2NYT - Sequence, Chains, Asymmetric and Biological Units

• Title: THE APOBEC2 CRYSTAL STRUCTURE AND FUNCTIONAL IMPLICATIONS FOR AID
• Keywords: CYTIDINE DEAMINASE, ZINC-ION BINDING, APOBEC, HYDROLASE
• Experiment: X-ray diffraction
• Number of Models: 1

Database	ID code	Status	Coordinate files
			Header	Asymmetric unit	Biological unit
PDB	2NYT	released	available	available	Quaternary Structure Server

Asymmetric unit from PDB

Unit	Type	Name	Chain ID	Residues	Atoms	Hetatoms
1	Protein	PROBABLE C->U-EDITING ENZYME APOBEC-2	A	185	1500	0
2	Protein	PROBABLE C->U-EDITING ENZYME APOBEC-2	B	190	1523	0
3	Protein	PROBABLE C->U-EDITING ENZYME APOBEC-2	C	185	1501	0
4	Protein	PROBABLE C->U-EDITING ENZYME APOBEC-2	D	179	1472	0
5	Ligand	PROBABLE C->U-EDITING ENZYME APOBEC-2	A	1	0	1
6	Ligand	PROBABLE C->U-EDITING ENZYME APOBEC-2	B	1	0	1
7	Ligand	PROBABLE C->U-EDITING ENZYME APOBEC-2	C	1	0	1
8	Ligand	PROBABLE C->U-EDITING ENZYME APOBEC-2	D	1	0	1
9	Water			88	0	88
total				831	5996	92

Proteins

Unit 1	SER 36 GLY 37 GLY 38 GLY 39 MET 40 ILE 41 VAL 42 THR 43 GLY 44 GLU 45 ARG 46 LEU 47 PRO 48 ALA 49 ASN 50 PHE 51 PHE 52 LYS 53 PHE 54 GLN 55 PHE 56 ARG 57 ASN 58 VAL 59 GLU 60 TYR 61 SER 62 SER 63 GLY 64 ARG 65 ASN 66 LYS 67 THR 68 PHE 69 LEU 70 CYS 71 TYR 72 VAL 73 VAL 74 GLU 75 ALA 76 GLN 77 GLY 78 LYS 79 GLY 80 GLY 81 GLN 82 VAL 83 GLN 84 ALA 85 SER 86 ARG 87 GLY 88 TYR 89 LEU 90 GLU 91 ASP 92 GLU 93 HIS 94 ALA 95 ALA 96 ALA 97 HIS 98 ALA 99 GLU 100 GLU 101 ALA 102 PHE 103 PHE 104 ASN 105 THR 106 ILE 107 LEU 108 PRO 109 ALA 110 PHE 111 ASP 112 PRO 113 ALA 114 LEU 115 ARG 116 TYR 117 ASN 118 VAL 119 THR 120 TRP 121 TYR 122 VAL 123 SER 124 SER 125 SER 126 PRO 127 CYS 128 ALA 129 ALA 130 CYS 131 ALA 132 ASP 133 ARG 134 ILE 135 ILE 136 LYS 137 THR 138 LEU 139 SER 140 LYS 141 THR 142 LYS 143 ASN 144 LEU 145 ARG 146 LEU 147 LEU 148 ILE 149 LEU 150 VAL 151 GLY 152 ARG 153 LEU 154 PHE 155 MET 156 TRP 157 GLU 158 GLU 159 PRO 160 GLU 161 ILE 162 GLN 163 ALA 164 ALA 165 LEU 166 LYS 167 LYS 168 LEU 169 LYS 170 GLU 171 ALA 172 GLY 173 CYS 174 LYS 175 LEU 176 ARG 177 ILE 178 MET 179 LYS 180 PRO 181 GLN 182 ASP 183 PHE 184 GLU 185 TYR 186 VAL 187 TRP 188 GLN 189 ASN 190 PHE 191 VAL 192 GLU 193 GLN 194 GLU 195 GLU 196 ALA 201 PHE 202 GLN 203 PRO 204 TRP 205 GLU 206 ASP 207 ILE 208 GLN 209 GLU 210 ASN 211 PHE 212 LEU 213 TYR 214 TYR 215 GLU 216 GLU 217 LYS 218 LEU 219 ALA 220 ASP 221 ILE 222 LEU 223 LYS 224
Unit 2	GLY 35 SER 36 GLY 37 GLY 38 GLY 39 MET 40 ILE 41 VAL 42 THR 43 GLY 44 GLU 45 ARG 46 LEU 47 PRO 48 ALA 49 ASN 50 PHE 51 PHE 52 LYS 53 PHE 54 GLN 55 PHE 56 ARG 57 ASN 58 VAL 59 GLU 60 TYR 61 SER 62 SER 63 GLY 64 ARG 65 ASN 66 LYS 67 THR 68 PHE 69 LEU 70 CYS 71 TYR 72 VAL 73 VAL 74 GLU 75 ALA 76 GLN 77 GLY 78 LYS 79 GLY 80 GLY 81 GLN 82 VAL 83 GLN 84 ALA 85 SER 86 ARG 87 GLY 88 TYR 89 LEU 90 GLU 91 ASP 92 GLU 93 HIS 94 ALA 95 ALA 96 ALA 97 HIS 98 ALA 99 GLU 100 GLU 101 ALA 102 PHE 103 PHE 104 ASN 105 THR 106 ILE 107 LEU 108 PRO 109 ALA 110 PHE 111 ASP 112 PRO 113 ALA 114 LEU 115 ARG 116 TYR 117 ASN 118 VAL 119 THR 120 TRP 121 TYR 122 VAL 123 SER 124 SER 125 SER 126 PRO 127 CYS 128 ALA 129 ALA 130 CYS 131 ALA 132 ASP 133 ARG 134 ILE 135 ILE 136 LYS 137 THR 138 LEU 139 SER 140 LYS 141 THR 142 LYS 143 ASN 144 LEU 145 ARG 146 LEU 147 LEU 148 ILE 149 LEU 150 VAL 151 GLY 152 ARG 153 LEU 154 PHE 155 MET 156 TRP 157 GLU 158 GLU 159 PRO 160 GLU 161 ILE 162 GLN 163 ALA 164 ALA 165 LEU 166 LYS 167 LYS 168 LEU 169 LYS 170 GLU 171 ALA 172 GLY 173 CYS 174 LYS 175 LEU 176 ARG 177 ILE 178 MET 179 LYS 180 PRO 181 GLN 182 ASP 183 PHE 184 GLU 185 TYR 186 VAL 187 TRP 188 GLN 189 ASN 190 PHE 191 VAL 192 GLU 193 GLN 194 GLU 195 GLU 196 GLY 197 GLU 198 SER 199 LYS 200 ALA 201 PHE 202 GLN 203 PRO 204 TRP 205 GLU 206 ASP 207 ILE 208 GLN 209 GLU 210 ASN 211 PHE 212 LEU 213 TYR 214 TYR 215 GLU 216 GLU 217 LYS 218 LEU 219 ALA 220 ASP 221 ILE 222 LEU 223 LYS 224
Unit 3	MET 40 ILE 41 VAL 42 THR 43 GLY 44 GLU 45 ARG 46 LEU 47 PRO 48 ALA 49 ASN 50 PHE 51 PHE 52 LYS 53 PHE 54 GLN 55 PHE 56 ARG 57 ASN 58 VAL 59 GLU 60 TYR 61 SER 62 SER 63 GLY 64 ARG 65 ASN 66 LYS 67 THR 68 PHE 69 LEU 70 CYS 71 TYR 72 VAL 73 VAL 74 GLU 75 ALA 76 GLN 77 GLY 78 LYS 79 GLY 80 GLY 81 GLN 82 VAL 83 GLN 84 ALA 85 SER 86 ARG 87 GLY 88 TYR 89 LEU 90 GLU 91 ASP 92 GLU 93 HIS 94 ALA 95 ALA 96 ALA 97 HIS 98 ALA 99 GLU 100 GLU 101 ALA 102 PHE 103 PHE 104 ASN 105 THR 106 ILE 107 LEU 108 PRO 109 ALA 110 PHE 111 ASP 112 PRO 113 ALA 114 LEU 115 ARG 116 TYR 117 ASN 118 VAL 119 THR 120 TRP 121 TYR 122 VAL 123 SER 124 SER 125 SER 126 PRO 127 CYS 128 ALA 129 ALA 130 CYS 131 ALA 132 ASP 133 ARG 134 ILE 135 ILE 136 LYS 137 THR 138 LEU 139 SER 140 LYS 141 THR 142 LYS 143 ASN 144 LEU 145 ARG 146 LEU 147 LEU 148 ILE 149 LEU 150 VAL 151 GLY 152 ARG 153 LEU 154 PHE 155 MET 156 TRP 157 GLU 158 GLU 159 PRO 160 GLU 161 ILE 162 GLN 163 ALA 164 ALA 165 LEU 166 LYS 167 LYS 168 LEU 169 LYS 170 GLU 171 ALA 172 GLY 173 CYS 174 LYS 175 LEU 176 ARG 177 ILE 178 MET 179 LYS 180 PRO 181 GLN 182 ASP 183 PHE 184 GLU 185 TYR 186 VAL 187 TRP 188 GLN 189 ASN 190 PHE 191 VAL 192 GLU 193 GLN 194 GLU 195 GLU 196 GLY 197 GLU 198 SER 199 LYS 200 ALA 201 PHE 202 GLN 203 PRO 204 TRP 205 GLU 206 ASP 207 ILE 208 GLN 209 GLU 210 ASN 211 PHE 212 LEU 213 TYR 214 TYR 215 GLU 216 GLU 217 LYS 218 LEU 219 ALA 220 ASP 221 ILE 222 LEU 223 LYS 224
Unit 4	MET 40 ILE 41 VAL 42 THR 43 GLY 44 GLU 45 ARG 46 LEU 47 PRO 48 ALA 49 ASN 50 PHE 51 PHE 52 LYS 53 PHE 54 GLN 55 PHE 56 ARG 57 ASN 58 VAL 59 GLU 60 TYR 61 SER 62 SER 63 GLY 64 ARG 65 ASN 66 LYS 67 THR 68 PHE 69 LEU 70 CYS 71 TYR 72 VAL 73 VAL 74 GLU 75 ALA 76 GLN 77 GLY 78 LYS 79 GLY 80 GLY 81 GLN 82 VAL 83 GLN 84 ALA 85 SER 86 ARG 87 GLY 88 TYR 89 LEU 90 GLU 91 ASP 92 GLU 93 HIS 94 ALA 95 ALA 96 ALA 97 HIS 98 ALA 99 GLU 100 GLU 101 ALA 102 PHE 103 PHE 104 ASN 105 THR 106 ILE 107 LEU 108 PRO 109 ALA 110 PHE 111 ASP 112 PRO 113 ALA 114 LEU 115 ARG 116 TYR 117 ASN 118 VAL 119 THR 120 TRP 121 TYR 122 VAL 123 SER 124 SER 125 SER 126 PRO 127 CYS 128 ALA 129 ALA 130 CYS 131 ALA 132 ASP 133 ARG 134 ILE 135 ILE 136 LYS 137 THR 138 LEU 139 SER 140 LYS 141 THR 142 LYS 143 ASN 144 LEU 145 ARG 146 LEU 147 LEU 148 ILE 149 LEU 150 VAL 151 GLY 152 ARG 153 LEU 154 PHE 155 MET 156 TRP 157 GLU 158 GLU 159 PRO 160 GLU 161 ILE 162 GLN 163 ALA 164 ALA 165 LEU 166 LYS 167 LYS 168 LEU 169 LYS 170 GLU 171 ALA 172 GLY 173 CYS 174 LYS 175 LEU 176 ARG 177 ILE 178 MET 179 LYS 180 PRO 181 GLN 182 ASP 183 PHE 184 GLU 185 TYR 186 VAL 187 TRP 188 GLN 189 ASN 190 PHE 191 VAL 192 GLU 193 GLN 194 GLU 195 PHE 202 GLN 203 PRO 204 TRP 205 GLU 206 ASP 207 ILE 208 GLN 209 GLU 210 ASN 211 PHE 212 LEU 213 TYR 214 TYR 215 GLU 216 GLU 217 LYS 218 LEU 219 ALA 220 ASP 221 ILE 222 LEU 223 LYS 224

Ligands

Unit 5	ZN 2000
Unit 6	ZN 2001
Unit 7	ZN 2002
Unit 8	ZN 2003