The Base Pair Directory

AU base pairs with two standard hydrogen bonds
base  potential H-bond donor/acceptor sites

 
 

adenine A 
A(da3) 
 
N6-H... 
C6 
N1...		 A(da4) 
 
N6-H... 
C6 
C5 
N7...

 
 

uracil U 
U(1da3) 
 
O4... 
C4 
N3-H...		 U(2da3) 
 
N3-H... 
C2 
O2... 
 

 

AU base pairs with 4 heavy-atom H-bond donor/acceptor sites

base pair H-bond motif structure images

U(1da3)...A(da3) 

UA reverse Watson-Crick
  

O2...H-N6
C2     C6
N3-H...N1
  • Tinoco compilation: 
    • yes (purine-pyrimidine base pairs, U.A reverse Watson-Crick) 
  • Westhof compilation: 
  • Jeffrey/Saenger compilation: 
    • yes (AU5) 
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U(1da3)...A(da4) 

UA reverse Hoogsteen  

O2...H-N6
C2     C6
       C5     
N3-H...N7
  • Tinoco compilation: 
    • yes (purine-pyrimidine base pairs, U.A reverse Hoogsteen) 
  • Westhof compilation: 
  • Jeffrey/Saenger compilation: 
    • yes (AU2) 
PDF | VRML

U(2da3)...A(da3)

UA Watson-Crick 

O4...H-N6
C4     C6
N3-H...N1
  • Tinoco compilation: 
    • yes (purine-pyrimidine base pairs, U.A Watson-Crick) 
  • Westhof compilation: 
  • Jeffrey/Saenger compilation: 
    • yes (UU4) 
PDF | VRML

U(2da3)...A(da4)

UA Hoogsteen 

O4...H-N6
C4     C6
       C5
N3-H...N7
  • Tinoco compilation: 
    • yes (purine-pyrimidine base pairs, U.A Hoogsteen) 
  • Westhof compilation: 
  • Jeffrey/Saenger compilation: 
    • yes (AU3) 
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There are no possible AU base pairs with 3 heavy-atom H-bond donor/acceptor sites