3B0V - Sequence, Chains, Asymmetric and Biological Units

• Title: TRNA-DIHYDROURIDINE SYNTHASE FROM THERMUS THERMOPHILUS IN CO TRNA
• Keywords: TIM BARREL, OXIDOREDUCTASE-RNA COMPLEX
• Experiment: X-ray diffraction
• Number of Models: 1

Database	ID code	Status	Coordinate files
			Header	Asymmetric unit	Biological unit
PDB	3B0V	released	available	available	Quaternary Structure Server

Asymmetric unit from PDB

Unit	Type	Name	Chain ID	Residues	Atoms	Hetatoms
1	RNA		A	73	1541	20
2	RNA		B	73	1541	20
3	Protein	TRNA-DIHYDROURIDINE SYNTHASE	C	315	2430	80
4	Protein	TRNA-DIHYDROURIDINE SYNTHASE	D	315	2430	80
5	Ligand	TRNA-DIHYDROURIDINE SYNTHASE	C	1	0	31
6	Ligand	TRNA-DIHYDROURIDINE SYNTHASE	D	1	0	31
total				778	7942	262

Proteins

Unit 3

MSE 1 LEU 2 ASP 3 PRO 4 ARG 5 LEU 6 SER 7 VAL 8 ALA 9 PRO 10 MSE 11 VAL 12 ASP 13 ARG 14 THR 15 ASP 16 ARG 17 HIS 18 PHE 19 ARG 20 PHE 21 LEU 22 VAL 23 ARG 24 GLN 25 VAL 26 SER 27 LEU 28 GLY 29 VAL 30 ARG 31 LEU 32 TYR 33 THR 34 GLU 35 MSE 36 THR 37 VAL 38 ASP 39 GLN 40 ALA 41 VAL 42 LEU 43 ARG 44 GLY 45 ASN 46 ARG 47 GLU 48 ARG 49 LEU 50 LEU 51 ALA 52 PHE 53 ARG 54 PRO 55 GLU 56 GLU 57 HIS 58 PRO 59 ILE 60 ALA 61 LEU 62 GLN 63 LEU 64 ALA 65 GLY 66 SER 67 ASP 68 PRO 69 LYS 70 SER 71 LEU 72 ALA 73 GLU 74 ALA 75 ALA 76 ARG 77 ILE 78 GLY 79 GLU 80 ALA 81 PHE 82 GLY 83 TYR 84 ASP 85 GLU 86 ILE 87 ASN 88 LEU 89 ASN 90 LEU 91 GLY 92 CYS 93 PRO 94 SER 95 GLU 96 LYS 97 ALA 98 GLN 99 GLU 100 GLY 101 GLY 102 TYR 103 GLY 104 ALA 105 CYS 106 LEU 107 LEU 108 LEU 109 ASP 110 LEU 111 ALA 112 ARG 113 VAL 114 ARG 115 GLU 116 ILE 117 LEU 118 LYS 119 ALA 120 MSE 121 GLY 122 GLU 123 ALA 124 VAL 125 ARG 126 VAL 127 PRO 128 VAL 129 THR 130 VAL 131 LYS 132 MSE 133 ARG 134 LEU 135 GLY 136 LEU 137 GLU 138 GLY 139 LYS 140 GLU 141 THR 142 TYR 143 ARG 144 GLY 145 LEU 146 ALA 147 GLN 148 SER 149 VAL 150 GLU 151 ALA 152 MSE 153 ALA 154 GLU 155 ALA 156 GLY 157 VAL 158 LYS 159 VAL 160 PHE 161 VAL 162 VAL 163 HIS 164 ALA 165 ARG 166 SER 167 ALA 168 LEU 169 LEU 170 ALA 171 LEU 172 SER 173 THR 174 LYS 175 ALA 176 ASN 177 ARG 178 GLU 179 ILE 180 PRO 181 PRO 182 LEU 183 ARG 184 HIS 185 ASP 186 TRP 187 VAL 188 HIS 189 ARG 190 LEU 191 LYS 192 GLY 193 ASP 194 PHE 195 PRO 196 GLN 197 LEU 198 THR 199 PHE 200 VAL 201 THR 202 ASN 203 GLY 204 GLY 205 ILE 206 ARG 207 SER 208 LEU 209 GLU 210 GLU 211 ALA 212 LEU 213 PHE 214 HIS 215 LEU 216 LYS 217 ARG 218 VAL 219 ASP 220 GLY 221 VAL 222 MSE 223 LEU 224 GLY 225 ARG 226 ALA 227 VAL 228 TYR 229 GLU 230 ASP 231 PRO 232 PHE 233 VAL 234 LEU 235 GLU 236 GLU 237 ALA 238 ASP 239 ARG 240 ARG 241 VAL 242 PHE 243 GLY 244 LEU 245 PRO 246 ARG 247 ARG 248 PRO 249 SER 250 ARG 251 LEU 252 GLU 253 VAL 254 ALA 255 ARG 256 ARG 257 MSE 258 ARG 259 ALA 260 TYR 261 LEU 262 GLU 263 GLU 264 GLU 265 VAL 266 LEU 267 LYS 268 GLY 269 THR 270 PRO 271 PRO 272 TRP 273 ALA 274 VAL 275 LEU 276 ARG 277 HIS 278 MSE 279 LEU 280 ASN 281 LEU 282 PHE 283 ARG 284 GLY 285 ARG 286 PRO 287 LYS 288 GLY 289 ARG 290 LEU 291 TRP 292 ARG 293 ARG 294 LEU 295 LEU 296 SER 297 GLU 298 GLY 299 ARG 300 SER 301 LEU 302 GLN 303 ALA 304 LEU 305 ASP 306 ARG 307 ALA 308 LEU 309 ARG 310 LEU 311 MSE 312 GLU 313 GLU 314 GLU 315

Unit 4

MSE 1 LEU 2 ASP 3 PRO 4 ARG 5 LEU 6 SER 7 VAL 8 ALA 9 PRO 10 MSE 11 VAL 12 ASP 13 ARG 14 THR 15 ASP 16 ARG 17 HIS 18 PHE 19 ARG 20 PHE 21 LEU 22 VAL 23 ARG 24 GLN 25 VAL 26 SER 27 LEU 28 GLY 29 VAL 30 ARG 31 LEU 32 TYR 33 THR 34 GLU 35 MSE 36 THR 37 VAL 38 ASP 39 GLN 40 ALA 41 VAL 42 LEU 43 ARG 44 GLY 45 ASN 46 ARG 47 GLU 48 ARG 49 LEU 50 LEU 51 ALA 52 PHE 53 ARG 54 PRO 55 GLU 56 GLU 57 HIS 58 PRO 59 ILE 60 ALA 61 LEU 62 GLN 63 LEU 64 ALA 65 GLY 66 SER 67 ASP 68 PRO 69 LYS 70 SER 71 LEU 72 ALA 73 GLU 74 ALA 75 ALA 76 ARG 77 ILE 78 GLY 79 GLU 80 ALA 81 PHE 82 GLY 83 TYR 84 ASP 85 GLU 86 ILE 87 ASN 88 LEU 89 ASN 90 LEU 91 GLY 92 CYS 93 PRO 94 SER 95 GLU 96 LYS 97 ALA 98 GLN 99 GLU 100 GLY 101 GLY 102 TYR 103 GLY 104 ALA 105 CYS 106 LEU 107 LEU 108 LEU 109 ASP 110 LEU 111 ALA 112 ARG 113 VAL 114 ARG 115 GLU 116 ILE 117 LEU 118 LYS 119 ALA 120 MSE 121 GLY 122 GLU 123 ALA 124 VAL 125 ARG 126 VAL 127 PRO 128 VAL 129 THR 130 VAL 131 LYS 132 MSE 133 ARG 134 LEU 135 GLY 136 LEU 137 GLU 138 GLY 139 LYS 140 GLU 141 THR 142 TYR 143 ARG 144 GLY 145 LEU 146 ALA 147 GLN 148 SER 149 VAL 150 GLU 151 ALA 152 MSE 153 ALA 154 GLU 155 ALA 156 GLY 157 VAL 158 LYS 159 VAL 160 PHE 161 VAL 162 VAL 163 HIS 164 ALA 165 ARG 166 SER 167 ALA 168 LEU 169 LEU 170 ALA 171 LEU 172 SER 173 THR 174 LYS 175 ALA 176 ASN 177 ARG 178 GLU 179 ILE 180 PRO 181 PRO 182 LEU 183 ARG 184 HIS 185 ASP 186 TRP 187 VAL 188 HIS 189 ARG 190 LEU 191 LYS 192 GLY 193 ASP 194 PHE 195 PRO 196 GLN 197 LEU 198 THR 199 PHE 200 VAL 201 THR 202 ASN 203 GLY 204 GLY 205 ILE 206 ARG 207 SER 208 LEU 209 GLU 210 GLU 211 ALA 212 LEU 213 PHE 214 HIS 215 LEU 216 LYS 217 ARG 218 VAL 219 ASP 220 GLY 221 VAL 222 MSE 223 LEU 224 GLY 225 ARG 226 ALA 227 VAL 228 TYR 229 GLU 230 ASP 231 PRO 232 PHE 233 VAL 234 LEU 235 GLU 236 GLU 237 ALA 238 ASP 239 ARG 240 ARG 241 VAL 242 PHE 243 GLY 244 LEU 245 PRO 246 ARG 247 ARG 248 PRO 249 SER 250 ARG 251 LEU 252 GLU 253 VAL 254 ALA 255 ARG 256 ARG 257 MSE 258 ARG 259 ALA 260 TYR 261 LEU 262 GLU 263 GLU 264 GLU 265 VAL 266 LEU 267 LYS 268 GLY 269 THR 270 PRO 271 PRO 272 TRP 273 ALA 274 VAL 275 LEU 276 ARG 277 HIS 278 MSE 279 LEU 280 ASN 281 LEU 282 PHE 283 ARG 284 GLY 285 ARG 286 PRO 287 LYS 288 GLY 289 ARG 290 LEU 291 TRP 292 ARG 293 ARG 294 LEU 295 LEU 296 SER 297 GLU 298 GLY 299 ARG 300 SER 301 LEU 302 GLN 303 ALA 304 LEU 305 ASP 306 ARG 307 ALA 308 LEU 309 ARG 310 LEU 311 MSE 312 GLU 313 GLU 314 GLU 315

Nucleic acids

Unit 1	G 1 C 2 C 3 G 4 A 5 G 6 G 7 U 8 A 9 G 10 C 11 U 12 C 13 A 14 G 15 U 16 U 17 G 18 G 19 H2U 20 A 21 G 22 A 23 G 24 C 25 A 26 U 27 G 28 C 29 G 30 A 31 C 32 U 33 G 34 A 35 A 36 A 37 A 38 U 39 C 40 G 41 C 42 A 43 G 44 U 45 G 46 U 47 C 48 G 49 G 50 C 51 G 52 G 53 U 54 U 55 C 56 G 57 A 58 U 59 U 60 C 61 C 62 G 63 C 64 C 65 C 66 C 67 U 68 C 69 G 70 G 71 C 72 A 73
Unit 2	G 1 C 2 C 3 G 4 A 5 G 6 G 7 U 8 A 9 G 10 C 11 U 12 C 13 A 14 G 15 U 16 U 17 G 18 G 19 H2U 20 A 21 G 22 A 23 G 24 C 25 A 26 U 27 G 28 C 29 G 30 A 31 C 32 U 33 G 34 A 35 A 36 A 37 A 38 U 39 C 40 G 41 C 42 A 43 G 44 U 45 G 46 U 47 C 48 G 49 G 50 C 51 G 52 G 53 U 54 U 55 C 56 G 57 A 58 U 59 U 60 C 61 C 62 G 63 C 64 C 65 C 66 C 67 U 68 C 69 G 70 G 71 C 72 A 73

Ligands

Unit 5	FMN 400
Unit 6	FMN 400