2ZDH - Sequence, Chains, Asymmetric and Biological Units

• Title: CRYSTAL STRUCTURE OF D-ALANINE:D-ALANINE LIGASE WITH ADP AND D-ALANINE FROM THERMUS THERMOPHIUS HB8
• Keywords: D-ALANINE-D-ALANINE LIGASE, PEPTIDOGLYCAN BIOSYNTHESIS, CELL SHAPE, CELL WALL BIOGENESIS/DEGRADATION, PEPTIDOGLYCAN SYNTHESIS, STRUCTURAL GENOMICS, NPPSFA, NATIONAL PROJECT ON PROTEIN STRUCTURAL AND FUNCTIONAL ANALYSES, RIKEN STRUCTURAL GENOMICS/PROTEOMICS INITIATIVE, RSGI
• Experiment: X-ray diffraction
• Number of Models: 1

Database	ID code	Status	Coordinate files
			Header	Asymmetric unit	Biological unit
PDB	2ZDH	released	available	available	Quaternary Structure Server

Asymmetric unit from PDB

Unit	Type	Name	Chain ID	Residues	Atoms	Hetatoms
1	Protein	D-ALANINE--D-ALANINE LIGASE	A	319	2453	0
2	Protein	D-ALANINE--D-ALANINE LIGASE	B	312	2389	0
3	Protein	D-ALANINE--D-ALANINE LIGASE	C	316	2416	0
4	Protein	D-ALANINE--D-ALANINE LIGASE	D	319	2453	0
5	Ligand	D-ALANINE--D-ALANINE LIGASE	A	4	0	35
6	Ligand	D-ALANINE--D-ALANINE LIGASE	B	3	0	29
7	Ligand	D-ALANINE--D-ALANINE LIGASE	C	3	0	29
8	Ligand	D-ALANINE--D-ALANINE LIGASE	D	3	0	34
9	Water			643	0	643
total				1922	9711	770

Proteins

Unit 1	MET 1 ARG 2 VAL 3 LEU 4 LEU 5 ILE 6 ALA 7 GLY 8 GLY 9 VAL 10 SER 11 PRO 12 GLU 13 HIS 14 GLU 15 VAL 16 SER 17 LEU 18 LEU 19 SER 20 ALA 21 GLU 22 GLY 23 VAL 24 LEU 25 ARG 26 HIS 27 ILE 28 PRO 29 PHE 30 PRO 31 THR 32 ASP 33 LEU 34 ALA 35 VAL 36 ILE 37 ALA 38 GLN 39 ASP 40 GLY 41 ARG 42 TRP 43 LEU 44 LEU 45 GLY 46 GLU 47 LYS 48 ALA 49 LEU 50 THR 51 ALA 52 LEU 53 GLU 54 ALA 55 LYS 56 ALA 57 ALA 58 PRO 59 GLU 60 GLY 61 GLU 62 HIS 63 PRO 64 PHE 65 PRO 66 PRO 67 PRO 68 LEU 69 SER 70 TRP 71 GLU 72 ARG 73 TYR 74 ASP 75 VAL 76 VAL 77 PHE 78 PRO 79 LEU 80 LEU 81 HIS 82 GLY 83 ARG 84 PHE 85 GLY 86 GLU 87 ASP 88 GLY 89 THR 90 VAL 91 GLN 92 GLY 93 PHE 94 LEU 95 GLU 96 LEU 97 LEU 98 GLY 99 LYS 100 PRO 101 TYR 102 VAL 103 GLY 104 ALA 105 GLY 106 VAL 107 ALA 108 ALA 109 SER 110 ALA 111 LEU 112 CYS 113 MET 114 ASP 115 LYS 116 ASP 117 LEU 118 SER 119 LYS 120 ARG 121 VAL 122 LEU 123 ALA 124 GLN 125 ALA 126 GLY 127 VAL 128 PRO 129 VAL 130 VAL 131 PRO 132 TRP 133 VAL 134 ALA 135 VAL 136 ARG 137 LYS 138 GLY 139 GLU 140 PRO 141 PRO 142 VAL 143 VAL 144 PRO 145 PHE 146 ASP 147 PRO 148 PRO 149 PHE 150 PHE 151 VAL 152 LYS 153 PRO 154 ALA 155 ASN 156 THR 157 GLY 158 SER 159 SER 160 VAL 161 GLY 162 ILE 163 SER 164 ARG 165 VAL 166 GLU 167 ARG 168 PHE 169 GLN 170 ASP 171 LEU 172 GLU 173 ALA 174 ALA 175 LEU 176 ALA 177 LEU 178 ALA 179 PHE 180 ARG 181 TYR 182 ASP 183 GLU 184 LYS 185 ALA 186 VAL 187 VAL 188 GLU 189 LYS 190 ALA 191 LEU 192 SER 193 PRO 194 VAL 195 ARG 196 GLU 197 LEU 198 GLU 199 VAL 200 GLY 201 VAL 202 LEU 203 GLY 204 ASN 205 VAL 206 PHE 207 GLY 208 GLU 209 ALA 210 SER 211 PRO 212 VAL 213 GLY 214 GLU 215 VAL 216 ARG 217 TYR 218 GLU 219 ALA 220 PRO 221 PHE 222 TYR 223 ASP 224 TYR 225 GLU 226 THR 227 LYS 228 TYR 229 THR 230 PRO 231 GLY 232 ARG 233 ALA 234 GLU 235 LEU 236 LEU 237 ILE 238 PRO 239 ALA 240 PRO 241 LEU 242 ASP 243 PRO 244 GLY 245 THR 246 GLN 247 GLU 248 THR 249 VAL 250 GLN 251 GLU 252 LEU 253 ALA 254 LEU 255 LYS 256 ALA 257 TYR 258 LYS 259 VAL 260 LEU 261 GLY 262 VAL 263 ARG 264 GLY 265 MET 266 ALA 267 ARG 268 VAL 269 ASP 270 PHE 271 PHE 272 LEU 273 ALA 274 GLU 275 GLY 276 GLU 277 LEU 278 TYR 279 LEU 280 ASN 281 GLU 282 LEU 283 ASN 284 THR 285 ILE 286 PRO 287 GLY 288 PHE 289 THR 290 PRO 291 THR 292 SER 293 MET 294 TYR 295 PRO 296 ARG 297 LEU 298 PHE 299 GLU 300 ALA 301 GLY 302 GLY 303 VAL 304 ALA 305 TYR 306 PRO 307 GLU 308 LEU 309 LEU 310 ARG 311 ARG 312 LEU 313 VAL 314 GLU 315 LEU 316 ALA 317 LEU 318 THR 319
Unit 2	MET 1 ARG 2 VAL 3 LEU 4 LEU 5 ILE 6 ALA 7 GLY 8 GLY 9 VAL 10 SER 11 PRO 12 GLU 13 HIS 14 GLU 15 VAL 16 SER 17 LEU 18 LEU 19 SER 20 ALA 21 GLU 22 GLY 23 VAL 24 LEU 25 ARG 26 HIS 27 ILE 28 PRO 29 PHE 30 PRO 31 THR 32 ASP 33 LEU 34 ALA 35 VAL 36 ILE 37 ALA 38 GLN 39 ASP 40 GLY 41 ARG 42 TRP 43 LEU 44 LEU 45 GLY 46 GLU 47 LYS 48 ALA 49 LEU 50 THR 51 ALA 52 LEU 53 GLU 54 ALA 55 LYS 56 ALA 57 ALA 58 PRO 59 GLU 60 GLY 61 GLU 62 HIS 63 PRO 64 PHE 65 PRO 66 PRO 67 PRO 68 LEU 69 SER 70 TRP 71 GLU 72 ARG 73 TYR 74 ASP 75 VAL 76 VAL 77 PHE 78 PRO 79 LEU 80 LEU 81 HIS 82 GLY 83 ARG 84 PHE 85 GLY 86 GLU 87 ASP 88 GLY 89 THR 90 VAL 91 GLN 92 GLY 93 PHE 94 LEU 95 GLU 96 LEU 97 LEU 98 GLY 99 LYS 100 PRO 101 TYR 102 VAL 103 GLY 104 ALA 105 GLY 106 VAL 107 ALA 108 ALA 109 SER 110 ALA 111 LEU 112 CYS 113 MET 114 ASP 115 LYS 116 ASP 117 LEU 118 SER 119 LYS 120 ARG 121 VAL 122 LEU 123 ALA 124 GLN 125 ALA 126 GLY 127 VAL 128 PRO 129 VAL 130 VAL 131 PRO 132 TRP 133 VAL 134 ALA 135 VAL 136 ARG 137 LYS 138 GLY 139 GLU 140 PRO 141 PRO 142 VAL 143 VAL 144 PRO 145 PHE 146 ASP 147 PRO 148 PRO 149 PHE 150 PHE 151 VAL 152 LYS 153 PRO 154 ALA 155 ASN 156 THR 157 GLY 158 SER 159 SER 160 VAL 161 GLY 162 ILE 163 SER 164 ARG 165 VAL 166 GLU 167 ARG 168 PHE 169 GLN 170 ASP 171 LEU 172 GLU 173 ALA 174 ALA 175 LEU 176 ALA 177 LEU 178 ALA 179 PHE 180 ARG 181 TYR 182 ASP 183 GLU 184 LYS 185 ALA 186 VAL 187 VAL 188 GLU 189 LYS 190 ALA 191 LEU 192 SER 193 PRO 194 VAL 195 ARG 196 GLU 197 LEU 198 GLU 199 VAL 200 GLY 201 VAL 202 LEU 203 GLY 204 ASN 205 VAL 206 PHE 207 GLY 208 GLU 209 ALA 210 SER 211 PRO 212 VAL 213 GLY 214 GLU 215 VAL 216 ARG 217 TYR 218 GLU 219 ALA 220 PRO 221 PHE 222 TYR 223 PRO 231 GLY 232 ARG 233 ALA 234 GLU 235 LEU 236 LEU 237 ILE 238 PRO 239 ALA 240 PRO 241 LEU 242 ASP 243 PRO 244 GLY 245 THR 246 GLN 247 GLU 248 THR 249 VAL 250 GLN 251 GLU 252 LEU 253 ALA 254 LEU 255 LYS 256 ALA 257 TYR 258 LYS 259 VAL 260 LEU 261 GLY 262 VAL 263 ARG 264 GLY 265 MET 266 ALA 267 ARG 268 VAL 269 ASP 270 PHE 271 PHE 272 LEU 273 ALA 274 GLU 275 GLY 276 GLU 277 LEU 278 TYR 279 LEU 280 ASN 281 GLU 282 LEU 283 ASN 284 THR 285 ILE 286 PRO 287 GLY 288 PHE 289 THR 290 PRO 291 THR 292 SER 293 MET 294 TYR 295 PRO 296 ARG 297 LEU 298 PHE 299 GLU 300 ALA 301 GLY 302 GLY 303 VAL 304 ALA 305 TYR 306 PRO 307 GLU 308 LEU 309 LEU 310 ARG 311 ARG 312 LEU 313 VAL 314 GLU 315 LEU 316 ALA 317 LEU 318 THR 319
Unit 3	MET 1 ARG 2 VAL 3 LEU 4 LEU 5 ILE 6 ALA 7 GLY 8 GLY 9 VAL 10 SER 11 PRO 12 GLU 13 HIS 14 GLU 15 VAL 16 SER 17 LEU 18 LEU 19 SER 20 ALA 21 GLU 22 GLY 23 VAL 24 LEU 25 ARG 26 HIS 27 ILE 28 PRO 29 PHE 30 PRO 31 THR 32 ASP 33 LEU 34 ALA 35 VAL 36 ILE 37 ALA 38 GLN 39 ASP 40 GLY 41 ARG 42 TRP 43 LEU 44 LEU 45 GLY 46 GLU 47 LYS 48 ALA 49 LEU 50 THR 51 ALA 52 LEU 53 GLU 54 ALA 55 LYS 56 ALA 57 ALA 58 PRO 59 GLU 60 GLY 61 GLU 62 HIS 63 PRO 64 PHE 65 PRO 66 PRO 67 PRO 68 LEU 69 SER 70 TRP 71 GLU 72 ARG 73 TYR 74 ASP 75 VAL 76 VAL 77 PHE 78 PRO 79 LEU 80 LEU 81 HIS 82 GLY 83 ARG 84 PHE 85 GLY 86 GLU 87 ASP 88 GLY 89 THR 90 VAL 91 GLN 92 GLY 93 PHE 94 LEU 95 GLU 96 LEU 97 LEU 98 GLY 99 LYS 100 PRO 101 TYR 102 VAL 103 GLY 104 ALA 105 GLY 106 VAL 107 ALA 108 ALA 109 SER 110 ALA 111 LEU 112 CYS 113 MET 114 ASP 115 LYS 116 ASP 117 LEU 118 SER 119 LYS 120 ARG 121 VAL 122 LEU 123 ALA 124 GLN 125 ALA 126 GLY 127 VAL 128 PRO 129 VAL 130 VAL 131 PRO 132 TRP 133 VAL 134 ALA 135 VAL 136 ARG 137 LYS 138 GLY 139 GLU 140 PRO 141 PRO 142 VAL 143 VAL 144 PRO 145 PHE 146 ASP 147 PRO 148 PRO 149 PHE 150 PHE 151 VAL 152 LYS 153 PRO 154 ALA 155 ASN 156 THR 157 GLY 158 SER 159 SER 160 VAL 161 GLY 162 ILE 163 SER 164 ARG 165 VAL 166 GLU 167 ARG 168 PHE 169 GLN 170 ASP 171 LEU 172 GLU 173 ALA 174 ALA 175 LEU 176 ALA 177 LEU 178 ALA 179 PHE 180 ARG 181 TYR 182 ASP 183 GLU 184 LYS 185 ALA 186 VAL 187 VAL 188 GLU 189 LYS 190 ALA 191 LEU 192 SER 193 PRO 194 VAL 195 ARG 196 GLU 197 LEU 198 GLU 199 VAL 200 GLY 201 VAL 202 LEU 203 GLY 204 ASN 205 VAL 206 PHE 207 GLY 208 GLU 209 ALA 210 SER 211 PRO 212 VAL 213 GLY 214 GLU 215 VAL 216 ARG 217 TYR 218 GLU 219 ALA 220 PRO 221 PHE 222 TYR 223 THR 227 LYS 228 TYR 229 THR 230 PRO 231 GLY 232 ARG 233 ALA 234 GLU 235 LEU 236 LEU 237 ILE 238 PRO 239 ALA 240 PRO 241 LEU 242 ASP 243 PRO 244 GLY 245 THR 246 GLN 247 GLU 248 THR 249 VAL 250 GLN 251 GLU 252 LEU 253 ALA 254 LEU 255 LYS 256 ALA 257 TYR 258 LYS 259 VAL 260 LEU 261 GLY 262 VAL 263 ARG 264 GLY 265 MET 266 ALA 267 ARG 268 VAL 269 ASP 270 PHE 271 PHE 272 LEU 273 ALA 274 GLU 275 GLY 276 GLU 277 LEU 278 TYR 279 LEU 280 ASN 281 GLU 282 LEU 283 ASN 284 THR 285 ILE 286 PRO 287 GLY 288 PHE 289 THR 290 PRO 291 THR 292 SER 293 MET 294 TYR 295 PRO 296 ARG 297 LEU 298 PHE 299 GLU 300 ALA 301 GLY 302 GLY 303 VAL 304 ALA 305 TYR 306 PRO 307 GLU 308 LEU 309 LEU 310 ARG 311 ARG 312 LEU 313 VAL 314 GLU 315 LEU 316 ALA 317 LEU 318 THR 319
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Ligands

Unit 5	ADP 701 DAL 801 MG 811 MG 812
Unit 6	ADP 702 MG 813 MG 814
Unit 7	ADP 703 MG 815 MG 816
Unit 8	ADP 704 DAL 802 MG 817