2P82 - Sequence, Chains, Asymmetric and Biological Units

• Title: CYSTEINE PROTEASE ATG4A
• Keywords: AUTOPHAGY, HYDROLASE, PROTEASE, PROTEIN TRANSPORT, THIOL PRO TRANSPORT, UBL CONJUGATION PATHWAY, STRUCTURAL GENOMICS, ST GENOMICS CONSORTIUM, SGC
• Experiment: X-ray diffraction
• Number of Models: 1

Database	ID code	Status	Coordinate files
			Header	Asymmetric unit	Biological unit
PDB	2P82	released	available	available	Quaternary Structure Server

Asymmetric unit from PDB

Unit	Type	Name	Chain ID	Residues	Atoms	Hetatoms
1	Protein	CYSTEINE PROTEASE ATG4A	A	312	2505	0
2	Protein	CYSTEINE PROTEASE ATG4A	B	312	2504	0
3	Protein	CYSTEINE PROTEASE ATG4A	C	307	2468	0
4	Protein	CYSTEINE PROTEASE ATG4A	D	301	2414	0
5	Ligand	CYSTEINE PROTEASE ATG4A	A	4	0	16
6	Ligand	CYSTEINE PROTEASE ATG4A	B	3	0	12
7	Ligand	CYSTEINE PROTEASE ATG4A	C	4	0	16
8	Ligand	CYSTEINE PROTEASE ATG4A	D	5	0	17
9	Water			858	0	858
total				2106	9891	919

Proteins

Unit 1	ASP 26 GLU 27 LEU 28 VAL 29 TRP 30 ILE 31 LEU 32 GLY 33 LYS 34 GLN 35 HIS 36 LEU 37 LEU 38 LYS 39 THR 40 GLU 41 LYS 42 SER 43 LYS 44 LEU 45 LEU 46 SER 47 ASP 48 ILE 49 SER 50 ALA 51 ARG 52 LEU 53 TRP 54 PHE 55 THR 56 TYR 57 ARG 58 ARG 59 LYS 60 PHE 61 SER 62 PRO 63 ILE 64 GLY 65 GLY 66 THR 67 GLY 68 PRO 69 SER 70 SER 71 ASP 72 ALA 73 GLY 74 TRP 75 GLY 76 CYS 77 MET 78 LEU 79 ARG 80 CYS 81 GLY 82 GLN 83 MET 84 MET 85 LEU 86 ALA 87 GLN 88 ALA 89 LEU 90 ILE 91 CYS 92 ARG 93 HIS 94 LEU 95 GLY 96 ARG 97 ASP 98 TRP 99 SER 100 TRP 101 GLU 102 LYS 103 GLN 104 LYS 105 GLU 106 GLN 107 PRO 108 LYS 109 GLU 110 TYR 111 GLN 112 ARG 113 ILE 114 LEU 115 GLN 116 CYS 117 PHE 118 LEU 119 ASP 120 ARG 121 LYS 122 ASP 123 CYS 124 CYS 125 TYR 126 SER 127 ILE 128 HIS 129 GLN 130 MET 131 ALA 132 GLN 133 MET 134 GLY 135 VAL 136 GLY 137 GLU 138 GLY 139 LYS 140 SER 141 ILE 142 GLY 143 GLU 144 TRP 145 PHE 146 GLY 147 PRO 148 ASN 149 THR 150 VAL 151 ALA 152 GLN 153 VAL 154 LEU 155 LYS 156 LYS 157 LEU 158 ALA 159 LEU 160 PHE 161 ASP 162 GLU 163 TRP 164 ASN 165 SER 166 LEU 167 ALA 168 VAL 169 TYR 170 VAL 171 SER 172 MET 173 ASP 174 ASN 175 THR 176 VAL 177 VAL 178 ILE 179 GLU 180 ASP 181 ILE 182 LYS 183 LYS 184 MET 185 CYS 186 ARG 187 VAL 188 LEU 189 PRO 190 LEU 191 SER 192 ALA 193 TYR 216 CYS 217 SER 218 ALA 219 TRP 220 LYS 221 PRO 222 LEU 223 LEU 224 LEU 225 ILE 226 VAL 227 PRO 228 LEU 229 ARG 230 LEU 231 GLY 232 ILE 233 ASN 234 GLN 235 ILE 236 ASN 237 PRO 238 VAL 239 TYR 240 VAL 241 ASP 242 ALA 243 PHE 244 LYS 245 GLU 246 CYS 247 PHE 248 LYS 249 MET 250 PRO 251 GLN 252 SER 253 LEU 254 GLY 255 ALA 256 LEU 257 GLY 258 GLY 259 LYS 260 PRO 261 ASN 262 ASN 263 ALA 264 TYR 265 TYR 266 PHE 267 ILE 268 GLY 269 PHE 270 LEU 271 GLY 272 ASP 273 GLU 274 LEU 275 ILE 276 PHE 277 LEU 278 ASP 279 PRO 280 HIS 281 THR 282 THR 283 GLN 284 THR 285 PHE 286 VAL 287 ASP 288 THR 289 GLU 290 GLU 291 ASN 292 GLY 293 THR 294 VAL 295 ASN 296 ASP 297 GLN 298 THR 299 PHE 300 HIS 301 CYS 302 LEU 303 GLN 304 SER 305 PRO 306 GLN 307 ARG 308 MET 309 ASN 310 ILE 311 LEU 312 ASN 313 LEU 314 ASP 315 PRO 316 SER 317 VAL 318 ALA 319 LEU 320 GLY 321 PHE 322 PHE 323 CYS 324 LYS 325 GLU 326 GLU 327 LYS 328 ASP 329 PHE 330 ASP 331 ASN 332 TRP 333 CYS 334 SER 335 LEU 336 VAL 337 GLN 338 LYS 339 GLU 340 ILE 341 LEU 342 LYS 343 GLU 344 ASN 345 LEU 346 ARG 347 MET 348 PHE 349 GLU 350 LEU 351 VAL 352 GLN 353 LYS 354 HIS 355 PRO 356 SER 357 HIS 358 TRP 359
Unit 2	THR 25 ASP 26 GLU 27 LEU 28 VAL 29 TRP 30 ILE 31 LEU 32 GLY 33 LYS 34 GLN 35 HIS 36 LEU 37 LEU 38 LYS 39 THR 40 GLU 41 LYS 42 SER 43 LYS 44 LEU 45 LEU 46 SER 47 ASP 48 ILE 49 SER 50 ALA 51 ARG 52 LEU 53 TRP 54 PHE 55 THR 56 TYR 57 ARG 58 ARG 59 LYS 60 PHE 61 SER 62 PRO 63 ILE 64 GLY 65 GLY 66 THR 67 GLY 68 PRO 69 SER 70 SER 71 ASP 72 ALA 73 GLY 74 TRP 75 GLY 76 CYS 77 MET 78 LEU 79 ARG 80 CYS 81 GLY 82 GLN 83 MET 84 MET 85 LEU 86 ALA 87 GLN 88 ALA 89 LEU 90 ILE 91 CYS 92 ARG 93 HIS 94 LEU 95 GLY 96 ARG 97 ASP 98 TRP 99 SER 100 TRP 101 GLU 102 LYS 103 GLN 104 LYS 105 GLU 106 GLN 107 PRO 108 LYS 109 GLU 110 TYR 111 GLN 112 ARG 113 ILE 114 LEU 115 GLN 116 CYS 117 PHE 118 LEU 119 ASP 120 ARG 121 LYS 122 ASP 123 CYS 124 CYS 125 TYR 126 SER 127 ILE 128 HIS 129 GLN 130 MET 131 ALA 132 GLN 133 MET 134 GLY 135 VAL 136 GLY 137 GLU 138 GLY 139 LYS 140 SER 141 ILE 142 GLY 143 GLU 144 TRP 145 PHE 146 GLY 147 PRO 148 ASN 149 THR 150 VAL 151 ALA 152 GLN 153 VAL 154 LEU 155 LYS 156 LYS 157 LEU 158 ALA 159 LEU 160 PHE 161 ASP 162 GLU 163 TRP 164 ASN 165 SER 166 LEU 167 ALA 168 VAL 169 TYR 170 VAL 171 SER 172 MET 173 ASP 174 ASN 175 THR 176 VAL 177 VAL 178 ILE 179 GLU 180 ASP 181 ILE 182 LYS 183 LYS 184 MET 185 CYS 186 ARG 187 VAL 188 LEU 189 PRO 190 LEU 191 SER 192 ALA 193 CYS 217 SER 218 ALA 219 TRP 220 LYS 221 PRO 222 LEU 223 LEU 224 LEU 225 ILE 226 VAL 227 PRO 228 LEU 229 ARG 230 LEU 231 GLY 232 ILE 233 ASN 234 GLN 235 ILE 236 ASN 237 PRO 238 VAL 239 TYR 240 VAL 241 ASP 242 ALA 243 PHE 244 LYS 245 GLU 246 CYS 247 PHE 248 LYS 249 MET 250 PRO 251 GLN 252 SER 253 LEU 254 GLY 255 ALA 256 LEU 257 GLY 258 GLY 259 LYS 260 PRO 261 ASN 262 ASN 263 ALA 264 TYR 265 TYR 266 PHE 267 ILE 268 GLY 269 PHE 270 LEU 271 GLY 272 ASP 273 GLU 274 LEU 275 ILE 276 PHE 277 LEU 278 ASP 279 PRO 280 HIS 281 THR 282 THR 283 GLN 284 THR 285 PHE 286 VAL 287 ASP 288 THR 289 GLU 290 GLU 291 ASN 292 GLY 293 THR 294 VAL 295 ASN 296 ASP 297 GLN 298 THR 299 PHE 300 HIS 301 CYS 302 LEU 303 GLN 304 SER 305 PRO 306 GLN 307 ARG 308 MET 309 ASN 310 ILE 311 LEU 312 ASN 313 LEU 314 ASP 315 PRO 316 SER 317 VAL 318 ALA 319 LEU 320 GLY 321 PHE 322 PHE 323 CYS 324 LYS 325 GLU 326 GLU 327 LYS 328 ASP 329 PHE 330 ASP 331 ASN 332 TRP 333 CYS 334 SER 335 LEU 336 VAL 337 GLN 338 LYS 339 GLU 340 ILE 341 LEU 342 LYS 343 GLU 344 ASN 345 LEU 346 ARG 347 MET 348 PHE 349 GLU 350 LEU 351 VAL 352 GLN 353 LYS 354 HIS 355 PRO 356 SER 357 HIS 358 TRP 359
Unit 3	THR 25 ASP 26 GLU 27 LEU 28 VAL 29 TRP 30 ILE 31 LEU 32 GLY 33 LYS 34 GLN 35 HIS 36 LEU 37 LEU 38 LYS 39 THR 40 GLU 41 LYS 42 SER 43 LYS 44 LEU 45 LEU 46 SER 47 ASP 48 ILE 49 SER 50 ALA 51 ARG 52 LEU 53 TRP 54 PHE 55 THR 56 TYR 57 ARG 58 ARG 59 LYS 60 PHE 61 SER 62 PRO 63 ILE 64 GLY 65 GLY 66 THR 67 GLY 68 PRO 69 SER 70 SER 71 ASP 72 ALA 73 GLY 74 TRP 75 GLY 76 CYS 77 MET 78 LEU 79 ARG 80 CYS 81 GLY 82 GLN 83 MET 84 MET 85 LEU 86 ALA 87 GLN 88 ALA 89 LEU 90 ILE 91 CYS 92 ARG 93 HIS 94 LEU 95 GLY 96 ARG 97 ASP 98 TRP 99 SER 100 TRP 101 LYS 105 GLU 106 GLN 107 PRO 108 LYS 109 GLU 110 TYR 111 GLN 112 ARG 113 ILE 114 LEU 115 GLN 116 CYS 117 PHE 118 LEU 119 ASP 120 ARG 121 LYS 122 ASP 123 CYS 124 CYS 125 TYR 126 SER 127 ILE 128 HIS 129 GLN 130 MET 131 ALA 132 GLN 133 MET 134 GLY 135 VAL 136 GLY 137 GLU 138 GLY 139 LYS 140 SER 141 ILE 142 GLY 143 GLU 144 TRP 145 PHE 146 GLY 147 PRO 148 ASN 149 THR 150 VAL 151 ALA 152 GLN 153 VAL 154 LEU 155 LYS 156 LYS 157 LEU 158 ALA 159 LEU 160 PHE 161 ASP 162 GLU 163 TRP 164 ASN 165 SER 166 LEU 167 ALA 168 VAL 169 TYR 170 VAL 171 SER 172 MET 173 ASP 174 ASN 175 THR 176 VAL 177 VAL 178 ILE 179 GLU 180 ASP 181 ILE 182 LYS 183 LYS 184 MET 185 CYS 186 ARG 187 VAL 188 LEU 189 PRO 190 LEU 191 SER 192 SER 218 ALA 219 TRP 220 LYS 221 PRO 222 LEU 223 LEU 224 LEU 225 ILE 226 VAL 227 PRO 228 LEU 229 ARG 230 LEU 231 GLY 232 ILE 233 ASN 234 GLN 235 ILE 236 ASN 237 PRO 238 VAL 239 TYR 240 VAL 241 ASP 242 ALA 243 PHE 244 LYS 245 GLU 246 CYS 247 PHE 248 LYS 249 MET 250 PRO 251 GLN 252 SER 253 LEU 254 GLY 255 ALA 256 LEU 257 GLY 258 GLY 259 LYS 260 PRO 261 ASN 262 ASN 263 ALA 264 TYR 265 TYR 266 PHE 267 ILE 268 GLY 269 PHE 270 LEU 271 GLY 272 ASP 273 GLU 274 LEU 275 ILE 276 PHE 277 LEU 278 ASP 279 PRO 280 HIS 281 THR 282 THR 283 GLN 284 THR 285 PHE 286 VAL 287 ASP 288 THR 289 GLU 290 GLU 291 ASN 292 GLY 293 THR 294 VAL 295 ASN 296 ASP 297 GLN 298 THR 299 PHE 300 HIS 301 CYS 302 LEU 303 GLN 304 SER 305 PRO 306 GLN 307 ARG 308 MET 309 ASN 310 ILE 311 LEU 312 ASN 313 LEU 314 ASP 315 PRO 316 SER 317 VAL 318 ALA 319 LEU 320 GLY 321 PHE 322 PHE 323 CYS 324 LYS 325 GLU 326 GLU 327 LYS 328 ASP 329 PHE 330 ASP 331 ASN 332 TRP 333 CYS 334 SER 335 LEU 336 VAL 337 GLN 338 LYS 339 GLU 340 ILE 341 LEU 342 LYS 343 GLU 344 ASN 345 LEU 346 ARG 347 MET 348 PHE 349 GLU 350 LEU 351 VAL 352 GLN 353 LYS 354 HIS 355 PRO 356 SER 357 HIS 358 TRP 359
Unit 4	ASP 26 GLU 27 LEU 28 VAL 29 TRP 30 ILE 31 LEU 32 GLY 33 LYS 34 GLN 35 HIS 36 LEU 37 LEU 38 LYS 39 THR 40 GLU 41 LYS 42 SER 43 LYS 44 LEU 45 LEU 46 SER 47 ASP 48 ILE 49 SER 50 ALA 51 ARG 52 LEU 53 TRP 54 PHE 55 THR 56 TYR 57 ARG 58 ARG 59 LYS 60 PHE 61 SER 62 PRO 63 ILE 64 GLY 65 GLY 66 THR 67 GLY 68 PRO 69 SER 70 SER 71 ASP 72 ALA 73 GLY 74 TRP 75 GLY 76 CYS 77 MET 78 LEU 79 ARG 80 CYS 81 GLY 82 GLN 83 MET 84 MET 85 LEU 86 ALA 87 GLN 88 ALA 89 LEU 90 ILE 91 CYS 92 ARG 93 HIS 94 LEU 95 GLY 96 ARG 97 ASP 98 TRP 99 SER 100 TRP 101 LYS 103 GLU 106 GLN 107 PRO 108 LYS 109 GLU 110 TYR 111 GLN 112 ARG 113 ILE 114 LEU 115 GLN 116 CYS 117 PHE 118 LEU 119 ASP 120 ARG 121 LYS 122 ASP 123 CYS 124 CYS 125 TYR 126 SER 127 ILE 128 HIS 129 GLN 130 MET 131 ALA 132 GLN 133 MET 134 GLY 135 VAL 136 GLY 137 GLU 138 GLY 139 LYS 140 SER 141 ILE 142 GLY 143 GLU 144 TRP 145 PHE 146 GLY 147 PRO 148 ASN 149 THR 150 VAL 151 ALA 152 GLN 153 VAL 154 LEU 155 LYS 156 LYS 157 LEU 158 ALA 159 LEU 160 PHE 161 ASP 162 GLU 163 TRP 164 ASN 165 SER 166 LEU 167 ALA 168 VAL 169 TYR 170 VAL 171 SER 172 MET 173 ASP 174 ASN 175 THR 176 VAL 177 VAL 178 ILE 179 GLU 180 ASP 181 ILE 182 LYS 183 LYS 184 MET 185 CYS 186 ARG 187 VAL 188 LEU 189 PRO 190 ALA 219 TRP 220 LYS 221 PRO 222 LEU 223 LEU 224 LEU 225 ILE 226 VAL 227 PRO 228 LEU 229 ARG 230 LEU 231 GLY 232 ILE 233 ASN 234 GLN 235 ILE 236 ASN 237 PRO 238 VAL 239 TYR 240 VAL 241 ASP 242 ALA 243 PHE 244 LYS 245 GLU 246 CYS 247 PHE 248 LYS 249 MET 250 PRO 251 GLN 252 SER 253 LEU 254 GLY 255 ALA 256 LEU 257 GLY 258 GLY 259 LYS 260 PRO 261 ASN 262 ASN 263 ALA 264 TYR 265 TYR 266 PHE 267 ILE 268 GLY 269 PHE 270 LEU 271 GLY 272 ASP 273 GLU 274 LEU 275 ILE 276 PHE 277 LEU 278 ASP 279 PRO 280 HIS 281 THR 282 THR 283 GLN 284 THR 285 PHE 286 VAL 287 ASP 288 THR 289 GLU 290 GLU 291 ASN 292 GLY 293 THR 294 VAL 295 ASN 296 ASP 297 GLN 298 THR 299 PHE 300 HIS 301 CYS 302 LEU 303 GLN 304 SER 305 PRO 306 GLN 307 ARG 308 MET 309 ASN 310 ILE 311 LEU 312 ASN 313 LEU 314 ASP 315 PRO 316 SER 317 VAL 318 ALA 319 LEU 320 GLY 321 PHE 322 PHE 323 CYS 324 LYS 325 GLU 326 GLU 327 LYS 328 ASP 329 PHE 330 ASP 331 ASN 332 TRP 333 CYS 334 SER 335 LEU 336 VAL 337 GLN 338 LYS 339 GLU 340 ILE 341 LEU 342 LYS 343 GLU 344 ASN 345 LEU 346 ARG 347 MET 348 PHE 349 GLU 350 LEU 351 VAL 352 GLN 353 LYS 354 HIS 355 PRO 356 SER 357

Ligands

Unit 5	EDO 2 EDO 360 EDO 361 EDO 362
Unit 6	EDO 3 EDO 360 EDO 361
Unit 7	EDO 360 EDO 361 EDO 362 EDO 363
Unit 8	CL 1 EDO 4 EDO 360 EDO 361 EDO 362