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Sequence, Chains, Asymmetric and Biological Units

Title CRYSTAL STRUCTURE OF AN RNA QUADRUPLEX CONTAINING INOSINE- TETRAD
Keywords RNA QUADRUPLEX
Experiment X-ray diffraction
Number of Models  1


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PDB   2GRB     released     available     available     Quaternary Structure Server  


Asymmetric unit from PDB
 Unit     Type     Name   Chain ID   Residues   Atoms   Hetatoms 
1  RNA    A 5 108 0
2  RNA    B 5 111 0
3  RNA    C 6 111 17
4  RNA    D 6 111 17
5  RNA    E 6 111 17
6  RNA    F 6 111 17
7  RNA    G 6 111 17
8  RNA    H 5 111 0
9  Ligand   5'-R(*(U33)P*GP*IP*GP*GP*U)-3'  A 4 0 4
10  Ligand   5'-R(*(U33)P*GP*IP*GP*GP*U)-3'  B 1 0 1
11  Ligand   5'-R(*(U33)P*GP*IP*GP*GP*U)-3'  D 1 0 1
12  Ligand   5'-R(*(U33)P*GP*IP*GP*GP*U)-3'  E 4 0 4
13  Ligand   5'-R(*(U33)P*GP*IP*GP*GP*U)-3'  F 1 0 1
14  Ligand   5'-R(*(U33)P*GP*IP*GP*GP*U)-3'  H 1 0 1
15 Water     178 0 178
total       235 885 275

Nucleic acids
Unit 1 G2 I3 G4 G5 U6
Unit 2 G2 I3 G4 G5 U6
Unit 3 U331 G2 I3 G4 G5 U6
Unit 4 U331 G2 I3 G4 G5 U6
Unit 5 U331 G2 I3 G4 G5 U6
Unit 6 U331 G2 I3 G4 G5 U6
Unit 7 U331 G2 I3 G4 G5 U6
Unit 8 G2 I3 G4 G5 U6

Ligands
Unit 9 K301 K302 K303 K304
Unit 10 SR401
Unit 11 K312
Unit 12 K305 K306 K307 K308
Unit 13 K313
Unit 14 K309

Chirality of ribose and phosphate atoms

Check the naming of phosphate and ribose substituents. Recommended for phosphate oxygens and for ribose hydrogens in NMR structures.


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Perl script:    PDBscan.pl  (15 Sep 2016)
Author:    Peter Slickers  (slickers@leibniz-fli.de),  IMB Jena,  Germany