1RRV - Sequence, Chains, Asymmetric and Biological Units

• Title: X-RAY CRYSTAL STRUCTURE OF TDP-VANCOSAMINYLTRANSFERASE GTFD COMPLEX WITH TDP AND THE NATURAL SUBSTRATE, DESVANCOSAMINYL VANCOMYCIN.
• Keywords: GT-B, GLYCOSYLTRANSFERASE, ROSSMANN FOLD, GLYCOPEPTIDE, VACO ANTIBIOTIC, TRANSFERASE-ANTIBIOTIC COMPLEX
• Experiment: X-ray diffraction
• Number of Models: 1

Database	ID code	Status	Coordinate files
			Header	Asymmetric unit	Biological unit
PDB	1RRV	released	available	available	Quaternary Structure Server

Asymmetric unit from PDB

Unit	Type	Name	Chain ID	Residues	Atoms	Hetatoms
1	Protein	GLYCOSYLTRANSFERASE GTFD	A	401	2915	0
2	Protein	GLYCOSYLTRANSFERASE GTFD	B	400	2900	0
3	Protein	DESVANCOSAMINYL VANCOMYCIN	C	7	8	72
4	Protein	DESVANCOSAMINYL VANCOMYCIN	D	7	8	72
5	Ligand	GLYCOSYLTRANSFERASE GTFD	A	4	0	38
6	Ligand	GLYCOSYLTRANSFERASE GTFD	B	3	0	32
7	Ligand	DESVANCOSAMINYL VANCOMYCIN	C	1	0	11
8	Ligand	DESVANCOSAMINYL VANCOMYCIN	D	1	0	11
9	Water			500	0	500
total				1324	5831	736

Proteins

Unit 1	MET 1 ARG 2 VAL 3 LEU 4 LEU 5 SER 6 VAL 7 CYS 8 GLY 9 THR 10 ARG 11 GLY 12 ASP 13 VAL 14 GLU 15 ILE 16 GLY 17 VAL 18 ALA 19 LEU 20 ALA 21 ASP 22 ARG 23 LEU 24 LYS 25 ALA 26 LEU 27 GLY 28 VAL 29 GLN 30 THR 31 ARG 32 MET 33 CYS 34 ALA 35 PRO 36 PRO 37 ALA 38 ALA 39 GLU 40 GLU 41 ARG 42 LEU 43 ALA 44 GLU 45 VAL 46 GLY 47 VAL 48 PRO 49 HIS 50 VAL 51 PRO 52 VAL 53 GLY 54 LEU 55 PRO 56 GLN 57 HIS 58 MET 59 MET 60 LEU 61 GLN 62 GLU 63 GLY 64 MET 65 PRO 66 PRO 67 PRO 68 PRO 69 PRO 70 GLU 71 GLU 72 GLU 73 GLN 74 ARG 75 LEU 76 ALA 77 ALA 78 MET 79 THR 80 VAL 81 GLU 82 MET 83 GLN 84 PHE 85 ASP 86 ALA 87 VAL 88 PRO 89 GLY 90 ALA 91 ALA 92 GLU 93 GLY 94 CYS 95 ALA 96 ALA 97 VAL 98 VAL 99 ALA 100 VAL 101 GLY 102 ASP 103 LEU 104 ALA 105 ALA 106 ALA 107 THR 108 GLY 109 VAL 110 ARG 111 SER 112 VAL 113 ALA 114 GLU 115 LYS 116 LEU 117 GLY 118 LEU 119 PRO 120 PHE 121 PHE 122 TYR 123 SER 124 VAL 125 PRO 126 SER 127 PRO 128 VAL 129 TYR 130 LEU 131 ALA 132 SER 133 PRO 134 HIS 135 LEU 136 PRO 137 PRO 138 ALA 139 TYR 140 ASP 141 GLU 142 PRO 143 THR 144 THR 145 PRO 146 GLY 147 VAL 148 THR 149 ASP 150 ILE 151 ARG 152 VAL 153 LEU 154 TRP 155 GLU 156 GLU 157 ARG 158 ALA 159 ALA 160 ARG 161 PHE 162 ALA 163 ASP 164 ARG 165 TYR 166 GLY 167 PRO 168 THR 169 LEU 170 ASN 171 ARG 172 ARG 173 ARG 174 ALA 175 GLU 176 ILE 177 GLY 178 LEU 179 PRO 180 PRO 181 VAL 182 GLU 183 ASP 184 VAL 185 PHE 186 GLY 187 TYR 188 GLY 189 HIS 190 GLY 191 GLU 192 ARG 193 PRO 194 LEU 195 LEU 196 ALA 197 ALA 198 ASP 199 PRO 200 VAL 201 LEU 202 ALA 203 PRO 204 LEU 205 GLN 206 PRO 207 ASP 208 VAL 209 ASP 210 ALA 211 VAL 212 GLN 213 THR 214 GLY 215 ALA 216 TRP 217 LEU 218 LEU 219 SER 220 ASP 221 GLU 222 ARG 223 PRO 224 LEU 225 PRO 226 PRO 227 GLU 228 LEU 229 GLU 230 ALA 231 PHE 232 LEU 233 ALA 234 ALA 235 GLY 236 SER 237 PRO 238 PRO 239 VAL 240 HIS 241 ILE 242 GLY 243 PHE 244 GLY 245 SER 246 SER 247 SER 248 GLY 249 ARG 250 GLY 251 ILE 252 ALA 253 ASP 254 ALA 255 ALA 256 LYS 257 VAL 258 ALA 259 VAL 260 GLU 261 ALA 262 ILE 263 ARG 264 ALA 265 GLN 266 GLY 267 ARG 268 ARG 269 VAL 270 ILE 271 LEU 272 SER 273 ARG 274 GLY 275 TRP 276 THR 277 GLU 278 LEU 279 VAL 280 LEU 281 PRO 282 ASP 283 ASP 284 ARG 285 ASP 286 ASP 287 CYS 288 PHE 289 ALA 290 ILE 291 ASP 292 GLU 293 VAL 294 ASN 295 PHE 296 GLN 297 ALA 298 LEU 299 PHE 300 ARG 301 ARG 302 VAL 303 ALA 304 ALA 305 VAL 306 ILE 307 HIS 308 HIS 309 GLY 310 SER 311 ALA 312 GLY 313 THR 314 GLU 315 HIS 316 VAL 317 ALA 318 THR 319 ARG 320 ALA 321 GLY 322 VAL 323 PRO 324 GLN 325 LEU 326 VAL 327 ILE 328 PRO 329 ARG 330 ASN 331 THR 332 ASP 333 GLN 334 PRO 335 TYR 336 PHE 337 ALA 338 GLY 339 ARG 340 VAL 341 ALA 342 ALA 343 LEU 344 GLY 345 ILE 346 GLY 347 VAL 348 ALA 349 HIS 350 ASP 351 GLY 352 PRO 353 THR 354 PRO 355 THR 356 PHE 357 GLU 358 SER 359 LEU 360 SER 361 ALA 362 ALA 363 LEU 364 THR 365 THR 366 VAL 367 LEU 368 ALA 369 PRO 370 GLU 371 THR 372 ARG 373 ALA 374 ARG 375 ALA 376 GLU 377 ALA 378 VAL 379 ALA 380 GLY 381 MET 382 VAL 383 LEU 384 THR 385 ASP 386 GLY 387 ALA 388 ALA 389 ALA 390 ALA 391 ALA 392 ASP 393 LEU 394 VAL 395 LEU 396 ALA 397 ALA 398 VAL 399 GLY 400 ARG 401
Unit 2	MET 1 ARG 2 VAL 3 LEU 4 LEU 5 SER 6 VAL 7 CYS 8 GLY 9 THR 10 ARG 11 GLY 12 ASP 13 VAL 14 GLU 15 ILE 16 GLY 17 VAL 18 ALA 19 LEU 20 ALA 21 ASP 22 ARG 23 LEU 24 LYS 25 ALA 26 LEU 27 GLY 28 VAL 29 GLN 30 THR 31 ARG 32 MET 33 CYS 34 ALA 35 PRO 36 PRO 37 ALA 38 ALA 39 GLU 40 GLU 41 ARG 42 LEU 43 ALA 44 GLU 45 VAL 46 GLY 47 VAL 48 PRO 49 HIS 50 VAL 51 PRO 52 VAL 53 GLY 54 LEU 55 PRO 56 GLN 57 HIS 58 MET 59 MET 60 LEU 61 GLN 62 GLU 63 GLY 64 MET 65 PRO 66 PRO 67 PRO 68 PRO 69 PRO 70 GLU 71 GLU 72 GLU 73 GLN 74 ARG 75 LEU 76 ALA 77 ALA 78 MET 79 THR 80 VAL 81 GLU 82 MET 83 GLN 84 PHE 85 ASP 86 ALA 87 VAL 88 PRO 89 GLY 90 ALA 91 ALA 92 GLU 93 GLY 94 CYS 95 ALA 96 ALA 97 VAL 98 VAL 99 ALA 100 VAL 101 GLY 102 ASP 103 LEU 104 ALA 105 ALA 106 ALA 107 THR 108 GLY 109 VAL 110 ARG 111 SER 112 VAL 113 ALA 114 GLU 115 LYS 116 LEU 117 GLY 118 LEU 119 PRO 120 PHE 121 PHE 122 TYR 123 SER 124 VAL 125 PRO 126 SER 127 PRO 128 VAL 129 TYR 130 LEU 131 ALA 132 SER 133 PRO 134 HIS 135 LEU 136 PRO 137 PRO 138 ALA 139 TYR 140 ASP 141 GLU 142 PRO 143 THR 144 THR 145 PRO 146 GLY 147 VAL 148 THR 149 ASP 150 ILE 151 ARG 152 VAL 153 LEU 154 TRP 155 GLU 156 GLU 157 ARG 158 ALA 159 ALA 160 ARG 161 PHE 162 ALA 163 ASP 164 ARG 165 TYR 166 GLY 167 PRO 168 THR 169 LEU 170 ASN 171 ARG 172 ARG 173 ARG 174 ALA 175 GLU 176 ILE 177 GLY 178 LEU 179 PRO 180 PRO 181 VAL 182 GLU 183 ASP 184 VAL 185 PHE 186 GLY 187 TYR 188 GLY 189 HIS 190 GLY 191 GLU 192 ARG 193 PRO 194 LEU 195 LEU 196 ALA 197 ALA 198 ASP 199 PRO 200 VAL 201 LEU 202 ALA 203 PRO 204 LEU 205 GLN 206 PRO 207 ASP 208 VAL 209 ASP 210 ALA 211 VAL 212 GLN 213 THR 214 GLY 215 ALA 216 TRP 217 LEU 218 LEU 219 SER 220 ASP 221 GLU 222 ARG 223 PRO 224 LEU 225 PRO 226 PRO 227 GLU 228 LEU 229 GLU 230 ALA 231 PHE 232 LEU 233 ALA 234 ALA 235 GLY 236 SER 237 PRO 238 PRO 239 VAL 240 HIS 241 ILE 242 GLY 243 PHE 244 GLY 245 SER 246 SER 247 SER 248 GLY 249 ARG 250 GLY 251 ILE 252 ALA 253 ASP 254 ALA 255 ALA 256 LYS 257 VAL 258 ALA 259 VAL 260 GLU 261 ALA 262 ILE 263 ARG 264 ALA 265 GLN 266 GLY 267 ARG 268 ARG 269 VAL 270 ILE 271 LEU 272 SER 273 ARG 274 GLY 275 TRP 276 THR 277 GLU 278 LEU 279 VAL 280 LEU 281 PRO 282 ASP 283 ASP 284 ARG 285 ASP 286 ASP 287 CYS 288 PHE 289 ALA 290 ILE 291 ASP 292 GLU 293 VAL 294 ASN 295 PHE 296 GLN 297 ALA 298 LEU 299 PHE 300 ARG 301 ARG 302 VAL 303 ALA 304 ALA 305 VAL 306 ILE 307 HIS 308 HIS 309 GLY 310 SER 311 ALA 312 GLY 313 THR 314 GLU 315 HIS 316 VAL 317 ALA 318 THR 319 ARG 320 ALA 321 GLY 322 VAL 323 PRO 324 GLN 325 LEU 326 VAL 327 ILE 328 PRO 329 ARG 330 ASN 331 THR 332 ASP 333 GLN 334 PRO 335 TYR 336 PHE 337 ALA 338 GLY 339 ARG 340 VAL 341 ALA 342 ALA 343 LEU 344 GLY 345 ILE 346 GLY 347 VAL 348 ALA 349 HIS 350 ASP 351 GLY 352 PRO 353 THR 354 PRO 355 THR 356 PHE 357 GLU 358 SER 359 LEU 360 SER 361 ALA 362 ALA 363 LEU 364 THR 365 THR 366 VAL 367 LEU 368 ALA 369 PRO 370 GLU 371 THR 372 ARG 373 ALA 374 ARG 375 ALA 376 GLU 377 ALA 378 VAL 379 ALA 380 GLY 381 MET 382 VAL 383 LEU 384 THR 385 ASP 386 GLY 387 ALA 388 ALA 389 ALA 390 ALA 391 ALA 392 ASP 393 LEU 394 VAL 395 LEU 396 ALA 397 ALA 398 VAL 399 GLY 400
Unit 3	MLU 1 OMZ 2 ASN 3 GHP 4 GHP 5 OMY 6 3FG 7
Unit 4	MLU 1 OMZ 2 ASN 3 GHP 4 GHP 5 OMY 6 3FG 7

Ligands

Unit 5	K 417 TYD 1003 GOL 1005 GOL 1006
Unit 6	K 417 TYD 1004 GOL 1007
Unit 7	BGC 8
Unit 8	BGC 8