS 391 ALA 392 SER 393 ASP 394 GLU 395 TYR 396 TYR 397 GLN 398 LEU 399 ALA 400 ASP 401 LYS 402 ARG 403 TYR 404 ARG 405 THR 406 GLY 407 VAL 408 ASP 409 ASN 410 TYR 411 LEU 412 THR 413 LEU 414 LEU 415 ASP 416 ALA 417 GLN 418 ARG 419 SER 420 LEU 421 PHE 422 THR 423 ALA 424 GLN 425 GLN 426 GLN 427 LEU 428 ILE 429 THR 430 ASP 431 ARG 432 LEU 433 ASN 434 GLN 435 LEU 436 THR 437 SER 438 GLU 439 VAL 440 ASN 441 LEU 442 TYR 443 LYS 444 ALA 445 LEU 446 GLY 447 GLY 448 GLY 449 TRP 450 ASN 451 GLN 452 GLN 453 THR 454 VAL 455
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Ligands

Unit 4	NA 475 NA 476
Unit 5	CL 475 NA 476 NA 477 NA 478 NA 479 NA 480
Unit 6	NA 475 NA 476