2R9L - Sequence, Chains, Asymmetric and Biological Units

• Title: POLYMERASE DOMAIN FROM MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS LIGASE D I WITH DNA
• Keywords: TRANSFERASE, PROTEIN-DNA COMPLEX, ATP-BINDING, LIGASE, NUCLE BINDING, TRANSFERASE-DNA COMPLEX
• Experiment: X-ray diffraction
• Number of Models: 1

Database	ID code	Status	Coordinate files
			Header	Asymmetric unit	Biological unit
PDB	2R9L	released	available	available	Quaternary Structure Server

Asymmetric unit from PDB

Unit	Type	Name	Chain ID	Residues	Atoms	Hetatoms
1	Other macromolecule	DNA (5'-D(P*DGP*DCP*DGP*DGP*DC)-3')	C	5	105	0
2	Other macromolecule		D	11	221	0
3	Other macromolecule	DNA (5'-D(P*DGP*DCP*DGP*DGP*DC)-3')	E	5	105	0
4	Other macromolecule	DNA (5'- D(*DGP*DCP*DCP*DGP*DCP*DAP*DAP*DCP*DGP*DCP*DAP*DCP*DG)-3')	F	13	262	0
5	Protein	PUTATIVE DNA LIGASE-LIKE PROTEIN	A	287	2193	0
6	Protein	PUTATIVE DNA LIGASE-LIKE PROTEIN	B	282	2155	0
7	Ligand	PUTATIVE DNA LIGASE-LIKE PROTEIN	A	5	0	23
8	Ligand	PUTATIVE DNA LIGASE-LIKE PROTEIN	B	2	0	8
9	Water			97	0	97
total				707	5041	128

Proteins

Unit 5

GLU 6 GLN 7 ARG 8 VAL 9 THR 10 LEU 11 THR 12 ASN 13 ALA 14 ASP 15 LYS 16 VAL 17 LEU 18 TYR 19 PRO 20 ALA 21 THR 22 GLY 23 THR 24 THR 25 LYS 26 SER 27 ASP 28 ILE 29 PHE 30 ASP 31 TYR 32 TYR 33 ALA 34 GLY 35 VAL 36 ALA 37 GLU 38 VAL 39 MET 40 LEU 41 GLY 42 HIS 43 ILE 44 ALA 45 GLY 46 ARG 47 PRO 48 ALA 49 THR 50 ARG 51 LYS 52 ARG 53 TRP 54 PRO 55 ASN 56 GLY 57 VAL 58 ASP 59 GLN 60 PRO 61 ALA 62 PHE 63 PHE 64 GLU 65 LYS 66 GLN 67 LEU 68 ALA 69 LEU 70 SER 71 ALA 72 PRO 73 PRO 74 TRP 75 LEU 76 SER 77 ARG 78 ALA 79 THR 80 VAL 81 ALA 82 HIS 83 ARG 84 SER 85 GLY 86 THR 87 THR 88 THR 89 TYR 90 PRO 91 ILE 92 ILE 93 ASP 94 SER 95 ALA 96 THR 97 GLY 98 LEU 99 ALA 100 TRP 101 ILE 102 ALA 103 GLN 104 GLN 105 ALA 106 ALA 107 LEU 108 GLU 109 VAL 110 HIS 111 VAL 112 PRO 113 GLN 114 TRP 115 ARG 116 PHE 117 VAL 118 ALA 119 GLU 120 PRO 121 GLY 122 SER 123 GLY 124 GLU 125 LEU 126 ASN 127 PRO 128 GLY 129 PRO 130 ALA 131 THR 132 ARG 133 LEU 134 VAL 135 PHE 136 ASP 137 LEU 138 ASP 139 PRO 140 GLY 141 GLU 142 GLY 143 VAL 144 MET 145 MET 146 ALA 147 GLN 148 LEU 149 ALA 150 GLU 151 VAL 152 ALA 153 ARG 154 ALA 155 VAL 156 ARG 157 ASP 158 LEU 159 LEU 160 ALA 161 ASP 162 ILE 163 GLY 164 LEU 165 VAL 166 THR 167 PHE 168 PRO 169 VAL 170 THR 171 SER 172 GLY 173 SER 174 LYS 175 GLY 176 LEU 177 HIS 178 LEU 179 TYR 180 THR 181 PRO 182 LEU 183 ASP 184 GLU 185 PRO 186 VAL 187 SER 188 SER 189 ARG 190 GLY 191 ALA 192 THR 193 VAL 194 LEU 195 ALA 196 LYS 197 ARG 198 VAL 199 ALA 200 GLN 201 ARG 202 LEU 203 GLU 204 GLN 205 ALA 206 MET 207 PRO 208 ALA 209 LEU 210 VAL 211 THR 212 SER 213 THR 214 MET 215 THR 216 LYS 217 SER 218 LEU 219 ARG 220 ALA 221 GLY 222 LYS 223 VAL 224 PHE 225 VAL 226 ASP 227 TRP 228 SER 229 GLN 230 ASN 231 SER 232 GLY 233 SER 234 LYS 235 THR 236 THR 237 ILE 238 ALA 239 PRO 240 TYR 241 SER 242 LEU 243 ARG 244 GLY 245 ARG 246 THR 247 HIS 248 PRO 249 THR 250 VAL 251 ALA 252 ALA 253 PRO 254 ARG 255 THR 256 TRP 257 ALA 258 GLU 259 LEU 260 ASP 261 ASP 262 PRO 263 ALA 264 LEU 265 ARG 266 GLN 267 LEU 268 SER 269 TYR 270 ASP 271 GLU 272 VAL 273 LEU 274 THR 275 ARG 276 ILE 277 ALA 278 ARG 279 ASP 280 GLY 281 ASP 282 LEU 283 LEU 284 GLU 285 ARG 286 LEU 287 ASP 288 ALA 289 ASP 290 ALA 291 PRO 292

Unit 6

ARG 8 VAL 9 THR 10 LEU 11 THR 12 ASN 13 ALA 14 ASP 15 LYS 16 VAL 17 LEU 18 TYR 19 PRO 20 ALA 21 THR 22 GLY 23 THR 24 THR 25 LYS 26 SER 27 ASP 28 ILE 29 PHE 30 ASP 31 TYR 32 TYR 33 ALA 34 GLY 35 VAL 36 ALA 37 GLU 38 VAL 39 MET 40 LEU 41 GLY 42 HIS 43 ILE 44 ALA 45 GLY 46 ARG 47 PRO 48 ALA 49 THR 50 ARG 51 LYS 52 ARG 53 TRP 54 PRO 55 ASN 56 GLY 57 VAL 58 ASP 59 GLN 60 PRO 61 ALA 62 PHE 63 PHE 64 GLU 65 LYS 66 GLN 67 LEU 68 ALA 69 LEU 70 SER 71 ALA 72 PRO 73 PRO 74 TRP 75 LEU 76 SER 77 ARG 78 ALA 79 THR 80 VAL 81 ALA 82 HIS 83 ARG 84 SER 85 GLY 86 THR 87 THR 88 THR 89 TYR 90 PRO 91 ILE 92 ILE 93 ASP 94 SER 95 ALA 96 THR 97 GLY 98 LEU 99 ALA 100 TRP 101 ILE 102 ALA 103 GLN 104 GLN 105 ALA 106 ALA 107 LEU 108 GLU 109 VAL 110 HIS 111 VAL 112 PRO 113 GLN 114 TRP 115 ARG 116 PHE 117 VAL 118 ALA 119 GLU 120 PRO 121 GLY 122 SER 123 GLY 124 GLU 125 LEU 126 ASN 127 PRO 128 GLY 129 PRO 130 ALA 131 THR 132 ARG 133 LEU 134 VAL 135 PHE 136 ASP 137 LEU 138 ASP 139 PRO 140 GLY 141 GLU 142 GLY 143 VAL 144 MET 145 MET 146 ALA 147 GLN 148 LEU 149 ALA 150 GLU 151 VAL 152 ALA 153 ARG 154 ALA 155 VAL 156 ARG 157 ASP 158 LEU 159 LEU 160 ALA 161 ASP 162 ILE 163 GLY 164 LEU 165 VAL 166 THR 167 PHE 168 PRO 169 VAL 170 THR 171 SER 172 GLY 173 SER 174 LYS 175 GLY 176 LEU 177 HIS 178 LEU 179 TYR 180 THR 181 PRO 182 LEU 183 ASP 184 GLU 185 PRO 186 VAL 187 SER 188 SER 189 ARG 190 GLY 191 ALA 192 THR 193 VAL 194 LEU 195 ALA 196 LYS 197 ARG 198 VAL 199 ALA 200 GLN 201 ARG 202 LEU 203 GLU 204 GLN 205 ALA 206 MET 207 PRO 208 ALA 209 LEU 210 VAL 211 THR 212 SER 213 THR 214 MET 215 THR 216 LYS 217 SER 218 LEU 219 ARG 220 ALA 221 GLY 222 LYS 223 VAL 224 PHE 225 VAL 226 ASP 227 TRP 228 SER 229 GLN 230 ASN 231 SER 232 GLY 233 SER 234 LYS 235 THR 236 THR 237 ILE 238 ALA 239 PRO 240 TYR 241 SER 242 LEU 243 ARG 244 GLY 245 ARG 246 THR 247 HIS 248 PRO 249 THR 250 VAL 251 ALA 252 ALA 253 PRO 254 ARG 255 THR 256 TRP 257 ALA 258 GLU 259 LEU 260 ASP 261 ASP 262 PRO 263 ALA 264 LEU 265 ARG 266 GLN 267 LEU 268 SER 269 TYR 270 ASP 271 GLU 272 VAL 273 LEU 274 THR 275 ARG 276 ILE 277 ALA 278 ARG 279 ASP 280 GLY 281 ASP 282 LEU 283 LEU 284 GLU 285 ARG 286 LEU 287 ASP 288 ALA 289

Other macromolecules

Unit 1	DG 1 DC 2 DG 3 DG 4 DC 5
Unit 2	DG 1 DC 2 DC 3 DG 4 DC 5 DA 6 DA 7 DC 8 DG 9 DC 10 DA 11
Unit 3	DG 1 DC 2 DG 3 DG 4 DC 5
Unit 4	DG 1 DC 2 DC 3 DG 4 DC 5 DA 6 DA 7 DC 8 DG 9 DC 10 DA 11 DC 12 DG 13

Ligands

Unit 7	EDO 293 EDO 294 EDO 295 EDO 296 PEG 297
Unit 8	EDO 293 EDO 294