1W8S - Sequence, Chains, Asymmetric and Biological Units

• Title: THE MECHANISM OF THE SCHIFF BASE FORMING FRUCTOSE-1,6-BISPHO ALDOLASE: STRUCTURAL ANALYSIS OF REACTION INTERMEDIATES
• Keywords: ALDOLASE, FRUCTOSE 1, 6-BISPHOSPHATE, TIM BARREL, GLYCOLYTIC ARCHAEAL, CATALYTIC MECHANISM, REACTION INTERMEDIATE, LYASE
• Experiment: X-ray diffraction
• Number of Models: 1

Database	ID code	Status	Coordinate files
			Header	Asymmetric unit	Biological unit
PDB	1W8S	released	available	available	Quaternary Structure Server

Asymmetric unit from PDB

Unit	Type	Name	Chain ID	Residues	Atoms	Hetatoms
1	Protein	FRUCTOSE-BISPHOSPHATE ALDOLASE CLASS I	A	250	1929	0
2	Protein	FRUCTOSE-BISPHOSPHATE ALDOLASE CLASS I	B	250	1929	0
3	Protein	FRUCTOSE-BISPHOSPHATE ALDOLASE CLASS I	C	250	1929	0
4	Protein	FRUCTOSE-BISPHOSPHATE ALDOLASE CLASS I	D	250	1929	0
5	Protein	FRUCTOSE-BISPHOSPHATE ALDOLASE CLASS I	E	252	1937	0
6	Protein	FRUCTOSE-BISPHOSPHATE ALDOLASE CLASS I	F	250	1929	0
7	Protein	FRUCTOSE-BISPHOSPHATE ALDOLASE CLASS I	G	250	1929	0
8	Protein	FRUCTOSE-BISPHOSPHATE ALDOLASE CLASS I	H	250	1929	0
9	Protein	FRUCTOSE-BISPHOSPHATE ALDOLASE CLASS I	I	250	1929	0
10	Protein	FRUCTOSE-BISPHOSPHATE ALDOLASE CLASS I	J	250	1929	0
11	Ligand	FRUCTOSE-BISPHOSPHATE ALDOLASE CLASS I	A	1	0	20
12	Ligand	FRUCTOSE-BISPHOSPHATE ALDOLASE CLASS I	B	1	0	20
13	Ligand	FRUCTOSE-BISPHOSPHATE ALDOLASE CLASS I	C	1	0	20
14	Ligand	FRUCTOSE-BISPHOSPHATE ALDOLASE CLASS I	D	1	0	20
15	Ligand	FRUCTOSE-BISPHOSPHATE ALDOLASE CLASS I	E	1	0	20
16	Ligand	FRUCTOSE-BISPHOSPHATE ALDOLASE CLASS I	F	1	0	20
17	Ligand	FRUCTOSE-BISPHOSPHATE ALDOLASE CLASS I	G	1	0	20
18	Ligand	FRUCTOSE-BISPHOSPHATE ALDOLASE CLASS I	H	1	0	20
19	Ligand	FRUCTOSE-BISPHOSPHATE ALDOLASE CLASS I	I	1	0	20
20	Ligand	FRUCTOSE-BISPHOSPHATE ALDOLASE CLASS I	J	1	0	20
21	Water			1362	0	1362
total				3874	19298	1562

Proteins

Unit 1	ASN 3 LEU 4 THR 5 GLU 6 LYS 7 PHE 8 LEU 9 ARG 10 ILE 11 PHE 12 ALA 13 ARG 14 ARG 15 GLY 16 LYS 17 SER 18 ILE 19 ILE 20 LEU 21 ALA 22 TYR 23 ASP 24 HIS 25 GLY 26 ILE 27 GLU 28 HIS 29 GLY 30 PRO 31 ALA 32 ASP 33 PHE 34 MET 35 ASP 36 ASN 37 PRO 38 ASP 39 SER 40 ALA 41 ASP 42 PRO 43 GLU 44 TYR 45 ILE 46 LEU 47 ARG 48 LEU 49 ALA 50 ARG 51 ASP 52 ALA 53 GLY 54 PHE 55 ASP 56 GLY 57 VAL 58 VAL 59 PHE 60 GLN 61 ARG 62 GLY 63 ILE 64 ALA 65 GLU 66 LYS 67 TYR 68 TYR 69 ASP 70 GLY 71 SER 72 VAL 73 PRO 74 LEU 75 ILE 76 LEU 77 LYS 78 LEU 79 ASN 80 GLY 81 LYS 82 THR 83 THR 84 LEU 85 TYR 86 ASN 87 GLY 88 GLU 89 PRO 90 VAL 91 SER 92 VAL 93 ALA 94 ASN 95 CYS 96 SER 97 VAL 98 GLU 99 GLU 100 ALA 101 VAL 102 SER 103 LEU 104 GLY 105 ALA 106 SER 107 ALA 108 VAL 109 GLY 110 TYR 111 THR 112 ILE 113 TYR 114 PRO 115 GLY 116 SER 117 GLY 118 PHE 119 GLU 120 TRP 121 LYS 122 MET 123 PHE 124 GLU 125 GLU 126 LEU 127 ALA 128 ARG 129 ILE 130 LYS 131 ARG 132 ASP 133 ALA 134 VAL 135 LYS 136 PHE 137 ASP 138 LEU 139 PRO 140 LEU 141 VAL 142 VAL 143 GLU 144 SER 145 PHE 146 PRO 147 ARG 148 GLY 149 GLY 150 LYS 151 VAL 152 VAL 153 ASN 154 GLU 155 THR 156 ALA 157 PRO 158 GLU 159 ILE 160 VAL 161 ALA 162 TYR 163 ALA 164 ALA 165 ARG 166 ILE 167 ALA 168 LEU 169 GLU 170 LEU 171 GLY 172 ALA 173 ASP 174 ALA 175 MET 176 LYS 177 ILE 178 LYS 179 TYR 180 THR 181 GLY 182 ASP 183 PRO 184 LYS 185 THR 186 PHE 187 SER 188 TRP 189 ALA 190 VAL 191 LYS 192 VAL 193 ALA 194 GLY 195 LYS 196 VAL 197 PRO 198 VAL 199 LEU 200 MET 201 SER 202 GLY 203 GLY 204 PRO 205 LYS 206 THR 207 LYS 208 THR 209 GLU 210 GLU 211 ASP 212 PHE 213 LEU 214 LYS 215 GLN 216 VAL 217 GLU 218 GLY 219 VAL 220 LEU 221 GLU 222 ALA 223 GLY 224 ALA 225 LEU 226 GLY 227 ILE 228 ALA 229 VAL 230 GLY 231 ARG 232 ASN 233 VAL 234 TRP 235 GLN 236 ARG 237 ARG 238 ASP 239 ALA 240 LEU 241 LYS 242 PHE 243 ALA 244 ARG 245 ALA 246 LEU 247 ALA 248 GLU 249 LEU 250 VAL 251 TYR 252
Unit 2	ASN 3 LEU 4 THR 5 GLU 6 LYS 7 PHE 8 LEU 9 ARG 10 ILE 11 PHE 12 ALA 13 ARG 14 ARG 15 GLY 16 LYS 17 SER 18 ILE 19 ILE 20 LEU 21 ALA 22 TYR 23 ASP 24 HIS 25 GLY 26 ILE 27 GLU 28 HIS 29 GLY 30 PRO 31 ALA 32 ASP 33 PHE 34 MET 35 ASP 36 ASN 37 PRO 38 ASP 39 SER 40 ALA 41 ASP 42 PRO 43 GLU 44 TYR 45 ILE 46 LEU 47 ARG 48 LEU 49 ALA 50 ARG 51 ASP 52 ALA 53 GLY 54 PHE 55 ASP 56 GLY 57 VAL 58 VAL 59 PHE 60 GLN 61 ARG 62 GLY 63 ILE 64 ALA 65 GLU 66 LYS 67 TYR 68 TYR 69 ASP 70 GLY 71 SER 72 VAL 73 PRO 74 LEU 75 ILE 76 LEU 77 LYS 78 LEU 79 ASN 80 GLY 81 LYS 82 THR 83 THR 84 LEU 85 TYR 86 ASN 87 GLY 88 GLU 89 PRO 90 VAL 91 SER 92 VAL 93 ALA 94 ASN 95 CYS 96 SER 97 VAL 98 GLU 99 GLU 100 ALA 101 VAL 102 SER 103 LEU 104 GLY 105 ALA 106 SER 107 ALA 108 VAL 109 GLY 110 TYR 111 THR 112 ILE 113 TYR 114 PRO 115 GLY 116 SER 117 GLY 118 PHE 119 GLU 120 TRP 121 LYS 122 MET 123 PHE 124 GLU 125 GLU 126 LEU 127 ALA 128 ARG 129 ILE 130 LYS 131 ARG 132 ASP 133 ALA 134 VAL 135 LYS 136 PHE 137 ASP 138 LEU 139 PRO 140 LEU 141 VAL 142 VAL 143 GLU 144 SER 145 PHE 146 PRO 147 ARG 148 GLY 149 GLY 150 LYS 151 VAL 152 VAL 153 ASN 154 GLU 155 THR 156 ALA 157 PRO 158 GLU 159 ILE 160 VAL 161 ALA 162 TYR 163 ALA 164 ALA 165 ARG 166 ILE 167 ALA 168 LEU 169 GLU 170 LEU 171 GLY 172 ALA 173 ASP 174 ALA 175 MET 176 LYS 177 ILE 178 LYS 179 TYR 180 THR 181 GLY 182 ASP 183 PRO 184 LYS 185 THR 186 PHE 187 SER 188 TRP 189 ALA 190 VAL 191 LYS 192 VAL 193 ALA 194 GLY 195 LYS 196 VAL 197 PRO 198 VAL 199 LEU 200 MET 201 SER 202 GLY 203 GLY 204 PRO 205 LYS 206 THR 207 LYS 208 THR 209 GLU 210 GLU 211 ASP 212 PHE 213 LEU 214 LYS 215 GLN 216 VAL 217 GLU 218 GLY 219 VAL 220 LEU 221 GLU 222 ALA 223 GLY 224 ALA 225 LEU 226 GLY 227 ILE 228 ALA 229 VAL 230 GLY 231 ARG 232 ASN 233 VAL 234 TRP 235 GLN 236 ARG 237 ARG 238 ASP 239 ALA 240 LEU 241 LYS 242 PHE 243 ALA 244 ARG 245 ALA 246 LEU 247 ALA 248 GLU 249 LEU 250 VAL 251 TYR 252
Unit 3	ASN 3 LEU 4 THR 5 GLU 6 LYS 7 PHE 8 LEU 9 ARG 10 ILE 11 PHE 12 ALA 13 ARG 14 ARG 15 GLY 16 LYS 17 SER 18 ILE 19 ILE 20 LEU 21 ALA 22 TYR 23 ASP 24 HIS 25 GLY 26 ILE 27 GLU 28 HIS 29 GLY 30 PRO 31 ALA 32 ASP 33 PHE 34 MET 35 ASP 36 ASN 37 PRO 38 ASP 39 SER 40 ALA 41 ASP 42 PRO 43 GLU 44 TYR 45 ILE 46 LEU 47 ARG 48 LEU 49 ALA 50 ARG 51 ASP 52 ALA 53 GLY 54 PHE 55 ASP 56 GLY 57 VAL 58 VAL 59 PHE 60 GLN 61 ARG 62 GLY 63 ILE 64 ALA 65 GLU 66 LYS 67 TYR 68 TYR 69 ASP 70 GLY 71 SER 72 VAL 73 PRO 74 LEU 75 ILE 76 LEU 77 LYS 78 LEU 79 ASN 80 GLY 81 LYS 82 THR 83 THR 84 LEU 85 TYR 86 ASN 87 GLY 88 GLU 89 PRO 90 VAL 91 SER 92 VAL 93 ALA 94 ASN 95 CYS 96 SER 97 VAL 98 GLU 99 GLU 100 ALA 101 VAL 102 SER 103 LEU 104 GLY 105 ALA 106 SER 107 ALA 108 VAL 109 GLY 110 TYR 111 THR 112 ILE 113 TYR 114 PRO 115 GLY 116 SER 117 GLY 118 PHE 119 GLU 120 TRP 121 LYS 122 MET 123 PHE 124 GLU 125 GLU 126 LEU 127 ALA 128 ARG 129 ILE 130 LYS 131 ARG 132 ASP 133 ALA 134 VAL 135 LYS 136 PHE 137 ASP 138 LEU 139 PRO 140 LEU 141 VAL 142 VAL 143 GLU 144 SER 145 PHE 146 PRO 147 ARG 148 GLY 149 GLY 150 LYS 151 VAL 152 VAL 153 ASN 154 GLU 155 THR 156 ALA 157 PRO 158 GLU 159 ILE 160 VAL 161 ALA 162 TYR 163 ALA 164 ALA 165 ARG 166 ILE 167 ALA 168 LEU 169 GLU 170 LEU 171 GLY 172 ALA 173 ASP 174 ALA 175 MET 176 LYS 177 ILE 178 LYS 179 TYR 180 THR 181 GLY 182 ASP 183 PRO 184 LYS 185 THR 186 PHE 187 SER 188 TRP 189 ALA 190 VAL 191 LYS 192 VAL 193 ALA 194 GLY 195 LYS 196 VAL 197 PRO 198 VAL 199 LEU 200 MET 201 SER 202 GLY 203 GLY 204 PRO 205 LYS 206 THR 207 LYS 208 THR 209 GLU 210 GLU 211 ASP 212 PHE 213 LEU 214 LYS 215 GLN 216 VAL 217 GLU 218 GLY 219 VAL 220 LEU 221 GLU 222 ALA 223 GLY 224 ALA 225 LEU 226 GLY 227 ILE 228 ALA 229 VAL 230 GLY 231 ARG 232 ASN 233 VAL 234 TRP 235 GLN 236 ARG 237 ARG 238 ASP 239 ALA 240 LEU 241 LYS 242 PHE 243 ALA 244 ARG 245 ALA 246 LEU 247 ALA 248 GLU 249 LEU 250 VAL 251 TYR 252
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Unit 10	ASN 3 LEU 4 THR 5 GLU 6 LYS 7 PHE 8 LEU 9 ARG 10 ILE 11 PHE 12 ALA 13 ARG 14 ARG 15 GLY 16 LYS 17 SER 18 ILE 19 ILE 20 LEU 21 ALA 22 TYR 23 ASP 24 HIS 25 GLY 26 ILE 27 GLU 28 HIS 29 GLY 30 PRO 31 ALA 32 ASP 33 PHE 34 MET 35 ASP 36 ASN 37 PRO 38 ASP 39 SER 40 ALA 41 ASP 42 PRO 43 GLU 44 TYR 45 ILE 46 LEU 47 ARG 48 LEU 49 ALA 50 ARG 51 ASP 52 ALA 53 GLY 54 PHE 55 ASP 56 GLY 57 VAL 58 VAL 59 PHE 60 GLN 61 ARG 62 GLY 63 ILE 64 ALA 65 GLU 66 LYS 67 TYR 68 TYR 69 ASP 70 GLY 71 SER 72 VAL 73 PRO 74 LEU 75 ILE 76 LEU 77 LYS 78 LEU 79 ASN 80 GLY 81 LYS 82 THR 83 THR 84 LEU 85 TYR 86 ASN 87 GLY 88 GLU 89 PRO 90 VAL 91 SER 92 VAL 93 ALA 94 ASN 95 CYS 96 SER 97 VAL 98 GLU 99 GLU 100 ALA 101 VAL 102 SER 103 LEU 104 GLY 105 ALA 106 SER 107 ALA 108 VAL 109 GLY 110 TYR 111 THR 112 ILE 113 TYR 114 PRO 115 GLY 116 SER 117 GLY 118 PHE 119 GLU 120 TRP 121 LYS 122 MET 123 PHE 124 GLU 125 GLU 126 LEU 127 ALA 128 ARG 129 ILE 130 LYS 131 ARG 132 ASP 133 ALA 134 VAL 135 LYS 136 PHE 137 ASP 138 LEU 139 PRO 140 LEU 141 VAL 142 VAL 143 GLU 144 SER 145 PHE 146 PRO 147 ARG 148 GLY 149 GLY 150 LYS 151 VAL 152 VAL 153 ASN 154 GLU 155 THR 156 ALA 157 PRO 158 GLU 159 ILE 160 VAL 161 ALA 162 TYR 163 ALA 164 ALA 165 ARG 166 ILE 167 ALA 168 LEU 169 GLU 170 LEU 171 GLY 172 ALA 173 ASP 174 ALA 175 MET 176 LYS 177 ILE 178 LYS 179 TYR 180 THR 181 GLY 182 ASP 183 PRO 184 LYS 185 THR 186 PHE 187 SER 188 TRP 189 ALA 190 VAL 191 LYS 192 VAL 193 ALA 194 GLY 195 LYS 196 VAL 197 PRO 198 VAL 199 LEU 200 MET 201 SER 202 GLY 203 GLY 204 PRO 205 LYS 206 THR 207 LYS 208 THR 209 GLU 210 GLU 211 ASP 212 PHE 213 LEU 214 LYS 215 GLN 216 VAL 217 GLU 218 GLY 219 VAL 220 LEU 221 GLU 222 ALA 223 GLY 224 ALA 225 LEU 226 GLY 227 ILE 228 ALA 229 VAL 230 GLY 231 ARG 232 ASN 233 VAL 234 TRP 235 GLN 236 ARG 237 ARG 238 ASP 239 ALA 240 LEU 241 LYS 242 PHE 243 ALA 244 ARG 245 ALA 246 LEU 247 ALA 248 GLU 249 LEU 250 VAL 251 TYR 252

Ligands

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Unit 12	FBP 270
Unit 13	FBP 270
Unit 14	FBP 270
Unit 15	FBP 270
Unit 16	FBP 270
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Unit 18	FBP 270
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