The Base Pair Directory

CC base pairs with two standard hydrogen bonds
base  potential H-bond donor/acceptor sites
cytosine C
C(aa3)
N3...
C2
O2...
C(da3)
N4-H...
C4
N3...


 
 

CC base pairs with 4 heavy-atom H-bond donor/acceptor sites

base pair H-bond motif structure images

C(da3/aa3)...C(aa3/da3)

CC carbonyl-amino, symmetric 
 

O2...H-N4
C2     C4
N3     N3
C4     C2
N4-H...O2

  • Tinoco compilation: 
    • yes (CC carbonyl-amino, symmetric) 
  • Westhof compilation: 
    • no 
  • Jeffrey/Saenger compilation: 
    • no 
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C(da3)...C(da3)

CC N3-amino symmetric
 

N3...H-N4
C4     C4
N4-H...N3

  • Tinoco compilation: 
    • yes (CC N3-amino, symmetric) 
  • Westhof compilation: 
  • Jeffrey/Saenger compilation: 
    • yes (CC3) 
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CC base pairs with 3 heavy-atom H-bond donor/acceptor sites
base pair H-bond motif structure images

C(N4-H1/H2)...C(aa3), N3-trans

CC amino-O2, amino-N3, N3-trans 
 

O2...H
C2   N4
N3...H

  • Tinoco compilation: 
    • no 
  • Westhof compilation: 
  • Jeffrey/Saenger compilation: 
    • no 
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C(N4-H1/H2)...C(aa3), N3-cis

CC amino-O2, amino-N3, N3-cis
 

O2...H
C2   N4
N3...H

  • Tinoco compilation: 
    • no 
  • Westhof compilation: 
  • Jeffrey/Saenger compilation: 
    • no 
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