1YDE - Sequence, Chains, Asymmetric and Biological Units

• Title: CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN RETINAL SHORT-CHAIN DEHYDROGENASE 3
• Keywords: OXIDOREDUCTASE, STRUCTURAL GENOMICS, STRUCTURAL GENOMICS CON SGC
• Experiment: X-ray diffraction
• Number of Models: 1

Database	ID code	Status	Coordinate files
			Header	Asymmetric unit	Biological unit
PDB	1YDE	released	available	available	Quaternary Structure Server

Asymmetric unit from PDB

Unit	Type	Name	Chain ID	Residues	Atoms	Hetatoms
1	Protein	RETINAL DEHYDROGENASE/REDUCTASE 3	A	250	1839	0
2	Protein	RETINAL DEHYDROGENASE/REDUCTASE 3	B	247	1803	0
3	Protein	RETINAL DEHYDROGENASE/REDUCTASE 3	C	250	1847	0
4	Protein	RETINAL DEHYDROGENASE/REDUCTASE 3	D	255	1872	0
5	Protein	RETINAL DEHYDROGENASE/REDUCTASE 3	E	250	1843	0
6	Protein	RETINAL DEHYDROGENASE/REDUCTASE 3	F	256	1885	0
7	Protein	RETINAL DEHYDROGENASE/REDUCTASE 3	G	247	1820	0
8	Protein	RETINAL DEHYDROGENASE/REDUCTASE 3	H	254	1856	0
9	Protein	RETINAL DEHYDROGENASE/REDUCTASE 3	I	247	1825	0
10	Protein	RETINAL DEHYDROGENASE/REDUCTASE 3	J	255	1869	0
11	Protein	RETINAL DEHYDROGENASE/REDUCTASE 3	K	250	1843	0
12	Protein	RETINAL DEHYDROGENASE/REDUCTASE 3	L	255	1868	0
13	Protein	RETINAL DEHYDROGENASE/REDUCTASE 3	M	244	1771	0
14	Protein	RETINAL DEHYDROGENASE/REDUCTASE 3	N	240	1754	0
15	Protein	RETINAL DEHYDROGENASE/REDUCTASE 3	O	247	1806	0
16	Protein	RETINAL DEHYDROGENASE/REDUCTASE 3	P	254	1858	0
17	Water			1251	0	1251
total				5252	29359	1251

Proteins

Unit 1	GLY 4 THR 5 ARG 6 TYR 7 ALA 8 GLY 9 LYS 10 VAL 11 VAL 12 VAL 13 VAL 14 THR 15 GLY 16 GLY 17 GLY 18 ARG 19 GLY 20 ILE 21 GLY 22 ALA 23 GLY 24 ILE 25 VAL 26 ARG 27 ALA 28 PHE 29 VAL 30 ASN 31 SER 32 GLY 33 ALA 34 ARG 35 VAL 36 VAL 37 ILE 38 CYS 39 ASP 40 LYS 41 ASP 42 GLU 43 SER 44 GLY 45 GLY 46 ARG 47 ALA 48 LEU 49 GLU 50 GLN 51 GLU 52 LEU 53 PRO 54 GLY 55 ALA 56 VAL 57 PHE 58 ILE 59 LEU 60 CYS 61 ASP 62 VAL 63 THR 64 GLN 65 GLU 66 ASP 67 ASP 68 VAL 69 LYS 70 THR 71 LEU 72 VAL 73 SER 74 GLU 75 THR 76 ILE 77 ARG 78 ARG 79 PHE 80 GLY 81 ARG 82 LEU 83 ASP 84 CYS 85 VAL 86 VAL 87 ASN 88 ASN 89 ALA 90 GLY 91 HIS 92 HIS 93 PRO 94 PRO 95 PRO 96 GLN 97 ARG 98 PRO 99 GLU 100 GLU 101 THR 102 SER 103 ALA 104 GLN 105 GLY 106 PHE 107 ARG 108 GLN 109 LEU 110 LEU 111 GLU 112 LEU 113 ASN 114 LEU 115 LEU 116 GLY 117 THR 118 TYR 119 THR 120 LEU 121 THR 122 LYS 123 LEU 124 ALA 125 LEU 126 PRO 127 TYR 128 LEU 129 ARG 130 LYS 131 SER 132 GLN 133 GLY 134 ASN 135 VAL 136 ILE 137 ASN 138 ILE 139 SER 140 SER 141 LEU 142 VAL 143 GLY 144 ALA 145 ILE 146 GLY 147 GLN 148 ALA 149 GLN 150 ALA 151 VAL 152 PRO 153 TYR 154 VAL 155 ALA 156 THR 157 LYS 158 GLY 159 ALA 160 VAL 161 THR 162 ALA 163 MET 164 THR 165 LYS 166 ALA 167 LEU 168 ALA 169 LEU 170 ASP 171 GLU 172 SER 173 PRO 174 TYR 175 GLY 176 VAL 177 ARG 178 VAL 179 ASN 180 CYS 181 ILE 182 SER 183 PRO 184 GLY 185 ASN 186 ILE 187 TRP 188 THR 189 PRO 190 LEU 191 TRP 192 GLU 193 GLU 194 LEU 195 ALA 196 ALA 197 LEU 198 MET 199 PRO 200 ASP 201 PRO 202 ARG 203 ALA 204 SER 205 ILE 206 ARG 207 GLU 208 GLY 209 MET 210 LEU 211 ALA 212 GLN 213 PRO 214 LEU 215 GLY 216 ARG 217 MET 218 GLY 219 GLN 220 PRO 221 ALA 222 GLU 223 VAL 224 GLY 225 ALA 226 ALA 227 ALA 228 VAL 229 PHE 230 LEU 231 ALA 232 SER 233 GLU 234 ALA 235 ASN 236 PHE 237 CYS 238 THR 239 GLY 240 ILE 241 GLU 242 LEU 243 LEU 244 VAL 245 THR 246 GLY 247 GLY 248 ALA 249 GLU 250 LEU 251 GLY 252 TYR 253
Unit 2	THR 3 GLY 4 THR 5 ARG 6 TYR 7 ALA 8 GLY 9 LYS 10 VAL 11 VAL 12 VAL 13 VAL 14 THR 15 GLY 16 GLY 17 GLY 18 ARG 19 GLY 20 ILE 21 GLY 22 ALA 23 GLY 24 ILE 25 VAL 26 ARG 27 ALA 28 PHE 29 VAL 30 ASN 31 SER 32 GLY 33 ALA 34 ARG 35 VAL 36 VAL 37 ILE 38 CYS 39 ASP 40 LYS 41 ASP 42 GLU 43 SER 44 GLY 45 GLY 46 ARG 47 ALA 48 LEU 49 GLU 50 GLN 51 GLU 52 LEU 53 PRO 54 GLY 55 ALA 56 VAL 57 PHE 58 ILE 59 LEU 60 CYS 61 ASP 62 VAL 63 THR 64 GLN 65 GLU 66 ASP 67 ASP 68 VAL 69 LYS 70 THR 71 LEU 72 VAL 73 SER 74 GLU 75 THR 76 ILE 77 ARG 78 ARG 79 PHE 80 GLY 81 ARG 82 LEU 83 ASP 84 CYS 85 VAL 86 VAL 87 ASN 88 ASN 89 ALA 90 GLY 91 HIS 92 HIS 93 PRO 94 PRO 95 PRO 96 GLN 97 ARG 98 PRO 99 GLU 100 GLU 101 THR 102 SER 103 ALA 104 GLN 105 GLY 106 PHE 107 ARG 108 GLN 109 LEU 110 LEU 111 GLU 112 LEU 113 ASN 114 LEU 115 LEU 116 GLY 117 THR 118 TYR 119 THR 120 LEU 121 THR 122 LYS 123 LEU 124 ALA 125 LEU 126 PRO 127 TYR 128 LEU 129 ARG 130 LYS 131 SER 132 GLN 133 GLY 134 ASN 135 VAL 136 ILE 137 ASN 138 ILE 139 SER 140 SER 141 LEU 142 VAL 143 GLY 144 ALA 145 ILE 146 GLY 147 GLN 148 ALA 149 GLN 150 ALA 151 VAL 152 PRO 153 TYR 154 VAL 155 ALA 156 THR 157 LYS 158 GLY 159 ALA 160 VAL 161 THR 162 ALA 163 MET 164 THR 165 LYS 166 ALA 167 LEU 168 ALA 169 LEU 170 ASP 171 GLU 172 SER 173 PRO 174 TYR 175 GLY 176 VAL 177 ARG 178 VAL 179 ASN 180 CYS 181 ILE 182 SER 183 PRO 184 GLY 185 ASN 186 ILE 187 TRP 188 THR 189 PRO 190 LEU 191 TRP 192 GLU 193 PRO 202 ARG 203 ALA 204 SER 205 ILE 206 ARG 207 GLU 208 GLY 209 MET 210 LEU 211 ALA 212 GLN 213 PRO 214 LEU 215 GLY 216 ARG 217 MET 218 GLY 219 GLN 220 PRO 221 ALA 222 GLU 223 VAL 224 GLY 225 ALA 226 ALA 227 ALA 228 VAL 229 PHE 230 LEU 231 ALA 232 SER 233 GLU 234 ALA 235 ASN 236 PHE 237 CYS 238 THR 239 GLY 240 ILE 241 GLU 242 LEU 243 LEU 244 VAL 245 THR 246 GLY 247 GLY 248 ALA 249 GLU 250 LEU 251 GLY 252 TYR 253 GLY 254 CYS 255 LYS 256 ALA 257
Unit 3	GLY 4 THR 5 ARG 6 TYR 7 ALA 8 GLY 9 LYS 10 VAL 11 VAL 12 VAL 13 VAL 14 THR 15 GLY 16 GLY 17 GLY 18 ARG 19 GLY 20 ILE 21 GLY 22 ALA 23 GLY 24 ILE 25 VAL 26 ARG 27 ALA 28 PHE 29 VAL 30 ASN 31 SER 32 GLY 33 ALA 34 ARG 35 VAL 36 VAL 37 ILE 38 CYS 39 ASP 40 LYS 41 ASP 42 GLU 43 SER 44 GLY 45 GLY 46 ARG 47 ALA 48 LEU 49 GLU 50 GLN 51 GLU 52 LEU 53 PRO 54 GLY 55 ALA 56 VAL 57 PHE 58 ILE 59 LEU 60 CYS 61 ASP 62 VAL 63 THR 64 GLN 65 GLU 66 ASP 67 ASP 68 VAL 69 LYS 70 THR 71 LEU 72 VAL 73 SER 74 GLU 75 THR 76 ILE 77 ARG 78 ARG 79 PHE 80 GLY 81 ARG 82 LEU 83 ASP 84 CYS 85 VAL 86 VAL 87 ASN 88 ASN 89 ALA 90 GLY 91 HIS 92 HIS 93 PRO 94 PRO 95 PRO 96 GLN 97 ARG 98 PRO 99 GLU 100 GLU 101 THR 102 SER 103 ALA 104 GLN 105 GLY 106 PHE 107 ARG 108 GLN 109 LEU 110 LEU 111 GLU 112 LEU 113 ASN 114 LEU 115 LEU 116 GLY 117 THR 118 TYR 119 THR 120 LEU 121 THR 122 LYS 123 LEU 124 ALA 125 LEU 126 PRO 127 TYR 128 LEU 129 ARG 130 LYS 131 SER 132 GLN 133 GLY 134 ASN 135 VAL 136 ILE 137 ASN 138 ILE 139 SER 140 SER 141 LEU 142 VAL 143 GLY 144 ALA 145 ILE 146 GLY 147 GLN 148 ALA 149 GLN 150 ALA 151 VAL 152 PRO 153 TYR 154 VAL 155 ALA 156 THR 157 LYS 158 GLY 159 ALA 160 VAL 161 THR 162 ALA 163 MET 164 THR 165 LYS 166 ALA 167 LEU 168 ALA 169 LEU 170 ASP 171 GLU 172 SER 173 PRO 174 TYR 175 GLY 176 VAL 177 ARG 178 VAL 179 ASN 180 CYS 181 ILE 182 SER 183 PRO 184 GLY 185 ASN 186 ILE 187 TRP 188 THR 189 PRO 190 LEU 191 TRP 192 GLU 193 GLU 194 LEU 195 ALA 196 ALA 197 LEU 198 MET 199 PRO 200 ASP 201 PRO 202 ARG 203 ALA 204 SER 205 ILE 206 ARG 207 GLU 208 GLY 209 MET 210 LEU 211 ALA 212 GLN 213 PRO 214 LEU 215 GLY 216 ARG 217 MET 218 GLY 219 GLN 220 PRO 221 ALA 222 GLU 223 VAL 224 GLY 225 ALA 226 ALA 227 ALA 228 VAL 229 PHE 230 LEU 231 ALA 232 SER 233 GLU 234 ALA 235 ASN 236 PHE 237 CYS 238 THR 239 GLY 240 ILE 241 GLU 242 LEU 243 LEU 244 VAL 245 THR 246 GLY 247 GLY 248 ALA 249 GLU 250 LEU 251 GLY 252 TYR 253
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