1PN3 - Sequence, Chains, Asymmetric and Biological Units

• Title: CRYSTAL STRUCTURE OF TDP-EPI-VANCOSAMINYLTRANSFERASE GTFA IN WITH TDP AND THE ACCEPTOR SUBSTRATE DVV.
• Keywords: GT-B GLYCOSYLTRANSFERASE, ROSSMANN FOLD, GLYCOPEPTIDE, VANCO ANTIBIOTIC, TRANSFERASE-ANTIBIOTIC COMPLEX
• Experiment: X-ray diffraction
• Number of Models: 1

Database	ID code	Status	Coordinate files
			Header	Asymmetric unit	Biological unit
PDB	1PN3	released	available	available	Quaternary Structure Server

Asymmetric unit from PDB

Unit	Type	Name	Chain ID	Residues	Atoms	Hetatoms
1	Protein	GLYCOSYLTRANSFERASE GTFA	A	391	2834	0
2	Protein	GLYCOSYLTRANSFERASE GTFA	B	384	2803	0
3	Protein	DESVANCOSAMINYL VANCOMYCIN	C	7	8	72
4	Protein	DESVANCOSAMINYL VANCOMYCIN	D	7	8	72
5	Ligand	GLYCOSYLTRANSFERASE GTFA	A	1	0	25
6	Ligand	DESVANCOSAMINYL VANCOMYCIN	C	1	0	11
7	Ligand	DESVANCOSAMINYL VANCOMYCIN	D	1	0	11
8	Water			161	0	162
total				953	5653	353

Proteins

Unit 1	MET 1 ARG 2 VAL 3 LEU 4 ILE 5 THR 6 GLY 7 CYS 8 GLY 9 SER 10 ARG 11 GLY 12 ASP 13 THR 14 GLU 15 PRO 16 LEU 17 VAL 18 ALA 19 LEU 20 ALA 21 ALA 22 ARG 23 LEU 24 ARG 25 GLU 26 LEU 27 GLY 28 ALA 29 ASP 30 ALA 31 ARG 32 MET 33 CYS 34 LEU 35 PRO 36 PRO 37 ASP 38 TYR 39 VAL 40 GLU 41 ARG 42 CYS 43 ALA 44 GLU 45 VAL 46 GLY 47 VAL 48 PRO 49 MET 50 VAL 51 PRO 52 VAL 53 GLY 54 ARG 55 ALA 56 VAL 57 ARG 58 ALA 59 GLY 60 ALA 61 ARG 62 GLU 63 PRO 64 GLY 65 GLU 66 LEU 67 PRO 68 PRO 69 GLY 70 ALA 71 ALA 72 GLU 73 VAL 74 VAL 75 THR 76 GLU 77 VAL 78 VAL 79 ALA 80 GLU 81 TRP 82 PHE 83 ASP 84 LYS 85 VAL 86 PRO 87 ALA 88 ALA 89 ILE 90 GLU 91 GLY 92 CYS 93 ASP 94 ALA 95 VAL 96 VAL 97 THR 98 THR 99 GLY 100 LEU 101 LEU 102 PRO 103 ALA 104 ALA 105 VAL 106 ALA 107 VAL 108 ARG 109 SER 110 MET 111 ALA 112 GLU 113 LYS 114 LEU 115 GLY 116 ILE 117 PRO 118 TYR 119 ARG 120 TYR 121 THR 122 VAL 123 LEU 124 SER 125 PRO 126 ASP 127 HIS 128 LEU 129 PRO 130 SER 131 GLU 132 GLN 133 SER 134 GLN 135 ALA 136 GLU 137 ARG 138 ASP 139 MET 140 TYR 141 ASN 142 GLN 143 GLY 144 ALA 145 ASP 146 ARG 147 LEU 148 PHE 149 GLY 150 ASP 151 ALA 152 VAL 153 ASN 154 SER 155 HIS 156 ARG 157 ALA 158 SER 159 ILE 160 GLY 161 LEU 162 PRO 163 PRO 164 VAL 165 GLU 166 HIS 167 LEU 168 TYR 169 ASP 170 TYR 171 GLY 172 TYR 173 THR 174 ASP 175 GLN 176 PRO 177 TRP 178 LEU 179 ALA 180 ALA 181 ASP 182 PRO 183 VAL 184 LEU 185 SER 186 PRO 187 LEU 188 ARG 189 PRO 190 THR 191 ASP 192 LEU 193 GLY 194 THR 195 VAL 196 GLN 197 THR 198 GLY 199 ALA 200 TRP 201 ILE 202 LEU 203 PRO 204 ASP 205 GLU 206 ARG 207 PRO 208 LEU 209 SER 210 ALA 211 GLU 212 LEU 213 GLU 214 ALA 215 PHE 216 LEU 217 ALA 218 ALA 219 GLY 220 SER 221 THR 222 PRO 223 VAL 224 TYR 225 VAL 226 GLY 227 PHE 228 GLY 229 SER 230 SER 231 SER 232 ARG 233 PRO 234 ALA 235 THR 236 ALA 237 ASP 238 ALA 239 ALA 240 LYS 241 MET 242 ALA 243 ILE 244 LYS 245 ALA 246 VAL 247 ARG 248 ALA 249 SER 250 GLY 251 ARG 252 ARG 253 ILE 254 VAL 255 LEU 256 SER 257 ARG 258 GLY 259 TRP 260 ALA 261 ASP 262 LEU 263 VAL 264 LEU 265 PRO 266 ASP 267 ASP 268 GLY 269 ALA 270 ASP 271 CYS 272 PHE 273 VAL 274 VAL 275 GLY 276 GLU 277 VAL 278 ASN 279 LEU 280 GLN 281 GLU 282 LEU 283 PHE 284 GLY 285 ARG 286 VAL 287 ALA 288 ALA 289 ALA 290 ILE 291 HIS 292 HIS 293 ASP 294 SER 295 ALA 296 GLY 297 THR 298 THR 299 LEU 300 LEU 301 ALA 302 MET 303 ARG 304 ALA 305 GLY 306 ILE 307 PRO 308 GLN 309 ILE 310 VAL 311 VAL 312 ARG 313 ARG 314 VAL 315 VAL 316 ASP 317 ASN 318 VAL 319 VAL 320 GLU 321 GLN 322 ALA 323 TYR 324 HIS 325 ALA 326 ASP 327 ARG 328 VAL 329 ALA 330 GLU 331 LEU 332 GLY 333 VAL 334 GLY 335 VAL 336 ALA 337 VAL 338 ASP 339 GLY 340 PRO 341 VAL 342 PRO 343 THR 344 ILE 345 ASP 346 SER 347 LEU 348 SER 349 ALA 350 ALA 351 LEU 352 ASP 353 THR 354 ALA 355 LEU 356 ALA 357 PRO 358 GLU 359 ILE 360 ARG 361 ALA 362 ARG 363 ALA 364 THR 365 THR 366 VAL 367 ALA 368 ASP 369 THR 370 ILE 371 ARG 372 ALA 373 ASP 374 GLY 375 THR 376 THR 377 VAL 378 ALA 379 ALA 380 GLN 381 LEU 382 LEU 383 PHE 384 ASP 385 ALA 386 VAL 387 SER 388 LEU 389 GLU 390 LYS 391
Unit 2	MET 1 ARG 2 VAL 3 LEU 4 ILE 5 THR 6 GLY 7 CYS 8 GLY 9 SER 10 ARG 11 GLY 12 ASP 13 THR 14 GLU 15 PRO 16 LEU 17 VAL 18 ALA 19 LEU 20 ALA 21 ALA 22 ARG 23 LEU 24 ARG 25 GLU 26 LEU 27 GLY 28 ALA 29 ASP 30 ALA 31 ARG 32 MET 33 CYS 34 LEU 35 PRO 36 PRO 37 ASP 38 TYR 39 VAL 40 GLU 41 ARG 42 CYS 43 ALA 44 GLU 45 VAL 46 GLY 47 VAL 48 PRO 49 MET 50 VAL 51 PRO 52 VAL 53 GLY 54 ARG 55 ALA 56 VAL 57 ARG 58 ALA 59 GLY 60 ALA 61 ARG 62 GLU 63 PRO 64 GLY 65 GLU 66 LEU 67 PRO 68 PRO 69 GLY 70 ALA 71 ALA 72 GLU 73 VAL 74 VAL 75 THR 76 GLU 77 VAL 78 VAL 79 ALA 80 GLU 81 TRP 82 PHE 83 ASP 84 LYS 85 VAL 86 PRO 87 ALA 88 ALA 89 ILE 90 GLU 91 GLY 92 CYS 93 ASP 94 ALA 95 VAL 96 VAL 97 THR 98 THR 99 GLY 100 LEU 101 LEU 102 PRO 103 ALA 104 ALA 105 VAL 106 ALA 107 VAL 108 ARG 109 SER 110 MET 111 ALA 112 GLU 113 LYS 114 LEU 115 GLY 116 ILE 117 PRO 118 TYR 119 ARG 120 TYR 121 THR 122 VAL 123 LEU 124 SER 125 PRO 126 ASP 127 HIS 128 LEU 129 PRO 130 SER 131 GLU 132 GLN 133 SER 134 GLN 135 ALA 136 GLU 137 ARG 138 ASP 139 MET 140 TYR 141 ASN 142 GLN 143 GLY 144 ALA 145 ASP 146 ARG 147 LEU 148 PHE 149 GLY 150 ASP 151 ALA 152 VAL 153 ASN 154 SER 155 HIS 156 ARG 157 ALA 158 SER 159 ILE 160 GLY 161 LEU 162 PRO 163 PRO 164 VAL 165 GLU 166 HIS 167 LEU 168 TYR 169 ASP 170 TYR 171 GLY 172 TYR 173 THR 174 ASP 175 GLN 176 PRO 177 TRP 178 LEU 179 ALA 180 ALA 181 ASP 182 PRO 183 VAL 184 LEU 185 SER 186 PRO 187 LEU 188 ARG 189 PRO 190 THR 191 ASP 192 LEU 193 GLY 194 THR 195 VAL 196 GLN 197 THR 198 GLY 199 ALA 200 TRP 201 ILE 202 LEU 203 PRO 204 ASP 205 GLU 206 ARG 207 PRO 208 LEU 209 SER 210 ALA 211 GLU 212 LEU 213 GLU 214 ALA 215 PHE 216 LEU 217 ALA 218 ALA 219 GLY 220 SER 221 THR 222 PRO 223 VAL 224 TYR 225 VAL 226 GLY 227 PHE 228 GLY 229 SER 230 SER 231 SER 232 ARG 233 PRO 234 ALA 235 THR 236 ALA 237 ASP 238 ALA 239 ALA 240 LYS 241 MET 242 ALA 243 ILE 244 LYS 245 ALA 246 VAL 247 ARG 248 ALA 249 SER 250 GLY 251 ARG 252 ARG 253 ILE 254 VAL 255 LEU 256 SER 257 ARG 258 GLY 259 TRP 260 ALA 261 ASP 262 LEU 263 VAL 264 LEU 265 PRO 266 ASP 267 ASP 268 GLY 269 ALA 270 ASP 271 CYS 272 PHE 273 VAL 274 VAL 275 GLY 276 GLU 277 VAL 278 ASN 279 LEU 280 GLN 281 GLU 282 LEU 283 PHE 284 GLY 285 ARG 286 VAL 287 ALA 288 ALA 289 ALA 290 ILE 291 HIS 292 HIS 293 ASP 294 SER 295 ALA 296 GLY 297 THR 298 THR 299 LEU 300 LEU 301 ALA 302 MET 303 ARG 304 ALA 305 GLY 306 ILE 307 PRO 308 GLN 309 ILE 310 VAL 311 VAL 312 ARG 313 ARG 314 VAL 315 ALA 323 TYR 324 HIS 325 ALA 326 ASP 327 ARG 328 VAL 329 ALA 330 GLU 331 LEU 332 GLY 333 VAL 334 GLY 335 VAL 336 ALA 337 VAL 338 ASP 339 GLY 340 PRO 341 VAL 342 PRO 343 THR 344 ILE 345 ASP 346 SER 347 LEU 348 SER 349 ALA 350 ALA 351 LEU 352 ASP 353 THR 354 ALA 355 LEU 356 ALA 357 PRO 358 GLU 359 ILE 360 ARG 361 ALA 362 ARG 363 ALA 364 THR 365 THR 366 VAL 367 ALA 368 ASP 369 THR 370 ILE 371 ARG 372 ALA 373 ASP 374 GLY 375 THR 376 THR 377 VAL 378 ALA 379 ALA 380 GLN 381 LEU 382 LEU 383 PHE 384 ASP 385 ALA 386 VAL 387 SER 388 LEU 389 GLU 390 LYS 391
Unit 3	MLU 1 OMZ 2 ASN 3 GHP 4 GHP 5 OMY 6 3FG 7
Unit 4	MLU 1 OMZ 2 ASN 3 GHP 4 GHP 5 OMY 6 3FG 7

Ligands

Unit 5	TYD 406
Unit 6	BGC 8
Unit 7	BGC 8